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在座的科研大牛，你們千辛萬苦地做出來了實(shí)驗(yàn)結(jié)果，該怎樣展現(xiàn)給別人看呢？高顏值的SCI圖片怎么弄呢？有秘訣嗎？下面小編將介紹一些組合SCI圖片所用的軟件及其操作流程。

什么是圖像呢？

圖像是一個(gè)數(shù)組或矩陣，由方形像素按列和行排列起來。我們常見的圖像有黑白圖像和彩色圖像。黑白圖像（灰度圖像）矩陣元素的取值范圍通常為【0, 255】。“0”表示純黑色，“255”表示純白色，中間的數(shù)字從小到大表示由黑到白的過渡色。而彩色圖像有24位色深=16 million種顏色。

數(shù)字化圖像數(shù)據(jù)有兩種存儲(chǔ)方式：矢量圖和位圖

常見的圖像格式有三種：

GIF，256色，壓縮后不易損壞圖像質(zhì)量，多數(shù)用在網(wǎng)頁上。

JPEG，經(jīng)過壓縮后容易損壞圖像質(zhì)量，多數(shù)也是用在網(wǎng)頁上。

TIFF，標(biāo)準(zhǔn)的24位的格式，用LZW壓縮，不容易損壞圖像質(zhì)量。所以大多期刊都接收TIFF格式的圖片。

顏色模式通常分為兩種：

RGB模式，它分別用紅（R）、綠（G）、藍(lán)（B）三原色的組合來表示每個(gè)像素的顏色。

CMYK模式: CMYK代表印刷上用的四種顏色，C代表青色（Cyan），M代表洋紅色（Magenta），Y代表黃色（Yellow），K代表黑色（Black）。CMYK模式是最佳的打印模式。用CMYK模式編輯雖然能夠避免色彩的損失，但運(yùn)算速度很慢。主要因?yàn)椋?、即使在CMYK模式下工作，Photoshop也必須將CMYK模式轉(zhuǎn)變?yōu)轱@示器所使用的RGB模式。2、對(duì)于同樣的圖像，RGB模式只需要處理三個(gè)通道即可，而CMYK模式則需要處理四個(gè)。

權(quán)威期刊對(duì)SCI論文繪圖的原則要求

原則1、分辨率

這里所講的分辨率不是用相機(jī)拍照的總像素?cái)?shù)，它的單位dpi（dot per inch），dpi代表了1英寸中的點(diǎn)數(shù)，通常不同期刊對(duì)論文配圖的要求都不一樣，一般情況期刊會(huì)有幾個(gè)方面的要求：

line art（指黑白的矢量圖），要求最高，分辨率為1200 dpi。

halftone art（半色調(diào)圖像，顏色深淺有差別的灰度圖，如照片、圖畫等），要求最低，分辨率至少為300 dpi。大家在實(shí)驗(yàn)階段時(shí)就要當(dāng)心保存高分辨率的圖片，尤其是Western blot之類的照片。

combination art （halftone和line art的組合圖），要求的分辨率是600 dpi或以上。為避免上傳圖片時(shí)出現(xiàn)困難，請(qǐng)不要一味地追求高分辨率，分辨率太高導(dǎo)致圖片太大。

原則2、圖片格式

科技論文中常用的圖片格式有bmp、tif、wmf、emf、jpg等。對(duì)于矢量圖而已，一般建議用EPS格式保存圖片；halftone圖片的格式通常用TIFF、TIF或PNG格式即可。投稿時(shí)一般要求圖片要以獨(dú)立文件形式上傳。

BMP是位圖，保存方法原始，體積大，質(zhì)量高。

TIF兼容性好，提供預(yù)覽圖，缺點(diǎn)是體積大，但它是論文支持最廣的圖形文件格式，印刷后清晰度特別好。

WMF和EMF是以一種矢量圖形格式，無論放大或縮小，圖形的清晰度不變，所需的存儲(chǔ)空間非常小。

JPG是一種常用的有損壓縮方案，用來壓縮存儲(chǔ)批量圖片，對(duì)于科技論文達(dá)到600 dpi即可。

原則3、圖片大小

雖然投稿階段沒有做出嚴(yán)格的要求，但是一旦文章接收后，印刷排版時(shí)就要引起注意了。一般情況下只對(duì)寬度做出調(diào)整就行，單幅（單欄）在8 cm左右，全幅（雙欄）在16 cm左右，不同期刊的要求略有差異。如SPRINGER出版社對(duì)圖片寬度的要求，雙欄在8.4 cm，單欄在17.4 cm，同時(shí)要求圖片高度<23.4 cm。

原則4、色彩要求（只針對(duì)彩圖）

至于配圖上色彩要求，估計(jì)大家會(huì)很少注意，有兩種情況：RGB用于數(shù)碼設(shè)備上；CMYK為印刷業(yè)通用標(biāo)準(zhǔn)，兩種情況對(duì)配圖色彩要求不盡相同，有部分期刊在文章處于accepted for publication時(shí)會(huì)要求作者把圖片轉(zhuǎn)為CMYK色彩。然而目前有很多期刊都是網(wǎng)絡(luò)版的（SCI-E），RGB圖的確比CMYK圖的效果更好，更清晰，更適合用在網(wǎng)絡(luò)上。由RGB轉(zhuǎn)為CMYK很容易，但是由CMYK轉(zhuǎn)為RGB就有點(diǎn)難了，圖片清晰度會(huì)有所下降。

特別要注意的是，盡量用白底的圖片，一定不要用黑底的圖。黑底圖很耗墨水量，所以在抓圖前將軟件的背景設(shè)置為白色是很有必要的。當(dāng)你只能得到黑底的圖片（如條帶圖），可用Photoshop反相處理。

所以，平時(shí)作圖時(shí)最好保存RGB的圖，不論為了制作ppt報(bào)告，還是為了發(fā)表論文，RGB圖片要更合適一些。

原則5、圖片上的字體

一般作圖時(shí)，都需要在圖上加幾個(gè)字，以能更清晰表達(dá)出圖片的意思。多數(shù)期刊都能接受的字體是Arial、Helvetica、Calibri、Times New Roman。除此之外，還要注意圖上的字能不能清晰易見，不能弄得太小，否則審稿專家和編輯會(huì)看得很痛苦。多數(shù)期刊推薦的字體大小范圍是8-12 號(hào)。

總之，組圖的基本原則是：有意義、有層次、美觀、緊湊。

在正式組合成figure之前，一定要保存并分類好原始圖片、原始數(shù)據(jù)。對(duì)不同圖片可以分門別類放在不同指定的文件夾：

第1個(gè)文件夾：用以保存原始圖片，主要是拍照的圖片（如MRI、免疫組化圖等）

第2個(gè)文件夾：用以保存原始數(shù)據(jù)，主要是EXCEL文件。

第3個(gè)文件夾：用以統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)，主要是SPSS數(shù)據(jù)文件。

第4個(gè)文件夾：用以保存軟件作圖文件，主要是SPSS、GraphPad、AI、sigmaplot等，返修時(shí)可以隨時(shí)用來修改原始數(shù)據(jù)。

當(dāng)你組合完figure后，也可創(chuàng)建一個(gè)用以保存最終數(shù)據(jù)的文件夾，主要有手稿、PPT、投稿版圖片，以便日后返修時(shí)可以用。

