先簡要回答題主的問題：三國時期的州牧是刺史的升級版，太守是其治下的官員，州牧，刺史，太守都是地方行政官員；司馬，司空，司徒號稱三公，是中央最高行政長官，司馬在東漢的時候叫作太尉。
具體一點來說的話，東漢末到三國時期的官職制度分為中央和地方兩大塊，具體到曹魏，東吳和蜀國又有些細微的不同。
（1）錄尚書事。
這聽起來是個有點陌生的官職，但是實際上，在三國時代，一個實權重臣必須兼有錄尚書事的職務才能說得上全面控制了朝政大權。
在東漢，尚書（臺）本是內(nèi)廷職務，品級不高，但是握有實權，后來又細分為六曹，其首稱作尚書令，隨著權力加重，尚書臺里的一個職務錄尚書事逐漸成為外朝權力的實際擁有者，而常侍，黃門則為內(nèi)朝實權擁有者（例如東漢末年的十常侍之亂）。
史書如此記載：“后漢，眾務悉歸尚書，（三公）但受成事而已”（杜佑《通典》），“雖置三公，事歸臺閣，三公之職，備員而已。”（《后漢書》〈仲長統(tǒng)傳〉），“今與陛下共理天下者，外則公卿、尚書，內(nèi)則常侍，黃門?！保ā逗鬂h書》〈李固傳〉）。
東漢末年到三國時代，有以尚書令兼領錄尚書事的，也有其他職務兼領錄尚書事的。
例如，192年，董卓被刺死之后，司徒王允兼領錄尚書事。
曹操在195年官拜鎮(zhèn)東將軍，兼錄尚書事，他以荀彧為尚書令。
諸葛亮以丞相兼領錄尚書事，此時尚書令李嚴為他的副手。
諸葛亮之后，蔣琬以尚書令錄尚書事，成為蜀國第二任決策者。
蔣琬之后，費祎任尚書令，遷大將軍，錄尚書事，成為蜀國第三任決策者。
曹魏時代，還有陳群，曹爽，司馬懿等做過錄尚書事，蜀漢時代，有諸葛亮，蔣琬，費祎，姜維做過錄尚書事，東吳有劉基，騰胤，全尚等做過錄尚書事。
錄尚書事這個職位比較特別，它不是個獨立的職位，要兼領才行 ，不是說做了這個位子就有實權，而是說本身有大權的重臣兼領這個職位，就可以全面控制朝政大權了。
（2）三公，名義上的最高行政長官。
①太傅和太師。
【太傅】：本意是皇帝（太子）的老師和輔政大臣，本是三公之一，東漢時期，太傅是太子宮中的最高官職，一般來說，太子做了皇帝之后，太傅很容易成為錄尚書事，因此地位顯赫。
東漢的時候，太傅不在三公之列，稱為上公，后期廢除了這個職位。
【太師】：東漢末年，董卓把都城遷往長安，自命為太師，實際上，東漢沒有這個職位，董卓這是變相的攫取權力，因為他把太師列在太傅之上。
“（初平）二年春正月辛丑，大赦天下。二月丁丑，董卓自為太師。”（《后漢書·孝獻帝紀第九》）
司馬懿做過太傅，許靖做過蜀國的太傅，諸葛恪做過東吳的太傅。
②東漢的三公指的是太尉，司徒，司空，名義上三公之長百僚，但是因這個職位無實際意義，所以，一般把三公看作是名義上的最高行政長官。
東漢時做三公是很沒意思的，一個要求是你學問要高，二個是有名無權，真正權力掌握在錄尚書事等手里，三是出了事三公要被重責，是職業(yè)背鍋人。
【太尉】：由大司馬改來的職位，本職是負責官兵的考核評定等，東漢時期，做太尉的兼領錄尚書事的人很少，所以太尉并無太大的行政決策權力。
東漢末年漢獻帝的時候，董卓，楊彪等做過太尉，特別的是，大司馬和太尉本是一職，但是在董卓時代，董卓自命為太尉，又將太尉劉虞改為大司馬，一職變兩職。
【司徒】：主管全國民政：“司徒，公一人。本注曰：掌人民事。凡孝民孝悌、遜順、謙儉、養(yǎng)生送死之事，則議其制，建其度。凡四方民事功課，歲盡則奏其殿最而行賞罰?！保ā逗鬂h書·百官一》）
漢獻帝時期，楊彪，王允，趙謙等先后做過司徒，蜀國的司徒則為諸葛亮，東吳則有孫邵，顧雍，陸遜，諸葛恪等先后做過此職。
【司空】：主管全國水利，建筑等：“掌水土事。凡營城起邑，浚溝洫、修墳防之事，則議其利，建其功。凡四方水土功課，歲盡則奏其殿最而行賞罰?！保ā逗鬂h書·百官一》）
蜀國沒有司空這個職位，東吳則有孟仁和董朝，曹操時代華歆是司空。
（3）九卿，次級中央長官，位列三公之下。
東漢時期的九卿，隸屬于三公之下，屬于辦事部門。
太尉下屬：太常、光祿勛、衛(wèi)尉；
司徒下屬：太仆、廷尉、大鴻臚；
司空下屬：宗正、大司農(nóng)、少府。
（4）將軍，有實權的軍事存在，也是中央政府的一部分。
【大將軍】：看看哪些人做過大將軍，就知道這個職位有多牛了：西漢時期有韓信，衛(wèi)青，霍去病，霍光等；東漢時期有竇憲，曹操，袁紹，夏侯惇等 ，三國時期有孫權，司馬懿，蔣琬，費祎，姜維，陸遜，諸葛瑾，明朝時期有徐達做過大將軍，都是個頂個響當當?shù)娜宋铩?/p>
