他是一位中國女婿,2014 年諾貝爾化學(xué)獎得主,獲獎理由是實(shí)現(xiàn)了單分子水平的超高分辨率熒光顯微技術(shù)。如今他再修顯微神技,可以 3D 方式看清楚細(xì)胞內(nèi)每個細(xì)節(jié)。
他就是美國霍華德·休斯醫(yī)學(xué)研究所(HHMI)珍妮莉亞研究園區(qū)的埃里克·本茨格(Eric Betzig)教授。這項(xiàng)研究于北京時間 2020 年 1 月 17 日發(fā)表在美國《科學(xué)》雜志(Science)封面上。通訊作者是本茨格和同事哈拉爾德·赫斯(Harald F. Hess)博士,他們是老搭檔。
本茨格在接受 DeepTech 專訪時表示,雖然這項(xiàng)技術(shù)還處于起步階段,但他們已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了一些令人驚訝的現(xiàn)象?!斑@些現(xiàn)象暗示了我們目前對細(xì)胞的描述是帶有偏見的,這些發(fā)現(xiàn)可能會對腫瘤學(xué)、免疫學(xué)和發(fā)育生物學(xué)產(chǎn)生重大影響。”
這項(xiàng)技術(shù)被稱為 cryo-SR/EM,意即融合了超分辨率的光學(xué)顯微鏡技術(shù)和電子顯微鏡技術(shù),最終以 3D 形式呈現(xiàn)了細(xì)胞內(nèi)部清晰的細(xì)節(jié)。
通過這種新的顯微技術(shù),你可以看到細(xì)胞內(nèi)部真實(shí)且繁雜忙碌的世界,以及蛋白質(zhì)與細(xì)胞精細(xì)結(jié)構(gòu)的關(guān)系??梢赃@么說,如果說摘得諾獎是登頂,那么這次,埃里克·本茨格接近封神了。
圖 | 新技術(shù)融合了超分辨率的光學(xué)顯微鏡技術(shù)和電子顯微鏡技術(shù),最終以 3D 形式呈現(xiàn)了細(xì)胞內(nèi)部清晰的細(xì)節(jié)。(來源:《科學(xué)》)
圖 | 哺乳動物小腦顆粒神經(jīng)元的半透明彩色核。(來源:《科學(xué)》)
顯微技術(shù)在今天有很多選擇,但都不完美:要么觀察的細(xì)胞結(jié)構(gòu)不完整,要么無法應(yīng)用熒光,要么分辨率不夠,要么視野太小。
依靠熒光分子標(biāo)記,光學(xué)顯微鏡下就可以輕松識別特定的細(xì)胞結(jié)構(gòu),而超分辨率的熒光顯微鏡提升了清晰度。然而細(xì)胞中有上萬種蛋白質(zhì),熒光標(biāo)記只能在有限時間內(nèi)分辨?zhèn)€位數(shù)的蛋白質(zhì),這就讓人們難以理解標(biāo)記蛋白質(zhì)與其他物質(zhì)的關(guān)系。
另一方面,高分辨率的電子顯微鏡可以顯示細(xì)胞中所有結(jié)構(gòu),但在異常擁擠的細(xì)胞內(nèi)部,比如染色質(zhì)和內(nèi)質(zhì)網(wǎng),僅僅依靠電子顯微鏡的灰階成像難以區(qū)分所有的細(xì)節(jié),難以鑒定蛋白質(zhì)的分布。此外,電子顯微鏡技術(shù)需要對樣品進(jìn)行切片、脫水、固定、鍍金等操作,這會破壞細(xì)胞活性甚至改變其結(jié)構(gòu)。
既然都不完美,那么科學(xué)家設(shè)想,將這兩種技術(shù)結(jié)合起來是不是可以得到更好結(jié)果呢?
