今天是第2330期日?qǐng)?bào)。
Nature Metabolism[IF:19.865]
① 口服活性化合物（GMD）可改善高脂飲食誘導(dǎo)的ApoE-/-動(dòng)脈粥樣硬化小鼠的糖脂代謝，減輕動(dòng)脈硬化損傷；② GMD改變腸道菌群，使共生菌糞副擬桿菌（Pm）豐度上升420倍，并增強(qiáng)腸道支鏈氨基酸（BCAA）分解代謝；③ 給該模型小鼠口服補(bǔ)充Pm，可促進(jìn)腸道BCAA分解為支鏈短鏈脂肪酸，降低血液BCAA，抑制動(dòng)脈斑塊巨噬細(xì)胞mTORC1通路激活，發(fā)揮抗動(dòng)脈粥樣硬化作用；④ Pm的BCAA分解關(guān)鍵基因porA起介導(dǎo)作用，且動(dòng)脈粥樣硬化患者腸道菌群中缺乏Pm和porA；⑤ GMD和Pm可有效改善高脂飲食誘導(dǎo)的肥胖 胰島素抵抗的動(dòng)脈粥樣硬化，但對(duì)高膽固醇飲食造成的動(dòng)脈粥樣硬化效果不佳。
Gut Parabacteroides merdae protects against cardiovascular damage by enhancing branched-chain amino acid catabolism
10-17, doi: 10.1038/s42255-022-00649-y
【主編評(píng)語(yǔ)】Nature Metabolism最新發(fā)表了來(lái)自中科院微生物所劉宏偉和劉雙江團(tuán)隊(duì)的研究成果，發(fā)現(xiàn)口服活性化合物GMD能通過(guò)提高腸道共生菌糞副擬桿菌（Parabacteroid merdaede）的水平，增強(qiáng)腸道支鏈氨基酸分解代謝，從而改善由高脂飲食誘導(dǎo)的肥胖小鼠的動(dòng)脈粥樣硬化。該研究揭示了腸道菌群介導(dǎo)的改善動(dòng)脈粥樣硬化的一種新機(jī)制，并為調(diào)控菌群改善心血管健康提供了新的干預(yù)策略。（@mildbreeze）
Nature Communications[IF:17.694]
① 慢性腎病患者和腎間質(zhì)纖維化（UUO）小鼠糞便中脆弱擬桿菌減少、血清1,5-脫水葡萄糖醇（1,5-AG）水平下降；② 口服脆弱擬桿菌可緩解UUO小鼠腎纖維化，改善腎功能；③ 脆弱擬桿菌上調(diào)UUO小鼠腎臟葡萄糖轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白SGLT2表達(dá)，增加其對(duì)底物1,5-AG的重吸收，1,5-AG上調(diào)并激活腎膽汁酸受體TGR5而抑制腎臟氧化應(yīng)激；④ 脆弱擬桿菌也可降低血清脂多糖，或有助緩解腎臟炎癥；⑤ 中藥活性成分羥基積雪草苷可恢復(fù)UUO小鼠腸道脆弱擬桿菌豐度，緩解腎纖維化。
The gut microbe Bacteroides fragilis ameliorates renal fibrosis in mice
10-14, doi: 10.1038/s41467-022-33824-6
【主編評(píng)語(yǔ)】腎纖維化是慢性腎病中不可忽視的病理變化，造成腎臟功能的喪失與衰竭，最終發(fā)展為終末期腎臟病。目前尚缺乏有效的延緩或逆轉(zhuǎn)腎纖維化的治療方法。已有研究表明，腸道菌群失調(diào)與慢性腎病的發(fā)生發(fā)展有關(guān)，因此，腸道菌群或可用于慢性腎病的防治。近日，中國(guó)藥科大學(xué)中藥學(xué)院張之昊、譚寧華及其團(tuán)隊(duì)在Nature Communications上發(fā)表文章，揭示了脆弱芽孢桿菌通過(guò)降低血清脂多糖和增加1,5-脫水葡萄糖醇（1,5-AG）水平緩解小鼠腎纖維化的新機(jī)制，或有助于為慢性腎病、腎纖維化的防治。（@芥末）
European Respiratory Journal[IF:33.795]