論文配圖上的文字內(nèi)容

• 標(biāo)題要扼要表達(dá)、精準(zhǔn)；縮寫要與全文一致。標(biāo)題和文字說明要匹配。

• 數(shù)字符號(hào)要與全文保持一致；XY軸表達(dá)準(zhǔn)確，注意單位的書寫。

• 所有圖中的字號(hào)、箭頭大小要保持一致，粗線、細(xì)線分明，各種線形粗細(xì)一致。

論文配圖篩選原則

• 規(guī)范性
  

• 必要性：只放入對(duì)文章很有必要的解釋說明或輔助補(bǔ)充作用的圖。

• 代表性：只需選出最具代表性的圖片。
  

事不宜遲，下面我們一起來學(xué)習(xí)各種作圖軟件吧。

我們做科學(xué)論文時(shí)，最常用的作圖軟件主要有Photoshop、PowerPoint、Origin、GraphPad等，你們都會(huì)用了嗎？

一、MS PowerPoint

PowerPoint是展示科學(xué)數(shù)據(jù)的首選工具，PPT在處理圖片上應(yīng)該說是最容易操作的，小編也經(jīng)常用PPT整理、組合SCI論文配圖。在PPT上組圖，圖片要以插入方式放在ppt上，千萬不要直接復(fù)制，否則很難保證原始圖片的分辨率。組合好圖片后，可直接另存為PDF文件，然后將PDF導(dǎo)出為TIFF、JPG或PNG格式，同時(shí)還可自定義設(shè)置整張圖片的圖片分辨率。

PPT上的圖片輸出接口JPEG、TIFF、PNG等。

下面演示一下組圖的過程。

1、當(dāng)你把同一主題的數(shù)據(jù)圖都排列好之后，一般只引用到PPT自帶對(duì)齊方式，選中“插入圖片”→“圖片格式”→“對(duì)齊”→“對(duì)齊所選對(duì)象”→“頂部/底部對(duì)齊”→“橫向/縱向分布”，整體調(diào)整即可。

2、全選所有圖片，“圖片格式”→“組合”，即可完成。

二、Adobe Photoshop

Photoshop是圖片處理界的老大，功能強(qiáng)大，但科技論文一般只用到它的部分功能，如調(diào)節(jié)圖片大小、亮度、對(duì)比度、銳度、柔和度，或顏色反向等。

Photoshop的圖片輸出接口有TIFF、PNG、JPEG。

PS相信大家都熟悉，下面我們用PS演示把電泳圖組合的過程。

使用的軟件版本：Adobe Photoshop v14.0

安裝PS軟件可以到Adobe官網(wǎng)下載程序包，安裝好后就能使用了。

1、當(dāng)你跑完電泳后，如果拍出來的條帶圖都是黑色背景，那先在PS反相調(diào)為白底。插入所選條帶圖→圖像→調(diào)整→反相。

2、把每張黑底的條帶圖都調(diào)為白底后，接下來進(jìn)行排列，如要比較不同蛋白基因的表達(dá)量，可以這樣排列。

3、把數(shù)據(jù)圖組合好之后，就是要設(shè)置圖像分辨率和寬度大小了，圖片大小取決于分辨率和尺寸。對(duì)于科技論文來說，一般選寬度為16 cm（二欄），分辨率300 dpi（照片）或混合圖（600 dpi）。選中“圖像”→“圖像大小”，彈出對(duì)話框后，“寬度”填上16，注意單位是厘米，分辨率填300。

4、設(shè)置好圖像大小參數(shù)后，就要保存圖片了。選中“文件”→“存儲(chǔ)為”→“保存類型”選中tiff/PNG→按“保存”確認(rèn)。

三、Image Pro Plus

Image-Pro Plus是一款功能強(qiáng)大的2D和3D圖像處理、增強(qiáng)和分析軟件，具有異常豐富的測(cè)量和定制功能。是世界最頂級(jí)的圖像分析軟件包。

作為鼎鼎大名的Image-Pro 軟件系列中功能最強(qiáng)大的成員之一，它包含了異常豐富的增強(qiáng)和測(cè)量工具，并允許用戶自行編寫針對(duì)特定應(yīng)用的宏和插件。

IPP軟件主要應(yīng)用領(lǐng)域

熒光成像，共聚焦顯微技術(shù)，血細(xì)胞計(jì)數(shù)，病理學(xué)，神經(jīng)追蹤，工業(yè)檢測(cè)，質(zhì)量控制，材料分析，表面分析，刑偵等各種科研、醫(yī)學(xué)與工業(yè)的應(yīng)用。

IPP軟件的功能

1、快速圖像采集功能：用簡(jiǎn)單程序化的方式控制復(fù)雜的顯微鏡操作，保證實(shí)驗(yàn)結(jié)果的準(zhǔn)確性和可重復(fù)性；

2、圖像處理功能：彩色合成、圖像縫合和拼接、圖像增強(qiáng)、熒光查找表和圖像覆蓋層以及圖像標(biāo)注等；

3、圖像測(cè)量功能：自動(dòng)計(jì)數(shù)和測(cè)量對(duì)象、面積，周長(zhǎng)，長(zhǎng)度，圓度，橢圓長(zhǎng)短軸，中心點(diǎn)，目標(biāo)中小孔數(shù)，目標(biāo)集聚密度等50多個(gè)參數(shù)的測(cè)量、自動(dòng)定義閾值分割等等。

4、測(cè)量結(jié)果展示：轉(zhuǎn)換動(dòng)態(tài)數(shù)據(jù)，將測(cè)量結(jié)果輸出至統(tǒng)計(jì)或列表程序；以測(cè)量的數(shù)據(jù)、直方圖、散點(diǎn)圖等顯示結(jié)果等。

IPP軟件的系統(tǒng)要求如下：

Window XPpro或以上版本、電腦運(yùn)行速度750 MHz以上，1G RAM，20GB內(nèi)存。

IPP軟件的安裝

1、先到media Cy官網(wǎng)下載IPP軟件包

https://www.mediacy.com/imageproplus

2、解壓后，找到ipp中的start.exe程序文件，然后進(jìn)行安裝，如圖。

既然要處理圖片，當(dāng)然首先要打開一張待處理的圖片。下面演示一下選取AOI操作過程。

這張照片中的黃色部分是免疫組化染色的陽性表達(dá)成分。處理目標(biāo)是通過測(cè)量圖片中黃色部分的'黃'度來反映相應(yīng)蛋白表達(dá)的的'量'。

對(duì)該圖片進(jìn)行觀察，可以看到圖片中主要有三種主要顏色，一是染成藍(lán)色的細(xì)胞核，二是呈現(xiàn)出黃色的胞漿，三是細(xì)胞間的空隙區(qū)域，呈現(xiàn)出淺藍(lán)色，是為背景。

首先要把圖片中呈現(xiàn)黃色的區(qū)域給挑選出來，然后才是測(cè)量這些挑出來的區(qū)域的各種測(cè)量參數(shù)，如面積、平均半徑、周長(zhǎng)、光密度等等。這部分需要挑出來進(jìn)行測(cè)量的區(qū)域是我們最感興趣的地方，叫作AOI(area of interest)。AOI是IPP中最有用最重要的概念。如何能夠準(zhǔn)確地選取AOI就是使用IPP的關(guān)鍵操作。

在IPP程序里，可以通過設(shè)置顏色范圍讓電腦來幫助你選擇這些不規(guī)則區(qū)域，這樣的選擇就準(zhǔn)確多了?？梢哉f，使用IPP的要點(diǎn)就是靈活地使用各種AOI工具準(zhǔn)確地把那些需要測(cè)量的區(qū)域給挑選出來。

對(duì)不同的圖片，需靈活地使用各種適當(dāng)?shù)腁OI工具，先用最簡(jiǎn)單的，當(dāng)然，簡(jiǎn)單的工具只能作簡(jiǎn)單的事，就這張圖片來說，用簡(jiǎn)單工具選黃色有點(diǎn)困難，我們先用它來選擇藍(lán)色的細(xì)胞核吧。

