科研| Gastroenterology：益生菌和微生物組：我們?nèi)绾螏椭颊呃斫庖嫔?/strong>
本文由yl編譯
當(dāng)前控制益生菌的法規(guī)框架以及允許使用含糊且暗示性說法的產(chǎn)品營銷為科學(xué)研究和臨床研究創(chuàng)造了巨大的障礙。同時解決與人類健康和疾病發(fā)病機(jī)理有關(guān)的微生物組學(xué)領(lǐng)域的公眾和科學(xué)興趣日益增長，使此問題進(jìn)一步擴(kuò)大。由于政府機(jī)構(gòu)幾乎沒有希望制定不同的監(jiān)管政策，甚至不可能投入必要的資源來優(yōu)先考慮現(xiàn)行政策，因此我們提出了另一種策略，可以客觀地評估益生菌產(chǎn)品，以告知消費者并促進(jìn)與其醫(yī)療保健提供者進(jìn)行有意義的討論。在科學(xué)和臨床證據(jù)的支持下，更高質(zhì)量的產(chǎn)品將在這一領(lǐng)域贏得更大的市場份額，并且將激勵制造商與公眾分享其主張的根據(jù)。最終，消費者將可獲得更好的產(chǎn)品以及將資源集中在益生菌上的能力，從而產(chǎn)生更大的健康益處。
摘要：益生菌作為有益健康的微生物的概念起源于一個多世紀(jì)前的推測性想法，但在很大程度上仍未得到科學(xué)證據(jù)的證實。微生物組學(xué)的最新進(jìn)展突出了腸道微生物在人類生理和疾病發(fā)病機(jī)制中的重要性。這些進(jìn)展促進(jìn)了益生菌產(chǎn)業(yè)的發(fā)展，在創(chuàng)意營銷的推動下，益生菌產(chǎn)業(yè)呈指數(shù)級增長。但消費者、病人和大多數(shù)醫(yī)療服務(wù)提供者都無法辨別潛在的科學(xué)知識，也無法區(qū)分那些允許的對健康有好處的說法和針對特定疾病的藥品索賠。沒有益生菌產(chǎn)品能夠滿足監(jiān)管要求，不能歸類為旨在治愈，減輕或預(yù)防疾病的藥物。然而，患者仍服用益生菌產(chǎn)品，相信它們將有助于治療他們的腸道或全身性疾病。迄今為止，監(jiān)管機(jī)構(gòu)尚未制定出有助于在這一領(lǐng)域的公眾宣傳政策。事實上，現(xiàn)有的監(jiān)管制度實際上給研究提供益生菌產(chǎn)品臨床療效的證據(jù)造成了巨大的障礙。我們提出了一個解決這一棘手問題的潛在解決方案，即由一個不存在潛在的利益沖突的學(xué)術(shù)界、專業(yè)組織和行業(yè)合作伙伴關(guān)系建立的委員會，負(fù)責(zé)對特定益生菌產(chǎn)品進(jìn)行嚴(yán)格評估，并為他們不同的主張?zhí)峁┲С?。提交此流程的公司將贏得消費者和醫(yī)療保健提供者的信任，并在市場上脫穎而出。
關(guān)鍵詞：益生菌；調(diào)控；食品藥品管理；GRADE；
原名：Probiotics and the Microbiome: How can we help patients make sense of
probiotics?
