NCBI是我最喜歡的網(wǎng)上MEDLINE檢索站點(diǎn)。在此，我給大家介紹我最喜歡的NCBI MEDLINE檢索中的兩個(gè)小技巧——
1.主題詞檢索（MeSH Browser）功能：進(jìn)入NCBI主頁后（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/），點(diǎn)擊頁頂導(dǎo)航欄的PubMed，進(jìn)入PubMed主檢索頁面（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/）后，在其右側(cè)（圖1）即可見到[MeSH Browser]字樣。點(diǎn)擊它就可進(jìn)入主題詞查找與檢索功能頁面（圖2）。NCBI的主題詞檢索是一個(gè)智能檢索系統(tǒng)，例如，當(dāng)有時(shí)檢索者不知英文主題詞該如何寫，或者在輸入主題詞時(shí)有錯(cuò)，該檢索系統(tǒng)均可自動(dòng)找到或更正主題詞。同時(shí)，當(dāng)檢索多個(gè)檢索詞時(shí)，NCBI還可通過AND、NOT、OR等進(jìn)行多項(xiàng)主題詞聯(lián)合檢索。此外，還可對(duì)每個(gè)主題詞進(jìn)行副主題詞的選擇。
2.檢索項(xiàng)貯存與追蹤（Cubby）功能：按上述方法進(jìn)入NCBI PubMed檢索主頁面后（圖1），會(huì)在其右側(cè)導(dǎo)航欄見到Cubby字樣（圖3）。它所提供的功能就是將你在NCBI PubMed檢索的結(jié)果貯存，同時(shí)，在以后還可對(duì)貯存的結(jié)果進(jìn)行最新文獻(xiàn)追蹤。不過，要使用這一功能，必須先注冊(cè)（免費(fèi)）。
NCBI的Cubby功能是我最喜歡的一項(xiàng)功能，其次，就是其主題詞檢索與瀏覽功能。如果你在此兩項(xiàng)功能上尚有疑問，或有什么新的見解，歡迎相互交流！
PubMed使用手冊(cè) （一）PubMed簡(jiǎn)介： 1. PubMed是美國(guó)家醫(yī)學(xué)圖書館(NLM)下屬的國(guó)家生物技術(shù)信息中心(NCBI)開發(fā)的、基于WWW的查詢系統(tǒng)。 2. PubMed是NCBIEntrez 數(shù)個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)查詢系統(tǒng)下中的一個(gè)。 3. PubMed是提供免費(fèi)的MEDLINE、PREMEDLINE與其他相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)接入服務(wù)，MEDLINE是一個(gè)擁有1億字條的巨大數(shù)據(jù)庫(kù)。 4. PubMed也包含著與提供期刊全文的出版商網(wǎng)址的鏈接，來自第三方的生物學(xué)數(shù)據(jù)，序列中心的數(shù)據(jù)等等。 5. PubMed提供與綜合分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)的鏈接與接入服務(wù)，這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)歸NCBI所有，其內(nèi)容包括：DNA與蛋白質(zhì)序列，基因圖數(shù)據(jù)、3D蛋白構(gòu)象，人類孟德爾遺傳在線。 （二）頁面介紹: 在你的瀏覽器中的URL地址框中健入http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ 并單擊回車鍵后，你將進(jìn)入Pubmed的主頁面。如圖： 主頁面左側(cè)框的介紹 · MeShBrowser你可以用它來分層流覽MesH表 · Single CitationMatcher通過填表的形式輸入期刊的信息可以找到某單篇的文獻(xiàn)或整個(gè)期刊的內(nèi)容。 · Batch CitutionMatcher用一種特定的形式輸入期刊的信息一次搜索多篇文獻(xiàn)。 · ClinicalQueries這一部分為臨床醫(yī)生設(shè)置，通過過濾的方式將搜索的文獻(xiàn)固定在4個(gè)范圍：治療、診斷、病原學(xué)與預(yù)后。 · Old PubMed(使用以前的PubMed查詢方式) 關(guān)于每一項(xiàng)的具體使用方法,后面將會(huì)有詳細(xì)介紹。 