1.議政王大臣會(huì)議
議政王大臣會(huì)議，是清朝初期滿洲親貴大臣們商討并決定軍國大事的一種重要形式。對(duì)皇權(quán)有較大的限制，在乾隆五十六年（1791年）下諭將其取消。
2.內(nèi)閣
清代內(nèi)閣沿襲于明代，但內(nèi)容卻有所變化。入關(guān)前，皇太極曾創(chuàng)設(shè)文館，是為內(nèi)閣雛形。后來又把文館擴(kuò)大為內(nèi)國史、內(nèi)秘書和內(nèi)弘文三院，負(fù)責(zé)起草對(duì)外文書、撰擬詔令、編纂史書、頒布制度，輔佐皇帝處理政務(wù)。
內(nèi)閣設(shè)滿漢大學(xué)士，并與明代一樣，例兼殿閣銜。雍正七年，特置額外大學(xué)士，即后來的協(xié)辦大學(xué)士。乾隆十三年，因鑒于大學(xué)士員額多寡不定，正式確定為滿漢各二人，協(xié)辦大學(xué)士則根據(jù)情況，滿漢或一員、或二員，因人酌派。又重新調(diào)整了殿閣兼銜，即三殿（保和、文華、武英）三閣（文淵、東閣、體仁）。大學(xué)士、協(xié)辦大學(xué)士以下，還有學(xué)士、侍讀學(xué)士、侍讀、典籍、中書等官。清代大學(xué)士常兼任各部尚書或管理某部部務(wù)，某副手學(xué)士則兼任侍郎。
3.南書房
南書房位于乾清宮西南，大概設(shè)于康熙拘禁鰲拜，政柄在握以后。南書房并不屬于中樞機(jī)構(gòu)，開初不過是皇帝召集一批翰林學(xué)士，用以傳授知識(shí)、討論學(xué)問的場所。這樣難免會(huì)涉及當(dāng)前政事。在光緒二十四年撤銷。
4.軍機(jī)處
軍機(jī)處的建立與清廷向西北用兵有直接關(guān)系。雍正八年，決定于接鄰內(nèi)宮的隆宗門內(nèi)設(shè)立軍機(jī)房，處理有關(guān)前線的奏報(bào)和詔旨。不久更名軍機(jī)處，并由單純辦理軍事，逐步擴(kuò)大到其他政務(wù)。1911年撤銷。
軍機(jī)處設(shè)軍機(jī)大臣若干名，一般由大學(xué)士兼任，也有選自各部院官者，以品貴資深者為班首，但無統(tǒng)屬關(guān)系。又有軍機(jī)章京，俗稱小軍機(jī)，滿漢各十六員，是大臣的僚屬。軍機(jī)大臣的職掌是“掌軍國大政，以贊機(jī)務(wù)”，幾乎涉及到當(dāng)時(shí)朝廷中的所有大事。還有人事咨詢權(quán)，自大學(xué)士、各部院正副職，以至總督、巡撫、將軍、提督、總兵、學(xué)政等高級(jí)官員出缺遞補(bǔ)，都由軍機(jī)大臣開單進(jìn)呈發(fā)出。
5.六部
以吏、戶、禮、兵、刑、工六部為基軸的中央行政機(jī)構(gòu)的設(shè)置，也是從明代接受過來的。大體吏部掌文官品秩、銓敘、考課、黜陟、封授；戶部領(lǐng)管全國戶口、田土賦稅、官員俸餉、倉庫、錢幣、國用；禮部主朝廷禮儀、科舉、學(xué)校、外國貢使交聘；兵部司武官除授、封蔭、考績、軍資、軍籍、馬政、郵傳；刑部主持國家民、刑律令和獄斷；工部負(fù)責(zé)工程建筑、水利興修、錢幣鼓鑄。與明代相比，清代六部在官員配備和具體職掌方面，也還頗有變通。