1、點(diǎn)擊measure→count/size，彈出分類測(cè)量窗口。

2、在窗口中選中manual,再點(diǎn)擊select color,彈出顏色選擇窗口segmentation

3、對(duì)于目標(biāo)顏色鮮明的圖片，點(diǎn)一下吸管圖標(biāo)，在目標(biāo)區(qū)域點(diǎn)一下，就可以選中該點(diǎn)的顏色，可以在未選中的地方接著再點(diǎn)，這樣多次選取，直到把想選中的區(qū)域全部選中為止。在這張示例圖中，選中的藍(lán)色細(xì)胞核部分被標(biāo)上了紅色。用紅框圈起來的四個(gè)工具按紐分別是:吸管、撒消上一步操作、橡皮擦、全部清除。圖片中被標(biāo)上紅色的區(qū)域被定義為一個(gè)class,其中每一個(gè)獨(dú)立的小區(qū)塊被定義為這個(gè)class中的一個(gè)object。以此圖為例，圖中深藍(lán)色的部分是細(xì)胞核，因此所有的細(xì)胞核都被選中成一個(gè)class，其中每一個(gè)細(xì)胞核就是一個(gè)object。

4、選取完AOI后，點(diǎn)擊close回到count/size窗口，下一步就可以對(duì)選中的object進(jìn)行測(cè)量操作了。點(diǎn)擊count/size窗口中的measure菜單，點(diǎn)select measure。

最常用的測(cè)量有: area面積、density(mean)平均光密度、diameter直徑、IOD(integratedoptical density)累積光密度。

在相應(yīng)的項(xiàng)目上點(diǎn)一下，該測(cè)量項(xiàng)目就被選到中間的窗口中了，同時(shí)關(guān)于該測(cè)量的詳細(xì)說明會(huì)顯示在最右邊。如果想取消某個(gè)已選中的測(cè)量項(xiàng)目，則在左邊窗口中該項(xiàng)目上再點(diǎn)擊一下就可以了。

選好了待測(cè)量的區(qū)域，也指定了測(cè)量項(xiàng)目，就可以進(jìn)行測(cè)量統(tǒng)計(jì)了，點(diǎn)擊一下測(cè)量選擇窗口的OK紐，關(guān)閉這個(gè)窗口，就回到了count/size窗口，再點(diǎn)擊一下count按紐，就可以看到程序在進(jìn)行測(cè)量，稍等幾秒鐘即可讀取測(cè)量數(shù)據(jù)。

5、分別點(diǎn)擊count/size窗口中view菜單中的measurement data和statistics，就分別彈出這兩個(gè)數(shù)據(jù)窗口。前者是這個(gè)class中每一個(gè)object的測(cè)量數(shù)據(jù)，后者是這些測(cè)量數(shù)據(jù)的統(tǒng)計(jì)參數(shù)，如總數(shù)、平均值、累加、標(biāo)準(zhǔn)差等。本例中得到的就是每個(gè)細(xì)胞核的面積、平均光密度值、直徑、累積光密度值。統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)則可得到這張圖片中所有細(xì)胞核的平均面積、平均光密度值，平均直徑、累積光密度值，當(dāng)然還有細(xì)胞核的數(shù)目，就是所有object的數(shù)目。

在這個(gè)示例圖片的統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)中，samples為圖中所有細(xì)胞核的個(gè)數(shù)。第一列為area,其中的Mean值為各個(gè)核的平均面積，后面就是平均灰度、平均直徑，這些是有意義的測(cè)量統(tǒng)計(jì)數(shù)值。但I(xiàn)OD卻是SUM值更有意義。

另，當(dāng)要轉(zhuǎn)換圖像intensity格式時(shí)，在默認(rèn)的intensity格式中，灰度越大則數(shù)值越小。實(shí)際上我們測(cè)量的染色強(qiáng)度是光密度，染色越深，光密度值越大。

轉(zhuǎn)換光密度單位的方法是，首先點(diǎn)擊：measure→carliberation→intensity，調(diào)出intensity校正窗口。然后在窗口中點(diǎn)new按紐，再點(diǎn)一下下面的std opticaldensity選項(xiàng)，這時(shí)可以看到窗口中的直線變成了反向的曲線。然后還要點(diǎn)一下最上面的system按紐。最后點(diǎn)擊close關(guān)閉窗口。這樣就把程序系統(tǒng)的灰度單位轉(zhuǎn)換成了光密度單位。

測(cè)量數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)入EXCEL處理起來最方便。只要在數(shù)據(jù)菜單中點(diǎn)file -DDE to EXCEL。數(shù)據(jù)就傳到EXCEL的sheet1里去了。

IOD=density(mean)﹡Area

density反映了陽性蛋白的濃度或強(qiáng)度，但I(xiàn)OD能反映選定區(qū)域的蛋白表達(dá)總量。

選取完AOI后，接下來講解如何校正光密度OD值。

OD值是指吸收光學(xué)物質(zhì)的光學(xué)密度。它與該物質(zhì)的物理密度應(yīng)該是線性相關(guān)的。OD值與透過它的光強(qiáng)之間的關(guān)系符合朗伯-比爾定律，是指數(shù)關(guān)系。當(dāng)OD值等于0的時(shí)候，對(duì)光線無吸收，透射率100%。對(duì)應(yīng)照片上最亮的部位，白色，gray=255。當(dāng)OD值等于無窮大的時(shí)候，會(huì)吸收全部光線，透射率為0。對(duì)應(yīng)照片上最黑的部位，gray=0。

在未進(jìn)行intensity校正的情況下，IPP用的是gray灰度單位。淺色處灰度值大，深色處灰度值小。這樣測(cè)出的density數(shù)值是染色深的陽性區(qū)域數(shù)值小，染色淺的背景區(qū)域數(shù)值大。這就帶來了極大的不方便，很容易就出現(xiàn)錯(cuò)誤。

當(dāng)我們使用IOD(累積光密度=area * density_mean)表達(dá)切片上陽性物總量時(shí)，如果錯(cuò)用了灰度值。IOD的數(shù)值與染色深淺就成了負(fù)相關(guān)，也就是染色越深，IOD反而更小，但同時(shí)，面積越大，IOD仍然越大，這個(gè)錯(cuò)誤的IOD值就根本不能反映'照片上陽性物質(zhì)總量'了。

因此在做光密度分析時(shí)必須對(duì)程序系統(tǒng)的光密度值進(jìn)行轉(zhuǎn)換，從灰度數(shù)值轉(zhuǎn)換為光密度數(shù)值單位。

校正光密度的具體方法如下：

1、先打開一張圖片，選中measure→calibration→intensity。

2、點(diǎn)窗口里的new按紐，新建一個(gè)calibration set，在下面點(diǎn)擊std optical density。再點(diǎn)一下左上方的system按紐。

3、點(diǎn)擊close，完成了第一層水平的光密度校正。以后進(jìn)行光密度分析時(shí)，使用的單位就是真正的optical density了。測(cè)量的光密度數(shù)值與樣品濃度呈正比關(guān)系。

4、進(jìn)一步的校正應(yīng)該是對(duì)'白'點(diǎn)與'黑'點(diǎn)進(jìn)行定標(biāo)。定黑點(diǎn)時(shí)需要有標(biāo)準(zhǔn)點(diǎn)。可以在切片上帖一片全黑物體，作為標(biāo)準(zhǔn)，或者是定量濃度的樣品點(diǎn)，可指定其為濃度的單位。這一點(diǎn)往往作不到。不作也罷。測(cè)個(gè)相對(duì)值就是了。