本茨格和赫斯是這么做的:
第一步,將細(xì)胞高壓冷凍。這會在數(shù)毫秒內(nèi)迅速讓細(xì)胞內(nèi)部活動停止,還能防止損壞細(xì)胞結(jié)構(gòu)冰晶的產(chǎn)生,那么數(shù)據(jù)會更加保真。
接下來,把樣品放置到不到絕對零度以上 10 度的低溫中,用超分辨率的熒光顯微鏡進(jìn)行 3D 成像。
第三步,將樣品用樹脂包埋,在赫斯實(shí)驗(yàn)室開發(fā)的超級電子顯微鏡中成像。這個電子顯微鏡會向細(xì)胞表面發(fā)射一束離子,每拍攝一次就會研磨掉一層樣品。之后計算機(jī)會將這些圖像拼接進(jìn)行 3D 圖像重建。
最后,將兩種方式獲得的 3D 圖像疊加,令人震撼的細(xì)胞內(nèi)部就呈現(xiàn)出來了。
圖 | 全細(xì)胞的關(guān)聯(lián)成像。自左上方順時針分別為:線粒體和內(nèi)質(zhì)網(wǎng)蛋白正交排列的立體渲染圖;形態(tài)各異的溶酶體囊狀結(jié)構(gòu);有轉(zhuǎn)錄活性的報告蛋白決定了異染色質(zhì)亞域;與接觸小腦顆粒神經(jīng)元的膜粗糙度相關(guān)的粘附蛋白;過氧化物酶體(粉紅色)與內(nèi)質(zhì)網(wǎng)(紅色)和線粒體(青色)。(來源:《科學(xué)》)
新顯微技術(shù)可以看清楚電子顯微鏡中難以辨別的部分,如特別長且錯綜復(fù)雜的內(nèi)體,并且可以區(qū)分溶酶體、過氧化物酶體和線粒體來源的囊泡。比如:
染色質(zhì):神經(jīng)元的細(xì)胞核在成熟前后有顯著不同。DNA 會重新包裝,開啟新的一組基因。這些變化會在細(xì)胞內(nèi)部的灰色斑點(diǎn)和彩色熒光兩種模式中體現(xiàn)出來。
神經(jīng)黏連:類似瑞士奶酪的黏連會將新生神經(jīng)元遷移到神經(jīng)系統(tǒng)的正確位置。
內(nèi)體:可幫助細(xì)胞存儲蛋白質(zhì),分解胞內(nèi)垃圾以及運(yùn)輸物質(zhì)。但電子顯微鏡照片無法區(qū)分那么多囊泡。
研究人員說,該技術(shù)的本質(zhì)是在聚焦離子束掃描電子顯微鏡(FIB-SEM)的冷凍固定和冷凍替代/染色兩步驟之間插了一個步驟,即低溫超分辨率(cryo-SR)成像。這就同時具備了基于樹脂包埋的熒光顯示、重金屬染色和超微結(jié)構(gòu)顯示,可謂一箭多雕。
中科院遺傳與發(fā)育研究所生物學(xué)研究中心高級工程師姜韜如此評價:
“其技術(shù)的本質(zhì)相當(dāng)于,我們原來用閃光燈照相可以拍照出黑夜里的灌木叢,或者用微光相機(jī)拍照出黑夜里的螢火蟲,但我們不能實(shí)現(xiàn)兩者兼得,現(xiàn)在本茨格團(tuán)隊可以用一個裝置一次性拍攝清晰的灌木叢及其中的螢火蟲,并重構(gòu)出它們實(shí)時關(guān)系的 3D 圖像?!?/p>
北京大學(xué)工學(xué)院生物醫(yī)學(xué)工程系席鵬研究員從事超高分辨光學(xué)活體顯微技術(shù)研究,他評價說:
“這一研究將關(guān)聯(lián)成像推到了一個前所未有的高度。熒光成像能夠進(jìn)行特異性標(biāo)記(看得準(zhǔn)),但是分辨率受限;電鏡能夠得到非常高的分辨率(看得清),但是缺乏特異性。這一工作將兩者結(jié)合起來,能夠相得益彰。