按照規(guī)定，尚書是各部的最高長官，清代設(shè)滿漢尚書各一，一個(gè)部就出現(xiàn)了兩個(gè)首腦；又設(shè)滿漢侍郎各二，即四人。侍郎名義是尚書的副手，但因與尚書同屬堂官，可以直接向皇帝陳奏請(qǐng)旨，皇帝也常常揀選他們?nèi)胫弟姍C(jī)處，所以實(shí)際上并不存在嚴(yán)格的統(tǒng)屬和被統(tǒng)屬關(guān)系。如此多頭的局面，必然會(huì)增加處理部務(wù)的難度。為此，朝廷常以親王、大學(xué)士等兼管部務(wù)。由于被委派的大臣并不一定熟悉部內(nèi)事務(wù)，只好倚靠辦事司員，以致造成下屬司員的弄權(quán)。
在清代，最具特色的是設(shè)立專司邊疆民族事務(wù)的理藩院。理藩院原稱蒙古衙門，建于崇德元年（1636年），不久改作此稱。開初所管亦只蒙古等事，隨著清朝統(tǒng)治地區(qū)的擴(kuò)展，各邊疆民族越來越多，理藩院的權(quán)限也一再得到擴(kuò)大，所有內(nèi)外蒙古、察哈爾、新疆、科布多、唐努烏梁海、青海、西藏等地的有關(guān)軍政、司法、宗教、貢賞等事，都?xì)w其負(fù)責(zé)主持，并兼理與某些外國的交往。設(shè)置理藩院，一方面表示清廷對(duì)邊疆民族事務(wù)的重視，同時(shí)也說明我國統(tǒng)…多民族國家確實(shí)已進(jìn)至一個(gè)新的高度，中央需要有…個(gè)專設(shè)機(jī)構(gòu)、以協(xié)調(diào)各方面的關(guān)系。理藩院的等級(jí)同于六部，組織形式也與之相仿，設(shè)尚書、侍郎等官，只是都用滿人和蒙古人。
除了以上所述，另外還有一些機(jī)構(gòu)，如收閱直省題本的通政司，稽察各部院衙門奉旨辦理各事情況的稽察欽奉上諭事件處，繕寫冊(cè)文誥敕的中書科，掌修史文的翰林院，充作文學(xué)侍從的詹事府，管理朝會(huì)祭祀、燕饗演樂的樂部。其監(jiān)察機(jī)構(gòu)有都察院，處理全國刑名案件的則有大理寺。又有太常寺、光祿寺、鴻臚寺、太仆寺、欽天監(jiān)、太醫(yī)院等。
為了防止宦官攬政，順治十八年（1661年），清朝統(tǒng)治者明令撤銷沿襲明代的十三衙門，改由掌管上三旗包衣的內(nèi)務(wù)府負(fù)責(zé)宮廷日常事務(wù)。內(nèi)務(wù)府機(jī)構(gòu)龐大，屬員眾多，除管領(lǐng)京師內(nèi)府諸事外，還轄有盛京（特設(shè)盛京內(nèi)務(wù)府）、口外等地的皇莊、牧地。又設(shè)侍衛(wèi)處、鑾儀衛(wèi)，為皇室作警衛(wèi)儀仗。管理皇族事務(wù)的則有宗人府。凡此種種，構(gòu)成一個(gè)圍繞著皇帝、宮廷，為其指使服務(wù)的龐大的中央機(jī)構(gòu)。
6.總督和巡撫
總督和巡撫是省的最高軍政長官，屬封疆大吏。但在清初相當(dāng)長時(shí)間里，他們與明代時(shí)一樣，只是一種差遣官，乾隆時(shí)才正式確定為實(shí)缺官?？偠揭话爿爟墒?，也有轄三省或一省的。巡撫轄一省。乾隆以后，設(shè)總督的是直隸（兼巡撫，同治九年加授北洋通商大臣）、兩江（轄江蘇、安徽、江西三省，同治五年兼授南洋通商大臣）、陜甘（轄陜西、甘肅并任甘肅巡撫事，新疆建省后復(fù)兼轄之）、閩浙（轄福建、浙江，光緒十一年兼福建巡撫事，臺(tái)灣建省后亦歸其管轄）、湖廣（轄湖北、湖南）、四川（兼管巡撫事）、兩廣（轄廣東、廣西，光緒三十一年兼廣東巡撫事）、云貴（轄云南、貴州，光緒三十一年兼云南巡撫事）、東三?。ㄝ牱钐?、吉林、黑龍江，兼管三省將軍并奉天巡撫事），此外還有漕運(yùn)總督和河道總督。