定白點(diǎn)實(shí)際上就是扣除空白、扣除背景。把圖片上最淺的地方定義為OD=0每張照片上這個(gè)值都不會(huì)一樣的。

5、點(diǎn)option按紐，在彈出的小窗口里有black與intensity兩個(gè)設(shè)置。black就讓它為零。點(diǎn)intensity旁邊的image按紐，到圖片上最'白'的地方點(diǎn)一下，看看值是多少，最好在一組照片的每一張最白處都點(diǎn)一下，看看它們的值相差多少。然后選其中最大的數(shù)值填入。OK后可以看到光密度曲線的終點(diǎn)由255變成了你填入的值。

這里給個(gè)實(shí)例圖片輔助講解，

這里有一組八張照片，左邊四張是陰性，右邊四張是陽性。陽性樣品切片染色深。

optical density

1a 400 density mean = 0.06397654 IOD sum = 20145.209 陽性

1b 400 density mean = 0.08162043 IOD sum = 31614.428 陽性

1c 401 density mean = 0.0463396 IOD sum = 19741.533 陽性

1d 401 density mean = 0.0569243 IOD sum = 22324.918 陽性

2a 400 density mean = 0.04021387 IOD sum = 7237.6157 陰性

3a 400 density mean = 0.0427474 IOD sum = 5851.5864 陰性

4a 400 density mean = 0.03572424 IOD sum = 6247.9492 陰性

4b 400 density mean = 0.02794417 IOD sum = 5908.3018 陰性

P= 0.033001713 P= 0.008077167

gray level

1a 400 density mean = 164.25151 IOD sum = 21893180 陽性

1b 400 density mean = 154.83362 IOD sum = 24106100 陽性

1c 401 density mean = 173.0679 IOD sum = 24422198 陽性

1d 401 density mean = 170.82968 IOD sum = 22868880 陽性

2a 400 density mean = 180.78764 IOD sum = 24721144 陰性

3a 400 density mean = 180.44046 IOD sum = 18576882 陰性

4a 400 density mean = 210.87852 IOD sum = 16926544 陰性

4b 400 density mean = 188.02229 IOD sum = 19494658 陰性

P= 0.034035015 P= 0.135092458

用校正過的optical density測(cè)量數(shù)據(jù)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析，density mean的差異，P小于0.05。而IOD的差異，P小于0.01。結(jié)論是兩組照片有顯著性差異。

用未經(jīng)校正的graylevel的測(cè)量數(shù)據(jù)來分析，densitymean的差異，P值小于0.05，數(shù)值上略有差別。但I(xiàn)OD卻變得沒有差異了!

校正好光密度值后，就可測(cè)量免疫組化的光密度啦。

操作前，有幾點(diǎn)應(yīng)要注意的：

第一，所有照片必須在完全同樣的顯微鏡條件下拍攝，在更換樣品時(shí)，除了調(diào)整焦距和視野外，顯微鏡上的其他部件都不能動(dòng)！所有的樣品必須一次拍攝完全。特別是在拍攝過程中，不要一會(huì)用高倍鏡，一會(huì)用低倍鏡，來回切換物鏡。當(dāng)然，在使用高倍鏡時(shí)對(duì)焦及尋找視野會(huì)稍麻煩一點(diǎn)，但也沒辦法。保持各張切片的拍攝條件一致更重要。

第二，如果用數(shù)碼相機(jī)，必須設(shè)置為手動(dòng)曝光，并且保持每張照片用同樣的曝光條件，同樣的曝光時(shí)間，同樣的光圈。特別要注意的是，一定要將數(shù)碼相機(jī)的自動(dòng)白平衡功能給關(guān)掉。

第三，免疫組化切片一般染色不太深，因此拍攝出的照片顏色較淺，就讓它淺。拍攝出的照片中空白部位應(yīng)盡可能呈現(xiàn)純白色。測(cè)量其灰度應(yīng)在230-240之間。如果呈現(xiàn)淡藍(lán)色，一般是相機(jī)自動(dòng)白平衡在起作用。另外一個(gè)因素是顯微鏡燈光電壓不正確。要使燈光本身的色溫正確。既不偏黃，也不偏藍(lán)。

測(cè)量免疫組化圖的光密度的操作流程如下：

1、先打開一張圖，做好光密度校正。

2、點(diǎn)擊intensity calibration窗口后，選std option density，并點(diǎn)option按紐，在彈出的窗口里點(diǎn)insident旁邊的image按紐。

3、彈出第三個(gè)窗口后，將鼠標(biāo)移到圖片的空白處點(diǎn)一下，就可以看到current value的值會(huì)顯示出點(diǎn)擊部位的灰度值。白色的背景能達(dá)到250左右，而拍得較暗的照片或者背景偏藍(lán)的照片則只有200甚至更低。

較正背景的值會(huì)在曲線的X軸端中表現(xiàn)出來。

四、GraphPad Prism

GraphPad是一款專注于科學(xué)研究的圖像處理軟件。它側(cè)重于做統(tǒng)計(jì)學(xué)數(shù)據(jù)分析，包括非線性回歸、t檢驗(yàn)、非參數(shù)比較、方差分析、生存分析等。它還可把數(shù)據(jù)圖組合成具有出版質(zhì)量的圖片。GraphPad 是科學(xué)分析、統(tǒng)計(jì)、作圖的首選工具。

GraphPad Prism 是一款高效易用的科研繪圖工具，它可以將科學(xué)圖形、綜合曲線擬合（非線性回歸）、可理解的統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)、數(shù)據(jù)組織結(jié)合在一起。GraphPad Prism 最初是為醫(yī)學(xué)院校和制藥公司的實(shí)驗(yàn)生物學(xué)家設(shè)計(jì)的，尤其是藥理學(xué)和生理學(xué)的生物學(xué)家。Prism 現(xiàn)在被各種生物學(xué)家以及社會(huì)和物理科學(xué)家廣泛使用。超過110個(gè)國(guó)家的超過20萬名科學(xué)家依靠 Prism 來分析，繪制和展示他們的科學(xué)數(shù)據(jù)。它也被本科生和研究生廣泛使用。

GraphPad軟件的系統(tǒng)要求，均可在mac或Window系統(tǒng)上運(yùn)作。

https://www.graphpad.com/scientific-software/prism/

軟件的功能

（1）有效地組織數(shù)據(jù)

與電子表格或其他科學(xué)圖形程序不同，有八種不同類型的數(shù)據(jù)表，專門為您要運(yùn)行的分析而格式化。這樣可以更輕松地正確輸入數(shù)據(jù)，選擇合適的分析并創(chuàng)建令人驚嘆的圖形。

（2）執(zhí)行正確的分析

避免統(tǒng)計(jì)術(shù)語。在清晰的語言中，提供了廣泛的分析庫，從常見到高度特異性非線性回歸，t檢驗(yàn)，非參數(shù)比較，單因素，雙因素和三因子方差分析，列聯(lián)表，生存分析等等。每個(gè)分析都有一個(gè)清單，以幫助您了解所需的統(tǒng)計(jì)假設(shè)，并確認(rèn)您已選擇適當(dāng)?shù)臏y(cè)試。

（3）隨時(shí)隨地獲得可操作的幫助

Guides訪問數(shù)千頁。瀏覽圖表產(chǎn)品組合，了解如何制作各種圖表類型。教程數(shù)據(jù)集還可幫助您了解執(zhí)行某些分析的原因以及如何解釋結(jié)果。

（4）一鍵式回歸分析

沒有其他程序有簡(jiǎn)化曲線擬合。選擇一個(gè)方程式，該軟進(jìn)行曲線的其余擬合，顯示結(jié)果和函數(shù)參數(shù)表，在圖形上繪制曲線，并插入未知值。

