值得注意的是，高麗雖然遷都江華島，但是始終沒有斷絕對蒙古的臣屬關(guān)系，強(qiáng)調(diào)“弊邑本海外之小邦也，自歷世以來，必行事大之禮，然后能保有其國家”“雖畏懼大國，入處山海之間，其所以仰奉上朝，尚爾一心，以是今聞大軍之入境，即遣使佐謹(jǐn)行迎問之禮，繼蒙辱貺鈞旨，申遣使人，賫不腆酒果禮物，勞問左右，則小國之無他，亦于此可知也”。因此出水就陸與國王入朝問題成為蒙古與高麗爭端的主要問題。第三次高麗蒙古戰(zhàn)爭期間，高麗以高宗處于母喪為由請求暫緩親朝，后來在蒙古的督促下，高麗于辛丑年（1241年）以遠(yuǎn)支王族永寧公王綧（高麗顯宗之子平壤公王基七世孫）冒充國王“愛子”，率衣冠子弟十人入質(zhì)蒙古。由于窩闊臺去世，蒙古汗位空缺數(shù)年，高麗所面臨的困局暫時(shí)有所緩和。但由于未能滿足蒙古的要求，蒙古新汗貴由于丁未年（1247年）派阿毋侃第四次征討高麗。翌年由于貴由死亡，戰(zhàn)爭停止。
己酉年（1249年）十一月，崔怡（崔瑀）死去，其子崔沆子承父業(yè)。崔沆統(tǒng)治時(shí)期延續(xù)其父的對蒙抵抗政策。蒙古新汗蒙哥繼位后，繼續(xù)要求高麗出水就陸和國王入朝。壬子年（1252年）正月，高麗派樞密院副使李峴出使蒙古，李峴依據(jù)崔沆的指示，以“今年六月乃出”搪塞蒙哥，蒙哥便讓多可等使臣同李峴一起到高麗驗(yàn)看是否還都。高麗接到李峴的書狀官張鎰的密告，崔沆卻反對高宗出陸迎接蒙古使者，最后高宗只在江華島的梯浦館接見了多可，多可在宴席還沒結(jié)束就怒返江華島對岸的升天館。癸丑年（1253年）七月，蒙古元帥也窟大王（即也古，合撒兒之子）率軍入侵高麗，第五次高麗蒙古戰(zhàn)爭爆發(fā)。隨軍的永寧公王綧寫信勸崔沆認(rèn)清形勢，交出太子或另一王子安慶公王侃當(dāng)人質(zhì)，如此可保證蒙古撤兵，已歸順蒙古的李峴也寫了類似內(nèi)容的書信，崔沆堅(jiān)決反對。于是高麗“東角藩屏數(shù)城，不日間悉見屠殘”，蒙古兵乘勝進(jìn)攻忠州，但在此處受阻。崔沆見蒙古來勢兇猛，轉(zhuǎn)而妥協(xié)退讓，指示群臣勸高宗交出太子，卻引起了高宗的震怒，高宗聽說是崔沆的意見后只好息怒，崔沆也表示聽國王的意思。
十一月，也窟大王宣稱高宗親自出迎蒙古使臣方可撤兵，于是高宗離開江華島，下榻于升天府（今朝鮮開豐郡）新闕，與蒙古使者蒙古大會(huì)晤宴飲后回到江都。這是二十余年來高宗第一次離開江華島，顯然是吸取了不出陸迎接多可而導(dǎo)致蒙古發(fā)兵討伐的教訓(xùn)（此后高宗又三次出陸迎接蒙古使者）。其時(shí)高宗已被參知政事崔璘說服，同意派次子安慶公去蒙古。翌年八月，安慶公回國，上奏父王說：“臣久染腥膻之臭，請經(jīng)宿進(jìn)見。”高宗回復(fù)：“自爾去后，祈天禱佛，庶幾速見，今既無恙還，何用宿外？悉焚爾所著衣，更衣即來。”高宗看到兒子后痛哭流涕，左右侍臣都為之泣下。
也窟大王撤走后，崔沆殺死被蒙古任命為達(dá)魯花赤的李峴及其家族和投降諸城官吏，繼續(xù)抗拒蒙古。因此就在安慶公回國時(shí)，由車羅大統(tǒng)帥的蒙古兵入侵高麗，引發(fā)第六次高麗蒙古戰(zhàn)爭。這次侵略進(jìn)一步升級，蒙古除了繼續(xù)逼國王出水就陸外，還要高麗在國王入朝和剃發(fā)作出選擇。車羅大率軍長驅(qū)直入，一直打到慶尚道南部的丹溪（今韓國山清郡），高麗蒙受的災(zāi)難也空前慘重，史載甲寅年（1254年）中“蒙兵所虜男女，無慮二十萬六千八百余人，殺戮者不可勝計(jì)，所經(jīng)州郡皆為煨燼，自有蒙兵之亂，未有甚于此時(shí)也”。
丁巳年（1257年），車羅大再度率軍入侵高麗。大概是考慮高宗年老，此時(shí)蒙古的要求已降低為太子入朝，宰樞兩府因而奏請交出太子來保全百姓生命，但高宗仍然不愿意讓兒子去蒙古。是年崔沆去世，他少不更事的兒子崔竩繼承其位，眾心不服。再加上當(dāng)時(shí)高麗的艱難已經(jīng)到了極點(diǎn)，可謂餓殍遍野，而崔家卻富可敵國，一毛不拔，于是在文臣柳璥和武臣金仁俊等的合作下，于戊午年（1258年）三月二十六日發(fā)動(dòng)政變，殺死崔竩，一舉推翻了延續(xù)六十余年的崔氏政權(quán)。仰崔氏鼻息六十余年的高宗也出了口惡氣，對柳璥說：“卿等為寡人立非常之功！”然后“潸然泣下”。三月二十九日，高宗親臨康安殿，接受百官朝賀，如同剛即位一樣，并將崔氏家產(chǎn)散發(fā)給官民，竟產(chǎn)生了“國粗定”的效果。
雖然這次政變推翻了崔氏政權(quán)，號稱“政歸王室”，然而高宗并未獲得實(shí)權(quán)，高麗的核心仍在金仁俊等把持的武臣政權(quán)機(jī)構(gòu)——教定都監(jiān)，特別是金仁俊排擠柳璥后，更是儼然成為高麗新的權(quán)臣。其時(shí)蒙古催促太子入朝，高麗以太子有病為由拒絕交出。戊午年（1258年）十二月，高麗鐵嶺以北諸州并入蒙古，開京和西京等要地都有蒙古兵屯駐，如果繼續(xù)抗拒，那么高麗陸地全境都存在被蒙古蠶食的危險(xiǎn)。高宗無奈，終于同意送太子入朝。己未年（1259年）四月，太子王倎奉表赴蒙古，朝見蒙古大汗蒙哥。與此同時(shí)，高麗還先后拆除了江都和內(nèi)城和外城，以示臣服蒙古的誠意。此時(shí)高宗已病入膏肓，移駕到柳璥府邸養(yǎng)病。六月三十日，他在柳璥府邸薨逝，享年六十八歲。死后廟號高宗，謚號安孝大王，葬于洪陵（今韓國仁川廣域市江華郡江華邑菊花里）。后在他曾孫高麗忠宣王的請求下，元朝贈(zèng)謚“忠憲”。
