楊得志將此事轉(zhuǎn)告給李水清之后，建議他親自去找周恩來總理說一說。
幾天后，李水清就出現(xiàn)在北京。剛到北京，總政治部主任李德生就前來看望李水清。他告訴李德生：
“我這些年一直在部隊(duì)，沒有地方工作經(jīng)驗(yàn)，文化程度也不高，去一機(jī)部工作不合適，而且楊得志司令也不愿意我去?！?/span>
李德生說：“這件事情總理已經(jīng)定下來了，想要改變應(yīng)該不太可能?！?/span>
聽到這話，李水清的心里雖然咯噔一下，但還是準(zhǔn)備面見總理爭取一下。
于是，當(dāng)天晚上見到周恩來總理后，李水清直接表明自己的想法。周恩來總理聽后安慰他：
“我相信你這個外行人一定能做好這個工作的！這件事情中央已經(jīng)決定了，一機(jī)部要和八機(jī)部合并，你要先抓好合編的工作。”
就這樣，李水清從部隊(duì)出來，來到一機(jī)部工作。
為了不辜負(fù)黨中央以及周恩來總理對自己的期望，李水清上任大致了解部里的工作后，就馬不停蹄的親自去搞調(diào)查研究。
為了處理那些復(fù)雜的問題，李水清的辦公室內(nèi)常常都是燈火通明。
很快，在李水清的帶領(lǐng)下，一機(jī)部的工作漸漸走上正軌。
轉(zhuǎn)眼間，五年時間過去了，李水清完成了黨中央交給自己的任務(wù)，一機(jī)部的調(diào)整、合并、整頓工作都很好的完成，工作基本理順了。
這個時候，李水清再一次動了想要回部隊(duì)的心思。
他始終覺得，自己是個外行，如果一直在部長的位置上待著，可能不利于一些老同志、老專家們發(fā)揮他們的專長與積極性。
于是，李水清經(jīng)過一番深思熟慮，致信鄧小平，說明自己的想法。
幾天后，鄧小平見到李水清后說：“你在一機(jī)部的工作非常出色，李先念同志恐怕不會放你走。”
不過，看到李水清迫切想要回到部隊(duì)，鄧小平答應(yīng)他會去和李先念先商量一下再做決定。
鄧小平將此事轉(zhuǎn)告給李先念后，軍委召開會議進(jìn)行討論。會上，李先念沒有提出反對意見，算是同意李水清調(diào)走了。
當(dāng)組織上詢問李水清想要去哪個單位時，李水清回答：
“哪里都行，最好是外地軍區(qū)。”
經(jīng)過討論，黨中央最終決定讓李水清去南京軍區(qū)擔(dān)任第一副司令員。
得到通知后，李水清馬上向李先念以及華國鋒匯報(bào)，并完成相關(guān)的工作交接。
一切安排妥當(dāng)后，李水清立即乘坐飛機(jī)飛往南京，開啟新的工作。
兩年后，鄧小平又將李水清調(diào)到二炮工作，并任命他為二炮兵司令員。
上任后的李水清經(jīng)過一段時間的調(diào)研意識到，二炮作為高科技部隊(duì)，必須加強(qiáng)科學(xué)技術(shù)工作，才能保證完成中央交給他們的重任。
很快，李水清就主持召開了科學(xué)技術(shù)大會，使得眾多科技人員、知識分子重新回到工作崗位。
為了提高部隊(duì)的整體素質(zhì)，李水清要求各級干部都要提高專業(yè)技術(shù)水平以及作戰(zhàn)指揮能力，不能讓“外行領(lǐng)導(dǎo)內(nèi)行”的情況發(fā)展。
那些年間，李水清忙到即便是回到北京，也沒有時間回家一趟，而是匆匆趕往西北發(fā)射場。
五年多的時間里，李水清跑遍了駐守在深山高原里每個連隊(duì)的哨所。
他不但在工作上嚴(yán)格要求，還非常關(guān)心戰(zhàn)士們的生活問題。
一次，李水清在戈壁灘檢查工作的時候，發(fā)現(xiàn)戰(zhàn)士們吃不到蔬菜，只能吃咸菜，立即指示團(tuán)領(lǐng)導(dǎo)，拿一些經(jīng)費(fèi)，搞一些塑料大棚，讓戰(zhàn)士們自己嘗試種菜改善一下生活。
雖然戈壁灘的環(huán)境非常艱苦，但是皇天不負(fù)有心人，戰(zhàn)士們經(jīng)過長達(dá)一年的努力，終于在高原室內(nèi)種出了蔬菜。
1982年，李水清離開二炮。1988年，他獲得了一級紅星戰(zhàn)斗勛章。
李水清常常說自己是粗人，但是就是這個“粗人”，不論被調(diào)到哪個崗位上，都能做出成績來。
1998年，李水清正式離休。
離開工作崗位后，李水清不但沒有向組織上提過任何要求，還省吃儉用，從自己的積蓄里先后拿出6000多塊錢，捐給希望小學(xué)的學(xué)生們。
雖然已經(jīng)70多歲，但李水清還是想要為國家與人民做一些力所能及的事情，因?yàn)樗吹阶约旱淖鎳兊酶谩?/span>
2007年，李水清將軍在北京病逝，享年89歲。
