在科穆寧皇帝們的努力下，安納托利亞及其它曼齊克特戰(zhàn)役后失去的地區(qū)的大部分被成功收復(fù)，這是科穆寧中興的一部分表現(xiàn)。第一個為這個光榮事業(yè)奮斗的皇帝是阿萊克修斯一世，他的女兒安娜·科穆寧娜在《阿萊克修斯傳》中記載了他的大部分生平經(jīng)歷與執(zhí)政生涯。
阿萊克修斯長達(dá)37年的統(tǒng)治生涯充滿了困難。在阿萊克修斯1081年帶領(lǐng)軍隊進(jìn)入首都并廢黜了躲進(jìn)修道院的尼基弗魯斯三世、成為皇帝時，拜占庭帝國在經(jīng)歷了由于曼齊克特戰(zhàn)役的失敗引發(fā)的長期內(nèi)戰(zhàn)后仍處于一片混亂、內(nèi)外交困的狀態(tài)。[5]阿萊克修斯的統(tǒng)治一開始他就不得不面對羅伯特·吉斯卡爾和他的兒子博希蒙德領(lǐng)導(dǎo)的諾曼人這一難以對付的威脅，他們已經(jīng)占領(lǐng)了帝國的都拉斯和科孚島并正在圍攻色薩利的拉里薩。阿萊克修斯親自率領(lǐng)軍隊迎戰(zhàn)諾曼人，但他在都拉斯戰(zhàn)役中被諾曼人擊敗，他自己也受了傷。在此同時阿萊克修斯卻成功促成神圣羅馬帝國皇帝亨利四世進(jìn)攻諾曼人的南意大利，這減輕了他的壓力。最終羅伯特·吉斯卡爾于1085年去世而博希蒙德并沒有繼承其父的大部分領(lǐng)地而只成為塔蘭托親王，這使得諾曼人對帝國的威脅暫時結(jié)束。
然而，阿萊克修斯需要面對的問題才僅僅剛開始。阿萊克修斯迫切需要足夠的資金支撐他的破碎的帝國以及實(shí)行他自己的戰(zhàn)略計劃，但此時帝國的經(jīng)濟(jì)完全處于崩潰之中。稅收一片混亂從而不能正常地提供財政收入，此時通貨膨脹也完全失去了控制，帝國的6種不同流通貨幣如統(tǒng)一帝國時期便在流通的蘇勒德斯嚴(yán)重貶值，國庫也幾乎是空的。因此阿萊克修斯不得不無可奈何地動用正教會的財富為對抗諾曼人的戰(zhàn)爭提供資金，這導(dǎo)致了他被君士坦丁堡普世宗主教尤斯特拉提烏斯開除了教籍，于是阿萊克修斯在1084年把他廢除并選擇了尼古拉斯三世成為新的普世宗主教。
1085年，自塞爾柱突厥人大量涌入安納托利亞便與帝國其它領(lǐng)土失去陸上通道的安條克淪陷，阿萊克修斯對此完全無能為力。1087年，阿萊克修斯又面臨新一輪針對帝國巴爾干領(lǐng)土的入侵，這次的入侵者是來自多瑙河北岸的一個突厥部落，大約有80000人的佩切涅格人。阿萊克修斯親自率軍穿越莫西亞反擊佩切涅格人，但他沒能擊敗敵人并在撤退時被佩切涅格人包圍從而不得不支付一筆保護(hù)金換取停戰(zhàn)。1090年佩切涅格人再度入侵，這次他們直接沖著君士坦丁堡所在的帝國核心地區(qū)——色雷斯進(jìn)軍。沒有足夠軍隊迎戰(zhàn)佩切涅格人的情況下，阿萊克修斯出色地運(yùn)用外交實(shí)現(xiàn)了看似不可能的勝利。通過與另一個多瑙河北岸的突厥部落庫曼人結(jié)盟并施以金錢，阿萊克修斯再度親自率軍迎戰(zhàn)措手不及的佩切涅格人，并于1091年4月29日在拉維尼歐戰(zhàn)役徹底擊敗了他們。