（5）專注于您的研究，而不是您的軟件

無需編碼。圖表和結(jié)果會(huì)實(shí)時(shí)自動(dòng)更新。對(duì)數(shù)據(jù)和分析的任何更改 - 添加遺漏數(shù)據(jù)，省略錯(cuò)誤數(shù)據(jù)，更正拼寫錯(cuò)誤或更改分析選擇 - 都會(huì)立即反映在結(jié)果，圖形和布局中。

（6）無需編程即可自動(dòng)完成工作

減少分析和繪制一組實(shí)驗(yàn)的繁瑣步驟。通過創(chuàng)建模板，復(fù)制系列或克隆圖表可以輕松復(fù)制您的工作，從而節(jié)省您數(shù)小時(shí)的設(shè)置時(shí)間。使用Magic一鍵單擊，對(duì)一組圖形應(yīng)用一致的外觀。

（7） 無數(shù)種自定義圖表的方法

專注于數(shù)據(jù)中的故事，而不是操縱您的軟件。它可以輕松創(chuàng)建所需的圖形。選擇圖形類型，并自定義任何部分 - 數(shù)據(jù)的排列方式，數(shù)據(jù)點(diǎn)的樣式，標(biāo)簽，字體，顏色等等。定制選項(xiàng)是無止境的。一鍵導(dǎo)出出版物 - 質(zhì)量圖

（8）減少發(fā)布時(shí)間

它允許您自定義導(dǎo)出(文件類型，分辨率，透明度，尺寸，顏色空間RGB / CMYK)以滿足期刊的要求。設(shè)置默認(rèn)值以節(jié)省時(shí)間。

（9）加強(qiáng)協(xié)作

分享超過您的圖表。軟件對(duì)您數(shù)據(jù)的全面記錄可以與其他科學(xué)家進(jìn)行有效的合作。項(xiàng)目的所有部分(原始數(shù)據(jù)，分析，結(jié)果，圖形和布局)都包含在一個(gè)文件中，您只需單擊一下即可共享。現(xiàn)在，其他人可以在每一步都輕松地完成您的工作，提高您的發(fā)現(xiàn)的清晰度并簡(jiǎn)化您的協(xié)作工作。

下面以GraphPad Prism 6.0簡(jiǎn)單演示一下操作。

1、打開空白頁。通常選擇“Enter and plot error values alreadycalculated elsewhere”，再點(diǎn)擊“create”。

2、完成上一步動(dòng)作后就進(jìn)入到主界面。在左側(cè)Table里輸入需要統(tǒng)計(jì)的數(shù)據(jù)。在table里每輸入一組完整數(shù)據(jù)，在graph里就自動(dòng)生成相應(yīng)的數(shù)據(jù)圖。右側(cè)顯示的是目錄。點(diǎn)擊Data tables后展示分析的數(shù)據(jù)集；點(diǎn)擊info后顯示數(shù)據(jù)的基本信息，并可新增一些備注描述；點(diǎn)擊results顯示生物統(tǒng)計(jì)分析結(jié)果；當(dāng)錄入數(shù)據(jù)后，點(diǎn)擊graph后會(huì)初步生成一個(gè)統(tǒng)計(jì)圖；Layouts可以對(duì)多個(gè)圖表進(jìn)行排版、并導(dǎo)出成圖片。

3、數(shù)據(jù)導(dǎo)入到table后，你可以選擇數(shù)據(jù)圖的類型，如下圖，點(diǎn)擊“change graph type”，這里我們選擇柱狀圖，plot則選擇“Mean with SD”。XY軸一般默認(rèn)黑色。

4、在數(shù)據(jù)圖上，點(diǎn)擊標(biāo)題、軸名、圖例，可以隨意改動(dòng)名稱、字體和字體大小。在科技論文上，字體一般選用Arial，標(biāo)題的字體大小選18號(hào)，軸名和圖例的字體用12號(hào)。

5、點(diǎn)擊insert，再點(diǎn)擊insert layout，在Arrangement of graph之下選最左側(cè)的方框，點(diǎn)擊OK即可。

6、把之前做好的每一張統(tǒng)計(jì)圖復(fù)制到graph里，然后在圖上右擊，選中“format graph”， 彈出的對(duì)話框中，Linking下方選擇“unlinked picture”，這樣后面即使插入其他不同數(shù)據(jù)圖，都不會(huì)出錯(cuò)了。

除此之外，還可把WB圖、IHC圖等導(dǎo)入進(jìn)來。點(diǎn)擊file→import即可。

7、拼好圖后，就可導(dǎo)出來。選中Export，在File format選TiFF格式，分辨率選擇600，寬度可任意輸入（一般用16 cm），輸入File name為Figure 1，再選取保存路徑，最后點(diǎn)擊OK即可。

五、Origin

Origin是美國(guó)Microcal公司推出的數(shù)據(jù)分析和繪圖軟件，其特點(diǎn)是使用簡(jiǎn)單，采用直觀的、圖形化、面向?qū)ο蟮拇翱诓藛魏凸ぞ邫诓僮?，全面支持鼠?biāo)右鍵和拖放式繪圖。

Originlab官網(wǎng)www.originlab.com

Origin具有兩大功能：數(shù)據(jù)分析和繪圖。數(shù)據(jù)分析包括數(shù)據(jù)的排序、調(diào)整、計(jì)算、統(tǒng)計(jì)、頻譜變換、曲線擬合等功能。

Origin的繪圖是基于模板的，Origin本身提供了幾十種二維和三維繪圖模板。繪圖時(shí)只要選擇所需的模板即可。同時(shí)，Origin允許用戶自己定制模板，如數(shù)學(xué)函數(shù)、圖形樣式和繪圖模板等，也可用C、R語言編寫數(shù)據(jù)分析程序。

Origin是一款函數(shù)繪圖軟件，由OriginLab公司于1991年推出的較流行的專業(yè)函數(shù)繪圖軟件。Origin軟件有兩大主要功能：數(shù)據(jù)分析和繪圖。既可滿足一般用戶的制圖需要，又可滿足高級(jí)用戶數(shù)據(jù)分析、函數(shù)擬合的需要。

軟件的特點(diǎn)

操作簡(jiǎn)便，只需點(diǎn)擊鼠標(biāo)，選擇菜單命令就可完成大部分工作，獲得滿意的結(jié)果。而且，Origin是個(gè)多文檔界面應(yīng)用程序。它將所有工作都保存在Project （*.OPJ）文件中。該文件可包含多個(gè)子窗口，如Worksheet，Graph，Matrix，Excel等。各子窗口之間是相互關(guān)聯(lián)的，可實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)的即時(shí)更新。子窗口可隨Project文件一起存盤，也可單獨(dú)存盤，以便其他程序調(diào)用。

那如何用Origin做好一張圖，就要牢記9種技巧。

技巧一，善用模板主題繪圖

在一張做好的圖的空白處，點(diǎn)擊右鍵，選擇save format as theme。

重命名，并在Filters里挑選所要保存的格式（無所謂的同學(xué)請(qǐng)忽略），點(diǎn)擊OK，這樣我們的模板就保存完成了。

接下來我們通過一個(gè)具體的實(shí)例來學(xué)習(xí)如何調(diào)用模板主題快速作圖。首先，先做出一張草圖。

然后按F7，彈出Theme Organizers對(duì)話框，選中剛才保存的主題，點(diǎn)擊Apply Now，然后Close，即可。

技巧二、搭配使用Excel制作數(shù)據(jù)處理模板

以一張電化學(xué)圖的數(shù)據(jù)處理為例，原始數(shù)據(jù)的橫坐標(biāo)需要將參比電極由SCE轉(zhuǎn)換為RHE，col(A)=col(A) 1.008，縱坐標(biāo)需要將電流（A）轉(zhuǎn)換為電流密度（mA cm-2），col(B)=col(B)*1000/0.247。

