Nature Communications——[12.121]
① 監(jiān)測未感染和感染甲型流感病毒（IAV）的人類和雪貂的上呼吸道（URT）微生物組變化，研究病毒感染對URT菌群的影響；② 未感染的健康人和雪貂的URT菌群在個體內(nèi)部和個體之間都表現(xiàn)為健康穩(wěn)定的生態(tài)群落；③ IAV感染的病人和雪貂，其URT菌群構(gòu)成隨時間和個體間具有顯著改變，假單胞菌相對豐度明顯增加；④ 感染后個體的菌群由紊亂向平衡穩(wěn)態(tài)恢復(fù)的過程與病毒清除和恢復(fù)同步；⑤ 維持微生物組穩(wěn)態(tài)或可作為預(yù)防IAV相關(guān)細菌共感染的治療靶點。
【主編評語】
細菌共感染加重流感病毒感染，常導(dǎo)致疾病惡化，但流感感染對上呼吸道微生物群的影響尚不清楚。Nature Communications最新發(fā)表的文章，揭示出甲型流感病毒感染后個體的上呼吸道菌群經(jīng)歷紊亂向平衡穩(wěn)態(tài)恢復(fù)的過程，其與病毒清除和機體恢復(fù)同步，提示維持微生物組穩(wěn)態(tài)或是預(yù)防甲型流感病毒-細菌共感染的潛在治療靶點。（@愛的抉擇）
【原文信息】
Microbiome disturbance and resilience dynamics of the upper respiratory tract during influenza A virus infection
2020-05-21, doi: 10.1038/s41467-020-16429-9
Journal of Allergy and Clinical Immunology——[10.228]
① 納入丹麥前瞻性COPSAC2010隊列近700名兒童，分析出生1周、1個月、3個月的上呼吸道菌群與6歲過敏性鼻炎患?。ˋR）的關(guān)聯(lián)；② 對上呼吸道粘膜細胞（6歲）的甲基化測序，發(fā)現(xiàn)956個AR相關(guān)的差異性甲基化CpGs位點（DMCs）；③ 792個DMCs的相關(guān)性形成3個功能模塊，且其中一個模塊與溶酶體基因表達、細菌侵襲上皮細胞途徑相關(guān)；④ 6歲AR患者其一周齡上呼吸道菌群豐度減少，且與該模塊相關(guān)，微生物可能通過甲基化對過敏疾病的發(fā)生產(chǎn)生長期影響。
【主編評語】
Journal of Allergy and Clinical Immunology近期發(fā)表的文章，通過對出生1周、1個月、3個月的嬰兒上呼吸道菌群和上呼吸道粘膜細胞的DNA甲基化，以及6歲時是否罹患過敏性鼻炎進行調(diào)查，發(fā)現(xiàn)上呼吸道菌群可影響CpG的甲基化，進而對6歲時是否罹患過敏性鼻炎造成影響。（@愛的抉擇）
【原文信息】
Epigenetic landscape links upper airway microbiota in infancy with allergic rhinitis at 6 years of age
2020-07-18, doi: 10.1016/j.jaci.2020.07.005
Cell Reports——[8.109]
① 與慢性鼻竇炎患者相比，正常人群的上呼吸道中乳酸桿菌屬的相對豐度顯著提高；② 干酪乳桿菌（L. casei) AMBR2菌株可產(chǎn)生過氧化氫酶，有利于其耐受上呼吸道的富氧環(huán)境；③ 該菌株還可產(chǎn)生具黏附功能的菌毛，增強其在上呼吸道的定植能力；④ 該菌株可抑制金黃色葡萄球菌、流感嗜血桿菌和卡他莫拉菌等上呼吸道病原菌的生長，且具有免疫調(diào)節(jié)功能和一定的抗炎活性；⑤ 臨床研究表明，該菌株可短期定植于健康受試者的上呼吸道，未引起不良反應(yīng)。
【主編評語】
科學(xué)研究表明，在正常人體中棲息著千億個以上的微生物，種類多達400多種，主要分布于消化道、眼、鼻、口腔、皮膚及陰道中。盡管在人類腸道、口腔、陰道和皮膚發(fā)現(xiàn)了包括益生菌在內(nèi)的數(shù)量眾多的細菌，但對于上呼吸道的有益細菌還知之甚少。發(fā)表在Cell Reports上的一項研究從健康人體鼻腔中分離到了若干乳桿菌菌株，包括干酪乳桿菌（L.casei）、植物乳桿菌（L.plantarum）、清酒乳桿菌（L. sakei）、鼠李糖乳桿菌（L.rhamnosus）等。其中干酪乳桿菌AMBR2在鼻腔內(nèi)具有較強的適應(yīng)性，并具有抗菌活性和免疫調(diào)節(jié)作用，表明該菌株具有作為上呼吸道益生菌的巨大潛力。（@EADGBE）
