| 1. Oligo 6是目前使用最為廣泛的一款引物設(shè)計(jì)軟件，除了可以簡(jiǎn)單快捷地完成各種引物和探針的設(shè)計(jì)與分析外，還具有很多其他同類軟件所不具有的高級(jí)功能： a) 已知一個(gè)PCR引物的序列，搜尋和設(shè)計(jì)另一個(gè)引物的序列。b) 按照不同的物種對(duì)MM子的偏好性設(shè)計(jì)簡(jiǎn)并引物。 c) 對(duì)環(huán)型DNA片段，設(shè)計(jì)反向PCR引物。d) 設(shè)計(jì)多重PCR引物。e) 為L(zhǎng)CR反應(yīng)設(shè)計(jì)探針，以檢測(cè)某個(gè)突變是否出現(xiàn)。f) 分析和評(píng)價(jià)用其他途徑設(shè)計(jì)的引物是否合理。 g) 同源序列查找，并根據(jù)同源區(qū)設(shè)計(jì)引物。h) 增強(qiáng)了的引物/探針?biāo)褜な侄巍ＴO(shè)計(jì)引物過程中，可以“Lock”每個(gè)參數(shù)，如Tm值范圍和引物3’端的穩(wěn)定性等。 i) 以多種形式存儲(chǔ)結(jié)果；支持多用戶，每個(gè)用戶可保存自己的特殊設(shè)置。 網(wǎng)址： Oligo 6.71 Demo（引物設(shè)計(jì)軟件）：http://www.bbioo.com/Soft/2006/112.htm Oligo—引物設(shè)計(jì)軟件電子教程（引物設(shè)計(jì)和評(píng)估） Oligo 6 Tour 主要功能介紹 http://www.oligo.net/ 2． Vector NTI Suite是一套功能最全，而且界面最美觀，最友好的分子生物學(xué)應(yīng)用軟件包。主要包括四個(gè)大型軟件，它們分別可以對(duì)DNA、RNA、蛋白質(zhì)分子進(jìn)行各種分析和操作。 Vector⑴ NTI：作為Vector NTI Suite的核心組成部分，它可以在生物研究的全過程中提供數(shù)據(jù)組織和序列編輯的軟件支持。Vector NTI 是以一種窗口形式，且支持項(xiàng)目組織的數(shù)據(jù)庫(kù)來完成這一功能的；通過這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)，可以保存和組織大部分的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)，比如：基因結(jié)構(gòu)、載體、序列片斷、引物、蛋白質(zhì)、多肽、電泳Markers和限制性內(nèi)切酶等。實(shí)際上，該數(shù)據(jù)庫(kù)還支持對(duì)Vector NTI Suite中各種小型的繪圖和結(jié)果展示工具的管理。Vector NTI 可以按照用戶要求設(shè)計(jì)克隆策略。用戶只需提供克隆載體，外源片斷序列，明確載體克隆的大致位置或酶切位點(diǎn)，其它工作由軟件完成。設(shè)計(jì)結(jié)果以圖文形式輸出到屏幕；最后根據(jù)客戶定制的條件進(jìn)行模擬電泳。Vector NTI 還具有強(qiáng)大的設(shè)計(jì)和評(píng)估PCR引物、測(cè)序引物和雜交探針功能。 BioPlot⑵：BioPlot是一個(gè)對(duì)蛋白質(zhì)和核酸序列進(jìn)行各種理化特性分析的綜合性工具，它是一種方便的桌面程序。和其他程序不同的是，BioPlot可以繪制50種以上預(yù)定制的蛋白質(zhì)特征圖譜，如疏水性和抗原性；并將序列與特征圖譜和活性序列區(qū)域一一對(duì)應(yīng)。BioPlot還可以對(duì)核酸序列進(jìn)行8種不同類型的分析，如：退火溫度、自由能和GC含量等。 AlignX⑶：AlignX可以對(duì)多個(gè)蛋白質(zhì)或核酸序列進(jìn)行同源比較，以尋找不同序列之間的同源區(qū)域或相似性很高序列中的不同堿基，并繪制進(jìn)化樹；為下一步設(shè)計(jì)PCR引物、探針及研究系統(tǒng)發(fā)育提供基礎(chǔ)。AlignX可以識(shí)別所有標(biāo)準(zhǔn)TXT格式，如FASTA、GeneBank、EMBL、SWISS－PROT、GenPept和ASCII Text。 