① 納入3032例接受機(jī)械通氣的危重患者進(jìn)行回顧性研究，其中1942人接受抗厭氧菌抗生素治療；② 早期抗厭氧菌抗生素暴露與更低的無(wú)呼吸機(jī)相關(guān)性肺炎生存率、無(wú)感染生存率和總生存率相關(guān)；③ 抗厭氧菌抗生素快速降低患者腸道細(xì)菌密度，但隨后卻伴隨顯著增加菌群擴(kuò)張，且以腸桿菌科占主導(dǎo)；④ 抗厭氧菌治療患者的呼吸道中腸桿菌科富集，腸桿菌科呼吸機(jī)相關(guān)肺炎發(fā)生率增加；⑤ 小鼠模型中，抗厭氧菌抗生素顯著增加腸桿菌科肺炎易感性和高氧損傷致死性。
In critically ill patients, anti-anaerobic antibiotics increase risk of adverse clinical outcomes
10-13, doi: 10.1183/13993003.00910-2022
【主編評(píng)語(yǔ)】胃腸道微生物，包括厭氧微生物，在危重患者呼吸機(jī)相關(guān)性肺炎、多器官衰竭的發(fā)生中起重要作用。雖然臨床上通常會(huì)使用抗厭氧菌的抗生素，但尚缺少關(guān)于腸道厭氧菌耗竭對(duì)危重患者臨床結(jié)局影響的研究。近日，美國(guó)密歇根大學(xué)健康系統(tǒng)的Robert P. Dickson及其團(tuán)隊(duì)在European Respiratory Journal上發(fā)表文章，在對(duì)3032例危重患者的回顧性研究中發(fā)現(xiàn)，早期使用抗厭氧菌抗生素治療與死亡率增加相關(guān)，并基于臨床數(shù)據(jù)和實(shí)驗(yàn)證據(jù)，建議進(jìn)行慎重考慮危重患者的抗厭氧菌抗生素應(yīng)用。（@芥末）
Cell Host and Microbe[IF:31.316]
① 擴(kuò)大培養(yǎng)小鼠腸道細(xì)菌菌株（miBC）至212株，所有菌株均可供公眾使用；② 對(duì)miBC進(jìn)行了分類學(xué)研究，發(fā)現(xiàn)其具有菌株水平多樣性、小型細(xì)菌及未知的分類群（包括1科、10屬和39種）；③ 利用miBC進(jìn)行合成菌群（SYN）預(yù)測(cè)，獲取菌群間的關(guān)鍵功能差異，尤其是發(fā)現(xiàn)與DSS誘導(dǎo)的結(jié)腸炎的耐藥性或易感性相關(guān)的菌群；④ 構(gòu)建的OMM19.1模型可回補(bǔ)OMM12和SPF小鼠之間的表型差異，包括腸道及相關(guān)淋巴組織中的主體組分和免疫細(xì)胞，且OMM文庫(kù)可用于未來(lái)研究。
Enhanced cultured diversity of the mouse gut microbiota enables custom-made synthetic communities
10-07, doi: 10.1016/j.chom.2022.09.011
【主編評(píng)語(yǔ)】大量未知的微生物基因及其分類限制了腸道菌群的研究，而通過(guò)培養(yǎng)腸道微生物有助于其分子和實(shí)驗(yàn)研究。近日，發(fā)表在Cell Host & Microbe的這篇文章，發(fā)現(xiàn)小鼠腸道培養(yǎng)的細(xì)菌具有分類學(xué)和功能多樣性，并利用miBC菌株對(duì)微生物-宿主相互作用進(jìn)行模塊化功能研究的概念驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)，發(fā)現(xiàn)某些細(xì)菌在調(diào)節(jié)宿主免疫反應(yīng)中具有直接作用，并為研究特異性的小鼠腸道細(xì)菌合成菌群 (SYN) 開(kāi)辟了途徑。（@圓圈兒）
PLoS Biology[IF:9.593]
① OligoMM12小鼠腸道菌群相對(duì)簡(jiǎn)單，由12種可培養(yǎng)的菌株組成（歸屬5個(gè)門(mén)）；② 通過(guò)隔離器代謝籠系統(tǒng)比較OligoMM12、GF及SPF小鼠食物攝入量、消化效率、能量消耗等；③ GF比OligoMM12和SPF小鼠重，減去盲腸重量后三組體重接近，而OligoMM12小鼠有更多脂肪量；④ GF小鼠的食物攝入量和糞便量更大，糞便能量密度更低，但能量消耗與其他兩組相同；⑤ OligoMM12與GF小鼠代謝組更相似，表明最小的微生物組無(wú)法完全再現(xiàn)傳統(tǒng)微生物組對(duì)宿主代謝組的影響。
