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一．在這一章里，我們將對(duì)如何應(yīng)用PUBMED這一得力助手檢索文獻(xiàn)，作以簡(jiǎn)單介紹。

   1．當(dāng)你打開瀏覽器，在地址欄內(nèi)鍵入http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed/ 或是http://www.PubMed.gov/后，就進(jìn)入了PUBMED檢索系統(tǒng)主頁,可以見到如下的頁面。

   2．在靠近頁面上部的地方，首先映入我們眼簾的，即是供我們輸入所需查詢內(nèi)容的檢索框。

   在檢索框中輸入查詢?cè)~，然后單擊"go"按鈕或按回車鍵，PubMed將會(huì)自動(dòng)開始檢索，并將檢索到的相關(guān)條目顯示在屏幕上。在檢索框前面，你還可以選定所要檢索內(nèi)容的數(shù)據(jù)庫范圍，除NCBI的數(shù)據(jù)庫以外，可供選擇的還有：PROTEIN, STRUCTURE, POPSET等等。

    說到這里，很多人可能以為只需傻瓜式的輸入幾個(gè)字符然后回車一敲便可萬事大吉，其實(shí)不然。每個(gè)人搜索效率的高低往往存在很大差別。在這里提供以下建議僅供讀者參考：

     明確你索要檢索的關(guān)鍵概念及詞語，即關(guān)鍵字；

     考慮到關(guān)鍵字的類似說法，即有可能出現(xiàn)的同義詞；

     通過限定DATES, STUDY GROUP等，精煉你的檢索范圍；

     多向有經(jīng)驗(yàn)的人求教，因?yàn)椴煌膶I(yè)背景以及個(gè)人的差異，都有可能形成不同的方法和技巧。

    3．通過布爾（BOOLEAN）運(yùn)算來提高你的效率

    最常用的三種布爾運(yùn)算即是AND,OR,和NOT。

     AND提供的運(yùn)算方式即不管所輸入的兩個(gè)關(guān)鍵詞語所出現(xiàn)的位置在哪，只要他們都出現(xiàn)在索引文章的某一處，就將其列出。

     而OR則是將出現(xiàn)至少一個(gè)關(guān)鍵詞的文章列出，這種運(yùn)算在想將相似主題的文章羅列在一起時(shí)，十分有效。

     NOT運(yùn)算可以在你的檢索范圍內(nèi)將某些不需要的部分除去。但是在使用的時(shí)候要特別注意，會(huì)有可能將一些你所需要的文章漏掉。比如當(dāng)你的檢索詞為L(zhǎng)EAD POISONING NOT CHILDREN時(shí)，除了會(huì)刪除掉那些僅討論兒童的文章，同時(shí)也會(huì)刪去那些同時(shí)討論兒童及其他年齡組的文章。

    4．PUBMED檢索類型

    通常我們所要查詢的單詞類型大致可以分為：

     詞語（主題）檢索 這時(shí)我們?cè)赑ubMed主頁的檢索框中鍵入的是英文單詞或短語（大寫或小寫均可）。然后回車或點(diǎn)擊"Go"， PubMed即使用其詞匯自動(dòng)轉(zhuǎn)換功能進(jìn)行檢索，并將檢索結(jié)果直接顯示在主頁下方。例如：鍵入"vitamin c common cold"后回車或點(diǎn)擊"Go"， PubMed開始檢索并將檢索結(jié)果顯示出來。

     著者檢索 當(dāng)我們所要查詢的是著作者時(shí)， 在檢索框中鍵入著者姓氏全稱和名字的首字母縮寫，格式為："著者姓 空格 名字首字母縮寫"，例如smith ja，然后回車或點(diǎn)擊Go，系統(tǒng)會(huì)自動(dòng)到著者字段去檢索，并顯示檢索結(jié)果。

     刊名檢索 在檢索框中鍵入刊名全稱或MEDLINE形式的簡(jiǎn)稱、ISSN號(hào)，例如：molecular biology of the cell, 或mol biol cell, 或1059-1524，然后回車或點(diǎn)擊Go,系統(tǒng)將在刊名字段檢索，并顯示檢索結(jié)果。