隨著帝國的巴爾干領(lǐng)土最終穩(wěn)定下來，阿萊克修斯終于可以騰出手來去開始著手解決帝國嚴(yán)重的經(jīng)濟(jì)問題，并修復(fù)帝國在巴爾干的已經(jīng)被連年戰(zhàn)爭破壞殆盡的傳統(tǒng)防御工事。1092年阿萊克修斯下令開始鑄造并發(fā)行新的海培倫貨幣及其它新貨幣以取代嚴(yán)重貶值的舊貨幣。新貨幣的發(fā)行恢復(fù)了帝國的經(jīng)濟(jì)信用并是帝國經(jīng)濟(jì)復(fù)蘇的重要基礎(chǔ)。為了重振軍隊，阿萊克修斯開始在地方推行普羅尼亞制以代替在軍事貴族相互爭斗中嚴(yán)重破壞的農(nóng)兵制以支撐軍區(qū)制，提拔起一批封建釆邑主并授予其一些地方軍政權(quán)力。通過這一制度，帝國以極低的代價重建內(nèi)戰(zhàn)中被破壞殆盡的基層管理體系，并開始以此為基礎(chǔ)建立一支新的軍隊。為了與此適應(yīng)，阿萊克修斯把大部分軍區(qū)最高長官——將軍提升為公爵，并通過聯(lián)姻與皇帝權(quán)力、權(quán)威與皇帝自身不斷增長的產(chǎn)業(yè)、經(jīng)濟(jì)實(shí)力，把不同派系的軍事貴族團(tuán)結(jié)起來形成新的社會精英階級。在與巴爾干的敵人戰(zhàn)斗時，阿萊克修斯同時不斷派遣小股部隊襲擊駐扎在沿海地區(qū)的塞爾柱突厥人的營帳，從而保全部分沿海地區(qū)，但這些小規(guī)模勝利未能阻止塞爾柱突厥人在橫行于被他們占領(lǐng)的內(nèi)陸地區(qū)。[7]阿萊克修斯推行這些改革也是為了向占據(jù)著安納托利亞大部分地區(qū)并在尼西亞建立了羅姆蘇丹國的塞爾柱突厥人發(fā)動反攻做著必要準(zhǔn)備。
然而盡管阿萊克修斯通過普羅尼亞制在一定程度上復(fù)興了軍隊，對于收復(fù)安納托利亞的失地的戰(zhàn)略目標(biāo)，他的軍隊數(shù)量仍然不足。先前在都拉斯與諾曼人戰(zhàn)斗時，阿萊克修斯被諾曼騎士的戰(zhàn)斗力所震驚，因此他派遣使者向西尋求援助。阿萊克修斯的使者在1095年的皮亞琴察會議之前面見了教宗烏爾班二世，使者以求助的姿態(tài)描述了東方基督徒正在異教徒的統(tǒng)治下遭遇的苦難，并傳達(dá)了阿萊克修斯對東西教會大分裂的和解意圖及對可能的東西教會重新合并的支持，這打動了教宗。于此同時烏爾班二世也在關(guān)注西歐的一些由于西歐社會不再遭受大規(guī)模入侵威脅而不斷衰落的軍事貴族與騎士階層，他們?yōu)榱松娌幌Ы俾咏虝?、農(nóng)村與城市的財富從而不斷地制造混亂。阿萊克修斯的求援給了烏爾班二世一個重新引導(dǎo)騎士階層的軍事力量以利于教會，并擴(kuò)展教宗在整個基督教世界的權(quán)威、為天主教會在東方擴(kuò)張的機(jī)會。
1095年11月27日，烏爾班二世在法國舉行的克萊芒會議上號召發(fā)動十字軍東征，在這次會議上數(shù)以千計的人趕來聽教宗的演講。烏爾班二世宣布發(fā)動一場圣戰(zhàn)從“異教徒”穆斯林手中收復(fù)耶路撒冷與東方曾經(jīng)屬于基督教世界的土地，并敦促所有在場的人集結(jié)在十字旗下、拿起武器、號召其他基督徒一同加入，宣布赦免所有參與這一偉大事業(yè)的人。許多在場者隨后便開始執(zhí)行教宗的號召，并且教宗的演講詞迅速傳遍了整個西部基督教世界。
然而這卻令阿萊克修斯感到驚愕與尷尬，他所希望并預(yù)期的從西方獲得的援助僅僅是一些雇傭兵，因此他完全對即將到來的部分無組織無紀(jì)律、難以對付的大量十字軍毫無準(zhǔn)備。很快，1096年4至5月，第一批由修士彼得領(lǐng)導(dǎo)的“平民十字軍”進(jìn)入了拜占庭領(lǐng)土，這支十字軍大多由農(nóng)民和低階騎士組成。由于在行軍途中在巴爾干多地引起混亂，阿萊克修斯迅速把他們送到了安納托利亞，并囑咐他們停留在在安納托利亞西北角的仍由帝國控制的沿海地區(qū)以等待后續(xù)十字軍的到來，告誡他們不要與塞爾柱突厥人交戰(zhàn)。然而，隨著十字軍內(nèi)部發(fā)生沖突、修士彼得失去了領(lǐng)導(dǎo)權(quán)，這批難以控制的烏合之眾沒有聽從阿萊克修斯的告誡，并掠奪行軍路上經(jīng)過的基督教城鎮(zhèn)，不論這些城鎮(zhèn)是由帝國掌控還是突厥人控制。當(dāng)他們在1096年10月進(jìn)軍到當(dāng)時的羅姆蘇丹首都尼西亞附近時，他們便遭到了突厥軍隊的進(jìn)攻并幾乎被屠戮殆盡，前往亞洲的2萬士兵最終僅有約3千人撤回了君士坦丁堡。