7．藩司、臬司
除了督撫以外，承宣布政司使、提刑按察司使和提督學(xué)政，也都是當(dāng)時(shí)的省級(jí)官員。布政使通稱藩司，主管全省財(cái)政和民政等事務(wù)，諸如戶籍稅役、道府以下官員的轉(zhuǎn)免考核、賓興鄉(xiāng)試、民事案件等，都由布政司衙門承辦或參與商決匯報(bào)。按照清朝的原先規(guī)制，布政使一職亦比照明代，屬地方最高長官，但因統(tǒng)治者看重督撫，突出其權(quán)力，使藩司事實(shí)上處于從屬地位。到了乾隆十三年（1748年），朝廷鑒于督撫的職務(wù)已經(jīng)固定，正式議準(zhǔn)：“督撫總制百官，布按二司皆其屬吏”，在位置排列上，“應(yīng)首列督撫，次列布按”。從此，布政使完全成為督撫手下的屬官了。
在布政使司內(nèi)，設(shè)有經(jīng)歷司、照磨所、理問所，分別由經(jīng)歷、都事、照磨、理問等職負(fù)責(zé)，處理全衙門的文書案卷等工作。又置庫大使或倉大使，掌稽察糧倉。他們都是布政司內(nèi)的具體辦事機(jī)構(gòu)。按察使也叫臬司或廉訪，負(fù)責(zé)全省刑名案件和監(jiān)督官員的風(fēng)紀(jì)，是主管司法事務(wù)的官員，另外也兼理省內(nèi)驛傳和充任鄉(xiāng)試監(jiān)臨官。它與布政司，并稱兩司。按察使也是每省一員，直隸原以巡道兼理，雍正二年始行改定。又，新疆建省后，不專設(shè)按察使，其所辦事務(wù)，概由鎮(zhèn)迪道代管。按察使的屬員有經(jīng)歷、照磨，掌收納文書；知事理勘察刑名；司獄負(fù)責(zé)囚獄之事。此外還有提督學(xué)政，負(fù)責(zé)全省學(xué)校科舉、稽察士習(xí)文風(fēng)。學(xué)政原按授官出身，分學(xué)道、學(xué)院兩類，雍正以后，提高學(xué)政地位，一律改稱學(xué)院，并加翰林院官銜。光緒三十一年（1905年）停罷科舉，學(xué)政也隨之改為提學(xué)使。
8.道和道員
道員原為藩臬二司的派遣官，并不屬于地方的一個(gè)行政區(qū)域官。它們分守道和巡道兩種，守道兼布政司參政、參議銜，駐守于一定地方；巡道兼按察司副使僉事銜，分巡于所管區(qū)域。大致守道偏重錢谷會(huì)計(jì)，巡道掌理刑名。乾隆十八年（1753年），取消道員兼銜，官階正四品，正式成為轄屬于督撫的實(shí)官，在具體職能上，分守、分巡也逐漸趨向混同融合。
道員的名額，每省雖有定數(shù)，但中間常因事務(wù)繁簡而有所增減。道員中，有固定轄區(qū)的一般管若干府州，屬省和府州之間的行政官。還有一種通轄全省，經(jīng)管某項(xiàng)專門事務(wù)，如糧儲(chǔ)道、巡海道、海關(guān)道、兵備道、興屯道、茶馬道、河工道，光緒時(shí)又置巡警道和勸業(yè)道。他們均無守土責(zé)任。實(shí)際上，前面一類道員也常常通兼后面的專職事務(wù)，如江蘇省的分巡蘇（州）松（江）太倉道，便兼領(lǐng)兵備道事；陜西西（安）乾（州）鄜（州）分守道兼糧儲(chǔ)道；甘肅鞏（昌）階（州）分巡道兼理茶馬、屯田道等。道員下雜職有庫大使、倉大使、關(guān)大使，衙門內(nèi)無具體機(jī)構(gòu)。
