10.突變是進化理論的重點，但突變只能消除特征，而無法產(chǎn)生新的特征
恰恰相反，生物學已經(jīng)記錄了大量由基因點突變（發(fā)生在有機體的DNA上某個確切位置的變化）造成的新特性——譬如微生物對抗菌素的耐藥性。
物體內(nèi)在規(guī)定生長的同源異型框基因（Hox）家族中的突變就能夠帶來復(fù)雜的后果。Hox基因直接規(guī)定了腿、翅膀、觸角和軀干各節(jié)的生長位置。以果蠅為例，觸角足突變（Antennapedia）會導(dǎo)致在本應(yīng)生長觸角的地方長出腿。這樣長出來的肢體沒有實際作用，但它能夠證實，基因變異能產(chǎn)生復(fù)雜的結(jié)構(gòu)，自然選擇能夠測試這些結(jié)構(gòu)的可能用途。
此外，分子生物學還發(fā)現(xiàn)了基因點突變之外的遺傳變化機制，它們也可以帶來新的特征?；騼?nèi)的功能模塊可以以非正常的方式接合，在某些情況下，生物體內(nèi)部的基因能夠被完整復(fù)制，副本可以隨意突變，產(chǎn)生對應(yīng)新的復(fù)雜特性的基因。通過對多種生物的DNA的比較，我們知道這就是幾百萬年來血蛋白中的球蛋白基因家族的進化方式。
11.自然選擇或許能解釋微觀進化，但無法解釋新物種的起源，也無法解釋更高級的生命形式
進化生物學家已經(jīng)詳細說明自然選擇會如何產(chǎn)生新的物種。舉例來說，按照哈佛大學的Ernst Mayr提出的“不重疊分布區(qū)”（allopatry）模型，如果種群中的一定數(shù)量被地理環(huán)境隔絕開來，它就有可能面臨不同的選擇壓力，而變化將會在隔絕的種群中累積。如果變化足夠顯著，以致分離的種群無法（或通常情況下無法）與原有種群正常交配，則分離的種群就會獨立繁殖，開始產(chǎn)生新物種。
在各種進化機制中，自然選擇的研究最為充分，但生物學家也愿意接受其它的學說。生物學家經(jīng)常會評估產(chǎn)生新種群或復(fù)雜特性的異常遺傳機制的潛力。位于Amherst的馬薩諸薩大學的Lynn Margulis和其他研究人員有力地指出，某些細胞器（例如產(chǎn)生能量的線粒體）是通過古代有機體的共生融合進化來的。這說明，科學界歡迎對除自然選擇以外的力量所引起進化的研究。但是這些力量必須源于自然界，而不能源于神秘的創(chuàng)世智能生物——用科學術(shù)語來說，此類因素的存在未經(jīng)證實。
12.沒有人見證過新物種的進化產(chǎn)生過程
新物種的出現(xiàn)是相當罕見的，很多情況下這一過程需要持續(xù)幾百年。而且，鑒別正在成形的新物種可能非常困難，因為生物學家有時在物種定義的方法上存在不同觀點。按照應(yīng)用最廣泛的定義，也就是Mayr的生物學物種概念（Biological Species Concept），物種是能夠獨立繁殖的一類確定種群——此種群中的生物通常不會或無法與種群外的生物交配。在現(xiàn)實世界中，此標準可能難以應(yīng)用到相距遙遠的種群，由地理環(huán)境分隔的種群，或是植物種群（化石顯然也無法繁殖）。因此，生物學家在區(qū)分種群時，通常的依據(jù)是生物的形體特征和行為特征。
不過，科學文獻中確實存在關(guān)于植物、昆蟲和蠕蟲的明顯的物種形成報告。在大多數(shù)這類試驗中，研究人員按照各類標準選擇生物——解剖學的差異，交配行為，棲居地喜好以及其它特征——發(fā)現(xiàn)也能產(chǎn)生無法與其它物種交配的生物體。例如，新墨西哥大學的William R. Rice和加利福尼亞大學Davis分校的George W. Salt的試驗就說明，如果選擇偏好某種環(huán)境的果蠅，獨立繁殖超過35代之后，這些果蠅就不會與其它環(huán)境相差迥異的果蠅交配。
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