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互聯(lián)網(wǎng)時(shí)代的DNA精神

互聯(lián)網(wǎng)時(shí)代的DNA精神

互聯(lián)網(wǎng)帶給人類的不僅是種種看得見的便利,更有一種全新的精神,由于互聯(lián)網(wǎng)的特性而得以茁壯成長,那就是共享的精神。大多數(shù)人都知道在無所不有的互聯(lián)網(wǎng)世界里,到處散布著自由騎士一般的共享軟件,也隨處可見離經(jīng)叛道的共享音樂,共享文本,共享圖片等等,但是已經(jīng)很少有人提起,互聯(lián)網(wǎng)的一個(gè)源頭,是當(dāng)年物理學(xué)家們?yōu)榱送黄茖W(xué)術(shù)雜志的局限性,而建立起來的一個(gè)論文共享的平臺;而這種浸透了互聯(lián)網(wǎng)的共享精神,在通過互聯(lián)網(wǎng)而實(shí)現(xiàn)絕對的無條件的全球DNA序列信息的共享方面,經(jīng)受了強(qiáng)大金錢力量的誘惑,也經(jīng)受了高標(biāo)準(zhǔn)的人類道德自省的洗禮,從而把初始的共享精神升華到了一個(gè)更加崇高的境界,也許未來某位歷史學(xué)家,會把它稱為DNA精神。

DNA序列承載著生命的遺傳信息,這是20世紀(jì)最偉大的科學(xué)發(fā)現(xiàn)之一。在50年代中期揭示了DNA的真實(shí)身份之后,人們又付出了10多年的努力來探索分子遺傳的細(xì)節(jié),一直到60年代末,由于在大腸桿菌中發(fā)現(xiàn)了具有特異性的能夠準(zhǔn)確切割DNA鏈的限制性內(nèi)切酶,從而發(fā)展出分子克隆的技術(shù),才有可能依靠化學(xué)與生物學(xué)的方法來分析DNA序列,因此進(jìn)入70年代和80年代后,隨著生物大分子的化學(xué)物理分析技術(shù),DNA自動測序技術(shù)的迅猛發(fā)展,使得人類對DNA長鏈的測序能力獲得爆炸性的增長,全世界每年的來自測序的數(shù)據(jù)量達(dá)到百萬GB的量級。于是生物學(xué)家們面臨一個(gè)從所未有的難題,就是如何最有效地發(fā)揮這些DNA序列數(shù)據(jù)的作用。恰好互聯(lián)網(wǎng)的出現(xiàn)提供了一個(gè)現(xiàn)成的答案,就是共享。

19962月,在一個(gè)英國慈善基金組織的資助下,由公共基金支持的從事基因組研究的各大實(shí)驗(yàn)室的負(fù)責(zé)人聚集在百慕大,制定了兩條影響深遠(yuǎn)的規(guī)則:第一,保證一旦獲得大于1000個(gè)單位的DNA序列,就以最快的速度與人共享;第二,保證在24小時(shí)內(nèi),把新得到的測序結(jié)果通過互聯(lián)網(wǎng)遞交給公共數(shù)據(jù)庫GenBank。他們認(rèn)為只有這樣才能防止在開發(fā)和控制人類DNA序列信息方面出現(xiàn)特權(quán)者。因?yàn)樗麄冇幸粋€(gè)信念,人類的基因?qū)儆诿總€(gè)人。

在此之前,一般的約定是序列數(shù)據(jù)要在6個(gè)月之內(nèi)予以公開,然而6個(gè)月的時(shí)間已經(jīng)足以用來從DNA序列里面找到超過30個(gè)與疾病相關(guān)的基因。由于從傳統(tǒng)上看,科學(xué)家生性謹(jǐn)慎,一般的習(xí)慣都是在獲得數(shù)據(jù)之后,還要反復(fù)琢磨,總是覺得還可以做得更好,或者是覺得應(yīng)該先把數(shù)據(jù)留給自己,以便從數(shù)據(jù)里面挖掘更加重大的研究成果。因此如果不制定明確的規(guī)則,那么多數(shù)測序者在這6個(gè)月內(nèi)都可能不會公開序列信息,讓所有人都合力去尋找其中的基因,而是保留在自己的抽屜里面,那將給人類征服疾病的努力延誤多少機(jī)會呢!因此百慕大規(guī)則撰寫了科學(xué)史上嶄新的一頁,使得分子生物學(xué)呈現(xiàn)一種基于互聯(lián)網(wǎng)的共享精神的新的風(fēng)貌,乃至深刻地影響著分子生物學(xué)家的工作方式。畢竟,DNA序列信息的共享是全人類的利益之所在,也可以說發(fā)展了一種新的科學(xué)精神。