9.府、直隸州、直隸廳
道雖是介于省與府州之間的一級(jí)行政機(jī)構(gòu)，但很多具體經(jīng)辦的事還是放在府和州縣身上。所以自省以下，府（直隸州、廳）和州縣才是最重要的衙門。
府設(shè)知府，從四品，是管理全府民刑財(cái)政、統(tǒng)轄所屬州縣的長官，設(shè)同知、通判等佐貳官，分管糧餉、水利、緝捕、撫邊、江防、海防等專門事務(wù)。屬吏有經(jīng)歷、照磨、司獄、宣課司大使、庫大使等。
在府的機(jī)構(gòu)中，京師所在的順天府和盛京的奉天府，因地位特殊，在編制上亦與眾不同。首先，他們均稱其長官為府尹大臣，秩正三品；副職稱府丞，正四品。雍正元年（1723年）規(guī)定，順天府尹特簡部院大臣兼任。奉天府尹自乾隆三十年（1765年）起，確定選盛京五部中侍郎兼攝。光緒二年（1876年），加府尹二品銜，兼右副都御史，行巡撫事。其次，這兩個(gè)府的管轄范圍，也遠(yuǎn)比一般府要大得多。順天府共領(lǐng)二十四州縣，分東西南北四路，每路設(shè)廳同知一員，管四五縣或五六縣。奉天府尹自行巡撫事后，其管轄范圍包括了當(dāng)時(shí)整個(gè)盛京地區(qū)的二府四廳五州十四縣，以后隨著府廳州縣的增設(shè)而不斷加多。直隸州或直隸廳，與府處于同一級(jí)位置。直隸州設(shè)知州一人，正五品，下有州同、州判。
直隸州也有屬縣，知州除管轄本州事務(wù)外，亦與知府一樣，同時(shí)負(fù)責(zé)所屬各縣事。廳和直隸廳一般設(shè)在邊疆或新開辟地區(qū)。直隸廳除少數(shù)領(lǐng)有屬縣外，大都僅有廳的建置，設(shè)同知以領(lǐng)之。
10.州、縣、廳
在清代行政組織中，州、縣、廳都屬于基層衙門。縣有縣令，正七品；州設(shè)知州，從五品；廳則以同知或通判為其長官。凡所屬區(qū)域的賦稅、治安、司法、教育，以及墾荒地、勸農(nóng)桑、興水利等發(fā)展生產(chǎn)和發(fā)倉谷、賑饑荒等救災(zāi)救荒工作，都是他們的職務(wù)范圍。有人曾將州縣官與道府官的職司作了一番對(duì)比說：“道則巡察數(shù)郡，府則表率一方，州縣一官則寄以地方，寄以百姓，寄以城池府庫，寄以錢糧征收，責(zé)任尤重。”比較起來，州縣官是最接近地方、最接近百姓的了，而朝廷的政策法令，也是最后由州縣官貫徹到百姓的頭上，所以被稱作“親民之官”，或習(xí)呼為“父母官”。
知縣以下設(shè)縣丞、主簿，州稱州同、州判，分別掌管錢糧、戶籍、稅收、巡捕、河防等事，員額依據(jù)該地事務(wù)繁簡而定。其屬吏有典史、巡檢、驛丞、閘官、稅課大使、河泊所大使等。
11.保甲制度
保甲組織雖早在宋明時(shí)已經(jīng)出現(xiàn)，但形成體系、全面推廣是在清代。