譯名：益生菌和微生物組：我們?nèi)绾螏椭颊呃斫庖嫔?/span>
期刊：Gastroenterology
IF：17.373
發(fā)表時間：2020.12.8
通訊作者：Alexander Khoruts
通訊作者單位：明尼蘇達(dá)大學(xué)沃林生物醫(yī)學(xué)科學(xué)大樓
DOI號：10.1053/j.gastro.2020.11.047
原文鏈接：
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0016508520355256
綜述 | Gastroenterology：兒童發(fā)育與微生物群: 兒童時期腸道菌群在維持健康和疾病發(fā)展中的作用
本文由如風(fēng)編譯
美國芝加哥大學(xué)兒科系Erika C. Claud等人于2020年12月8日在Gastroenterology發(fā)表題為《Childhood Development and the Microbiome: The Intestinal Microbiota in Maintenance of Health and Development of Disease During Childhood Development》的綜述文章。本文通過對兒童生命早期腸道菌群發(fā)育發(fā)展、生態(tài)失調(diào)，及其與身體各器官系統(tǒng)的相互作用進(jìn)行綜述，討論生命早期微生物發(fā)展調(diào)節(jié)的關(guān)鍵窗口期，并提出了未來研究的新方向。對于促進(jìn)理解生命早期腸道菌群定植與發(fā)展、研究與兒童期、成年期疾病關(guān)聯(lián)的機(jī)制、開拓研究思路具有很高的參考價值。
摘要：腸道微生物組的組成影響從產(chǎn)前到整個兒童期的健康，許多疾病都與其生態(tài)失調(diào)有關(guān)。從出生到成年，腸道微生物群一直在變化，并且有幾個因素影響著它的發(fā)展和組成。腸道微生物群的特征可以影響大腦、免疫系統(tǒng)和肺的發(fā)育，以及身體的生長發(fā)育。我們回顧了腸道微生物群的發(fā)展，生態(tài)失調(diào)的主要因素，及微生物群與其他器官的相互作用。腸道微生物群應(yīng)該被看作是一個對兒童發(fā)育有重要影響的器官系統(tǒng)，其生態(tài)失調(diào)與兒童和成人期的疾病均有關(guān)，包括自閉癥、注意缺陷多動障礙、哮喘和過敏。
關(guān)鍵詞：腸道微生物群；兒童發(fā)展；微生物群；嬰兒期；兒童期疾病
原名：Childhood Development and the Microbiome: The Intestinal Microbiota in Maintenance of Health and Development of Disease During Childhood Development
譯名：兒童發(fā)育與微生物群: 兒童時期腸道菌群在維持健康和疾病發(fā)展中的作用
期刊：Gastroenterology
IF：17.373
發(fā)表時間：2020.12.8
通訊作者：Erika C. Claud
通訊作者單位：美國芝加哥馬里蘭州芝加哥大學(xué)兒科系
DOI號：10.1053/j.gastro.2020.08.065
原文鏈接：
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0016508520355268
綜述| Gastroenterology：衰老、虛弱和微生物群：生物失調(diào)如何影響人類衰老和疾病
本文由萌萌依編譯
美國馬薩諸塞大學(xué)John P. Haran等人于2020年12月08日在Gastroenterology發(fā)表題為《Aging, Frailty, and the Microbiome: How Dysbiosis Influences Human Aging and Disease》的綜述，基于腸道微生物群與腸粘膜和系統(tǒng)免疫系統(tǒng)的網(wǎng)路互通作用，腸道生物失調(diào)很可能與年齡相關(guān)的疾病存在聯(lián)系。文中作者綜述了討論微生物群在衰老中的重要作用的最新研究進(jìn)展，以及這些知識作為潛在的新療法來預(yù)防或治療與年齡相關(guān)的疾病。