這樣的嘗試以前并不是沒有人想到過,但是其技術(shù)難度非常大,例如在進(jìn)行光學(xué)成像時,激光會加熱樣品,帶來細(xì)胞內(nèi)部的重結(jié)晶,這會對電鏡成像形成巨大干擾;而在電鏡冷凍條件下,超分辨所需要的一些熒光開關(guān)特性會發(fā)生變化,也會影響熒光成像。本工作系統(tǒng)性地突破了諸多技術(shù)障礙,提供了一套完整可行的光電聯(lián)用顯微技術(shù)?!?/p>
其實(shí)早在 2018 年的聚焦顯微學(xué)術(shù)研討會(FOM)上,赫斯博士就講述了這一工作的部分進(jìn)展。這也是他們兩位科學(xué)家深厚友誼的另一個見證:赫斯教授是掃描電子顯微鏡的專家,而本茨格則是超分辨的鼻祖。本茨格 2006 年發(fā)表在《科學(xué)》上的開創(chuàng)性工作,就是與赫斯一起完成的。
那么該技術(shù)對于生物學(xué)和醫(yī)學(xué)的研究有何推動意義?本茨格向 DeepTech 表示,雖然這個技術(shù)還處于起步階段,但他們已有的研究發(fā)現(xiàn)了令人驚訝的現(xiàn)象?!斑@些現(xiàn)象暗示了我們目前對細(xì)胞的描述是帶有偏見的,這些發(fā)現(xiàn)可能會對腫瘤學(xué)、免疫學(xué)和發(fā)育生物學(xué)產(chǎn)生重大影響?!?/p>
這是因?yàn)?,?xì)胞是一個擁有數(shù)十億運(yùn)動分子的復(fù)雜機(jī)器,且可自我復(fù)制,而每種成像技術(shù)都是以不同方式進(jìn)行不完整的觀察?!澳敲次覀儗⑦@兩種截然不同的成像方式結(jié)合起來,就可以在納米尺度上洞悉細(xì)胞的完整結(jié)構(gòu),這是任何一種單獨(dú)的方法無法實(shí)現(xiàn)的。”
至于醫(yī)學(xué)研究價值,本茨格認(rèn)為,現(xiàn)在說該技術(shù)在醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的直接應(yīng)用為時尚早,“但它可以提供一些可能用于醫(yī)學(xué)的基本見識”。
研究發(fā)現(xiàn),當(dāng)小鼠神經(jīng)祖細(xì)胞分化為小腦顆粒細(xì)胞時,染色質(zhì)在細(xì)胞核中發(fā)生重排。過去,電子顯微鏡下的染色質(zhì)密度被用來指示細(xì)胞核內(nèi)區(qū)域的轉(zhuǎn)錄活性,即是否產(chǎn)生 RNA。“如今新的顯微技術(shù)可以對同一細(xì)胞核作出不一樣的判斷,即我們可以認(rèn)清干細(xì)胞分化時基因開關(guān)調(diào)控的細(xì)節(jié)?!?/p>
席鵬對其應(yīng)用價值評價說:
“這一技術(shù)為細(xì)胞生物學(xué)中的細(xì)胞器精細(xì)結(jié)構(gòu)及其相互作用、細(xì)胞間相互作用提供了新的技術(shù)手段。它能夠?qū)㈦婄R中許多看上去像是制樣引入的雜質(zhì)的噪點(diǎn),以光學(xué)形式確定其身份,從而觀察到許多以往容易被忽略的精彩的生物學(xué)洞見,如過氧物酶體的多種構(gòu)型及與細(xì)胞器的互作、神經(jīng)細(xì)胞間粘附的精細(xì)結(jié)構(gòu)特異性等?!?/p>
圖 | 本茨格夫婦(左一和左二)在中國科技大學(xué)。(來源:中國科技大學(xué))
