因?yàn)殒?zhèn)壓捻軍起義有功，李鴻章收到了朝廷的封賞和嘉獎。
此時的李鴻章處境和當(dāng)年的曾國藩極為相似，勢力和權(quán)力都如日中天，但也面臨著和曾國藩當(dāng)年一樣的問題：已經(jīng)頂替湘軍成為地方最大武裝的淮軍該何去何從呢？
經(jīng)過慎重考慮，李鴻章并沒有效仿恩師裁撤掉當(dāng)時湘軍的主力，而只是裁撤了部分淮軍非主力部隊，多數(shù)的主力淮軍部隊被保留下來。此時正擔(dān)任湖廣總督兼湖北巡撫的李鴻章便用兩湖地區(qū)的財政資源用于養(yǎng)兵，同時還請時任兩江總督的馬新貽為駐扎在江蘇、安徽、浙江等地的淮軍提供經(jīng)費(fèi)支持。
盛極必反。如日中天的李鴻章受到了朝廷的猜忌。善于玩弄權(quán)術(shù)的慈禧太后絕不允許李鴻章威脅到朝廷的統(tǒng)治，既然能封賞他，自然也要能調(diào)動和支配他。1869-1870年間，慈禧太后先后安排李鴻章去四川查辦吳堂案、去貴州平定苗族叛亂、去陜西協(xié)助左宗棠平定農(nóng)民起義、代替曾國藩處理天津教案。這期間，李鴻章也不斷在和朝廷進(jìn)行著博弈，自己的權(quán)力也在悄然增長。
吳堂是晚清知名的廉吏，曾經(jīng)與李鴻章在安徽一起辦過團(tuán)練，后來因功被授予四川總督。吳堂主政四川期間深受當(dāng)?shù)匕傩蘸迷u，后有人參劾吳堂，慈禧太后便委任李鴻章去調(diào)查。慈禧之所以委派李鴻章到四川去查案，一是想把李鴻章調(diào)到淮軍的勢力范圍之外，二是知道李鴻章和吳堂的至交關(guān)系，也想讓李鴻章保全吳堂。深知慈禧用意的李鴻章經(jīng)過簡單的調(diào)查，便上奏朝廷吳堂有功無過，吳堂被留在了四川總督任上。
隨后，慈禧又命李鴻章轉(zhuǎn)赴貴州鎮(zhèn)壓苗族起義，還未成行甘肅的農(nóng)民起義又鬧到了陜西，慈禧便改了旨意命李鴻章入陜，協(xié)助左宗棠鎮(zhèn)壓農(nóng)民起義。素來與左宗棠不和的李鴻章不愿與其共事，可又難違圣命，便走走停停了好幾個月才到西安。這時候，天津教案已經(jīng)爆發(fā)，時任直隸總督的曾國藩因處理天津教案不力受到朝廷的譴責(zé)，慈禧太后便讓李鴻章去接替曾國藩的職務(wù)和差使。
此時的李鴻章，權(quán)謀和見識已超過恩師曾國藩。李鴻章深知天津教案是個燙手的山芋，到了保定之后便不再前往天津，雖然曾國藩此時亟盼李鴻章來接替自己，但李鴻章以身患肝病為由拒不前往。雖然李鴻章沒去天津，但在保定也一直關(guān)注著事件的進(jìn)展。等局勢有所緩和，李鴻章終于趕到了天津，并提出修補(bǔ)方案。李鴻章的處理意見得到了各方的認(rèn)可，他因此也更受到了慈禧太后的垂青。
1870年，時年47歲的李鴻章正式調(diào)任直隸總督。直隸總督雖然只下轄一省，但卻號稱天下第一督撫，因?yàn)樗?fù)有拱衛(wèi)京畿的重大使命，其職責(zé)和權(quán)限也是其他外省督撫所不能比的。擔(dān)任直隸總督的都是朝廷重臣（一般是大學(xué)士），所以該職務(wù)也被稱為“宰相總督”。因?yàn)樵撀殑?wù)過于重要，大清立國以來擔(dān)任這一職務(wù)的大臣都干不長，唯有李鴻章在這個顯赫的職位上待了二十五年之久。
雖然李鴻章久涉軍旅，既做過總督，也辦理過洋務(wù)和外交，但鑒于直隸省份的特殊性，李鴻章面臨的頭疼問題有很多，對這位炙手可熱的朝廷重臣也是更大的考驗(yàn)和挑戰(zhàn)。
1871年初夏，北方下了一場罕見的大暴雨，永定河多處決口，直隸全省房屋、牲畜和莊稼幾乎全部被淹沒，上千萬人處在饑荒之中，如果救災(zāi)處置不當(dāng)就可能引發(fā)重大動蕩。為賑災(zāi)，剛剛上任的李鴻章可謂用盡全部心血。他截留漕運(yùn)糧食十萬石救災(zāi)，之后從直隸府庫中撥出三十萬兩白銀，又從軍費(fèi)中擠出來三十萬兩白銀，還冒險截留了京官們的五萬兩俸銀，全部用來購買糧食賑濟(jì)災(zāi)民。
通過一系列舉措，李鴻章維護(hù)了轄區(qū)的安全與秩序，從而在直隸站穩(wěn)了腳跟，同時也得罪了不少體制內(nèi)的軍政大佬，受到一些人的攻訐。但能干的李鴻章得到了慈禧太后和恭親王奕?的贊賞，也得到當(dāng)時部分朝廷重臣的欽佩。當(dāng)時的工部尚書毛昶（chǎng）熙建議裁撤三口通商大臣，由李鴻章兼任北洋大臣全權(quán)負(fù)責(zé)中國北方沿海的防務(wù)、洋務(wù)和外交。清廷采納了這個建議，任命李鴻章兼任北洋大臣。李鴻章逐步把署衙從保定遷移至天津，全力統(tǒng)籌泛渤海灣的軍事防御，后來的北洋水師就是在這個背景下建立起來的。
就在李鴻章青云直上時，恩師曾國藩死在了兩江總督任上。李鴻章悲痛萬分，因?yàn)槭嵌鲙煶删土俗约旱墓γ屠?。曾國藩死后，其生前的武英殿大學(xué)士職銜由李鴻章繼承。兩年后，李鴻章升任為文華殿大學(xué)士，成為虛職最高的大臣。在清朝官制體系中，文華殿大學(xué)士有宰相之名，首席軍機(jī)大臣有宰相之實(shí)。雖然李鴻章爬上了最高的官位，但卻沒能成為真正的宰相。慈禧太后為了牽制當(dāng)時真正的宰相恭親王奕?，不斷擴(kuò)大了李鴻章的權(quán)限，李鴻章逐漸成為晚清王朝的第一重臣。