摘要：人類腸道微生物群是細(xì)菌、原生動物、真菌和病毒的集合，它們共存于我們的身體中，對人類健康的保護(hù)、代謝和生理功能是必不可少的。腸道微生物失調(diào)會增加感染風(fēng)險，腸道微生物群落結(jié)構(gòu)與不良炎癥反應(yīng)相關(guān)的失衡近來被認(rèn)為與許多器官的疾病過程有關(guān)。此外，基于腸道微生物群與腸粘膜和系統(tǒng)免疫系統(tǒng)的網(wǎng)路互通作用，腸道生物失調(diào)很可能與年齡相關(guān)的疾病存在聯(lián)系。因此，我們將討論微生物群在衰老中的重要作用的最新研究進(jìn)展，以及這些知識作為潛在的新療法來預(yù)防或治療與年齡相關(guān)的疾病。
關(guān)鍵詞：微生物群、老年、老年性疾病、虛弱、炎癥
原名：Aging, Frailty, and the Microbiome: How Dysbiosis Influences Human Aging and Disease
譯名：衰老、虛弱和微生物群：生物失調(diào)如何影響人類衰老和疾病
期刊：Gastroenterology
IF：17.373
發(fā)表時間：2020.12
通訊作者：John P. Haran
通訊作者單位：美國馬薩諸塞大學(xué)
DOI號：10.1053/j.gastro.2020.09.060
原文鏈接：
https://doi.org/10.1053/j.gastro.2020.09.060
科研| ISME Journal：時間序列轉(zhuǎn)錄組揭示寒冷有氧的海底地殼流體中可運動、多營養(yǎng)的微生物群落
本文由思敏如月編譯
美國斯托克頓大學(xué)自然與數(shù)學(xué)科學(xué)學(xué)院Lauren M. Seyler等人于2020年11月11日在ISME Journal發(fā)表題為《Time-series transcriptomics from cold, oxic subseafloor crustal fluids reveals a motile, mixotrophic microbial community》的文章。本文采用時間序列轉(zhuǎn)錄組+宏轉(zhuǎn)錄組的研究策略，對北池地殼含水層流體中不同時間內(nèi)微生物代謝潛力、轉(zhuǎn)錄本豐度和微生物群落動態(tài)變化進(jìn)行研究。結(jié)果表明微生物群落在北池地殼含水層有機(jī)質(zhì)氧化過程中扮演重要角色。本研究強(qiáng)調(diào)了地殼含水層微生物生命的異質(zhì)性，并為海洋地殼的生物地球化學(xué)循環(huán)提供了新的見解。
摘要：海洋地殼含水層是地球上最適合生物體棲息的生境，蘊(yùn)含了影響全球生物地球化學(xué)物質(zhì)循環(huán)較豐富的微生物類群。本研究利用時間序列轉(zhuǎn)錄組和宏轉(zhuǎn)錄組技術(shù)，對來自海洋中代表全球大部分熱液流體循環(huán)的低溫脊側(cè)環(huán)境中微生物代謝潛力、轉(zhuǎn)錄本豐度和微生物群落動態(tài)變化進(jìn)行重建。此外，本研究搜集了離鉆井?dāng)_動最遠(yuǎn)的流體環(huán)境的宏基因組-組裝基因組數(shù)據(jù)。研究結(jié)果表明，在北池地殼流體中，微生物群落在有機(jī)質(zhì)氧化過程中至關(guān)重要。這些微生物為可運動、且代謝活性較強(qiáng)的類群，屬于自養(yǎng)或有機(jī)營養(yǎng)型微生物。同時，這些微生物類群在氧濃度較低的環(huán)境中，可以利用可替代的電子載體，如硝酸鹽和硫代硫酸鹽。厭氧過程在含水層最深、與深海連接性最遠(yuǎn)的海底層中最為豐富，而且在采樣層之間活性微生物類群組成存在差異。
關(guān)鍵詞：海洋地殼含水層、時間序列轉(zhuǎn)錄組、宏轉(zhuǎn)錄組、微生物代謝潛力、群落動態(tài)
原名：Time-series transcriptomics from cold, oxic subseafloor crustal fluids reveals a motile, mixotrophic microbial community