打開一個(gè)Excel，將sheet1重命名為電化學(xué)，把原始數(shù)據(jù)復(fù)制到Excel里，然后另起一列選中E1單元格，輸入“=A1 1.008”，回車。

同理，在F1單元格中輸入“=B1*1000/0.247”，回車。然后鼠標(biāo)左鍵框選E1和F1，并將鼠標(biāo)放在右下角，待鼠標(biāo)變?yōu)椤?”字時(shí)，按住左鍵拖至數(shù)據(jù)最后一行，保存Excel。

然后，如何使用Excel模板來處理數(shù)據(jù)。將原始數(shù)據(jù)導(dǎo)入Origin的book中，全選，復(fù)制。然后打開Excel模板，在A1單元格的位置上點(diǎn)擊右鍵，粘貼。此時(shí)，處理后的數(shù)據(jù)顯示在E列和F列，分別對(duì)應(yīng)著原始數(shù)據(jù)中的A列和B列。選擇E列和F列，復(fù)制，粘貼回Origin里，就可以使用技巧一作圖了。

技巧三、修改Origin的默認(rèn)初始格式

修改Origin的默認(rèn)格式主要有兩方面，一個(gè)是修改繪圖默認(rèn)格式，一個(gè)是修改字體等的默認(rèn)格式。

在保存模板主題時(shí)，勾選set as system theme。以后每次plot都直接以保存的格式呈現(xiàn)。需要注意的是，保存模板所使用的圖和要保存的格式一定要確保準(zhǔn)確無誤。

此時(shí)的坐標(biāo)范圍格式就不要保存為系統(tǒng)主題了，當(dāng)然如果保存了，也可以每次都使用Rescale按鈕使其重新調(diào)整刻度。

然后，是修改字體等的默認(rèn)格式。點(diǎn)擊Tools，選擇Opinion。

在彈出的對(duì)話框里，text fonts標(biāo)簽下，就可以修改字體、顏色、字號(hào)等Origin默認(rèn)格式。

技巧四、快速設(shè)置book中的列為XYXYXY

鼠標(biāo)移至表頭左上方，左鍵點(diǎn)擊，全選數(shù)據(jù)。

右鍵，選擇set as，一般選擇XY XY。

技巧五、Y-offset處理同類型數(shù)據(jù)繪圖

Book中的各列設(shè)置好XYXYXY后，全選數(shù)據(jù)，不要點(diǎn)擊作線圖，長(zhǎng)按線圖工具欄里的第五個(gè)圖標(biāo)，選擇stacked lines by Y offsets作圖（也可以通過依次點(diǎn)擊Plot，Y-offset/Waterfall，stacked lines by Y offsets實(shí)現(xiàn)）。

若要調(diào)整曲線間距，雙擊曲線，彈出對(duì)話框，點(diǎn)擊Offset標(biāo)簽，此時(shí)顯示第一條曲線的Y軸偏移量為0，即不偏移。在左側(cè)點(diǎn)擊第二條曲線，此時(shí)可修改第二條曲線相對(duì)于第一條曲線的Y軸偏移量。同理，依次修改各條曲線的偏移量。點(diǎn)擊Apply，可隨時(shí)觀察是否偏移到合適的位置。

或者，可以直接用鼠標(biāo)拖動(dòng)要移動(dòng)的曲線。單擊曲線，片刻后再次單擊要移動(dòng)的那條曲線，這時(shí)就選中了該條曲線，可直接按住鼠標(biāo)左鍵上下拖動(dòng)。

技巧六、Merge功能組合復(fù)雜數(shù)據(jù)

以一張xps圖為例演示Merge的用法。先在不同的graph里單獨(dú)畫出要合并的圖，然后點(diǎn)擊Merge快捷按鈕。

在彈出的對(duì)話框中設(shè)置合并效果。在Graphs里設(shè)置要合并的圖以及順序，在Rows和Columns里設(shè)置如何擺放這些圖，show axes frame去掉一些多于的元素，因?yàn)槭撬膹垐D垂直排列，所以垂直方向間隙vertical gap設(shè)置為0，點(diǎn)擊ok。

刪掉多余的元素，美化后，就得到了一張組合圖Graph5。

技巧七、Origin工具欄快速調(diào)整字體和線條格式

繪圖過程需要調(diào)節(jié)最多的就是字體和線條的格式了，這時(shí)我們可以利用Origin提供的快速工具欄來方便調(diào)節(jié)它們。

利用Ctrl或鼠標(biāo)左鍵框選多個(gè)同類別的對(duì)象，統(tǒng)一利用工具欄進(jìn)行調(diào)整，可以快速準(zhǔn)確地完成作圖。

技巧八、直接復(fù)制粘貼圖中的元素

盡管我們保存了很多模板主題，但仍然不能窮盡所有。然而有時(shí)候當(dāng)我們發(fā)現(xiàn)已經(jīng)有一張做好的Origin圖，打開它，那么它的每一個(gè)元素對(duì)象（選中，copy），以及它的格式（空白處右鍵，copy format），都可以被我們利用。

技巧九、直接刪除錯(cuò)點(diǎn)

由于儀器環(huán)境等誤差，造成原始數(shù)據(jù)出現(xiàn)了異常的“跳點(diǎn)”，這些不正常的點(diǎn)應(yīng)該直接刪去。

單擊曲線，片刻后單擊該點(diǎn)就可以選中這個(gè)點(diǎn)（如果一張圖li95175534有多條曲線，還要點(diǎn)擊一條曲線先選中該曲線，再選擇這條曲線上的點(diǎn)），然后右鍵，選擇Clear Point，可直接刪掉這個(gè)點(diǎn)，也可以選擇Edit Point來找到這個(gè)點(diǎn)。

應(yīng)用實(shí)例，以下操作用Origin 8.5繪制

繪制簡(jiǎn)單的線圖

導(dǎo)入 Graphing文件夾中的 AXES.OAT文件數(shù)據(jù)。

選中一列，單擊菜單欄命令Plot>Line，或2D Graphs工具欄的Line.

如圖所示，

繪制Y誤差圖

導(dǎo)入Curve Fitting文件的Gaussian.dat文件數(shù)據(jù)。選中一列將其設(shè)置為Y Error列，如圖。

單擊菜單命令【Plot】→【Symbol】一【Y Error】或2D Graphs工具欄的【Y Error】按鈕。

繪制垂線圖

導(dǎo)入Graphing文件夾中的 AXES .DAT文件數(shù)據(jù)，選中一列，單擊菜單命令【Plot】→【Symbol】→【Vertical Drop Line】或2D Graphs工具欄【Vertical Drop Line】按鈕。

繪制柱形圖

導(dǎo)入 Graphing文件夾中的AXES.DAT文件數(shù)據(jù)。選中一列，單擊菜單命令【Plot】→【Column/Bar/Pie】→【Column】或2D Graphs工具欄的【Column】按鈕。

繪制對(duì)壘柱形圖

導(dǎo)入 Graphing文件夾中的 Group.dat文件數(shù)據(jù)。選中一列，單擊菜單命令【Plot】→【Column/Bar/Pie】→【Stack Column】或2D Graphs工具欄的【Stack Column】按鈕。

繪制三角圖

三角圖主要用于描述X、Y、Z列所代表的量之間的比例關(guān)系，因此，理論上應(yīng)滿足X Y Z=1。如果數(shù)據(jù)表中的數(shù)據(jù)沒有歸一化，Origin在繪圖時(shí)會(huì)自動(dòng)歸一化。

導(dǎo)入 Graphing文件夾中的 Ternary 1.dat文件數(shù)據(jù)。選中一列將其類型設(shè)置為Z，單擊菜單命令【Plot】→【Specialized】→【Ternary】或2D Graphs工具欄上的【Ternary】按鈕。