ContigExpress⑷：Contig Express是用來對(duì)多個(gè)小核酸片段進(jìn)行拼接而形成連續(xù)的長(zhǎng)序列。這些小片段可以是Text序列，也可以是直 接從自動(dòng)測(cè)序儀得到的測(cè)序圖。它用同一個(gè)瀏覽窗口來組織序列片段和拼接結(jié)果，同時(shí)還有一個(gè)由多個(gè)子窗口組成的窗口將序列和它們的特性測(cè)序圖及拼接示意圖分別對(duì)應(yīng)。拼接的結(jié)果可以直接保存成GeneBank、EMBL或FASTA文件。 Vector NTI Suite⑸其他功能：支持多用戶。提供PubMed/Entrez－Search、Blast Search、Blast Viewer和3D－Mol(用來看PDB文件)等在線工具。 網(wǎng)址： Vector NTI7.0 中文使用手冊(cè) Vector NTI Suite 9.1 Demo（綜合性蛋白核酸分析工具包） http://www.bbioo.com/Soft/2007/460.htm http://www.informaxinc.com/solutions/vectornti/index.html 3． DNAStar 是一款基于Windows和Macintosh平臺(tái)的序列分析軟件，特點(diǎn)是操作簡(jiǎn)單，功能強(qiáng)大。主要由7部分組成： EditSeq①：用來將DNA或蛋白質(zhì)序列的數(shù)據(jù)輸入計(jì)算機(jī)的工具，同時(shí)還具有編輯已有序列的功能。EditSeq可識(shí)別FASTA, Genbank, ABI, GCG以及ASCII Text文件，同時(shí)也支持鍵盤輸入和直接從自動(dòng)序列分析圖譜上讀取序列。 ②MapDraw：酶切圖譜分析，克隆實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)，分析及處理實(shí)驗(yàn)結(jié)果等。同時(shí)還具有繪制質(zhì)粒圖譜的功能。 GeneQuest③：幫助查找和注釋DNA序列中的基因和其他特征序列，包括ORFs，剪接位點(diǎn)，轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)，重復(fù)序列和酶切位點(diǎn)等。 MegAlign④：對(duì)DNA或蛋白質(zhì)序列進(jìn)行同源比較，有六種不同的對(duì)準(zhǔn)算法供用戶選擇。在同源比較的同時(shí)，能很快輸出進(jìn)化樹和進(jìn)化距離等數(shù)據(jù)。 Protean⑤：分析和預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)，提供各種分析方法并以圖形的格式輸出結(jié)果，顯示蛋白質(zhì)分子的各種理化特性以及例如抗原決定族等功能區(qū)的預(yù)測(cè)功能。 PrimerSelect⑥：設(shè)計(jì)PCR引物、測(cè)序引物和探針。 SeqMan II⑦：多序列拼接。最多支持64000條序列的同時(shí)拼接。在拼接前可以對(duì)序列進(jìn)行修正，對(duì)自動(dòng)測(cè)序的序列結(jié)果可除去污染序列或載體序列。 網(wǎng)址： DNAStar（綜合性序列分析軟件） DNAStar中文使用說明書 http://www.dnastar.com/ 4． GeneDoc是蛋白質(zhì)和DNA序列同源比較的輔助軟件，它不能對(duì)多個(gè)序列以某種算法進(jìn)行自動(dòng)比較，但是能對(duì)其他軟件的比較結(jié)果進(jìn)一步處理。如編輯和修改，用亮麗的色彩來區(qū)分相互間序列的同源性，并輸出各種漂亮的圖形格式；還進(jìn)一步可以報(bào)告為進(jìn)化樹的格式。 網(wǎng)址： GeneDoc 2.7.0（多序列比對(duì)與分析軟件） http://www.psc.edu/biomed/genedoc/ 5． DNAman是一個(gè)專業(yè)序列分析軟件包，與Windows95/98Me/NT/2000完美兼容，功能強(qiáng)大且容易上手；更難能可貴的是，它提供了目前最好的質(zhì)粒作圖及克隆路線繪制組件。