譯名：時間序列轉(zhuǎn)錄組揭示寒冷有氧的海底地殼流體中可運動、多營養(yǎng)的微生物群落
期刊：ISME Journal
IF：9.18
發(fā)表時間：2020.11
通訊作者：Lauren M. Seyler
通訊作者單位：美國斯托克頓大學(xué)自然與數(shù)學(xué)科學(xué)學(xué)院
DOI號：10.1038/s41396-020-00843-4
原文鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41396-020-00843-4
科研 | Diabetes Care：可解釋的機(jī)器學(xué)習(xí)方法揭示了與2型糖尿病相關(guān)的核心腸道微生物群特征
本文由茗溪編譯
摘要：目的：確定與2型糖尿病風(fēng)險相關(guān)的核心腸道微生物特征，以及與這些特征相關(guān)的潛在人口統(tǒng)計學(xué)、肥胖和飲食因素。
研究設(shè)計和方法：使用了一個可解釋機(jī)器學(xué)習(xí)框架確定3個中國人群隊列的2型糖尿病相關(guān)的腸道微生物特性，其中包括1組發(fā)現(xiàn)隊列（n = 1,832，270例2型糖尿病），2組驗證隊列（1：n = 203，48例；2：n = 7,009，608例）。本研究構(gòu)建了一個微生物組風(fēng)險評分（MRS）與識別特征：在249名無2型糖尿病的參與者中檢查了MRS與葡萄糖增加的前瞻性關(guān)聯(lián)，并評估了MRS與宿主血液代謝物之間的相關(guān)性 (n = 1,016)。為了確認(rèn)MRS-2型糖尿病的關(guān)系，我們將不同MRS水平的人類糞便樣本轉(zhuǎn)移到無菌小鼠。之后，我們檢查了人口統(tǒng)計學(xué)、肥胖和飲食因素與MRS的前瞻性關(guān)系 (n = 1,832)。
結(jié)果：MRS (包括14個微生物特征) 始終與2型糖尿病相關(guān)，3個隊列中每1單位MRS的危險比分別為1.28 (95% CI 1.23-1.33)、1.23 (1.13-1.34) 和1.12 (1.06 -1.18)。MRS與未來血糖升高呈正相關(guān) (p < 0.05) ，與多種腸道微生物源性血液代謝產(chǎn)物相關(guān)。動物實驗進(jìn)一步證實了MRS與2型糖尿病的關(guān)系。體脂分布是調(diào)節(jié)腸道微生物組與2型糖尿病關(guān)系的關(guān)鍵因素。
結(jié)論：本研究揭示了與2型糖尿病風(fēng)險和未來葡萄糖增加相關(guān)的腸道微生物組的核心特征。
原名：Interpretable Machine Learning Framework Reveals Robust Gut Microbiome Features Associated With Type 2 Diabetes
譯名：可解釋的機(jī)器學(xué)習(xí)框架揭示了與2型糖尿病相關(guān)的強(qiáng)健的腸道微生物群特征
期刊：Diabetes Care
IF：16.019
發(fā)表時間：2020.12.7
通訊作者：鄭鋸圣、陳裕明、周宏偉
通訊作者單位：西湖大學(xué)、中山大學(xué)、南方醫(yī)科大學(xué)
DOI號：10.2337/dc20-1536
原文鏈接：
https://care.diabetesjournals.org/content/early/2020/12/03/dc20-1536
科研| Environmental Microbiology：基于rpoB高通量擴(kuò)增子測序鑒定新西蘭鏈霉菌屬的生物地理分布特征
本文由橙編譯
美國康奈爾大學(xué)植物綜合科學(xué)學(xué)院S.A. Higgins等人于2020年12月7日在Environmental Microbiology發(fā)表題為《The biogeography of Streptomyces in New Zealand enabled by high-throughput sequencing of genus-specific rpoB amplicons》的文章，本研究通過使用鏈霉菌屬特異引物對橫跨新西蘭1200公里維度樣帶的土壤DNA進(jìn)行高通量擴(kuò)增子測序，獲得了微生物群落的多樣性及生物地理特征。