大將軍的職位序列比較復雜，一直因時勢和任職者的權力大小而變化，有時候在三公之上，有時候在三公之下。
【其它將軍】：位列三公之下的有驃騎將軍，車騎將軍和衛(wèi)將軍。
位列九卿之下的有前后左右將軍，此等職位經(jīng)常是臨時設置的，存在時間不長。
【雜號將軍】：各種臨時設置，用完就廢的名號將軍。
大將軍很多都是外戚，除了雜號將軍之外，其它將軍均可以開府。
漢靈帝時期，另設西園八校尉，漢靈帝自號無上將軍，以宦官蹇碩為首領，袁紹為副首領，另有曹操，趙融等六校尉，主管都城軍務，用來對付外戚大將軍何進，此后彼此內(nèi)斗，互相殘殺，拉開了三國戰(zhàn)亂的大幕。
【將軍名人】驃騎將軍：司馬懿，馬超，李嚴，步騭等。
車騎將軍：張飛，廖化，夏侯霸等。
衛(wèi)將軍：諸葛亮兒子諸葛瞻等。
雜號將軍：黃忠做過討虜將軍。魯肅做過橫江將軍，趙云做過牙門將軍等。
《三國志》記載曹操時代有五子良將，分別是前將軍張遼，右將軍樂進，左將軍于禁，征西車騎將軍張郃和右將軍徐晃。
《三國志》里關羽，張飛，馬超，黃忠，趙云五人合為一傳，小說《三國演義》里則稱他們?yōu)槲寤⑸蠈ⅰ?/p>
（5）太后，隱形的權力擁有者。
東漢中期之后，皇帝多年幼，是以太后多大權在握，成為看不見的實權擁有人，這個到了三國時代，就很少見了。
【州牧（刺史）】：東漢時期，都城洛陽之外分成12州，每州派出刺史，這本是中央官僚，專管監(jiān)察地方官員，治官不治民，也沒有地方行政職權的。
東漢末年，黃巾起義，一些刺史被提升為州牧，可以全面主管本州民政，軍政等大權，從而州牧成為了地方最高長官的地位。
在東漢初期，各州的長官叫作太守，隨著刺史（州牧）的權力增大，慢慢的淪為刺史（州牧）的下級官員。
州牧這個位置有多重要呢？看看這些做過州牧的：曹操，劉備，袁紹，孫權，劉表，陶謙，袁術等，基本上都是一時人雄。
刺史和州牧這兩個官職名字在東漢時期一直換來換去的，東漢末年基本上是以州牧的權力為地方最大，類似于唐朝的節(jié)度使，而它的權力實際上更大。
【司隸校尉部】：主管京兆、左馮翊、右扶風、河東、河南、河內(nèi)、弘農(nóng)和漢安八郡。大概是今天的河北南部，河南北部，山西南部和陜西渭南一帶。
漢獻帝時期，將八郡劃入各州之內(nèi)。
曹操做過司隸校尉，張飛以車騎將軍領司隸校尉，后來被部下殺死，諸葛亮接任。
【郡國】：東漢時期，皇子封王，以郡為國，分別在各州之下。
【侯國】：東漢列侯以縣封地，也在各州之下。
【邑，道】：皇后，皇太后，公主的封地叫作邑，少數(shù)民族的地區(qū)叫作道。
【相國】：189年，大將軍何進請董卓領兵救駕，結果引狼入室，董卓殺掉當時的兩大軍閥勢力何苗和丁原之后，立劉協(xié)為皇帝，是為漢獻帝。此后董卓進封為相國，獨攬大權。
東漢時期并無相國這個官職，為董卓獨有，在曹魏時期，則有司馬炎，司馬昭做過相國。
“（中平六年）十一月癸酉，董卓自為相國。”（《后漢書·孝獻帝紀第九》）
董卓做過大約三年的相國。
【丞相】：西漢哀帝時期丞相改稱大司徒，不設丞相一職，等到了曹操時期，才又設立丞相（建安十三年）。
“（建安十三年六月）癸巳，曹操自為丞相?！保ā逗鬂h書·孝獻帝紀第九》）。
曹操做過大約十二年的丞相，曹丕做過大約一年的丞相。
蜀國丞相則只有諸葛亮一個人，在位大約十三年，“蜀曰丞相。章武元年置，建興元年開府，軍國事無大小皆聽裁決。諸葛亮薨，因闕。居是官者一人。”（洪飴孫《三國職官表》）
吳國丞相較多，比較出名的有顧雍，陸遜等，“吳曰丞相。黃武初置。寶鼎元年分置左右，建衡中復舊。居是官者十一人?！保ê轱崒O《三國職官表》）
在曹操時代，丞相實際上是實權擁有者，蜀國丞相亦可以看做是實權擁有者，屬于專屬諸葛亮的特殊尊位，諸葛亮死了之后，沒有丞相了，大權主要在錄尚書事，平尚書事，尚書令手中。
吳國丞相含金量不高，有時候還有左丞相，右丞相。
【其他】：曹操時期，仍然有三公，不過已經(jīng)是政治花瓶；蜀國主管軍事行政的則是大司馬，沒有司空，有時候有太尉；吳國和蜀國差不多，時有時無。
【地方】：曹魏時期，和上面所說的差不多，有州郡縣三級，有司隸校尉，十三州；
蜀國兩州，設立刺史（州牧），例如諸葛亮曾經(jīng)領益州牧；
吳國四州。