百慕大規(guī)則的影響是多方面的。首先是直接促進(jìn)了基于互聯(lián)網(wǎng)的生命信息公共數(shù)據(jù)庫的發(fā)展,象GenBank,以及后來和GenBank聯(lián)盟互通的屬于歐洲的EMBL-EBI,和屬于日本的DDBJ,此外還有大量不同規(guī)模,不同特色的其他在線數(shù)據(jù)庫,都成了全球每個(gè)相關(guān)專業(yè)工作者的實(shí)驗(yàn)室的一部分,只要有興趣,也可以是全球每個(gè)普通網(wǎng)上沖浪者的獵奇場所,因?yàn)樵诎倌酱笠?guī)則下,整個(gè)網(wǎng)站數(shù)據(jù)庫的信息都是向任何訪問者公開的,并且是實(shí)時(shí)更新的。

百慕大規(guī)則也迫使商業(yè)性公司調(diào)整其運(yùn)作方式。一方面,那些一直不斷投入上千萬美元于DNA測序和尋找基因的制藥公司也從公共數(shù)據(jù)庫獲得好處,因?yàn)槊赓M(fèi)數(shù)據(jù)庫大大減少了去購買序列或基因?qū)@幕ㄤN;另一方面也開始建立一些非營利性質(zhì)的數(shù)據(jù)庫。例如制藥業(yè)巨人Merck公司就建立了一個(gè)專門收集作為序列片斷的表達(dá)序列標(biāo)記物(ESTs)的數(shù)據(jù)庫;在1999年,10家公司聯(lián)合建立了一個(gè)專門反映人類基因組變異的所謂單核苷酸多態(tài)性(SNP)的非營利性數(shù)據(jù)庫,這種所謂SNP對于證認(rèn)致病基因以及將來的基因治療都具有極大的價(jià)值。最有名的例子是Celera公司,該公司通過應(yīng)用革新的DNA測序方法,使得其測序速度比通常方法快很多,因此他們就可以在1998年聲稱能夠先于國際人類基因組計(jì)劃完成人類基因組的草圖,并且表示會以他們自己的方式向公眾發(fā)布其測序結(jié)果。

隨著以對DNA序列信息進(jìn)行理論分析為目的的生物信息學(xué)的崛起,一大批數(shù)學(xué)家,物理學(xué)家和計(jì)算機(jī)科學(xué)家加入到了對于生物基因的研究,促進(jìn)了理論生物學(xué)的發(fā)展。生物信息學(xué)家們通過對DNA序列的理論分析和計(jì)算,已經(jīng)能夠做到識別其中的基因,通過這種理論途徑尋找基因的效率并不比分子生物學(xué)家通過生物學(xué)途徑的低,而且在對基因組的全局分析方面,理論分析更加具有優(yōu)勢,從而開始使得生物學(xué)有史以來第一次具有了理論預(yù)測的能力。

在這種情勢下,分子生物學(xué)的分工更加細(xì)致,競爭更加激烈,甚至開始出現(xiàn)沖擊百慕大規(guī)則的現(xiàn)象。事情的起因是出現(xiàn)了個(gè)別的序列數(shù)據(jù)濫用的情況,所以一些測序研究人員認(rèn)為自己的勞動沒有得到序列研究人員的足夠的尊重,在自己的測序結(jié)果公布后,被人搶先發(fā)表了相關(guān)分析論文而沒有對序列信息的來源給出充分說明,特別是有關(guān)全局性分析的論文。測序研究人員開始表達(dá)不滿,于是一些數(shù)據(jù)庫開始出現(xiàn)數(shù)據(jù)更新慢的現(xiàn)象。同時(shí)有人公開宣稱,自己的測序成果在遞交到公共數(shù)據(jù)庫時(shí),必須附加一個(gè)條件,就是要求任何使用其測序結(jié)果的研究人員,在相關(guān)研究成果當(dāng)中必須表達(dá)一定的尊重,并且保留自己享有最先進(jìn)行序列全局研究的優(yōu)先權(quán)。盡管這是一個(gè)合理的要求,但是不完全符合百慕大規(guī)則所表達(dá)的絕對自由共享的原則。

爭論逐漸擴(kuò)大,最終發(fā)展到20031月,來自測序中心的科學(xué)家和來自生物信息學(xué)領(lǐng)域的科學(xué)家再一次聚會,討論分子生物學(xué)百慕大規(guī)則的前途。聚會在出人意料的融洽氣氛中結(jié)束,人們在全人類利益至上以及科學(xué)精神至上的原則下,再一次緊密團(tuán)結(jié)起來,重申了對于百慕大規(guī)則的堅(jiān)持,同時(shí)也呼吁科學(xué)共同體注意對于別人勞動成果的尊重。

科學(xué)家作為人類的精英分子,不僅敢于向庸俗商業(yè)文化挑戰(zhàn),也敢于直面人性的缺陷。從物理學(xué)家啟動互聯(lián)網(wǎng)的共享精神,到生物學(xué)家用“DNA精神”把共享發(fā)揮到美德的極致,人性的堅(jiān)守和進(jìn)步,也必將成為互聯(lián)網(wǎng)虛擬世界的永恒的光明。

 

相關(guān)聯(lián)結(jié):

美國GenBank

歐洲EMBL-EBI

日本DDBJ

世界上最大的測序中心之一Sanger中心

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