摘要：作者通過使用鏈霉菌屬特異性引物新西蘭1200公里緯度樣帶的土壤中鏈霉菌的生物地理分布特征進(jìn)行了研究?；趓poB高通量擴(kuò)增子測序，共檢測到1,287個鏈霉菌rpoB-OTU，每個研究點包含159 ± 92個rpoB-OTU。只有12%的OTU（n = 149）與培養(yǎng)標(biāo)本中的rpoB序列匹配（99％的核苷酸同一性臨界值）。鏈霉菌的系統(tǒng)發(fā)育多樣性（Faith's PD）與土壤pH、年平均溫度和植物群落豐富度存在相關(guān)關(guān)系。其中，土壤pH和植物群落豐富度是更為重要的解釋因素。鏈霉菌群落在各個采樣點都表現(xiàn)出很高的相似性和一種或幾種物種的主導(dǎo)優(yōu)勢。這些結(jié)果表明，由于競爭作用而造成的擴(kuò)散限制作用限制了遷移到新位點的孢子的定殖。培養(yǎng)的鏈霉菌分離物是臨床上常用抗生素的主要來源，但在該屬中只有一小部分多樣性被鑒定出來，大多數(shù)鏈霉菌的種類尚未被鑒定。
原名：The biogeography of Streptomyces in New Zealand enabled by high-throughput sequencing of genus-specific rpoB amplicons
譯名：基于rpoB高通量擴(kuò)增子測序鑒定新西蘭鏈霉菌屬的生物地理分布特征
期刊：Environmental Microbiology
IF：4.933
發(fā)表時間：2020.12
通訊作者：S.A. Higgins
通訊作者單位：美國康奈爾大學(xué)植物綜合科學(xué)學(xué)院
DOI號：10.1111/1462‐2920.15350
原文鏈接：
https://doi.org/10.1111/1462-2920.15350
科研| Environmental Microbiology：硫化物改變了生物膜反應(yīng)器中微生物的甲烷和氮循環(huán)功能潛力
本文由jacky編譯
密歇根大學(xué)地球與環(huán)境科學(xué)系的Gregory J. Dick團(tuán)隊于2020年12月9日在Environmental Microbiology發(fā)表題為《Sulfide alters microbial functional potential in a methane and nitrogen cycling biofilm reactor》的文章。前人關(guān)于生物膜反應(yīng)器的研究大多關(guān)注在厭氧環(huán)境中，本研究中作者采用短期和長期實驗結(jié)合來研究多重氧化還原生物反應(yīng)器中微生物的相互作用，展示了硫化物如何改變硝化細(xì)菌和氮還原菌之間的交叉共生關(guān)系，對于工程脫氮過程中自然發(fā)生的多重氧化還原環(huán)境具有重要意義。
摘要：空間共存細(xì)胞間代謝物的交叉供給會導(dǎo)致復(fù)雜而相互關(guān)聯(lián)的元素循環(huán)和微生物相互作用。這些關(guān)系會影響整個群落的功能，并隨著可利用底物的變化而改變。本研究中，作者使用同位素速率測量和宏基因組測序來研究在注入甲烷和銨的曝氣生物膜反應(yīng)器中，隨著硫化物濃度的逐步增加，交叉補(bǔ)給關(guān)系是如何改變的。結(jié)果表明：硫化物降低了亞硝酸鹽的氧化速率，但提高了氨氧化速率；硫化物改變了反硝化微生物群落，增加了一氧化二氮的產(chǎn)量；硫化物誘導(dǎo)亞硝酸鹽異化還原為銨(DNRA)。作者推測抑制亞硝酸鹽氧化可以提高DNRA、厭氧氨氧化和亞硝酸鹽依賴的厭氧甲烷氧化過程中的亞硝酸鹽利用率。換句話說，硫化物可能破壞了AOB和NOB之間的共生關(guān)系，并誘導(dǎo)了AOB和亞硝酸鹽還原菌的共生。此外，這些交叉共生關(guān)系分布在生物膜和反應(yīng)器的浮游相之間。這些結(jié)果表明，使用硫化物作為電子供體將促進(jìn)一氧化二氮和銨的產(chǎn)生，這在工程系統(tǒng)中通常是不可取的。
