上期的推文中我們介紹了通路熱圖展示的內(nèi)容，通路熱圖高頻出現(xiàn)的原因，以及繪制通路熱圖需要準(zhǔn)備的數(shù)據(jù)格式，詳見(jiàn)：通路熱圖 | 解密轉(zhuǎn)錄組 代謝組文章中最高頻分析內(nèi)容。
那么現(xiàn)在我們來(lái)介紹下，如何利用上次已經(jīng)準(zhǔn)備好的數(shù)據(jù)去繪制通路熱圖。
#1
通路熱圖繪制需要的數(shù)據(jù)
通路熱圖繪制必備數(shù)據(jù)：
1. 通路圖 通路注釋基因，代謝物列表
根據(jù)富集分析或者關(guān)鍵代謝物，關(guān)鍵基因共同確定的通路，獲得通路ID（ko0***），在聯(lián)合分析結(jié)題報(bào)告里打開對(duì)應(yīng)ID得到的通路展示結(jié)果。
在聯(lián)合分析的KEGG通路注釋表格里找到對(duì)應(yīng)ID里檢出的基因（ID），代謝物（ID）信息。
2. 基因表達(dá)信息
依據(jù)上述通路得到的基因ID信息，在基因表達(dá)量列表里提取出要展示樣本的所有注釋到的基因的表達(dá)量信息。
3.代謝物表達(dá)信息
依據(jù)上述通路得到的代謝物ID信息，在代謝物表達(dá)量列表里提取出要展示樣本的所有注釋到的代謝物的表達(dá)量信息。
#2
繪制通路熱圖
1.繪制通路圖
依據(jù)kegg通路圖中代謝物及基因的上下游關(guān)系，在ppt上繪制代謝通路。箭頭前端為代謝物底物，箭頭后端為代謝物產(chǎn)物，基因在線頭上面展示。
注：如果代謝物與代謝物之間不是由一個(gè)基因直接合成，而是經(jīng)過(guò)多步合成的，一般使用虛線連接，如果是一步合成，則可以用直線連接。
FAQ：
1.要把通路上的所有基因和代謝物都繪制出來(lái)嗎？
一般是只展示有差異表達(dá)的基因及關(guān)聯(lián)的代謝物，有差異表達(dá)的代謝物及關(guān)聯(lián)的基因，某個(gè)范圍內(nèi)，基因跟代謝物都無(wú)差異，為了圖片的美觀我們往往選擇忽略。
2.如果一個(gè)通路上注釋到的差異基因跟差異代謝物數(shù)量非常少畫出來(lái)不好看怎么辦？
首先在數(shù)據(jù)挑選時(shí)，優(yōu)先選擇注釋的基因與代謝物數(shù)量多的通路，如果選定的研究通路確實(shí)數(shù)量比較少，可以參考下面文章的方法，檢索一下該通路的代謝物是否在其他通路里也有出現(xiàn)，以該代謝物為連接點(diǎn)，將兩個(gè)通路聯(lián)系起來(lái)。下圖中，黃色方框與綠色方框分別為兩個(gè)通路，以L-ascorbate為連接點(diǎn)將抗壞血酸代謝通路和谷胱甘肽代謝通路連到了一起。
（Jianhao Sun et al，BMC genomics，2020）
2.繪制熱圖
根據(jù)上文拿到的基因表達(dá)量的信息和代謝物表達(dá)量的信息繪制熱圖。基因與代謝物的熱圖繪制方式是相同的，這里我們以基因熱圖繪制為例進(jìn)行展示。
通過(guò)Excel制作熱圖：
將基因表達(dá)量的結(jié)果以excel表的格式打開，在開始-條件格式中選擇新建規(guī)則。
在新建格式里選擇基于各自值設(shè)置所有單元格的格式-格式樣式里選擇雙色刻度-類型選擇最低值，最高值。顏色處，可對(duì)最低值選擇一個(gè)顏色，最高值選擇一個(gè)顏色，中間值即自動(dòng)填充漸變顏色。
如果想讓圖片變得更美觀一些，可以在格式樣式里選擇三色刻度，類型處，最小值，最大值選擇數(shù)字，中間值選擇百分點(diǎn)值。最小值，最大值的值處填充表格里表達(dá)量的最小值和最大值。中間值的值處填50。三色顏色處可以根據(jù)喜好選擇三個(gè)顏色。提前將預(yù)覽處的顏色條截圖，方便后續(xù)做圖例。選擇完成，點(diǎn)確定，即出現(xiàn)下方的填充顏色的表格。
調(diào)整單元格大小，使其符合熱圖里粘貼范圍，將圖例粘到下面，備注最大值和最小值。
Ctrl A，表格全選，將表格背景顏色填充為白色。
去除Excel單元格數(shù)字：
選中填充顏色表格，右鍵選擇設(shè)置單元格格式，選擇數(shù)字，在自定義處，修改類型為；；；。點(diǎn)擊確定。
填充表格添加黑色邊框。選中填充顏色，擊右鍵，選擇設(shè)置單元格格式，在邊框處選擇全部邊框黑色線條，點(diǎn)擊確定。
輸出熱圖。表格選擇另存為pdf格式，將熱圖輸出。
3.通路熱圖拼接
將繪制好的熱圖進(jìn)行裁剪，粘貼前面ppt繪制的通路圖的基因上去，ppt另存為PDF，后續(xù)可以根據(jù)發(fā)文需要，在Photoshop上調(diào)整需要的分辨率。
至此，Excel PPT版的通路熱圖的繪圖工作就結(jié)束了，是不是并沒(méi)有想象的這么難。
有數(shù)據(jù)的可以嘗試起來(lái)了。
參考文獻(xiàn)：
[1] Sun J , Qiu C , Ding Y , et al. Fulvic acid ameliorates drought stress-induced damage in tea plants by regulating the ascorbate metabolism and flavonoids biosynthesis[J]. BMC Genomics, 2020, 21(1).
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