DNAman的功能包括：DNA和蛋白質(zhì)序列的編輯；DNA序列文件格式的轉(zhuǎn)換；多個(gè)序列（包括DNA和蛋白質(zhì)序列）的同源比較以及對(duì)比較結(jié)果的編輯分析等；進(jìn)化樹的繪制和分析；DNA或蛋白質(zhì)序列的點(diǎn)陣比較；DNA序列的拼接及分析；實(shí)現(xiàn)與INTERNET的無縫連接，直接完成Blast等工作；Motif查找；限制性酶譜分析；根據(jù)不同MM子表 完成DNA－蛋白質(zhì)的翻譯；蛋白質(zhì)理化特性分析及二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)；PCR引物及探針的設(shè)計(jì)和評(píng)估；繪制高質(zhì)量的質(zhì)粒圖譜和克隆路線圖。 網(wǎng)址： DNAMAN.full.version.v5.2.2漢化版 一步一步教你用DNAMAN作質(zhì)粒圖 序列分析軟件DNAMAN 的使用方法簡(jiǎn)介 DNAMAN使用手冊(cè)（An Integrated System for Sequence Analysis ） http://www.lynnon.com/pc/framepc.html 6． Winplas 2.7一般用來繪制發(fā)表質(zhì)量的質(zhì)粒圖，結(jié)果用作論文或教材等的質(zhì)粒插圖。其特性包括：可以根據(jù)已知序列自動(dòng)生成質(zhì)粒圖，也可以根據(jù)要求直接繪制質(zhì)粒圖；可讀入目前大部分的序列格式文件，直接引入序列信息；繪圖功能包括：位點(diǎn)標(biāo)簽說明、任意位置文字插入、生成彩圖、線性或環(huán)形序列繪制；結(jié)果可輸出到剪貼板從而插入文檔，并可輸出為各種圖像文件。 網(wǎng)址： winplas2.7 綠色漢化版（質(zhì)粒繪圖的專業(yè)軟件） http://www.goldsteinsoftware.com/winplas.html 7． Reference Manager是一個(gè)搜索和管理文獻(xiàn)的工具軟件，可以通過在線關(guān)鍵詞搜索PubMed和609個(gè)Z39.50數(shù)據(jù)庫(kù)中的專業(yè)資料, 同時(shí)保存查找的資料為本地文件，以利于管理。它可以與WORD掛接，從而在文檔編輯的過程中直接從Reference Manager查找并插入引用。 網(wǎng)址： Reference manager 11 中文使用手冊(cè) http://www.refman.com/ 8． Melanie 3是著名的Melanie 2D電泳圖譜分析軟件包的第3代產(chǎn)品，由瑞士生物信息研究院開發(fā)。它為2D凝膠圖譜的分析、注解和查詢提供了一個(gè)All－in－one的解決方案。該軟件包使用方便，功能強(qiáng)大，為各種簡(jiǎn)單的或大尺度的2D凝膠圖譜的比較研究提供全面的分析手段。該軟件包的構(gòu)思和功能同時(shí)滿足了專家和初學(xué)者的需要，重要的是它對(duì)凝膠圖譜的自動(dòng)和交互式的分析方式，極大地方便了用戶的使用。無論是對(duì)凝膠的識(shí)別、定量還是匹配，Melanie都能勝任。內(nèi)容廣泛的注解方案、高超的統(tǒng)計(jì)和分類能力、萬能的搜索引擎和智能的報(bào)告功能，使得該軟件成為了名副其實(shí)的新一代2D凝膠分析軟件。事實(shí)上，一般科研工作者研究的數(shù)據(jù)來源是多渠道的，為了滿足這種需要，Melanie 3支持大多光譜測(cè)定數(shù)據(jù)，同時(shí)通過本地網(wǎng)絡(luò)或Internet網(wǎng)，實(shí)現(xiàn)了與其他外部數(shù)據(jù)鏈接。 網(wǎng)址： Melanie 3 Viewer（圖像處理類生物軟件） http://www.expasy.ch/melanie/ 9． TotalLab是一個(gè)完整的圖像分析應(yīng)用程序包，隨著該軟件推出和功能的完善，可以說，它將會(huì)帶來實(shí)驗(yàn)室的一場(chǎng)革命。TotalLab軟件包由幾大部本集合而成，它們是：1D電泳圖譜分析，基因芯片分析，菌落計(jì)算和掃描功能。每一個(gè)組件都從同一界面運(yùn)行，該界面被稱為TotalLab控制中心。也就是說，TotalLab可以直接分析1D凝膠圖譜、點(diǎn)雜交、微量滴定板、其他陣列以及通過掃描儀得到的菌落圖像等等。