本茨格出生于 1960 年,是美國發(fā)明家、應(yīng)用物理學(xué)家,1960 年出生于美國密歇根州,1988 年獲得美國康奈爾大學(xué)博士學(xué)位。他多年來致力于光學(xué)成像工具,尤其是突破光學(xué)衍射極限的超高分辨光學(xué)成像工具的開發(fā)。
除了 2014 年諾貝爾化學(xué)獎,他于 2015 年被評為美國科學(xué)院院士,并于同年獲得美國科學(xué)促進(jìn)會紐科姆·克利夫蘭獎。
他還是中國女婿。本茨格教授的夫人吉娜是中國科大 95 級化學(xué)物理系校友,郭沫若獎學(xué)金獲得者,獲加州大學(xué)伯克利分校博士學(xué)位。現(xiàn)為美國霍華德·休斯醫(yī)學(xué)研究所珍妮研究所研究組負(fù)責(zé)人,從事光學(xué)技術(shù)的開發(fā)及其在神經(jīng)科學(xué)中的應(yīng)用。
早年間本茨格在貝爾實(shí)驗(yàn)室與同事發(fā)明了近場掃描光學(xué)顯微技術(shù),這是第一種超分辨率的光學(xué)顯微技術(shù)。不過他認(rèn)為近場光學(xué)有一些致命弱點(diǎn)導(dǎo)致無法廣泛應(yīng)用,隨后離開科研界,到父親位于密歇根的工廠去工作。
在父親工廠做技術(shù)開發(fā) 10 年后,本茨格決定重回科研界,續(xù)寫屬于自己的顯微故事。他聯(lián)系上老友、同在貝爾實(shí)驗(yàn)室工作的赫斯,在客廳里搭建了第一臺基于單分子定位的超分辨熒光顯微鏡的原型。本茨格正是憑借這一技術(shù),獲得了 2014 年諾貝爾化學(xué)獎。
當(dāng)年的諾貝爾化學(xué)獎授予發(fā)展超分辨率熒光顯微成像技術(shù)的 3 位科學(xué)家,他們分別是本茨格、德國馬克斯普朗克生物物理化學(xué)研究所教授斯蒂芬·黑爾(Stefan W. Hell)和美國斯坦福大學(xué)教授威廉姆·莫納爾(William E. Moerner)。
其中本茨格是熒光顯微技術(shù)領(lǐng)域的領(lǐng)軍人物,他突破了傳統(tǒng)顯微成像技術(shù)的物理極限值,實(shí)現(xiàn)了基于單分子信號得到超高分辨率成像。
他們最新的這篇論文也提到目前 cryo-SR/EM 研究的不足,一方面是要規(guī)?;M(jìn)行顯微操作有難度,因其數(shù)據(jù)量巨大,細(xì)胞器多樣性、空間密度、構(gòu)象復(fù)雜,以及結(jié)果單色,都決定了量化較難。不過他們同時指出,機(jī)器學(xué)習(xí)有望助力數(shù)據(jù)分析。
光聲成像專家、加州理工學(xué)院博士后李磊也認(rèn)為,如此精細(xì)的成像使得整個細(xì)胞產(chǎn)生海量的數(shù)據(jù)(可高達(dá) 20TB),如果能把機(jī)器學(xué)習(xí)或者人工智能引入到這項(xiàng)技術(shù)中,將真正釋放這項(xiàng)技術(shù)的全部潛力。他入選了 2019《麻省理工科技評論》中國區(qū)“35 歲以下科技創(chuàng)新 35 人”。
對于顯微鏡技術(shù)的未來,本茨格說,這個領(lǐng)域最大的需求并非開發(fā)新的顯微鏡(盡管肯定會繼續(xù)),而是讓生物學(xué)家們掌握過去 15 年的顯微技術(shù)進(jìn)步,以及從 TB 級、PB 級顯微數(shù)據(jù)中利用計算工具提煉生物學(xué)結(jié)論。