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表觀遺傳（Epigenetics）是指DNA序列未發(fā)生變化，但基因的表達(dá)卻發(fā)生了可遺傳改變。表觀遺傳學(xué)是指基于非基因序列改變所致基因表達(dá)水平變化，如DNA甲基化和染色質(zhì)構(gòu)象變化等；表觀基因組學(xué)(epigenomics) 則是在基因組水平上對(duì)表觀遺傳學(xué)改變的研究。

 表觀遺傳改變主要從四個(gè)層面調(diào)控基因表達(dá)：

今天所要匯總介紹的就是DNA甲基化數(shù)據(jù)庫(kù)。甲基化(methylation)是蛋白質(zhì)和核酸的一種重要的修飾，能夠調(diào)節(jié)基因的表達(dá)和關(guān)閉，與癌癥、衰老、老年癡呆等許多疾病密切相關(guān)，是表觀遺傳學(xué)的重要研究?jī)?nèi)容之一。而DNA甲基化是DNA化學(xué)修飾的一種形式，是DNA序列上特定的堿基在DNA甲基轉(zhuǎn)移酶（DNMT）的催化作用下，以S-腺苷甲硫氨酸（SAM）作為甲基供體，通過(guò)共價(jià)結(jié)合的方式獲得一個(gè)甲基基團(tuán)的化學(xué)修飾過(guò)程。話不多說(shuō)，來(lái)看看甲基化數(shù)據(jù)庫(kù)有哪些吧！

http://rna.sysu.edu.cn/rmbase/

RMBase 簡(jiǎn)單來(lái)說(shuō)是一個(gè)RNA水平表觀遺傳修飾查詢的數(shù)據(jù)庫(kù)，用于整合轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)，以探索RNA的轉(zhuǎn)錄后修飾，可以查詢疾病相關(guān)SNP和RNA結(jié)合蛋白（RBP）的關(guān)系。該數(shù)據(jù)庫(kù)由屈良鵠教授實(shí)驗(yàn)室構(gòu)建。里面有13個(gè)物種的47個(gè)研究中的566個(gè)數(shù)據(jù)集和1 397 244個(gè)修飾位點(diǎn)，m 6 A、m 5 C、2'-O-Me和100種其他類型的修飾物。

詳情請(qǐng)戳：RMBase：RNA甲基化修飾數(shù)據(jù)庫(kù)

http://rmvar.renlab.org/

RMVar數(shù)據(jù)庫(kù)主要是收集了影響m6A修飾的相關(guān)變異，也整合了與變異相關(guān)的RBP結(jié)合區(qū)、miRNA-靶點(diǎn)和剪接位點(diǎn)，以幫助用戶研究m6A相關(guān)變異對(duì)轉(zhuǎn)錄后調(diào)控的影響。庫(kù)內(nèi)收錄的修飾物包括m 6 Am，m 1 A，ψ，m 5 C，2'-O-Me和m 7 G，5-甲基尿苷m5U，A至I。還整合了來(lái)自全基因組關(guān)聯(lián)研究(GWAS)和ClinVar的數(shù)據(jù)，所以m6AVar也可為研究m6A相關(guān)變異和疾病間的關(guān)系提供支持。

詳情請(qǐng)戳：RMVar：m6A修飾相關(guān)甲基化數(shù)據(jù)庫(kù)

http://www.cuilab.cn/sramp

SRAMP數(shù)據(jù)庫(kù)主要是用作預(yù)測(cè)目標(biāo)RNA序列上m6A修飾位點(diǎn)，也是用來(lái)預(yù)測(cè)哺乳動(dòng)物m6A修飾位點(diǎn)的數(shù)據(jù)庫(kù)。SRAMP運(yùn)行預(yù)測(cè)時(shí)僅需要RNA序列，而無(wú)需加載外部組學(xué)數(shù)據(jù)。在lncRNA、circRNA等測(cè)序數(shù)據(jù)不充足的條件下，也是一個(gè)有力的m6A位點(diǎn)分析工具。

