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part 1：最常用的

人類細(xì)胞圖譜HCA（Human Cell Atlas）（https://data.humancellatlas.org/），是目前規(guī)模比較大、覆蓋比較全面的單細(xì)胞數(shù)據(jù)庫，致力于建立一個健康人體所包含的所有細(xì)胞的參考圖譜。主要聚焦于人正常組織，獲取人體各個組織器官的單細(xì)胞層面數(shù)據(jù)均可使用這個網(wǎng)站進行下載。

scRNASeqDB（https://bioinfo.uth.edu/scrnaseqdb/）專門收集人類單細(xì)胞測序的數(shù)據(jù)庫，涵蓋200種細(xì)胞系和14000個樣本。

scRNASeqDB包含了目前幾乎所有可用的人類單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)集（n=38）。用戶可根據(jù)基因或細(xì)胞類型搜索基因表達的信息，包括基因、細(xì)胞類型或群體間差異表達基因的注釋信息。

SCEA(Single Cell Expression Atlas)(https://www.ebi.ac.uk/gxa/sc/home)是歐洲EMBL-EBI的單細(xì)胞數(shù)據(jù)庫，收錄了各種疾病類型的單細(xì)胞數(shù)據(jù)?？梢园磄ene和experiment檢索實驗設(shè)計、分析參數(shù)、下載marker基因和表達數(shù)據(jù)矩陣等。

CancerSEA(http://biocc.hrbmu.edu.cn/CancerSEA/)是由哈爾濱醫(yī)科大學(xué)研發(fā)，提供了一個破譯癌癥單細(xì)胞功能狀態(tài)的數(shù)據(jù)庫，并在單細(xì)胞水平上將這些功能狀態(tài)與蛋白編碼基因(PCGs)和lncRNA聯(lián)系起來，以促進對癌細(xì)胞功能差異的機制性理解。

SCP(Single Cell Portal)(https://singlecell.broadinstitute.org/single_cell)由BRAOD研究所開發(fā)，數(shù)據(jù)庫首頁非常簡潔，包括數(shù)據(jù)檢索框，可以按 study 或者 gene 進行檢索，以查詢實驗設(shè)計和基因在不同cell type中的表達情況。

PanglaoDB(https://panglaodb.se/index.html)，是2019年年初發(fā)布的一個單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫包含了超過1000個單細(xì)胞實驗的預(yù)處理和預(yù)計算分析，涵蓋了大多數(shù)主要的單細(xì)胞平臺和分析流程，致力于探索人類和小鼠的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。

包含了6000多個marker基因，可用于細(xì)胞分群注釋的marker數(shù)據(jù)庫。適合零基礎(chǔ)的人使用、探索和挖掘，無論你是做人類研究還是小鼠研究，都能用的到。

Cell Blast(https://cblast.gao-lab.org/)是一個自帶高質(zhì)量參考數(shù)據(jù)庫的scRNA-seq數(shù)據(jù)檢索/注釋工具，能做細(xì)胞類型鑒定、發(fā)現(xiàn)新細(xì)胞類型、注釋連續(xù)細(xì)胞狀態(tài)。

CellMarker(http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/CellMarker/)該數(shù)據(jù)庫通過手動收集超過100,000篇發(fā)表的論文，整理人類158種組織、467個細(xì)胞類型的13605個Marker基因。為人類和小鼠組織中的各種細(xì)胞類型提供全面而準(zhǔn)確的細(xì)胞標(biāo)志物資源。

Jingle Bells（https://jinglebells.bgu.ac.il/）便是一個專門存放免疫相關(guān)的單細(xì)胞數(shù)據(jù)庫。

Jingle Bells數(shù)據(jù)來源為公開可用的數(shù)據(jù)，數(shù)據(jù)來源相對集中，收集免疫（120個數(shù)據(jù)集）以及非免疫（183個數(shù)據(jù)集）的單細(xì)胞文獻，且數(shù)據(jù)庫仍在持續(xù)更新中。這是標(biāo)準(zhǔn)化單細(xì)胞RNA-Seq數(shù)據(jù)集的存儲庫，用于在單細(xì)胞水平上進行分析和可視化。

part 2：更新

scTIME（http://sctime.sklehabc.com/#/home）不僅整合了泛癌的免疫單細(xì)胞數(shù)據(jù)資源，而且提供一系列的單細(xì)胞分析模塊，包括免疫細(xì)胞組成、免疫細(xì)胞類型的關(guān)聯(lián)性分析、免疫細(xì)胞類型特異的signature分析、細(xì)胞-細(xì)胞通訊等，方便實驗研究人員和臨床醫(yī)生探索腫瘤免疫微環(huán)境的特征 。

人體由各種組織和細(xì)胞組成，表征不同細(xì)胞的表達模式對于探測發(fā)育和疾病中的細(xì)胞功能和分子事件至關(guān)重要，單細(xì)胞RNA-seq已被證明是研究各種組織中人類細(xì)胞類型異質(zhì)性的強大技術(shù)。目前已經(jīng)開發(fā)的幾個人類單細(xì)胞圖譜項目，如JingleBells，SCPortalen，PanglaoDB極大促進了對細(xì)胞的理解，但多數(shù)局限在收集數(shù)據(jù)集的簡單呈現(xiàn)，或者具有極簡單的可視化處理，因此給數(shù)據(jù)的使用造成了比較大的困難。

2022年11月01日，生物科學(xué)類雜志NAR（Nucleic Acids Research，IF=19.160）在線發(fā)表題為“HUSCH: an integrated single-cell transcriptome atlas for human tissue gene expression visualization and analyses（HUSCH：用于人體組織基因表達可視化和分析的集成單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組圖譜）”的研究文章。

HUSCH數(shù)據(jù)庫包括來自185個高質(zhì)量人類數(shù)據(jù)集的2865305個細(xì)胞的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組圖譜，涵蓋45種不同的組織類型和7個平臺，平均每個數(shù)據(jù)集包含約15，000個細(xì)胞和～18，000個基因。

HUSCH的數(shù)據(jù)集模塊包括樣本信息、聚類結(jié)果、細(xì)胞類型注釋、細(xì)胞類型統(tǒng)計和標(biāo)記基因，以及185個數(shù)據(jù)集的下游功能分析；數(shù)據(jù)集模塊主要有三大功能，單數(shù)據(jù)集探索、單組織探索、數(shù)據(jù)下載。

part 3：其他