阿萊克修斯一世以后的科穆寧王朝諸帝也在盡力阻止帝國的衰落。約翰二世消滅了已經(jīng)在突厥人內(nèi)斗中衰落的佩切涅格人并為此設(shè)立了“佩切涅格節(jié)”，并收復(fù)了安納托利亞西部及沿海地區(qū)的許多失地。曼努埃爾一世成功地削弱了亞洲的十字軍國家和巴爾干半島的塞爾維亞人，并試圖進(jìn)攻南意大利和埃及，但在試圖消滅突厥人的羅姆蘇丹國時遭到了挫敗，1176年在密列奧塞法隆被打敗，由于在稍后時間的門德雷斯河谷戰(zhàn)役全殲了二萬羅姆軍隊，得以暫時阻止突厥人向安納托利亞西部的滲透。他的未成年的兒子阿萊克修斯二世則在登基3年后被堂叔安德洛尼卡·科穆寧篡位。1185年，以殘暴的統(tǒng)治著稱的安德洛尼卡一世被其將領(lǐng)伊薩克二世推翻，此人是阿萊克修斯一世的女兒狄奧多拉的后代，后者建立了安格洛斯王朝，科穆寧王朝在東羅馬帝國的統(tǒng)治宣告結(jié)束。
阿萊克修斯一世求助于十字軍的想法在1204年被證明是引狼入室。1204年4月13日的第四次十字軍東征的君士坦丁堡之圍，最終使安格洛斯王朝治下的東羅馬帝國滅亡，此后從政治意義上來說東羅馬帝國不復(fù)存在。帝國各豪族在亡國后紛紛建立了獨(dú)立國家，其中科穆寧家族也在小亞細(xì)亞的特拉比松建立了特拉布宗帝國，位于希臘的伊庇魯斯專制國也是科穆寧家族的一個分支建立的。但是，東羅馬帝國的繼承國中的最強(qiáng)大的尼西亞帝國并不是科穆寧家族建立的，尼西亞帝國最后恢復(fù)了拜占廷帝國。
科穆寧王朝時期的東羅馬帝國涌現(xiàn)了一批杰出的歷史學(xué)家，其中最著名的是阿萊克修斯一世的女兒安娜·科穆寧娜。安娜·科穆寧娜的主要作品是《阿萊克修斯傳》，這是研究阿萊克修斯一世統(tǒng)治時期東羅馬帝國歷史的頭等史料。安娜·科穆寧娜的丈夫尼基弗魯斯·布里恩尼奧斯也寫了一些重要的歷史文獻(xiàn)，但未能完成。其他著名的歷史編撰者包括約翰·金納穆斯（曼努埃爾一世的私人秘書，他的作品深入記述了曼努埃爾的統(tǒng)治）和尼基塔斯·侯尼亞迪斯（其《記事》以科穆寧王朝的皇帝阿萊克修斯一世1118年去世為開始，以1207年為結(jié)束，包含了1204年4月13日東羅馬帝國首都君士坦丁堡被第四次十字軍攻陷和屠殺的歷史）。
伊薩克一世·科穆寧（希臘語：Ισα?κιο? Α' Κομνην??，約1005年－1060年），是拜占庭帝國科穆寧王朝的第一個皇帝（1057年－1059年在位）。
在小亞細(xì)亞擁有地產(chǎn)的君士坦丁堡權(quán)貴于1057年反叛并推翻了皇帝米海爾六世，使伊薩克·科穆寧登上皇位。他致力于削弱君士坦丁堡世俗與宗教權(quán)貴的勢力。伊薩克一世限制修道院占有土地并打算沒收部分教會財產(chǎn)的做法受到君士坦丁堡牧首米海爾·克魯拉里烏斯的激烈反對。1058年11月8日，伊薩克一世下令逮捕了米海爾·克魯拉里烏斯；后者不久去世，其牧首職位并未解除。
伊薩克一世曾擊退威脅帝國北方邊境的佩切涅格人。
1059年，以拜占庭歷史學(xué)家米海爾·普塞爾烏斯為首的貴族集團(tuán)迫使伊薩克一世退位。1061年因病于其隱居的修道院中去世。
