一張完美的免疫組化的片子，該如何分析？最傳統(tǒng)的辦法，簡單定義陽性組，陰性組，但假如只是這樣，顯然不是我今天所介紹的重點，向大家推薦一個軟件：Image pro-Plus（IPP）。
圖像分析前要準備的東西
1. 能拍照的顯微鏡：這個當然需要實驗室的支持，一般拍照的軟件也會配套有，無需自己準備。
2. IPP 的安裝軟件，下面我將介紹安裝，文末我也會提供破解版的軟件鏈接安裝好后進入如下界面。
選擇 Complete 點 OK。
進入軟件后的界面。
File – open 打開一張圖片（我這里打開了一張軟件自帶的圖片）軟件分為上面菜單欄，和第二行工具欄。
我們這里以分析免疫組化圖片為例講解（假設粉紅色未陽性表達區(qū)域）。
第一步：處理圖像
我們分析的是免疫組化的圖片，所以先要把圖像 intensity 格式。在默認的 intensity 格式中，是圖片灰度，越黑數值越小，越白數值越大。而實際上我們測量的染色強度是光密度，染色越深，光密度值越大。如果不進行光密度單位的轉換，測量的數值將完全相反的。
方法：measure - calibration - intensity，然后在窗口中點 new 按紐，再點一下下面的 std optical density 選項，這時可以看到窗口中的直線變成了反向的曲線。
然后點 system - close（IPP 功能多，建議每次都檢查，如果中途不在進行別的功能，打開軟件后只要操作一次就行，不用每張圖片都操作）
第二步：顏色選取
明確一個概念 AOI（area of interest），即感興趣的區(qū)域，也是我們觀察的重點，也就是我們說的免疫組化陽性表達區(qū)域。這里我只介紹入門級的 2 中選擇方法：吸管工具和 HIS 顏色選擇系統(tǒng)。
先介紹吸管工具：
點擊 measure---count/size，跳出如下界面。
點擊 Select Colors，顯示如下。
點擊吸管工具，在圖片上選取 AOI（可以反復點擊，直到你覺得所有陽性表達都被選中，當然吸管工具右側，有撤銷，橡皮擦等修改工具）。
經過多次點擊，假設現在所有陽性表達都已經被選中，那么 AOI 選取結束。
下面介紹 HIS 系統(tǒng)選取顏色：
在 HSI 顏色格式中，H 為色調，就是我們眼睛所看到的紅橙黃綠青藍紫等。S 為色飽和度，I 為強度。在選擇 AOI 時，首先保持 S、I 為最大范圍，從 H 中選擇粉色部分。使用這個顏色格式的好處是，選擇的顏色能包括這種顏色的不同深淺及亮度。
顏色選擇好了后，就可以分析了。
強烈推薦一個功能：點擊左下角 File – save file 將此顏色信息保存，下一張圖片可以調用此文件，從而減少操作誤差，也簡化了步驟。
第三步：分析
選擇分析參數：免疫組化常見的幾個參數（意義不多解釋，百度一下）
area 面積
density（mean）平均光密度
diameter 直徑
IOD（integrated optical density）累積光密度
顏色選好后回到先前界面，點擊 Measure-select Measurements 進入選擇測量參數，最常用的四個參數已如上述。
這里再介紹一點，可設置范圍（上圖中間靠下）：每一個陽性表達區(qū)域都是有大小的，如圖可以將小于 10 的陽性表達區(qū)域舍棄不計算，這個可以根據自己實際情況調整，但一般取默認值。點擊 OK，回到原先界面點擊 Count，得出結果得出結果（View - Statistics）：
第四步：整理數據
File - Export Data 整理
相信，這樣簡單介紹后能用 IPP 處理一些簡單的免疫組化的圖片數據。
IPP 的功能 其實非常豐富，本人也就使用了其中的 4～5 種功能，我的安裝包里介紹了其他幾個用途，還配有了軟件說明書的中文版，回復 軟件004 即可獲得哦。
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作者：倒賣原子彈