3) Related Resources · OrderDocuments提供一種收費(fèi)性質(zhì)服務(wù)，可以使用戶在當(dāng)?shù)氐玫轿墨I(xiàn)的全文拷貝（費(fèi)用與發(fā)送方式各不相同）。 · GratefulMed是對(duì)另一個(gè)NLM基于網(wǎng)絡(luò)的查詢系統(tǒng)的鏈接。GratefulMed也提供MEDLINE的接入，并且還有一些其他的數(shù)據(jù)庫(kù)如AIDSLINE、HISTLINE等等。 · ConsumerHealth提供與MEDLINEplus的鏈接，MEDLINEplus是與消費(fèi)者健康信息相關(guān)的國(guó)家醫(yī)學(xué)圖書館的網(wǎng)絡(luò)節(jié)點(diǎn)。 · ClinicalAlerts此部分的目的是加快NIH資助的臨床研究成果的發(fā)布。 2. 主頁面底部的介紹 Diclaimer在這里可以得到版權(quán)的相關(guān)信息，不承諾責(zé)任與擔(dān)保的聲明，與NLM下載的相關(guān)政策。 · Write to the HelpDesk發(fā)e-mail給NLM消費(fèi)者服務(wù)部。 · NCBI|NLM|NIH這里是對(duì)創(chuàng)建和維護(hù)PubMed的機(jī)構(gòu)網(wǎng)頁鏈接。 3. 下面將舉例說明查詢的主體部分，也就是頁面上部的使用方法。 假如我們這次的工作是查找與gallstone、pain有關(guān)的文獻(xiàn)。 1. 在對(duì)話框中輸入查詢?cè)~。比如我們這次輸入的是gallstonepain，然后單擊“go”按鈕或按回車鍵，PubMed將會(huì)自動(dòng)開始檢索，并將檢索到的相關(guān)條目顯示在屏幕上。 你可以隨時(shí)向查詢框輸入查詢?cè)~，點(diǎn)擊“go”按鈕開始新的查詢。“clear”按鈕可以幫你清除查詢框中的內(nèi)容，然后開始一個(gè)新的查詢。 在查詢框前search提示后有一個(gè)下拉式菜單，你可以在這里選擇其他的信息資源或NCBI的數(shù)據(jù)庫(kù)。 o Structure搜索分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)(MMD The Molecular Modeling Database，這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)保存的是由X線晶體成像、NMR分光光度法建立的三維分子結(jié)構(gòu)。 o Genome 提供所有基因與染色體紀(jì)錄與圖片的查詢服務(wù)，這個(gè)庫(kù)中數(shù)以百萬的基因序列是由龐大的基因排序工作得來的。 o PopSet 這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)中的內(nèi)容是由相關(guān)種族、人類發(fā)展、突變研究得來的人類進(jìn)化與人種差異的結(jié)果。 下面我們將詳細(xì)介紹查詢結(jié)果屏幕。 1. 顯示選項(xiàng)（Display Option） 在Display后面有一個(gè)下拉式菜單，在這里可以選擇各種顯示選項(xiàng)。 簡(jiǎn)要格式（Summary）在缺省設(shè)置下PubMed采用這種顯示格式，他所顯示的內(nèi)容包括以下幾項(xiàng)： 作者：紀(jì)錄中的所有作者都獎(jiǎng)杯顯示出來。 相關(guān)：列出相關(guān)內(nèi)容，如文章、蛋白質(zhì)、核苷酸等（列出的文章不以摘要格式顯示）。 文章題目：英語以外的語種的題目將被翻譯成英語，并且加上括號(hào)。 來源：提供文獻(xiàn)所在期刊名的縮寫，出版時(shí)間，卷，頁數(shù)，也包括語種（針對(duì)非英語文獻(xiàn)），出版類型。沒有摘要的文獻(xiàn)將顯示“No abstract avilaible” 標(biāo)識(shí)數(shù)字：提供PubMed標(biāo)示（PMID）與MEDLINE唯一標(biāo)識(shí)（UI）。 簡(jiǎn)報(bào)格式（ Brief）顯示的條目?jī)?nèi)容包括作者姓名、文獻(xiàn)名的前10個(gè)字母、PubMed唯一標(biāo)識(shí)。 