Metabolic reconstitution of germ-free mice by a gnotobiotic microbiota varies over the circadian cycle
09-20, doi: 10.1371/journal.pbio.3001743
【主編評(píng)語(yǔ)】目前，常用無(wú)菌（GF）小鼠和無(wú)特定病原體（SPF）小鼠比較評(píng)估腸道菌群影響宿主利用能量的方式，但SPF小鼠的腸道菌群易受出生和長(zhǎng)大環(huán)境的劇烈影響。因此，研究人員常用具有簡(jiǎn)單但明確的微生物群落小鼠。近日，研究人員在PLoS Biology上發(fā)表最新研究，通過(guò)隔離器代謝籠系統(tǒng)比較OligoMM12（由12種可培養(yǎng)的菌株組成）、GF及SPF小鼠食物攝入量、消化效率、能量消耗等差異，發(fā)現(xiàn)OligoMM12小鼠有更多脂肪量，而GF比OligoMM12和SPF小鼠重，但減去盲腸重量后三組體重接近。更重要的是，相比SPF小鼠，OligoMM12與GF小鼠代謝組更相似，表明最小的微生物組無(wú)法完全再現(xiàn)傳統(tǒng)微生物組對(duì)宿主代謝組的影響?？傊撗芯考由盍宋覀儗?duì)含有微量微生物組小鼠與常規(guī)微生物組小鼠間新陳代謝的相似/不同的理解。盡管調(diào)節(jié)OligoMM12小鼠群落和復(fù)雜菌群間能量差異的精確機(jī)制還有待闡明，但值得我們?nèi)ヌ骄俊＃ˊ九卿臣）
Microbiology spectrum[IF:9.043]
① 喂食海藻酸鈉（ALG）以菌群依賴的方式緩解DSS誘導(dǎo)的小鼠結(jié)腸炎，改善體重減輕、結(jié)腸損傷和促炎因子升高表型；② ALG可恢復(fù)結(jié)腸炎小鼠腸道菌群的多樣性，顯著增加益生菌動(dòng)物雙歧桿菌豐度，其中的7-脫羥基化酶（baiJ）催化初級(jí)膽汁酸（BA）生成次級(jí)BA——豬去氧膽酸（HDCA）；③ ALG引起的HDCA積累改善了腸道BA譜，并通過(guò)膽汁酸受體FXR抑制腸道促炎因子生成而發(fā)揮抗炎作用；④ 補(bǔ)充動(dòng)物動(dòng)物雙歧桿菌JCM1190或者HDCA同樣可以促進(jìn)結(jié)腸炎的緩解。
Alginate Alleviates Dextran Sulfate Sodium-Induced Colitis by Promoting Bifidobacterium animalis and Intestinal Hyodeoxycholic Acid Synthesis in Mice
10-11, doi: 10.1128/spectrum.02979-22
【主編評(píng)語(yǔ)】炎癥性腸?。↖BD）與腸道菌群失調(diào)有關(guān)，且常伴隨胃腸道膽汁酸代謝異常。已知天然水溶性多糖海藻酸能改善小鼠實(shí)驗(yàn)性結(jié)腸炎，但其對(duì)腸道炎癥情況下微生物對(duì)膽汁酸代謝的影響尚不清楚。近日，中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)動(dòng)物科學(xué)技術(shù)學(xué)院王軍軍及其團(tuán)隊(duì)在Microbiology spectrum發(fā)表研究文章，指出海藻酸能夠通過(guò)調(diào)控腸道菌群及相關(guān)膽汁酸代謝緩解DSS誘導(dǎo)的小鼠結(jié)腸炎，為IBD的預(yù)防和治療提供了新的潛在途徑。（@芥末）
Microbiology spectrum[IF:9.043]