【原文信息】
Lactobacilli Have a Niche in the Human Nose
2020-05-26, doi: 10.1016/j.celrep.2020.107674
European Respiratory Journal——[12.339]
① 納入185名支氣管擴張患者，在穩(wěn)態(tài)下對痰液中的菌群、致病菌及中性粒細胞的彈性蛋白酶活性進行分析；② 痰液菌群的α多樣性降低、Pielou均勻性及豐富度的降低與中性粒細胞的彈性蛋白酶活性升高顯著相關(guān)；③ 根據(jù)中性粒細胞的彈性蛋白酶活性（以20μg/mL為標(biāo)準(zhǔn)）將患者分為2組，2組之間的痰液菌群多樣性及組成具有顯著差異；④ 中性粒細胞的彈性蛋白酶活性較高者中，假單胞菌屬顯著富集；⑤ 綠膿桿菌與中性粒細胞的彈性蛋白酶活性升高顯著相關(guān)。
【主編評語】
中性粒細胞浸潤是支氣管擴張的主要驅(qū)動因素，痰液中性粒細胞的彈性蛋白酶活性是支氣管擴張的生物標(biāo)志物。European Respiratory Journal上發(fā)表的一項觀察性橫斷面研究，在185名支氣管擴張患者中發(fā)現(xiàn)，痰液中性粒細胞的彈性蛋白酶活性升高與痰液菌群的多樣性降低、豐富度降低及假單胞菌屬（尤其是綠膿桿菌）的富集相關(guān)。（@szx）
【原文信息】
Sputum Neutrophil Elastase associates with microbiota and P. aeruginosa in bronchiectasis
2020-05-19, doi: 10.1183/13993003.00769-2020
American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine——[17.452]
① 納入110名慢性過敏性肺炎（CHP）、45名特發(fā)性肺纖維化（IPF）患者和28名對照，進行下呼吸道16S rRNA測序分析；② CHP組的細菌載量高于對照組，低于IPF組；③ 與IPF組相反，CHP組的細菌載量與存活率不相關(guān)；④ 在門水平，IPF和CHP的主要菌群包括厚壁菌門、擬桿菌門、變形菌門和放線菌門；⑤ IPF組厚壁菌門豐度高于CHP組，而變形菌門豐度低于CHP組；⑥ 在屬水平，CHP組葡萄球菌屬豐度較高，IPF組放線菌和韋榮氏球菌屬豐度較高。
【主編評語】
慢性過敏性肺炎（CHP）是一種反復(fù)暴露于吸入性抗原并對其過敏后出現(xiàn)的疾病。研究表明，肺部微生物與呼吸系統(tǒng)疾病有關(guān)。但迄今為止，還沒有關(guān)于CHP患者肺部微生物群落組成的研究。發(fā)表在American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine上的一項研究比較了CHP患者和特發(fā)性肺纖維化（IPF）患者的下呼吸道的微生物群落組成，表明肺部微生物群落失調(diào)或與纖維性肺病有關(guān)。（@EADGBE）
【原文信息】
The Respiratory Microbiome in Chronic Hypersensitivity Pneumonitis is Distinct from that of Idiopathic Pulmonary Fibrosis
2020-07-21, doi: 10.1164/rccm.202002-0460OC
mBio——[6.784]
① 收集3名感染嗜肺軍團菌患者的支氣管肺泡灌洗液（BALFs）和痰標(biāo)本共10份，納入微生物組縱向研究；② 嗜肺軍團菌在BALFs樣本中富集（99%的序列），肺部感染和抗生素治療，并未明顯改變嗜肺軍團菌的基因組和抗生素耐藥性基因；③ 抗生素治療影響肺部菌群組成，以耐抗生素菌種為主，與致病性相關(guān)的細菌（厚壁菌門）、古菌、真菌或原生動物富集，且微生物組恢復(fù)變緩；④ 肺部存在與嗜肺軍團菌相關(guān)的阿米巴蟲，且肺部細菌和真菌存在相互作用。