摘要格式（Abstract）將會(huì)顯示以下幾項(xiàng)內(nèi)容：文獻(xiàn)題目、作者、第一作者單位（地址）、期刊來源（期刊名簡(jiǎn)寫、出版日期、卷、頁數(shù)）、如果必要加上標(biāo)注、出版類型、非英語文章加上標(biāo)注、摘要、備注、PubMed與MEDLINE的唯一標(biāo)識(shí)。 圖例格式（Legend）：顯示文獻(xiàn)出處、名稱、作者、第一作者單位（地址）、摘要、PubMed與MEDLINE的唯一標(biāo)識(shí)。 引證格式（Citation）提供如下信息：文獻(xiàn)出處、文獻(xiàn)題目、作者、第一作者單位（地址）、如果必要加上標(biāo)注、出版類型、摘要、紅體顯示題目中的錯(cuò)誤字串、備注、MeSH詞、人名作為主題、（如果存在）化學(xué)物質(zhì)、（如果存在）巨大數(shù)字、PubMed與MEDLINE的唯一標(biāo)識(shí)。 MEDLINE格式（MEDLINE） 用兩字符的形式顯示MEDLINE紀(jì)錄中所有的內(nèi)容，使用這種格式可以把記錄下載到管理書目的軟件程序。 2. 查詢概要（Retrieval Summary）查詢概要顯示了查到所有條目的數(shù)量，以及需要多少頁來顯示，缺省情況下20條/頁。 Show后的下拉式菜單可以選擇相應(yīng)得每頁顯示的條目數(shù)。 Page選擇頁數(shù)，PubMed根據(jù)你的選擇而顯示不同頁的內(nèi)容，所選中的頁數(shù)以紅色顯示，單擊〉〉或〈〈顯示其他頁碼。 詳細(xì)內(nèi)容（Details）單擊Details按鈕可以顯示你正在進(jìn)行的查詢方案，包括查詢?cè)~、MeSH表映射與PubMed詞語索引的映射；錯(cuò)誤信息，比如禁用詞、截?cái)嗑妗㈠e(cuò)誤拼寫等；在編輯框中可以編輯一個(gè)新的查詢方案，然后重新提交；在這里還可以保存查詢方案。 o 你可以在Details的對(duì)話框中修改查詢方案，然后點(diǎn)擊“Search”按鈕進(jìn)行新的查詢。 o Result下的數(shù)字是查詢結(jié)果，并且可以鏈接到現(xiàn)今的查詢結(jié)果。PubMed實(shí)際上是一個(gè)更大數(shù)據(jù)庫(kù)PubRef的子集，PubMed的查詢一般不包括PubRef中的條目，除非你在編輯框中將“AND notpubref[sb]”刪除。 o 在Details中保存一個(gè)查詢方案：?jiǎn)螕鬠RL按鈕，PubMed將返回到查詢結(jié)果窗口，經(jīng)過修改的查詢方案將顯示在對(duì)話框中，并且查詢方案也被嵌入U(xiǎn)RL中，然后使用你的瀏覽器的書簽功能將現(xiàn)在的URL保存成一個(gè)書簽，保存后，可以編輯書簽功能將此書簽改為比較容易記憶的名字，使用方法與其他的書簽相同。 o 定期查找功能 如果你想每隔一段時(shí)間進(jìn)行一次同樣的查詢，以找到最新的文獻(xiàn)，可以這樣作：第一步如保存查詢方案，通過選擇書簽的方式重新運(yùn)行查詢方案，然后，在Limit中的Entrezdate下拉菜單將時(shí)間限定在搜索范圍。 加入剪切板（Add to clipboard）剪切板可以幫你保存察看你在一個(gè)或多個(gè)查詢里所查到的內(nèi)容；剪切板中最大的保存數(shù)目是500條；如果你連續(xù)在PubMed或其他Enterz數(shù)據(jù)庫(kù)中不進(jìn)行任何操作達(dá)1小時(shí)，剪切板中的內(nèi)容將會(huì)消失。要將條目加入剪切板，先將所需要的條目前的復(fù)選框選中，然后單擊“Add to clipboard”按鈕，一旦你將一條內(nèi)容加入剪切板，紀(jì)錄數(shù)字的顏色將會(huì)改變。 保存（Save）功能是保存查詢到的條目。如須保存所有的查詢結(jié)果，先在Display下的下拉菜單中選擇所需顯示格式，單級(jí)“Save”按鈕。如果要保存特定的條目，現(xiàn)在條目前的復(fù)選框選中，點(diǎn)擊“Save”按鈕。最大的保存的數(shù)量是5000，如果你想保存超過這個(gè)書目的內(nèi)容，PubMed將顯示一條提示你修改查詢的信息。 