原名：Sulfide alters microbial functional potential in a methane and nitrogen cycling biofilm reactor
譯名：硫化物改變了生物膜反應(yīng)器中微生物的甲烷和氮循環(huán)功能潛力
期刊：Environmental Microbiology
IF：4.933
發(fā)表時間：2020.12.9
通訊作者：Gregory J. Dick
通訊作者單位：密歇根大學(xué)地球與環(huán)境科學(xué)系
DOI號：10.1111/1462‐2920.15352
原文鏈接：
https://sfamjournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/1462-2920.15352
科研| Environmental Microbiology：土壤氮循環(huán)微生物功能結(jié)構(gòu)與代謝潛能的微觀異質(zhì)性
本文由許茜編譯
華中農(nóng)業(yè)大學(xué)農(nóng)業(yè)微生物學(xué)國家重點實驗室黃巧云等人于12月7日在Environmental Microbiology發(fā)表題為《Microscale heterogeneity of the soil nitrogen cycling microbial functional structure and potential metabolism》的文章，本研究利用功能基因芯片和功能分析方法對不同土壤粒徑中氮循環(huán)微生物的群落組成及代謝潛力進(jìn)行了研究。結(jié)果表明土壤團(tuán)聚體對氮循環(huán)微生物的物種組成及代謝潛能都具有重要的作用，且氮代謝潛能與氮循環(huán)微生物組成之間不存在耦合關(guān)系。
摘要：土壤團(tuán)聚體具有復(fù)雜的空間及營養(yǎng)異質(zhì)性，它對調(diào)節(jié)土壤中微生物群落的生態(tài)與生物地球化學(xué)過程具有重要的作用。然而，在長期施肥實驗處理中，關(guān)于不同土壤粒徑大小氮循環(huán)微生物的物種組成與功能特征仍是一個未知問題。本研究，我們利用功能基因芯片（GeoChip）和功能分析方法對不同土壤粒徑中（2000-250, 250-53和<53 μm）微生物參與的脲酶活性、硝化作用、N2O產(chǎn)生與還原過程中微生物組成及代謝潛力進(jìn)行了探究。我們發(fā)現(xiàn)在不同的施肥處理中，脲酶活性和硝化作用在粒徑小于53微米的土壤團(tuán)聚體中較高，而N2O產(chǎn)生與還原在粒徑為2000-250和250-53微米的土壤團(tuán)聚體中較高。用功能基因芯片檢測到在厭氧氨氧化、氨化作用、氮還原的同化和異化作用、反硝化作用、硝化作用及氮固定過程中氮循環(huán)基因的豐度隨著團(tuán)聚體粒徑的減小而增加，另外，特定的關(guān)鍵基因豐度（如ureC, amoA, narG, nirS/K）與其相應(yīng)的過程是不相關(guān)的。土壤團(tuán)聚體對氮循環(huán)微生物群的物種組成具有重要作用，并受到土壤營養(yǎng)的影響?？偠灾@些發(fā)現(xiàn)表明土壤團(tuán)聚體在不同的氮循環(huán)代謝潛能及微生物物種組成中扮演著重要角色，并為氮代謝潛力與微生物物種組成之間由于土壤團(tuán)聚體異質(zhì)性的存在而不存在耦合關(guān)系提供了經(jīng)驗性證據(jù)。
關(guān)鍵詞：功能基因芯片、微觀、土壤團(tuán)聚體、氮循環(huán)微生物群、物種組成、潛在代謝
原名：Microscale heterogeneity of the soil nitrogen cycling microbial functional structure and potential metabolism
譯名：土壤氮循環(huán)微生物功能結(jié)構(gòu)與潛在代謝的微觀異質(zhì)性
期刊：Environmental Microbiology
IF: 4.933
發(fā)表時間：2020.12
通訊作者：黃巧云
通訊作者單位：華中農(nóng)業(yè)大學(xué)農(nóng)業(yè)微生物學(xué)國家重點實驗室