繪制矢量XYAM圖

創(chuàng)建一個(gè)包含3個(gè)Y列的工作表。

選中A列,然后單擊菜單命令【Column】→【Set Column Values...】， 打開【Set Values】對(duì)話框,設(shè)置A列公式“cos(i-1)*2*pv50)”,范圍Row(i):“1To50”，然后單擊【Apply】。

單擊【>>】按鈕將B列設(shè)為要設(shè)置值的列，輸入公式“sin(i-1)*2*pi/50)'，范圍默認(rèn)，然后單擊【Apply】按鈕。

依次將C列公式設(shè)置為“(i-1)*2*pi/50”，D列設(shè)置為”1”，然后單擊【OK】按鈕完成設(shè)置值。

選中B、C和D三列。

單擊菜單命令【Plot】→【Specialized】→【Vector XYAM】或2D Graphs工具欄上的【Vector XYAM】按鈕。

繪制矢量XYXY圖

1、創(chuàng)建一個(gè)包含兩對(duì)XY列的工作表。

2、選中A列,然后單擊菜單命令【 Column】→【 Set column Values...】，打開【 Set values】對(duì)話框,設(shè)置A列公式為“cos(i-1)*2*pi/50)”，范圍Row(i):“1To50”，然后單擊【Apply】按鈕。

3、單擊【>>】按鈕將B列設(shè)為要設(shè)置值的列，輸入公式“sin(i-1)*2*pi/50)”，范圍默認(rèn),然后單擊【 Apply】。

4、依次將C列公式設(shè)置為“1.2*cos((i-1)*2*pi/50)”，D列設(shè)置為“1.2*sin((i-1)*2*pi/50)”，然后單擊【OK】按鈕完成設(shè)置值。

5、選中A、B、C和D三列。

6、單擊菜單命令【Plot】→【Specialized】→【Vector XYXY】或2D Graphs工具欄上的【Vector XYXY】按鈕。

繪制含數(shù)據(jù)標(biāo)簽的圖

1、導(dǎo)入Graphing文件夾中的3D Pie Chart.dat文件數(shù)據(jù)。

2、添加一個(gè)列，然后將B列數(shù)據(jù)復(fù)制到C列。

3、選中C列將其設(shè)置為標(biāo)簽列。

4、選中B、C兩列，然后單擊菜單命令【Plot】→【Column/Bar/Pie】→【Bar】或2D Graphs工具欄上的【Bar】按鈕。

六、ImageJ

ImageJ是一個(gè)基于JAVA的圖像處理軟件，由NIH開發(fā)。可運(yùn)行于Windows 10、Mac OS、Linux。ImageJ能夠顯示、編輯、分析、處理、保存8位~32位圖片，支持TIFF/PNG/GIF/JPEG/BMP等多種格式。ImageJ可以在一個(gè)窗口里以多線程的形式層疊多個(gè)圖像。ImageJ可打開任意多的圖像進(jìn)行處理。ImageJ支持用戶自定義插件和宏。所以通常我們還可以同時(shí)安裝一個(gè)圖像處理包FIJI。

軟件下載鏈接 https://imagej.nih.gov/ij/download.html

在安裝ImageJ之前，留意下你電腦是否安裝了JAVA程序語言，因?yàn)镮mageJ需要在JAVA環(huán)境下運(yùn)行。

FIJI安裝包鏈接 https://fiji.sc/

批量處理圖片的操作過程如下

1、打開Fiji軟件，Process>Batch>Macro進(jìn)入批處理設(shè)置Batch Process窗口

2、Input：選擇原始圖片存放位置。

3、Output：選擇存放處理后圖片的文件夾。

4、Outputformat：選擇處理后圖片的保存格式。

5、Add macro code：選擇需要執(zhí)行的操作?？奢斎氚喾N操作的macro，即對(duì)成百上千張圖片進(jìn)行同樣的處理。

應(yīng)用實(shí)例

科研論文圖片中免疫熒光和免疫組化等圖片的基本要求必須有標(biāo)尺，用以顯示物體的實(shí)際大小。所以接下來我們用ImageJ演示一下加標(biāo)尺的步驟。

1、打開一張有標(biāo)尺的圖片，使用MagnifyingGlass（放大鏡）工具放大標(biāo)尺，使用直線工具Shift沿著標(biāo)尺畫一條直線。

2、Analyze>Set Scale進(jìn)入標(biāo)尺設(shè)置界面。

直線的距離為77.3333pixels，已知距離是25μm，Unit of length為μm，Global對(duì)所有后續(xù)打開圖片有效，否則只對(duì)當(dāng)前圖片有效，Scale為3.0933 pixels/μm，點(diǎn)擊OK可見圖片右上角顯示圖片的長(zhǎng)寬單位為μm：

3、Analyze>Tools>Scale Bar給無標(biāo)尺的圖片添加標(biāo)尺。

依次設(shè)置標(biāo)尺大小、外觀、字體、顏色、位置等。點(diǎn)擊OK就能方便的添加標(biāo)尺了，如上圖添加了一個(gè)紅色的25μm的標(biāo)尺。

如果你在實(shí)驗(yàn)過程中忘記添加標(biāo)尺了，也可用ImageJ添加。

1、本次使用軟件為ImageJ/Fiji?，F(xiàn)有一系列無標(biāo)尺的同尺寸圖片，打開相同條件下獲得的有標(biāo)尺的圖片，根據(jù)基本方法校正標(biāo)尺，得到該標(biāo)尺為4.65 pixels/μm：

2、Plugins-> Macros -> Record…錄制宏，Analyze -> Tools-> Scale Bar添加標(biāo)尺，點(diǎn)擊Create創(chuàng)建宏：

3、將一系列無標(biāo)尺的圖片放至無標(biāo)尺文件夾，新建一個(gè)空的命名為有標(biāo)尺的文件夾。Process -> Batch -> Macro進(jìn)入Batch Process窗口。選擇輸入文件夾為無標(biāo)尺文件夾，選擇輸出文件夾為有標(biāo)尺文件夾。輸出圖片格式為TIFF，將錄制好的宏復(fù)制粘貼至下方文本框中，點(diǎn)擊Process進(jìn)行批量添加操作：

打開有標(biāo)尺文件夾，可見每張圖片均已添加了一個(gè)50 μm的標(biāo)尺：

七、SPSS

SPSS是由Standford大學(xué)的3位研究生于20世紀(jì)60年代末開發(fā)。1984年他們推出了世界上第一個(gè)統(tǒng)計(jì)分析軟件微機(jī)版本SPSS/PC ，開創(chuàng)了SPSS微機(jī)系列產(chǎn)品的發(fā)展方向，并廣泛應(yīng)用于自然科學(xué)、技術(shù)科學(xué)和社會(huì)科學(xué)各領(lǐng)域。

SPSS也是世界上最早采用圖形菜單驅(qū)動(dòng)界面展現(xiàn)出來，操作界面友好，輸出結(jié)果美觀。它將大部分功能以統(tǒng)一、規(guī)范的界面展現(xiàn)出來，只要用戶具備初步的統(tǒng)計(jì)學(xué)知識(shí)，就可方便使用該軟件。