詳情請(qǐng)戳：SRAMP：哺乳動(dòng)物m6A修飾位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫(kù)

http://imethyl.iwate-megabank.org/index.html

iMETHYL是一個(gè)DNA甲基化、 SNP和RNA_seq的多組學(xué)聯(lián)合數(shù)據(jù)庫(kù)。庫(kù)內(nèi)提供CD4 + T淋巴細(xì)胞，單核細(xì)胞和嗜中性粒細(xì)胞的全DNA甲基化（?2400萬(wàn)個(gè)常染色體CpG位點(diǎn)），全基因組（?900萬(wàn)個(gè)單核苷酸變體）和全轉(zhuǎn)錄組（> 14000個(gè)基因）數(shù)據(jù)。通過(guò)提供多組學(xué)數(shù)據(jù)和QTL信息，整合SNP, DNA甲基化和RNA表達(dá)譜的數(shù)據(jù)，進(jìn)行兩兩之間的關(guān)聯(lián)分析，iMETHYL將用作綜合參考數(shù)據(jù)，幫助研究人員推斷DNA甲基化，基因組變異和基因表達(dá)之間的調(diào)控機(jī)制。

詳情請(qǐng)戳：iMETHYL：DNA甲基化、 SNP和RNA_seq的多組學(xué)聯(lián)合數(shù)據(jù)庫(kù)

http://www.pubmeth.org/

Pubmeth是一個(gè)整理癌癥相關(guān)甲基化數(shù)據(jù)庫(kù)，收集和整理了文獻(xiàn)中與癌癥相關(guān)的甲基化數(shù)據(jù)，并進(jìn)行了人工校對(duì)和注釋，提供了一個(gè)高質(zhì)量的癌癥相關(guān)的發(fā)生了甲基化基因的數(shù)據(jù)庫(kù)。PubMeth包含5000多個(gè)記錄，這些記錄來(lái)自1000多個(gè)文獻(xiàn)來(lái)源。

詳情請(qǐng)戳：Pubmeth：癌癥相關(guān)甲基化數(shù)據(jù)庫(kù)

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SurvivalMeth

http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/survivalmeth/

SurvivalMeth主要是提供癌癥相關(guān)甲基化預(yù)后的信息。它收集了36種癌癥的DNA甲基化譜，整合單個(gè)DMFE、多個(gè)DMFE、SEs和臨床數(shù)據(jù)，對(duì)預(yù)上傳數(shù)據(jù)進(jìn)行生存分析，還允許上傳來(lái)自各種疾病的DMFE的定制DNA甲基化圖譜進(jìn)行分析。SurvivalMeth為預(yù)后DMFEs提供了全面的資源和自動(dòng)化分析，包括DMFE甲基化水平、相關(guān)分析、臨床分析、差異分析、DMFE注釋、生存相關(guān)詳細(xì)結(jié)果和生存分析可視化。

詳情請(qǐng)戳：SurvivalMeth：甲基化預(yù)后分析專用數(shù)據(jù)庫(kù)

https://biit.cs.ut.ee/methsurv/

MethSurv是一個(gè)基于CpG甲基化模式進(jìn)行生存分析的網(wǎng)絡(luò)工具，有25種不同人類癌癥的7358個(gè)甲基化數(shù)據(jù)，使用了Cox比例風(fēng)險(xiǎn)模型開(kāi)發(fā)了用于生存分析的交互式網(wǎng)絡(luò)工具。MethSurv能夠?qū)ξ挥诓樵兓蚋浇蚋浇腃pG進(jìn)行生存分析，還可以提供對(duì)查詢基因的聚類分析，以將甲基化模式與臨床特征相關(guān)聯(lián)，并篩選出每種癌癥類型的主要生物標(biāo)志物。對(duì)于不會(huì)編程的科研人員來(lái)說(shuō)，MethSurv工具是一個(gè)十分有用平臺(tái)，可以對(duì)基于甲基化的癌癥生物標(biāo)記物進(jìn)行初步篩選評(píng)估，在幾秒鐘內(nèi)生成分析結(jié)果，對(duì)甲基化研究帶來(lái)很多便利。

詳情請(qǐng)戳：MethSurv：TCGA甲基化分析工具

http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/diseasemeth/

DiseaseMeth 是一個(gè)專注于人類疾病的異常甲基化數(shù)據(jù)庫(kù)，不僅包括多種癌癥，同時(shí)還包括神經(jīng)發(fā)育和退行性疾病、自身免疫疾病等數(shù)據(jù)集。通過(guò)人工搜索了近些年文獻(xiàn)報(bào)道的新異常甲基化基因，32701甲基化譜樣本數(shù)，88種疾病，679602對(duì)甲基化相關(guān)的疾病基因關(guān)系。數(shù)據(jù)庫(kù)還提供了三個(gè)新的在線工具用于聚類分析，功能注釋或者生存分析。

詳情請(qǐng)戳：DiseaseMeth：人類疾病甲基化數(shù)據(jù)庫(kù)