【主編評語】
肺部微生物組可能影響肺炎的嚴(yán)重程度和預(yù)后，但肺炎患者的肺部微生物組的組成尚不清楚。mBio近期發(fā)表的文章，分析了三名因嗜肺軍團菌（Legionella pneumophila）引起的長期肺炎患者的肺部微生物組組成，及其在抗生素治療期間微生物組的變化。本研究還發(fā)現(xiàn)，除細菌和真菌外，古菌和原生動物均存在于肺部，可能影響疾病的發(fā)生發(fā)展。（@nana）
【原文信息】
Persistent Legionnaires' Disease and Associated Antibiotic Treatment Engender a Highly Disturbed Pulmonary Microbiome Enriched in Opportunistic Microorganisms
2020-05-19, doi: 10.1128/mBio.00889-20
Cell Host and Microbe——[15.923]
① 煙曲霉菌感染期間，小鼠肺部的Mo-DC及中性粒細胞通過Dectin-1及IFN信號分泌CXCL9及CXCL10；② CCR2及CXCR3信號對于pDC向肺部的遷移是必需的，骨髓中的pDC首先以CCR2依賴性方式進入血液；③ 隨后Mo-DC及中性粒細胞分泌的CXCL9及CXCL10通過作用于CXCR3，以促進血液中的pDC進入肺部；④ 肺部浸潤的CXCR3 pDC可激活中性粒細胞的NADPH氧化酶活性，以促進抗真菌免疫應(yīng)答，對于宿主防御煙曲霉菌是必需的。
【主編評語】
煙曲霉菌感染是導(dǎo)致免疫功能低下患者的侵襲性曲霉?。↖A）的常見原因，宿主對于IA的防御依賴于肺部浸潤的中性粒細胞及單核細胞來源的樹突細胞（Mo-DC）。Cell Host and Microbe上發(fā)表的一項研究，發(fā)現(xiàn)肺部的Mo-DC及中性粒細胞在煙曲霉菌感染后，可通過分泌CXCL9及CXCL10，招募血液中的CXCR3 漿細胞樣樹突細胞（pDC）進入肺部，而CXCR3 pDC可激活中性粒細胞的抗真菌防御應(yīng)答。（@szx）
【原文信息】
During Aspergillus Infection, Monocyte-Derived DCs, Neutrophils, and Plasmacytoid DCs Enhance Innate Immune Defense through CXCR3-Dependent Crosstalk
2020-07-01, doi: 10.1016/j.chom.2020.05.002
Nature Communications——[12.121]
① 通過對銅綠假單胞菌、大腸桿菌等囊性纖維化（CF）代表菌種進行非典型氨基酸的生物正交標(biāo)記（BONCAT）標(biāo)記，觀察標(biāo)記效果，結(jié)果顯示BONCAT可用于表征CF相關(guān)菌群翻譯活性；② 對病人痰液樣品進行BONCAT標(biāo)記，并使用流式分選技術(shù)分選，同時對痰液樣品進行16S rRNA測序分析；③ BONCAT標(biāo)記陽性的細菌比例在不同的患者之間有很大的差異(6-56%)；④ 患者痰液中大多數(shù)屬是BONCAT陽性和陰性細菌的混合群體，表明患者痰中不同細菌生長速度存在差異。
【主編評語】
要破譯個別微生物類群對肺囊性纖維化發(fā)病機制的作用，需要對它們在感染部位的生態(tài)生理學(xué)有全面的了解。Nature Communications最近發(fā)表的研究，利用非典型氨基酸的生物正交標(biāo)記（BONCAT）的方法，揭示了囊性纖維化患者肺部菌群翻譯活性的廣泛異質(zhì)性。每個患病個體肺部都有一個獨特的細菌群落，盡管群落的成員和相對豐度并不一定能預(yù)測翻譯活性。本研究結(jié)果提示，用這種方式對細菌群落進行分析，或可通過識別具有翻譯活性的細菌亞群來指導(dǎo)治療策略。（@nana）
【原文信息】