     日期或日期范圍檢索 可以在檢索框中鍵入日期或日期范圍，然后回車或點(diǎn)擊Go，系統(tǒng)會(huì)按日期段檢索，并將符合條件的記錄予以顯示。日期的錄入格式為YYYY/MM/DD；如：1999/09/08

也可以不錄月份和日子，如：2000或1999/12。

     檢索期刊子集（輯） 檢索的格式為：檢索詞AND jsubseta,如：neoplasm AND jsubseta。可供檢索的期刊子庫有3種：Abridged Index Medicus(有120種重要核心期刊)、Dental和Nursing。分別使用jsubseta, jsubsetd, jsubsetn進(jìn)行限定。

     檢索帶文摘的記錄 檢索的格式為：檢索詞AND has abstract, 如：liver cancer AND has abstract。要注意的是在1975年前出版的文章，其MEDLINE記錄中沒有文摘。

     布爾邏輯檢索 PubMed系統(tǒng)允許使用布爾邏輯檢索，只要在檢索框中鍵入布爾邏輯運(yùn)算符（AND，OR或NOT）。具體使用時(shí)要注意的問題，詳見上第3點(diǎn)所述。

    5．如何處理檢索結(jié)果

    當(dāng)你點(diǎn)擊GO或回車后，PubMed將會(huì)自動(dòng)運(yùn)行檢索命令，在屏幕的下方顯示出符合檢索要求的項(xiàng)目，并且在查詢框內(nèi)保留原檢索詞。此時(shí)要注意的是符合檢索要求的項(xiàng)目是以SUMMARY（簡(jiǎn)要格式）顯示出來的，就是列出作者，文章題目，以及文章來源的一些信息。

    在DISPLAY鍵后還可以選擇別的顯示格式，點(diǎn)擊DISPLAY鍵后，系統(tǒng)按所選格式全部檢索結(jié)果。

    如果只需要顯示其中一部分記錄，則需點(diǎn)擊該記錄左邊的查詢框，使標(biāo)記后，再點(diǎn)擊Display鍵；如果只需顯示一條記錄，則可直接點(diǎn)擊該記錄中的作者姓名超鏈接，系統(tǒng)會(huì)自動(dòng)顯示該記錄的文摘格式。

    還有一點(diǎn)，系統(tǒng)所設(shè)定的默認(rèn)值為每頁顯示20條選項(xiàng)，這點(diǎn)可以在SHOW后的下拉菜單處選擇。

    如果選中所感興趣的內(nèi)容，即可進(jìn)行保存，打印等等操作。PubMed系統(tǒng)允許最多可保存5000條記錄。要保存全部檢索結(jié)果時(shí)，打開Summary下拉菜單選擇其中一種格式，然后點(diǎn)擊Save鍵；要保存特定記錄時(shí)，點(diǎn)擊記錄左邊的選擇框予以標(biāo)記后，再點(diǎn)擊Save鍵。

    使用瀏覽器的打印功能，即可把感興趣的內(nèi)容打印出來。系統(tǒng)允許每頁最多顯示500條記錄。如果想打印成文本格式，請(qǐng)先點(diǎn)擊Text鍵，然后再打印。

    下一章我們將用幾個(gè)實(shí)例來使大家熟悉以上檢索技巧。

   在上一章里，我們已經(jīng)對(duì)如何用PUBMED來查詢我們感興趣問題的文獻(xiàn)。在這一章，我們可以通過幾個(gè)簡(jiǎn)單的實(shí)例來具體熟悉PUBMED的用法。

例一

    1．明確所要檢索的內(nèi)容。如果我們要查詢的問題是"維生素C對(duì)于普通感冒的防治作用"。首先我們應(yīng)分析這一問題中的關(guān)鍵詞語，主要由"維生素C"，和"普通感冒"構(gòu)成。即"VITAMIN C"和"COMMON COLD"。