DOI號：10.1111/1462-2920.15348
原文鏈接：
https://sfamjournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/1462-2920.15348?af=R
科研 | Environmental Microbiology：熱原菌綱（Thermoplasmata）中一個新目（Ca. Gimiplasmatales）代謝及進(jìn)化的宏基因組學(xué)研究
本文由永稷編譯
深圳大學(xué)李猛教授和深圳微生物研究所研究員許枚英于2020年12月09日在Environmental Microbiology發(fā)表題為《Metagenomic insights into the metabolism and evolution of a new Thermoplasmata order (Candidatus Gimiplasmatales)》的文章，該文章首先通過宏基因組學(xué)結(jié)果組裝得到4個屬于熱原菌綱的基因組，并進(jìn)一步鑒定其為一種新的目。然后通過比較基因組學(xué)對所獲得的新目菌株的基因組與其親緣關(guān)系較近的微生物進(jìn)行比對，明確其進(jìn)化關(guān)系。該文章結(jié)合宏基因組及比較基因組學(xué)技術(shù)，對熱原菌綱中一個新的目的分類地位、代謝功能及進(jìn)化關(guān)系進(jìn)行完整闡述，將為古菌在生態(tài)系統(tǒng)中的生態(tài)學(xué)功能發(fā)揮的研究提供理論依據(jù)，也將對古菌門中微生物資源的挖掘提供一定的借鑒意義。
摘要：熱原菌綱（Thermoplasmata）是廣古菌門（Euryarchaeota）中分布廣泛且生態(tài)上較為重要的一類古菌綱。由于鮮有該類微生物的分類培養(yǎng)及其基因組的研究，使得熱原菌綱的代謝特征仍未可知。本研究從黑臭水體沉積物宏基因組數(shù)據(jù)中獲得4個中、高質(zhì)量的古菌宏基因組組裝基因組（MAGs）?；?6S rRNA基因及核糖體蛋白物種進(jìn)化樹，發(fā)現(xiàn)4個組裝基因組屬于先前未命名的熱原菌綱的UBA10834類群?；诖?，推測該類群有可能是熱原菌綱下的一個新的目。通過代謝路徑重構(gòu)發(fā)現(xiàn)Ca. Gimiplasmatales這一宏基因組合成基因組含有能夠生物合成異戊二烯類和核酸類的的基因簇。除此之外，還具有甲醛和乙酸同化吸收以及CO2固定路徑相關(guān)的基因，說明其具有一種混合營養(yǎng)型的生活方式。進(jìn)一步對宏基因組組裝基因組中硫降解、氫代謝以及砷解毒相關(guān)代謝路徑進(jìn)行預(yù)測，結(jié)果表明基因組具有硫、氫及砷轉(zhuǎn)化的潛力。Ca. Gimiplasmatales和Methanomassiliicoccales的比較基因組學(xué)也表明該菌株所具有的H4F代謝路徑可能是厚壁菌門細(xì)菌基因橫向轉(zhuǎn)移得到。綜上所述，本研究揭示了一種熱原菌新目Ca. Gimiplasmatales的分類地位及其潛在的代謝多樣性，并對該目與其親緣關(guān)系較近的Methanomassiliicoccales的進(jìn)化關(guān)系進(jìn)行比較分析。
原名：Metagenomic insights into the metabolism and evolution of a new Thermoplasmata order (Candidatus Gimiplasmatales)
譯名：一種新熱原菌（Thermoplasmata）目代謝及進(jìn)化的宏基因組學(xué)研究
期刊：Environmental Microbiology
IF：4.933
發(fā)表時間：2020.12.09
通訊作者：李猛教授、許玫英研究員
通訊作者單位：深圳大學(xué)、廣東省微生物研究所
DOI號：10.1111/1462-2920.15349
原文鏈接：
https://doi.org/10.1111/1462-2920.15349
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