① 失眠患者腸道菌群結(jié)構(gòu)和代謝與對(duì)照組不同，失眠者乳酸桿菌、鏈球菌和卷曲乳桿菌相對(duì)豐度顯著增加；② 兩組間有5條差異代謝途徑（甘油磷脂代謝、谷胱甘肽代謝、氮代謝、丙氨酸、天門(mén)冬氨酸和谷氨酸代謝及氨酰-tRNA生物合成）；③ 失眠者IL-1b水平顯著升高，而TNF-a顯著降低，其變化與某些特定的物種（Prevotella amnii、Prevotella buccalis和Prevotella colorans等）和代謝物有關(guān)；④ 免疫因子和代謝物介導(dǎo)了腸道菌群對(duì)失眠的影響。
Multiomics Analysis Reveals Aberrant Metabolism and Immunity Linked Gut Microbiota with Insomnia
10-03, doi: 10.1128/spectrum.00998-22
【主編評(píng)語(yǔ)】先前研究發(fā)現(xiàn)失眠與腸道菌群有關(guān)，免疫力和新陳代謝等會(huì)影響失眠，但這些因素還沒(méi)被充分探究過(guò)。近日，山東大學(xué)公共衛(wèi)生學(xué)院，國(guó)家健康醫(yī)療大數(shù)據(jù)研究院張磊、威海市中心醫(yī)院蔄紅好及團(tuán)隊(duì)在Microbiology spectrum發(fā)表最新研究，發(fā)現(xiàn)失眠患者腸道菌群結(jié)構(gòu)和代謝與對(duì)照組不同，且失眠者免疫因子變化與某些特定的物種和代謝物有關(guān)?？傊撗芯拷沂鞠到y(tǒng)性炎癥和代謝產(chǎn)物可能是連接腸道菌群與失眠的途徑。這些發(fā)現(xiàn)為理解腸道菌群在失眠中的作用提供了新的見(jiàn)解。（@九卿臣）
Chinese Medical Journal[IF:6.133]
① 分析2011-2021年發(fā)表的782篇將FMT治療疾病的研究；② FMT在涵蓋85種疾病的8大治療領(lǐng)域（感染、腸道疾病、菌群-腸-肝軸、菌群-腸-腦軸、代謝性疾病、腫瘤、血液系統(tǒng)疾病和其他類疾?。┲酗@示出治療價(jià)值；③ 報(bào)道FMT治療感染和腸道疾病的文獻(xiàn)數(shù)量最多，其次是腸腦軸相關(guān)疾病、血液和肝臟疾?。虎?洗滌菌群移植（WMT）和經(jīng)內(nèi)鏡腸道植管術(shù)（TET）是FMT的最新進(jìn)展；⑤ FMT可能存在4類形態(tài)：藥物、組織/器官、保健藥品或醫(yī)療技術(shù)。
Encyclopedia of fecal microbiota transplantation: a review of effectiveness in the treatment of 85 diseases
09-14, doi: 10.1097/CM9.0000000000002339
【主編評(píng)語(yǔ)】最近，Chinese Medical Journal在線刊登了由南京醫(yī)科大學(xué)張發(fā)明教授團(tuán)隊(duì)和澳大利亞Thomas J Borody教授聯(lián)合撰寫(xiě)的綜述長(zhǎng)文，報(bào)道糞菌移植（FMT）在全球應(yīng)用于85種疾病的治療進(jìn)展。文章的摘要強(qiáng)調(diào)，作為重建腸道菌群最有效的手段，F(xiàn)MT技術(shù)在過(guò)去10年有三大進(jìn)展，包括洗滌菌群移植（WMT）、經(jīng)內(nèi)鏡腸道植管術(shù)（TET）和孢子群移植。全文對(duì)2011年至2021年發(fā)表的所有關(guān)于FMT/WMT帶來(lái)治療益處的研究進(jìn)行綜述，并且概述相關(guān)方法學(xué)和政策，以期幫助醫(yī)生、研究者及患者全面了解FMT的全球進(jìn)展。FMT在8大治療領(lǐng)域中顯示出一定的治療價(jià)值，盡管有些領(lǐng)域還需要高質(zhì)量的隨機(jī)對(duì)照試驗(yàn)，但本文顯示了FMT治療腸道內(nèi)及腸道外菌群失調(diào)相關(guān)疾病的良好前景。（@mildbreeze）
Science Advances[IF:14.957]