    2．分析所要檢索的兩個(gè)相關(guān)詞語的關(guān)系。根據(jù)我們的日常生活經(jīng)驗(yàn)，可以將兩個(gè)關(guān)鍵詞之間的關(guān)系定義為"AND",于是我們可以在檢索框內(nèi)鍵入"VITAMIN C AND COMMON COLD".，然后點(diǎn)擊"GO"，進(jìn)行檢索。下面的畫面即為經(jīng)過上面檢索過程后所得到的相關(guān)文章。

3．以上初步檢索后所顯示的結(jié)果都以默認(rèn)的SUMMER格式顯示出來，在經(jīng)過對(duì)SUMMER的閱讀后，我們可以進(jìn)一步篩選文獻(xiàn)的內(nèi)容。如我們感興趣的是第二、三、五篇的話，選中這幾篇文獻(xiàn)左側(cè)的方框。如果我們想要同時(shí)看到這幾篇的ABSTRACT，在DISPLAY鍵后的下拉菜單選擇ABSTRACT，然后點(diǎn)擊DISPLAY。即可看到所要結(jié)果。

例二

   1． 如果這一次我們想要查找的是與一個(gè)作者相關(guān)的文章，如這位作者的名字是Hemila h，則我們所要檢索的內(nèi)容就很明確了，是這位作者的名字Hemila h。

2． 在檢索框內(nèi)輸入Hemila h，點(diǎn)擊GO鍵，屏幕上即會(huì)顯示出與這位作者相關(guān)的文獻(xiàn)。 

   3． 在所列出的 39項(xiàng)文獻(xiàn)內(nèi)，我們?nèi)绻朐谝黄羶?nèi)看到所有的選項(xiàng)，可以在SHOW后面的下拉菜單內(nèi)選擇想要顯示的數(shù)量，如50篇。

   4． 在PUBMED所檢索到的文獻(xiàn)里，我們對(duì)第 1篇很感興趣，點(diǎn)擊該篇文章左側(cè)的方框，然后拉下Display鍵后的多選框，選擇文獻(xiàn)的顯示類型，（如Abstract-摘要，Brief-提綱 ，Citation-引言等），一般情況下，以選擇Abstract居多，這樣一目了然。在確定好顯示內(nèi)容后，點(diǎn)擊Display鈕，即可閱讀相關(guān)內(nèi)容了。

   5． 在確定對(duì)檢索到的內(nèi)容感興趣后，如果想把它保存下來，可以單擊Save按鍵，如果想保存在剪貼板里，即可單擊Clipboard,保存于剪貼板。點(diǎn)擊"文件"菜單內(nèi)的打印即可將該文打印出來。

   上述是運(yùn)用Pubmed進(jìn)行簡(jiǎn)單檢索的兩個(gè)實(shí)例。如果經(jīng)過上述的檢索過程，仍然不能滿足你的需要，我們可以進(jìn)行較為復(fù)雜的高級(jí)檢索。在以后的幾章中，我們會(huì)詳細(xì)介紹。

   在以上兩章我們已經(jīng)掌握了如何運(yùn)用初級(jí)檢索法達(dá)到檢索文獻(xiàn)的目的。不過在我們所要檢索的問題相對(duì)較為復(fù)雜的時(shí)候，僅僅靠初級(jí)檢索就遠(yuǎn)遠(yuǎn)達(dá)不到需求了。為了使得我們的檢索更為準(zhǔn)確，高效，我們可以充分利用PubMed所提供的高級(jí)檢索功能。

在你進(jìn)入PubMed首頁之后，在檢索框的下方，有PubMed所提供的五個(gè)重要的功能按鈕，即Limits按鈕, Preview/Index按鈕, History按鈕, Clipboard按鈕,及Details按鈕。如果你能夠充分的利用好這幾個(gè)功能按鈕，那你的檢索則很有可能事半功倍。