Bioorthogonal non-canonical amino acid tagging reveals translationally active subpopulations of the cystic fibrosis lung microbiota
2020-05-08, doi: 10.1038/s41467-020-16163-2
American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine——[17.452]
① 評估工廠不同區(qū)域302名工人（健康和呼吸道疾病患者）的肺組織、皮膚、鼻腔和口腔以及金屬加工液（MWF）、空氣中的微生物群；② 與對照組相比，患者肺組織和MWF的微生物組成相似性增加；③ 機械車間工人的皮膚、鼻腔和口腔與MWF樣品中微生物群的關(guān)系更密切；④ 患者肺組織樣本和機械車間工人的皮膚、鼻腔樣品都富集了MWF的優(yōu)勢細菌類群-假單胞菌屬；⑤ 使用過的MWF可在體外刺激小鼠B細胞增殖，B細胞是該疾病病理的標(biāo)志性細胞亞型。
【主編評語】
金屬加工液（MWF）是一種微生物高度定殖的液體，工人接觸具有呼吸系統(tǒng)癥狀和疾病的風(fēng)險。在一家制造廠接觸MWF的工人中，出現(xiàn)了一種新型職業(yè)相關(guān)肺部疾病，表現(xiàn)為淋巴細胞性毛細支氣管炎和肺泡導(dǎo)管炎，伴有B細胞濾泡和肺氣腫。American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine近期發(fā)表的文章，對接觸MWF的工人（健康和呼吸道疾病患者）進行菌群分析，發(fā)現(xiàn)MWF中優(yōu)勢類群可轉(zhuǎn)移到患者和機械車間工人，且MWF可體外刺激小鼠B細胞增殖，這是該病的特征之一。研究提示工作相關(guān)的微生物環(huán)境暴露是人類微生物群的決定因素之一，可能對肺健康產(chǎn)生影響。（@愛的抉擇）
【原文信息】
Evidence for Environmental-human Microbiota Transfer at a Manufacturing Facility with Novel Work-related Respiratory Disease
2020-07-16, doi: 10.1164/rccm.202001-0197OC
Journal of Allergy and Clinical Immunology——[10.228]
① 納入879名平均62歲的美國農(nóng)民，收集臥室塵埃樣本，其中333名及163名分別患有哮喘或特應(yīng)性，93名同時患有哮喘及特應(yīng)性；② 臥室塵埃細菌的α-多樣性及β-多樣性均與哮喘狀態(tài)無顯著關(guān)聯(lián)；③ 特應(yīng)性及花粉癥患者的臥室塵埃細菌α-多樣性較低；④ 藍細菌門、擬桿菌門及梭桿菌門中的某些分類群在哮喘、特應(yīng)性及花粉癥患者的臥室塵埃中顯著富集；⑤ 厚壁菌門中的某些分類群在得到充分控制的哮喘患者、非特應(yīng)性及非花粉癥患者的臥室塵埃中顯著富集。
【主編評語】
室內(nèi)塵埃細菌的暴露與兒童的哮喘及特應(yīng)性相關(guān)，但在成年人中的相關(guān)研究較少。Journal of Allergy and Clinical Immunology上發(fā)表的一項巢式病例對照研究，對近一千名美國農(nóng)業(yè)人口的臥室塵埃菌群及過敏性疾病狀態(tài)進行了分析，發(fā)現(xiàn)臥室塵埃菌群的α-多樣性及組成與特應(yīng)性及花粉癥顯著相關(guān)，并鑒定出了在哮喘、特應(yīng)性及花粉癥患者的臥室塵埃菌群中顯著富集的分類群。該研究結(jié)果提示，室內(nèi)菌群的組成也可能影響成年人的過敏結(jié)局。（@szx）
【原文信息】
House dust microbiota in relation to adult asthma and atopy in a U.S. farming population
2020-06-22, doi: 10.1016/j.jaci.2020.06.013
