增值稅政策規(guī)定：增值稅一般納稅人外購或銷售貨物（固定資產除外）所支付的運輸費用（代墊費用除外），根據(jù)運費結算單據(jù)（普通發(fā)票）所列運費金額的7%扣除率計算進項稅額抵扣?，F(xiàn)有政策規(guī)定，對以下八種情況下的貨物運輸業(yè)統(tǒng)一發(fā)票不予抵扣。
貨運發(fā)票未分別注明運費和雜費不予抵扣
準予抵扣的貨物運費金額是指自開票納稅人和代開票單位為代開票納稅人開具的貨運發(fā)票上注明的運費、建設基金和現(xiàn)行規(guī)定允許抵扣的其他貨物運費；裝卸費、保險費和其他雜費不予抵扣。貨運發(fā)票應分別注明運費和雜費，對未分別注明，而合并注明為運雜費的不予抵扣。
定額發(fā)票不予抵扣
準予抵扣的運費計算單據(jù)（普通發(fā)票），是指國營鐵路、民用航空、公路和水上運輸單位開具的貨票，以及從事貨物運輸?shù)姆菄羞\輸單位開具的套印全國統(tǒng)一發(fā)票監(jiān)制章的貨票。這里，準予計算進項扣除的貨運發(fā)票種類，不包括增值稅一般納稅人取得的貨運定額發(fā)票。
填寫不齊全不予抵扣
準予計算增值稅進項稅額扣除的貨運發(fā)票，發(fā)貨人、收貨人、起運地、到達地、運輸方式、貨物名稱、貨物數(shù)量、運費金額、單位運價和運費里程等項目填寫必須齊全，與貨運發(fā)票上所列的有關項目必須相符，否則，不予抵扣。但對一項運輸業(yè)務無法明確單位運價和運費里程時，“運價”和“里程”兩項內容可不填列。
超過期限不予抵扣
納稅人取得的2003年10月31日以后開具的運輸發(fā)票，可以在自開票之日起90天后的第一個納稅申報期結束以前向主管國家稅務局申報抵扣，超過期限的不得予以抵扣。
國際貨物運輸代理業(yè)發(fā)票和國際貨物運輸發(fā)票不允許抵扣
國際貨物運輸代理業(yè)務是國際貨運代理企業(yè)作為委托方和承運單位的中介人，受托辦理國際貨物運輸和相關事宜并收取中介報酬的業(yè)務。因此，增值稅一般納稅人支付的國際貨物運輸代理費用，不得作為運輸費用抵扣進項稅額。
未報送紙質文件及電子信息的不得抵扣
增值稅一般納稅人在申報抵扣2003年11月1日起取得的運輸發(fā)票增值稅進項稅額時，應向主管國家稅務局填報《增值稅運輸?shù)挚矍鍐巍芳堎|文件及電子信息，未報送紙質文件及電子信息的不得抵扣。
未經地方稅務機關認定的納稅人開具的貨物運輸發(fā)票不得抵扣
從2003年11月1日起，提供貨物運輸勞務的納稅人必須經主管地方稅務局認定方可開具貨物運輸業(yè)發(fā)票。凡未經主管地方稅務局認定的納稅人開具的貨物運輸發(fā)票不得抵扣。
打印信息不完整及打印信息與還原信息不符的不予抵扣
稅控器具根據(jù)自開票納稅人和代開單位錄入的有關開票信息和設定的參數(shù)，自動打印出×××位的稅控碼；稅控碼通過稅控收款機管理系統(tǒng)可以還原成設定參數(shù)的打印信息。打印信息不完整及打印信息與還原信息不符的，為無效發(fā)票，國稅機關在審核進項稅額時不予抵扣。
經認證，有下列情形之一的，不得作為增值稅進項稅額的抵扣憑證，稅務機關退還原件，但購買方可要求銷售方重新開具專用發(fā)票。
（一）無法認證。本規(guī)定所稱無法認證，是指貨物運輸發(fā)票所列密文或者明文不能辨認，無法產生認證結果。
（二）納稅人識別號認證不符。本規(guī)定所稱納稅人識別號認證不符，是指貨物運輸發(fā)票所列購買方納稅人識別號有誤。
（三）貨物運輸發(fā)票代碼、號碼認證不符。本規(guī)定所稱貨物運輸發(fā)票代碼、號碼認證不符，是指貨物運輸發(fā)票所列密文解譯后與明文的代碼或者號碼不一致。
經認證，有下列情形之一的，暫不得作為增值稅進項稅額的抵扣憑證，稅務機關扣留原件，查明原因，分別情況進行處理。
（一）重復認證。本規(guī)定所稱重復認證，是指已經認證相符的同一張貨物運輸發(fā)票再次認證。
（二）密文有誤。本規(guī)定所稱密文有誤，是指貨物運輸發(fā)票所列密文無法解譯。
（三）認證不符。本規(guī)定所稱認證不符，是指納稅人識別號有誤，或者貨物運輸發(fā)票所列密文解譯后與明文不一致。
（四）列為失控發(fā)票。本規(guī)定所稱列為失控發(fā)票，是指認證時的貨物運輸發(fā)票已被登記為失控貨物運輸發(fā)票。