SPSS的基本功能包括數(shù)據(jù)管理、統(tǒng)計(jì)分析、圖表分析、輸出管理等。其統(tǒng)計(jì)分析過程包括描述性統(tǒng)計(jì)、均值比較、一般線性模型、相關(guān)分析、回歸分析、對(duì)數(shù)線性模型、聚類分析、數(shù)據(jù)簡(jiǎn)化、生存分析、時(shí)間序列分析、多重響應(yīng)等幾大類。每個(gè)大類分為多個(gè)統(tǒng)計(jì)過程，比如將回歸分析分為線性回歸分析、曲線估計(jì)、Logistic回歸、加權(quán)估計(jì)、兩階段最小二乘法、非線性回歸等多個(gè)統(tǒng)計(jì)過程，每個(gè)過程允許用戶選擇不同方法和參數(shù)。為了方便結(jié)果的演示和輸出，SPSS也集成了專門的繪圖系統(tǒng)，可以根據(jù)數(shù)據(jù)繪制各種圖形。SPSS與SAS、BMDP并稱為國(guó)際上最有影響力的三大統(tǒng)計(jì)軟件，也是生物信息學(xué)研究中應(yīng)用最廣泛的統(tǒng)計(jì)學(xué)軟件之一。

https://www.ibm.com/analytics/spss-statistics-software

我們用SPSS軟件可做出各式各樣的數(shù)據(jù)圖，包括條形圖、箱線圖、散點(diǎn)圖等。下面小編就為大家演示一下繪畫一個(gè)簡(jiǎn)單箱線圖。簡(jiǎn)單箱線圖常用來輔助研究者了解分類變量下連續(xù)變量的數(shù)據(jù)分布或檢測(cè)異常值，其中分類變量為無序或有序分類變量。簡(jiǎn)單箱線圖常用來結(jié)合獨(dú)立樣本t檢驗(yàn)，配對(duì)樣本t檢驗(yàn)，單因素重復(fù)測(cè)量方差分析等檢驗(yàn)使用。

在作圖前，假如我們已得到了一批數(shù)據(jù)。

1、在主界面點(diǎn)擊Graphs→Chart Builder，選擇左下角的Choose from框中的Boxplot。

2、選擇boxplot后，其右側(cè)顯示3個(gè)選項(xiàng)，將第1個(gè)圖拖拽至上方預(yù)覽窗格中（如果鼠標(biāo)懸停在該圖上方會(huì)提示Simple boxplot，即簡(jiǎn)單箱線圖）。

3、將變量index從variable框中拖到“Y-Axis？”框，變量Education拖到“X-Axis？”框。

4、如需改變Y軸屬性，可在Edit properties of.框中選擇“Y-Axis1(Box)'。

5、如果需改變連續(xù)變量的刻度屬性，以避免Y軸的起始值過大，不能準(zhǔn)確反映數(shù)據(jù)特征。故可取消Scale Range區(qū)域minimum選項(xiàng)的勾選，隨后自定義數(shù)值custom，默認(rèn)值為0. 本例將最小值設(shè)為50.

6、如需改變X軸屬性，在Edit Properties框中選擇“X-Axis（Box1），可以改變標(biāo)簽（Legend Label框），改變分類的排序（Categories框中：Sort by、Direction或Order框中上下箭頭進(jìn)行調(diào)整）。

7、所有設(shè)定完成后點(diǎn)擊OK，最終生成簡(jiǎn)單的箱線圖。

八、STATA

STATA是一套提供其使用者數(shù)據(jù)分析、數(shù)據(jù)管理以及繪制專業(yè)圖表的完整及整合性統(tǒng)計(jì)軟件。它提供許許多多功能，包含線性混合模型、均衡重復(fù)反復(fù)及多項(xiàng)式普羅比模式。用Stata繪制的統(tǒng)計(jì)圖形相當(dāng)精美。

Stata的作圖模塊，主要提供如下八種基本圖形的制作 : 直方圖（histogram），條形圖（bar），百分條圖 （oneway），百分圓圖（pie），散點(diǎn)圖（two way），散點(diǎn)圖矩陣（matrix），星形圖（star），分位數(shù)圖。這些圖形的巧妙應(yīng)用，可以滿足絕大多數(shù)用戶的統(tǒng)計(jì)作圖要求。在有些非繪圖命令中，也提供了專門繪制某種圖形的功能，如在生存分析中，提供了繪制生存曲線圖，回歸分析中提供了殘差圖等。

STATA也具有很強(qiáng)的程序語言功能，用戶可充分發(fā)揮自己的聰明才智，熟練應(yīng)用各種技巧。事實(shí)上，STATA的ado文件都是用STATA本身的語言編寫。

STATA的統(tǒng)計(jì)分析能力遠(yuǎn)超過SPSS，由于Stata在分析時(shí)是將數(shù)據(jù)全部讀入內(nèi)存，在計(jì)算全部完成后才和磁盤交換數(shù)據(jù)，因此計(jì)算速度極快（一般來說， SAS的運(yùn)算速度要比SPSS至少快一個(gè)數(shù)量級(jí)，而Stata的某些模塊和執(zhí)行同樣功能的SAS模塊比，其速度又比SAS快將近一個(gè)數(shù)量級(jí)！）Stata也是采用命令行方式來操作，但使用上遠(yuǎn)比SAS簡(jiǎn)單。其生存數(shù)據(jù)分析、縱向數(shù)據(jù)（重復(fù)測(cè)量數(shù)據(jù)）分析等模塊的功能甚至超過了SAS。用Stata繪制的統(tǒng)計(jì)圖形相當(dāng)精美，很有特色。

https://www.stata.com/

用STATA可繪畫函數(shù)圖、散點(diǎn)圖、直方圖、條形圖、箱線圖等。

假如我們要畫函數(shù)圖，它的命令格式是

其中twoway可簡(jiǎn)寫成tw；中括號(hào)內(nèi)的部分函數(shù)可省略，即可省略“y=”；f(x)是這個(gè)命令的主題，可以是一般數(shù)學(xué)函數(shù)式，也可是STATA內(nèi)已有的函數(shù)。[options]是可選參數(shù)。

下表顯示的是STATA可應(yīng)用的函數(shù)類別

范例

//函數(shù)圖：twoway function
twoway function y=x^2 2*x 1, range(-2 2)              //Twoway Function Graph (1)twoway function y=normalen(x), range(-4 4)           //Twoway Function Graph (2)twoway function exp(-x/6)*sin(x), range(0 12.57)     //Twoway Function Graph  (3)tw function logit(x)                                                          //Twoway Function Graph (4)

另外，我們用STATA輸出的圖形一般帶有淺藍(lán)色底紋，但是部分國(guó)際權(quán)威期刊要求提交的論文圖片上不能有任何底紋顏色。那我們可以通過設(shè)定繪圖模板scheme來改變圖形的整體風(fēng)格。

畫散點(diǎn)圖

. sysuse 'auto.dta', clear  . twoway scatter mpg weight, scheme(qleanmono)

畫折線圖

. sysuse uslifeexp,clear. twoway line le_male   year || line le_female year, scheme(qleanmono)

畫矩陣圖

sysuse lifeexp, cleargen lgnppc = ln(gnppc)gr matrix popgr lexp lgnp safe, scheme(qleanmono)

畫條形圖

下面給大家介紹幾個(gè)純色圖的模板。主要涉及的風(fēng)格模板有tufte 、 burd 、 lean1 和 lean2

另，還可通過mcolor()選項(xiàng)去選擇qlean模板的色彩搭配風(fēng)格。

安裝方法：

. ssc install scheme_tufte, replace. ssc install scheme-burd, replace. net install gr0002_3.pkg

應(yīng)用示例：

. twoway lfitci mpg weight || scatter mpg weight, scheme(qlean) mc(ply3)

. twoway lfitci mpg weight || scatter mpg weight, scheme(burd)

每種軟件都有它的獨(dú)特功能，我們要清楚了解到每種軟件的功能，針對(duì)軟件的一些功能去處理相應(yīng)的數(shù)據(jù)。比如組合數(shù)據(jù)圖時(shí)，小編習(xí)以為常地運(yùn)用PPT、GraphPad、Photoshop。如要測(cè)量光密度，那用IPP軟件是最好不過了。

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