其實(shí)，給人印象最深的特點(diǎn)是它的使用簡(jiǎn)單的界面。TotalLab是目前實(shí)驗(yàn)室使用軟件中最友好的一個(gè)，程序中的分析功能都設(shè)計(jì)得盡可能地靈活且操作簡(jiǎn)單。該軟件所分析的圖像可通過各種圖像攝取設(shè)備輸入，無論是復(fù)雜的射線圖及熒光圖譜，還是標(biāo)準(zhǔn)的凝膠自動(dòng)成像系統(tǒng) 和桌面掃描儀，都能被自動(dòng)識(shí)別。正是由于TotalLab功能強(qiáng)，使用簡(jiǎn)便，且能與目前的所有Windows系統(tǒng)都能很好地兼容，所以只要一個(gè)實(shí)驗(yàn)室有了TotalLab，加上紫外燈以及一臺(tái)數(shù)碼相機(jī)或掃描儀，就可以組建起自己的凝膠自動(dòng)成像系統(tǒng)。 網(wǎng)址： TotalLab 2.0 評(píng)估版（凝膠電泳圖像圖像分析軟件） http://www.totallab.com/ 10． InStat 絕大多數(shù)的統(tǒng)計(jì)軟件都是由統(tǒng)計(jì)數(shù)家來設(shè)計(jì)的，其目的也是為了方便統(tǒng)計(jì)學(xué)家的使用。這些軟件都具有各自的個(gè)性和極強(qiáng)的功能。但是作為一個(gè)普通的科學(xué)研究人員，往往被他們那厚厚的說明書、晦澀的統(tǒng)計(jì)學(xué)術(shù)語(yǔ)和高昂的價(jià)格所困。GraphPad InStat與他們不同的是，他是由科學(xué)家自己為自己的使用而設(shè)計(jì)的。下面是你應(yīng)該選擇InStat的四個(gè)理由：首先，InStat可以一步一步地引導(dǎo)你地使用，這樣就大大方便了你對(duì)該軟件的掌握，毫不夸張地說，你甚至可以在幾秒的時(shí)間里學(xué)會(huì)該軟件的使用。第二，InStat可以通過對(duì)你的數(shù)據(jù)提出若干問題的方法來幫助你挑選一個(gè)合適的測(cè)試方法，你甚至沒有必要知道你所需要的測(cè)試方法的名字。如果你還沒有把握的話，還可以參考軟件提供的幫助頁(yè)面，在里面你將會(huì)得到相關(guān)統(tǒng)計(jì)原因的解釋。第三，InStat并不在意你是否是一個(gè)專業(yè)統(tǒng)計(jì)人員，他所最終提供的統(tǒng)計(jì)結(jié)果是用簡(jiǎn)單的語(yǔ)言和很少的統(tǒng)計(jì)術(shù)語(yǔ)來展示。第四，通常，在統(tǒng)計(jì)軟件中，很容易對(duì)一個(gè)正確的問題而得到一個(gè)錯(cuò)誤的回答，為此，InStat提供了一種獨(dú)特的分析檢測(cè)列表。你可以兩次核對(duì)那些沒有違反測(cè)試假設(shè)的數(shù)據(jù)，以及你所選擇的測(cè)試方法，當(dāng)然該方法應(yīng)該與你的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)相匹配。 網(wǎng)址： http://www.graphpad.com/instat3/instat.htm 11． Prism主要包括非線性回歸、基礎(chǔ)生物統(tǒng)計(jì)和科學(xué)繪圖三個(gè)方面的功能。Prism的獨(dú)特設(shè)計(jì)會(huì)大大提高用戶分析、作圖和組織實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的效率。該軟件的突出特點(diǎn)主要有以下幾個(gè)方面：自動(dòng)誤差校對(duì)并從重復(fù)估計(jì)值中計(jì)算出誤差值；簡(jiǎn)單的一步法非線性回歸分析；直接從列表中選擇方程式，并由Prism完成余下的工作；簡(jiǎn)單易懂的幫助系統(tǒng)，在每個(gè)選擇和結(jié)果的后面都以顯示其基本原理；自動(dòng)更新，能在數(shù)據(jù)輸入的過程中修復(fù)錯(cuò)誤，并自動(dòng)更新結(jié)果、圖表和版面。自動(dòng)程序分析，當(dāng)重復(fù)一個(gè)實(shí)驗(yàn)時(shí)，能一步完成改實(shí)驗(yàn)的數(shù)據(jù)分析和圖表的繪制；記錄所有工作過程，并將記錄結(jié)果保存為一個(gè)特定格式的文件。