是從核酸分子混合液中檢測特定大小的核酸分子的傳統(tǒng)方法。核酸雜交反應(yīng)是一對一的反應(yīng)，即膜上有一個被檢測分子時，相應(yīng)就有一個標(biāo)記的探針分子與它雜交。其原理是核酸變性和復(fù)性理論。即雙鏈的核酸分子在某些理化因素作用下雙鏈解開，而在條件恢復(fù)后又可依堿基配對規(guī)律形成雙鏈結(jié)構(gòu)。雜交通常在一支持膜上進(jìn)行，因此又稱為核酸印跡雜交。根據(jù)檢測樣品的不同又被分為DNA印跡雜交(Southern blot)、RNA印跡雜交(Northern blot)、點(diǎn)雜交和原位雜交。
用聚合酶鏈反應(yīng)來擴(kuò)增靶分子以特異性地增加靶分子量，達(dá)到提高敏感性的目的。
目前在實(shí)驗(yàn)室手工測序常用Sanger雙脫氧鏈終止法。Sanger法就是使用DNA聚合酶和雙脫氧鏈終止物測定DNA核苷酸序列的方法。它要求使用一種單鏈的DNA模板或經(jīng)變性的雙鏈DNA模板和一種恰當(dāng)?shù)腄NA合成引物。其基本原理是DNA聚合酶利用單鏈的DNA模板，合成出準(zhǔn)確互補(bǔ)鏈，在合成時，某種dNTP換成了ddNTP(2′，3′-雙脫氧核苷三磷酸)，這時，DNA聚合酶使ddNTP滲入到寡核苷酸鏈的3′末端，導(dǎo)致無3′-OH的核苷酸無法繼續(xù)與其他核苷酸連接而終止了DNA鏈的生長。雙脫氧核苷酸的種類不同，摻入的位置不同，就造成了在不同的位置終止的長度不等的互補(bǔ)鏈。通過摻入的放射性核苷酸結(jié)合聚丙烯酰胺凝膠電泳，即可讀出模板DNA的互補(bǔ)鏈序列。
基因芯片技術(shù)是近年來發(fā)展十分迅速的大規(guī)模、高通量分子檢測技術(shù)。其基本原理是核酸雜交，其基本過程是將許多特定的寡核苷酸片段或基因片段作為探針，有規(guī)律的排列固定于支持物上，形成矩陣點(diǎn)。現(xiàn)在的技術(shù)可以做到在25px2上排列成千上萬個"點(diǎn)"。樣品DNA/RNA通過PCR擴(kuò)增、體外轉(zhuǎn)錄等技術(shù)摻入熒光標(biāo)記分子，然后按堿基配對原理進(jìn)行雜交，再通過熒光檢測系統(tǒng)等對芯片進(jìn)行掃描，并配以計(jì)算機(jī)系統(tǒng)對每一探針上的熒光信號做出比較和檢測，得出所要的信息。