文本（Text）使用文本功能可以將條目以純文本的方式重新顯示，把那些Web與HTML的內(nèi)容去除，當(dāng)看完純文本的內(nèi)容后，按瀏覽器的“Back”回到以前的Web頁面。你可以使用此功能將PubMed側(cè)框與按鈕除掉，在用打印機(jī)打印。純文本版本將會(huì)顯示你所選中的條目的內(nèi)容，如果沒有選中任何條目，所有的條目?jī)?nèi)容都江北顯示出來。 定購(gòu)（Order）通過一些中間商得到文獻(xiàn)的全文。 練習(xí)題： 1. 找出與Shingles、facial paralysis 有關(guān)的文獻(xiàn)，用包括摘要與MeSH詞的方式顯示。 2. 找出與hypertension nosebleed有關(guān)的文獻(xiàn)，在一頁中顯示所有查到的結(jié)果。 |
下面將詳細(xì)加以介紹：
Preview(預(yù)覽)使用此功能可以在顯示條目之前顯示所查到的文獻(xiàn)數(shù)。在輸入框中鍵入搜索詞，然后單擊Preview，PubMed返回的信息是條目的數(shù)量。
通過增加一個(gè)或多個(gè)單詞來修改查詢方案。向查詢框中加入另一個(gè)詞語點(diǎn)擊Preview，你可以繼續(xù)向框中加入多個(gè)詞語，點(diǎn)擊Preview直到你希望得到的內(nèi)容,當(dāng)修改查詢時(shí)可以看到搜索方案與查詢結(jié)果的數(shù)量。Preview顯示的是歷史記錄中最近的三條記錄，使用History可以看到最近100次的查詢結(jié)果。History中的Clear History按紐也可以清除Preview/Index中的內(nèi)容。
向下滾動(dòng)Preview/Index找到“Add to Query or View Index”部分，使用下拉菜單確定一個(gè)搜索域，向文本框中加入詞語，單擊Preview，向查詢框中加入詞語并且可以看到查詢結(jié)果。
現(xiàn)在我們向查詢框中加入MeSH詞Nurse，使用下拉菜單確定一個(gè)搜索域，向文本框中填加一個(gè)詞，單擊Preview，你可以一直這樣加入單詞，單擊Preview，直到完成你的搜索方案。Preriew自動(dòng)使用“AND”運(yùn)算符來將單詞合為一體，即要求同時(shí)查詢包含兩個(gè)詞的文獻(xiàn)。
使用布爾運(yùn)算符按紐。使用布爾運(yùn)算符將你要查找的詞語連接起來，OR代表的是要查找的文獻(xiàn)包括第一個(gè)搜索詞或第二個(gè)詞，NOT為“否”，包括第一個(gè)搜索詞而不包括第二個(gè)詞的文獻(xiàn)。每加入一個(gè)搜索詞都要點(diǎn)擊Preview來列出搜索結(jié)果的數(shù)量。
查詢舉例
讓我們查找一下有關(guān)碳水化合物(Carbohydrate)或大豆(Soybeans)對(duì)骨質(zhì)疏松癥影響的文獻(xiàn)。
使用下拉菜單確定一個(gè)搜索域 ，向文本框中加入一個(gè)詞語，單擊AND按紐，我們可以預(yù)覽結(jié)果或者接續(xù)向文本框中填加搜索詞，我們想找到有關(guān)Soybeans的文獻(xiàn)，繼續(xù)往下作，使用下拉菜單選擇一個(gè)搜索域，向文本框中加入Soybeans，單擊Preview來查看搜索結(jié)果
Index（索引）中選擇搜索詞
o 使用索引按鈕可以從特定域中選擇以索引的單詞，并把他們加入查詢方案之中。
o Index（索引）中你可以查看某一個(gè)特定搜索域中詞語列表。
o 在這里也可以使用布爾運(yùn)算符來建立一個(gè)查詢方案。
舉例說明：我們?cè)谙吕藛沃羞x擇MeSH Terms作為搜索域，鍵入搜索詞Strikes，點(diǎn)擊Index按鈕，PubMed以字母序顯示所選定搜索域中相關(guān)的詞語，使用滾動(dòng)條來上下移動(dòng)列表。在單詞右邊的括號(hào)里顯示的是包括此詞語的文獻(xiàn)的數(shù)量。使用Up、Down按鈕按頁上下翻動(dòng)列表。
對(duì)話框顯示了搜索詞與搜索域，Result顯示了文獻(xiàn)的數(shù)量。注意：Preview缺省是AND將查詢?cè)~語連在一起的。你可以使用布爾運(yùn)算符按自己的要求將他們結(jié)合起來，但你在使用布爾運(yùn)算符將查詢?cè)~語輸入對(duì)話框以后，必須點(diǎn)擊Preview才能看到查詢結(jié)果。
查詢舉例：