由于每一步都是有關(guān)聯(lián)的，你可以隨時(shí)折回以前的工作步驟。 網(wǎng)址： GraphPad PRISM 4.0 demo(生物學(xué)統(tǒng)計(jì)、曲線擬合以及作圖軟件) http://www.prism.uvsq.fr/ 12． Origin是一個(gè)高級(jí)科學(xué)繪圖和數(shù)據(jù)分析軟件，它具有處理速度快，通用性強(qiáng)和界面友好等特點(diǎn)；同時(shí)提供了去除邊緣數(shù)據(jù)功能和各種繪圖工具。作為最新的版本，Origin6.0能更好地與Windows系統(tǒng)兼容，同時(shí)易用性、功能和速度都有了進(jìn)一步的提 高。你能很方便地導(dǎo)入數(shù)據(jù)或者直接打開Excel數(shù)據(jù)。只需通過簡(jiǎn)單地點(diǎn)擊鼠標(biāo)，就可以極快且毫不費(fèi)力地產(chǎn)生一系列地2D和3D曲線圖。對(duì)著對(duì)象雙擊鼠標(biāo)，得到一個(gè)專用對(duì)話框后就可以修改曲線圖的組成元素。另外，Origin突出的分析功能還包括各種描述性的統(tǒng)計(jì)、區(qū)分、綜合、篩選、FFT、線性及非線性的曲線裝配和最高峰查詢等。最終的曲線圖可以導(dǎo)出為EPS、AI、JPEG和其他通用的圖形文件格式。 網(wǎng)址： http://www.origin.ea.com/ 13． SigmaPlot 在對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行長(zhǎng)時(shí)間的收集和分析后，你就有了簡(jiǎn)潔而有精確展示結(jié)果的需要。可以肯定的是，你能用電子制表或數(shù)據(jù)分析軟件來產(chǎn)生一個(gè)圖表，但是那樣會(huì)消耗大量的時(shí)間，剩下來真正做研究的時(shí)間就會(huì)大打折扣。有了SigmaPlot，將會(huì)極大地提高你的圖表繪制和分析能力，得到發(fā)表質(zhì)量的圖表?？茖W(xué)工作者可根據(jù)自己的需要來定制SigmaPlot，從而設(shè)計(jì)出任何結(jié)果輸出的解決方案。為此，該軟件提供了大量圖表繪制分析選項(xiàng)：技術(shù)性軸向刻度、多軸顯示和多向交叉的3－D圖表等等。通過SigmaPlot的智能界面和操作向?qū)?，你就可以一步一步地繪制表格同時(shí)進(jìn)行數(shù)據(jù)分析。在生成個(gè)性圖表時(shí)的靈活性，以及輸出結(jié)果時(shí)的速度，都會(huì)超出你的想象。 網(wǎng)址： http://www.spssscience.com/SigmaPlot/index.cfm 14． ChemWindow6.0 是由Bio－Rad公司最新推出的一款化學(xué)繪圖的綜合軟件包，它的最大賣點(diǎn)就是能繪制幾乎任何復(fù)雜程度的化學(xué)結(jié)構(gòu)圖和化學(xué)實(shí)驗(yàn)工具器械的示意圖。使用ChemWindow，能夠繪制出出版質(zhì)量的化學(xué)結(jié)構(gòu)和化學(xué)反應(yīng)圖、實(shí)驗(yàn)室裝備和化學(xué)工藝流程圖等。為了提高繪圖的速度和可操作性，該軟件提供了3個(gè)不同類別的素材庫(kù)，它們是：1.分別按名稱歸類且可編輯的有機(jī)化學(xué)和藥理學(xué)結(jié)構(gòu)式，共4500個(gè)；2. 130個(gè)實(shí)驗(yàn)室玻璃器皿構(gòu)件，極易組合成各種實(shí)驗(yàn)設(shè)備；3. 250個(gè)工程符號(hào)，用以構(gòu)建工藝流程圖表。 ChemWindow具有智能化的適時(shí)保存工具，使得用戶可以在打亂結(jié)構(gòu)圖后可以自動(dòng)復(fù)原并顯示分子聚合體以及每個(gè)片段所在位置。另外，該版本提供了一些新的功能，如：最新標(biāo)記工具、紐曼設(shè)計(jì)、角化反應(yīng)、設(shè)計(jì)工作臺(tái)、標(biāo)簽原子和支持真彩色等。 網(wǎng)址： http://www.chemwindow.com/ |
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