| Glimmer簡(jiǎn)介 Glimmer用于微生物DNA的基因預(yù)測(cè)，特別是細(xì)菌、古細(xì)菌、和病毒等的基因組。Glimmer（Gene Locator and Interpolated Markov ModelER）采用內(nèi)插馬爾可夫模型（interpolated Markov models，IMMs）來識(shí)別編碼區(qū)域和從非編碼的DNA中區(qū)分出來。 關(guān)于IMM的詳細(xì)介紹，你可以去看這兩篇文獻(xiàn)： Nucleic Acids Research paper on Glimmer 1.0 and in our subsequent paper on Glimmer 2.0 TIGR（Institute for Genomic Research，美國基因組研究所）就是把Glimmer作為預(yù)測(cè)微生物基因的主要工具。至令已經(jīng)預(yù)測(cè)了超過100種細(xì)菌的基因組。 但是這個(gè)軟件并不適合真核生物。真核生物有其它專門的軟件，這在以后介紹。 Glimmer主頁 http://www.cbcb.umd.edu/software/glimmer/ Glimmer下載（用于類unix系統(tǒng)） Download Glimmer v3.02： http://www.cbcb.umd.edu/software/glimmer/glimmer302.tar.gz Glimmer安裝 wget http://www.cbcb.umd.edu/software/glimmer/glimmer302.tar.gz (下載) tar zcvf glimmer302.tar.gz （解壓，解壓后目錄為glimmer3.02） cd glimmer3.02/src （進(jìn)入src目錄） make （安裝）Glimmer用法 glimmer3.02/docs/notes.pdf (docs目錄下的notes.pdf里有詳細(xì)的用法介紹)。或是以后有需要再詳解。 Glimmer的在線運(yùn)行 主頁：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/MICROBES/glimmer_3.cgi 直接把微生物或病毒的基因組序列（Fasta格式）粘貼在文本框就行了。Glimmer程序預(yù)測(cè)基因比較嚴(yán)格，例如相對(duì)于ORF finder。 |
聯(lián)系客服