早在清軍入關(guān)之初，一些官員就向攝政王多爾袞提出行保甲之法以招徠降服、安撫流亡的建議，為此，清廷特頒詔施行。根據(jù)清朝政府原先規(guī)定：保甲組織的形式是十戶為甲，十甲為保，屬兩級(jí)制。后來在甲之下又加進(jìn)了牌，成為牌、甲、保三級(jí)，仍為十進(jìn)制，分別設(shè)牌頭、甲頭（或甲長）和保長。每戶都發(fā)有印牌一份，上書戶長及成員的姓名，凡有出入，都要一一注明。其余如寺院、客店，亦均給印牌、簿書以便登錄。清廷的這些規(guī)定，目的是維護(hù)和加強(qiáng)封建統(tǒng)治秩序，即當(dāng)時(shí)官員們所說的要“消弭盜賊”、“嚴(yán)查奸宄”。為了強(qiáng)化保甲組織，還有所謂“連保”或“互?！?。官員陸隴其在談到武昌知府于成龍推行的保甲法時(shí)說：若有“不軌可疑之人”，并不責(zé)令“十家舉報(bào)”，但書“無?！倍钟谄涿?，使官員對(duì)百姓的動(dòng)向一目了然，便于控制?！斑B保”還與“連坐”法聯(lián)結(jié)在一起。清初厲行“逃人法”，便是借助保甲組織，以實(shí)施其連坐法。
在清初，保甲組織還負(fù)有招徠流亡、組織生產(chǎn)的任務(wù)。順治元年（1644年），天津邊海一帶聚集了一萬多戶逃避戰(zhàn)亂的難民，清朝政府便采取編制保甲的辦法，把他們安頓下來。順治六年（1649年），清廷宣布：凡各處逃亡民人，不論原籍別籍，招征后統(tǒng)行編入保甲，“察本地?zé)o主荒田，州縣給以印信執(zhí)照，開墾耕種，永準(zhǔn)為業(yè)”。類似這樣的內(nèi)容，直到康熙時(shí)還不斷地重申。當(dāng)時(shí)，在一些里甲制度沒有全面恢復(fù)的地區(qū)，保甲組織還常代行里甲長的職責(zé)。不過因?yàn)樗鼤?huì)削弱保甲組織以保警為主的重任，所以一俟里甲制度健全，清朝統(tǒng)治者便竭力把兩者區(qū)分開來。
清代保甲組織到乾隆以后又有許多新的變化。雍正全面推行“攤丁入畝”，改變了傳統(tǒng)的賦役派征辦法，里甲制度事實(shí)上失去存在價(jià)值。這樣促使統(tǒng)治者考慮把一部分緣由里甲組織承擔(dān)的工作，轉(zhuǎn)嫁到保甲組織的身上。封建社會(huì)內(nèi)部各種固有弊端淤積所引起的社會(huì)矛盾，以及因商品經(jīng)濟(jì)發(fā)展、疆域擴(kuò)大、人口激增所帶來的人戶流動(dòng)、遷居頻繁，各民族間交往增多，等等，也都使清朝統(tǒng)治者感到強(qiáng)化基層控制的重要性。從乾隆元年（1736年）起，清廷曾不斷頒布加強(qiáng)保甲組織的詔令，其中尤以二十二年（1757年）“更定保甲之法”十六條最為詳盡。從這些詔令來看，可以歸納如下。
保甲的編制范圍不斷擴(kuò)大。當(dāng)時(shí)，不但內(nèi)陸各省要遍立保甲，邊外蒙古種地民人，“改土歸流”后西南苗疆各村寨、懸崖密箐居戶以及西北“番子土民”，都要分別情況，進(jìn)行造冊(cè)編查。流動(dòng)性較大的鹽場井灶，礦丁民丁，山居棚民、寮民，商漁船民，流寓商販，外來流丐等等，亦一例順編或加強(qiáng)管束。至于紳衿之家、在京駐防旗、雇役、僧道釋教等人，也不得恃強(qiáng)或借故脫漏。
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