根據(jù)《國家稅務總局關于印發(fā)〈土地增值稅清算管理規(guī)程〉的通知》（國稅發(fā)〔2009〕91號）第二十一條的規(guī)定，在土地增值稅清算中，計算扣除項目金額時，其實際發(fā)生的支出應當取得但未取得合法憑據(jù)的不得扣除。但未按規(guī)定取得發(fā)票并非意味著就應當核定征收土地增值稅。因為《國家稅務總局關于房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)土地增值稅清算管理有關問題的通知》（國稅發(fā)〔2006〕187號）規(guī)定：房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)有下列情形之一的，稅務機關可以參照與其開發(fā)規(guī)模和收入水平相近的當?shù)仄髽I(yè)的土地增值稅稅負情況，按不低于預征率的征收率核定征收土地增值稅：（一）依照法律、行政法規(guī)的規(guī)定應當設置但未設置賬簿的；（二）擅自銷毀賬簿或者拒不提供納稅資料的；（三）雖設置賬簿，但賬目混亂或者成本資料、收入憑證、費用憑證殘缺不全，難以確定轉讓收入或扣除項目金額的；（四）符合土地增值稅清算條件，未按照規(guī)定的期限辦理清算手續(xù)，經(jīng)稅務機關責令限期清算，逾期仍不清算的；（五）申報的計稅依據(jù)明顯偏低，又無正當理由的。由此可見，建筑安裝成本金額并非是難以確定，只不過是未及時結算工程款而導致未取得建筑安裝發(fā)票。
另外需要說明的是，《國家稅務總局關于房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)土地增值稅清算管理有關問題的通知》（國稅發(fā)〔2006〕187號）第四條第（二）項規(guī)定：“房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)辦理土地增值稅清算所附送的前期工程費、建筑安裝工程費、基礎設備費、開發(fā)間接費用的憑證或資料不符合清算要求或不實的，地方稅務機關可參照當?shù)亟ㄔO工程造價管理部門公布的建安造價定額資料，結合房屋結構、用處、區(qū)位等因素，核定上述四項開發(fā)成本的單位面積金額標準，并據(jù)以計算扣除。具體核定方法由省稅務機關確定?！倍悇諜C關在核定建筑安裝成本時，對未取得建筑按照發(fā)票的部分，應當從核定的總成本中扣除。當然，納稅人在土地增值稅清算后取得發(fā)票的，只要是在規(guī)定期限內的，應當允許扣除土地增值稅前扣除，對原多繳的土地增值稅應當在依法退稅后從以后應繳納的土地增值稅中抵減。
