元惠宗（元順帝）在位之初，1335年燕帖木兒的兒子唐其勢陰謀推翻，另立元文宗義子答剌海。幸右丞相伯顏粉碎叛亂，但屬于保守派的他掌握朝政，權(quán)力盛大。他禁止?jié)h人參政并取消科舉，這些都與元惠宗發(fā)生沖突。1340年元惠宗在伯顏之侄脫脫的幫助下，終于廢黜伯顏。脫脫為相與元惠宗親政前期時(shí)，元廷推行一系列改革措施如頒行《至正條格》法規(guī)，使得革新政治，社會矛盾緩和，史稱至正新政。1343年元惠宗下令修撰《遼史》、《金史》、《宋史》三史，由右丞相脫脫（后改由阿魯圖）主持，兩年后修成。然而元惠宗后期怠于政事，以至于在1350年發(fā)生天災(zāi)人禍后引來民變[30]。
元朝后期，特別是1340年代中后期至1350年代期間，干旱、瘟疫與水災(zāi)時(shí)常發(fā)生，黃河地區(qū)水患尤其嚴(yán)重，若以歷代中國王朝的次數(shù)作比較，秦漢平均8.8年一次，兩宋為3.5年，元代為 1.6 年，明、清兩代均為2.8年。與此同時(shí)，元廷不斷收取各種賦稅，使百姓的生活更加艱苦，使得白蓮教逐漸流行，并成為對抗元廷的勢力。早在1325年就發(fā)生過河南趙丑廝、郭菩薩領(lǐng)導(dǎo)的武裝起事。1338年江西袁州（今江西宜春）彭和尚、周子旺等白蓮教徒起義失敗，彭和尚逃至淮西。1350年元廷下令變更鈔法，鑄造“至正通寶”錢，并大量發(fā)行新“中統(tǒng)元寶交鈔”，導(dǎo)致物價(jià)迅速上漲。隔年元惠宗派賈魯治黃河，欲歸故道，動用民伕十五萬，士兵二萬。而官吏乘機(jī)敲詐勒索，造成不滿。白蓮教首領(lǐng)韓山童、劉福通等人決定在5月率教眾起事，但事泄，韓山童被捕殺。劉福通再立韓山童之子韓林兒殺出重圍，指韓山童為宋徽宗八世孫，打出“復(fù)宋”旗號，以紅巾為標(biāo)志。其后郭子興于安徽濠州起事，芝麻李等人占領(lǐng)徐州，此為東系紅巾軍。西系紅巾軍方面，彭瑩玉、鄒普勝與徐壽輝在湖北蘄州起事，國號天完。紅巾軍勢力遍布河南江北、江南、兩湖與四川等地，還有非紅巾軍的張士誠等部的起事，民變揭開元朝滅亡的序幕[30]。于元末民變期間，士人多不屑參加叛軍，叛軍也很少利用士人[31]。
元廷派兵鎮(zhèn)壓各地紅巾軍，丞相脫脫親自率軍南下攻陷徐州芝麻李軍，一度壓制民變軍。然而脫脫在1354年南攻高郵張士誠軍之際，被元廷大臣彈劾而功虧一簣。徐壽輝部最后分裂成兩湖的陳友諒與四川的明玉珍。兩淮郭子興的部下朱元璋于1356年以南京為根據(jù)地開始擴(kuò)充地盤；1363年與據(jù)有兩湖的陳友諒作戰(zhàn)，最后于鄱陽湖之戰(zhàn)獲得勝利；1365年占領(lǐng)兩湖后于同年冬東進(jìn)攻打據(jù)有江蘇沿海的張士誠；1367年平定張士誠后，繼續(xù)南下壓制浙江的方國珍，至此江南無一人反抗朱元璋。另外，福建于1357年至1366年間發(fā)生色目軍亂，史稱亦思巴奚兵亂。與此同時(shí)，元朝在察罕帖木兒和李思齊等率領(lǐng)元軍反擊北方紅巾軍，1363年北方紅巾軍最后在安豐之役中敗給降元后的張士誠，劉福通戰(zhàn)死，韓林兒南下投奔朱元璋，隨后被殺。朱元璋統(tǒng)一江南后于1367年下令北伐，他派徐達(dá)、常遇春率明軍分別攻打山東與河南，并且封鎖潼關(guān)以防止關(guān)中元軍進(jìn)援中原。明軍于1368年八月攻陷元大都，元惠宗北逃，史書稱此為元朝結(jié)束之年。然而元廷仍在上都，往后史書稱之為北元。而明廷認(rèn)為元惠宗順天明命，謚號為元順帝[30]。