將以Legilation and Jurispradence為副標(biāo)題的Strikes Employs與以Satistics and numerical為副標(biāo)題的Strikes Employs點(diǎn)擊高亮顯示，單擊AND按鈕將選擇的查詢?cè)~加入對(duì)話框，選擇缺省的設(shè)置是以O(shè)R連接起來的。按住Ctrl鍵，可以在列表中連續(xù)選擇多個(gè)查詢?cè)~，當(dāng)你所有需要的查詢?cè)~都被高亮顯示后，單擊AND或OR將他們加入對(duì)話框，這時(shí)在PubMed的對(duì)話框中是這樣的內(nèi)容：“Strikes,employee/legislation and jurispredence”[MeSH Terms] OR “Strikes,employee/statistics and numerical data”[MeSH Terms]”
讓我們使用Index再把這次搜索修改一下，我們想把搜索縮小到有關(guān)Nurse與已設(shè)內(nèi)容范圍，在輸入框中鍵入Nurse后點(diǎn)擊Index，在索引中選擇Nurse并單擊AND將其加入對(duì)話框中。點(diǎn)擊Preview按鈕查看查詢結(jié)果的數(shù)量，對(duì)話框中顯示的是搜索詞、搜索域與布爾運(yùn)算符。
History（歷史記錄）歷史記錄中保存的是你所有的查詢方案與查詢結(jié)果，只有當(dāng)你運(yùn)行了一次查詢之后，History中才有內(nèi)容。History屏幕將會(huì)顯示：你的查詢方案、查詢時(shí)間、查詢到的文獻(xiàn)數(shù)量。
使用History（歷史記錄）
你可以在查詢方案中使用查詢序數(shù)（the search Statement Number）,如#1、#2、#3等等。
例子：#1 AND #2、#7 AND #14。
如上個(gè)例子顯示的，布爾運(yùn)算符的字母必須大寫。
History的一些小知識(shí)：
o History內(nèi)所能記錄的最大查詢數(shù)是100
o 一旦查詢數(shù)量超過100，PubMed會(huì)將最早的查詢除去，加進(jìn)最新的一次查詢。
o 如果兩次查詢內(nèi)容相同，PubMed會(huì)將頭一次的去除。
o 注意：查詢序數(shù)不能用在Detail中的保存到URL功能中，這是因?yàn)楸M管查詢方案被保存了，但你的History在你1小時(shí)沒有動(dòng)作后將會(huì)消失，這時(shí)你保存的方案中的查詢序號(hào)也就會(huì)失效。
o 點(diǎn)擊 Clear History可以將History中的所有內(nèi)容清除。
Clipboard（剪切板）剪切板可以幫助你保存或查看在一個(gè)后多個(gè)查詢中選擇的條目，然后就可以打印、保存、訂購(gòu)剪切板中的內(nèi)容了。將條目左邊的復(fù)選框選中，單擊”Add to clipboard”就可以將其加入剪切板中，一旦某條被加入，剪切板的記錄號(hào)碼將會(huì)改變顏色。
剪切板使用的小知識(shí)
o 如果你沒有用復(fù)選框選擇任何條目，而去點(diǎn)擊Add to clipboard，PubMed將會(huì)向其中加入500個(gè)條目。
o 剪切板中最大的儲(chǔ)存數(shù)是500條。
o 剪切板中的內(nèi)容如果你一小時(shí)沒有任何操作將會(huì)消失。
使用剪切板
點(diǎn)擊特征條上的Clipboard來觀看剪切板中的內(nèi)容，如果想刪除剪切板中的某些項(xiàng)目，先將其左面的復(fù)選框選中，然后點(diǎn)擊Remove from clipboard按鈕；要想清空剪切板，不選任何條目，單擊Remove from clipboard按鈕
保存剪切板中的內(nèi)容，首先選擇一種顯示方式，選中你想要的條目（如果想保存所有的條目，則哪個(gè)也不選），點(diǎn)擊Save按鈕。
Order（訂購(gòu)）在PubMed中查到的只是有關(guān)一篇文獻(xiàn)的信息，而真正的文獻(xiàn)全文是不提供的。PubMed的Order功能提供的就是通過一些中介機(jī)構(gòu)來獲得全文的服務(wù)，這項(xiàng)服務(wù)通常是收費(fèi)的。
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