① 秀麗隱桿線蟲(chóng)適應(yīng)母體腸道微生物，進(jìn)行有替代性胚胎發(fā)生；② 有害微生物導(dǎo)致內(nèi)胚層細(xì)胞分裂改變，左右不對(duì)稱發(fā)育等形態(tài)變化，腸和原始生殖細(xì)胞之間出現(xiàn)雙重關(guān)聯(lián)，繁殖力發(fā)生變化等；③ miR-35 microRNA家族受系統(tǒng)性內(nèi)源性RNA干擾控制，靶向含β-轉(zhuǎn)導(dǎo)素重復(fù)的蛋白質(zhì)/細(xì)胞分裂周期25(CDC25) 途徑，傳遞代際信息以調(diào)節(jié)細(xì)胞分裂和繁殖；④ 研究結(jié)果對(duì)現(xiàn)有的假設(shè)——秀麗隱桿線蟲(chóng)有一個(gè)由固定細(xì)胞數(shù)組成的細(xì)胞譜系，提出了挑戰(zhàn)。
Small RNAs couple embryonic developmental programs to gut microbes
03-23, doi: 10.1126/sciadv.abl7663
【主編評(píng)語(yǔ)】Science Advances近期發(fā)表的文章，發(fā)現(xiàn)母體內(nèi)的腸道菌群通過(guò)miR-35家族等調(diào)節(jié)細(xì)胞分裂和繁殖，導(dǎo)致秀麗隱桿線蟲(chóng)的胚胎發(fā)育發(fā)生改變，出現(xiàn)額外細(xì)胞、生殖能力改變等，這挑戰(zhàn)了現(xiàn)有的假設(shè)——秀麗隱桿線蟲(chóng)具有一個(gè)由固定細(xì)胞數(shù)量組成的細(xì)胞譜系，這為生物如何通過(guò)表觀遺傳控制優(yōu)化胚胎發(fā)生以適應(yīng)環(huán)境變化提供見(jiàn)解。（@章臺(tái)柳）
PLoS Pathogens[IF:7.464]
① 細(xì)菌會(huì)產(chǎn)生大量非編碼小RNA，廣泛存在于外膜囊泡（OMVs）中，在宿主-菌群互作中發(fā)揮著重要作用；② Ile-tRF-5X是成熟異亮氨酸t(yī)RNA的5'端衍生片段，在大腸桿菌OMVs中高表達(dá)；③ Ile-tRF-5X在營(yíng)養(yǎng)和熱壓力下表達(dá)顯著上升，但不受轉(zhuǎn)錄或翻譯抑制的影響；④ 細(xì)菌RNase E有助于Ile-tRF-5X的生物合成；⑤ 包載Ile-tRF-5X的細(xì)菌OMVs經(jīng)人類HCT116細(xì)胞內(nèi)化后，通過(guò)miRNA途徑促進(jìn)細(xì)胞MAP3K4的表達(dá)；⑥ 細(xì)菌OMVs和Ile-tRF-5X以劑量依賴性地增強(qiáng)人類細(xì)胞增殖。
A tRNA-derived fragment present in E. coli OMVs regulates host cell gene expression and proliferation
09-15, doi: 10.1371/journal.ppat.1010827
【主編評(píng)語(yǔ)】細(xì)菌RNA測(cè)序分析揭示了大量極小RNA的存在，其中包括tRNA片段，它們選擇性地加載到細(xì)菌外膜囊泡中，并靶向宿主mRNA，進(jìn)而可能參與到細(xì)菌-宿主關(guān)系的相互作用中。PLoS Pathogens發(fā)表最新研究表明，在大腸桿菌外膜囊泡中存在tRNA的衍生片段Ile-tRF-5X，它受環(huán)境壓力的選擇性調(diào)節(jié)，向人類宿主細(xì)胞的轉(zhuǎn)移。本篇工作為細(xì)菌和人類細(xì)胞之間現(xiàn)有的共生關(guān)系提供了一個(gè)新的研究視角。（@RZN）
感謝本期日?qǐng)?bào)的創(chuàng)作者：mildbreeze，芥末，Akkk，往、昔℡，劉暢，阿當(dāng)，李倩倩，白藍(lán)木，沈琪辰
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