   首先，讓我們來簡(jiǎn)單的了解一下這幾個(gè)按鈕的主要功能。

   1. Limits 按鈕

當(dāng)你單擊Limits按鈕后，你可以看到如下界面。（fig1）

在這里可以進(jìn)行以下設(shè)定：

     將搜索范圍設(shè)定在一個(gè)特定的域。

     將搜索范圍設(shè)定在特定的年齡組、性別組、人類或動(dòng)物學(xué)范圍。

     也可以將搜索限定在某一語種出版的或某一特定的文章類型（如綜述）。

     設(shè)定只搜索包含摘要的文獻(xiàn)。

     設(shè)定搜索Entrez數(shù)據(jù)庫或Publication數(shù)據(jù)庫。

     設(shè)定搜索范圍為PubMed數(shù)據(jù)庫的某一子數(shù)據(jù)庫（如Abridged Index Medicus 或AIDS相關(guān)的條目）。

    例如 在All Fields域選擇下拉菜單里，你可以把搜索詞限定在一個(gè)特定的域，缺省設(shè)置是所有的域；打開下拉菜單就可以選擇所需的域名了。又如"Only items with abstracts"指只檢索那些有文摘的記錄（1975年前出版的文章的記錄中沒有文摘）

    2．Preview/Index 按鈕

    在按下Preview/Index按鈕之后，我們可以進(jìn)行的設(shè)定有：

     在顯示條目之前顯示所查到的文獻(xiàn)數(shù)。

     隨時(shí)通過增加查詢單詞來修改查詢方案。

     在特定的搜索域中向方案里加入查詢?cè)~。

     從Index中查看并選擇詞語來修改查詢方案。

     在你修改查詢時(shí)查看方案。

    Preview(預(yù)覽) 使用此功能可以在顯示條目之前顯示所查到的文獻(xiàn)數(shù)。使用時(shí)，在輸入框中鍵入搜索詞，然后單擊Preview，PubMed返回的信息是條目的數(shù)量。

    Index（索引） 使用此功能,可以從特定域中選擇以索引的單詞，并把他們加入查詢方案之中;可以查看某一個(gè)特定搜索域中詞語列表；也可以使用布爾運(yùn)算符來建立一個(gè)查詢方案。

    3．History 按鈕

    History （歷史記錄）歷史記錄中保存的是你所有的查詢方案與查詢結(jié)果，只有當(dāng)你運(yùn)行了一次查詢之后，History中才有內(nèi)容。History屏幕將會(huì)顯示：你的查詢方案、查詢時(shí)間、查詢到的文獻(xiàn)數(shù)量。Preview顯示的是歷史記錄中最近的三條記錄，而使用History可以看到最近100次的查詢結(jié)果。一旦查詢數(shù)量超過100，PubMed會(huì)將最早的查詢除去，加進(jìn)最新的一次查詢。如果兩次查詢內(nèi)容相同，PubMed會(huì)將頭一次的去除。

    4．Clipboard 按鈕

    剪貼板可以幫助你保存或查看在一個(gè)或多個(gè)查詢中選擇的條目，然后就可以打印、保存、訂購(gòu)剪切板中的內(nèi)容了。將條目左邊的復(fù)選框選中，單擊"Add to clipboard"就可以將其加入剪切板中。當(dāng)點(diǎn)擊 Clear History可以將History中的所有內(nèi)容清除。

    剪切板中最大的儲(chǔ)存數(shù)是500條。而放在剪切板中的內(nèi)容如果在一小時(shí)內(nèi)沒有任何操作，將會(huì)自動(dòng)消失。

    5．Details  按鈕

    Details是用于幫助你查看PubMed的檢索策略。即在提問框中鍵入的檢索詞被PubMed自動(dòng)地轉(zhuǎn)換成了那些詞，并使用了什么樣的檢索規(guī)則和檢索語法。此外，使用Details鍵可以對(duì)檢索策略進(jìn)行編輯，然后再一次檢索。在PubMed Query框內(nèi)顯示的是PubMed實(shí)際使用的檢索策略和語法。該框下有四個(gè)區(qū)域：Result區(qū)顯示檢索結(jié)果的記錄總數(shù)，點(diǎn)擊這個(gè)數(shù)字，可回到檢索結(jié)果顯示屏；Translation區(qū)顯示檢索詞轉(zhuǎn)換的詳細(xì)情況；Database區(qū)顯示檢索的數(shù)據(jù)庫；User Query 區(qū)顯示用戶鍵入的檢索詞或檢索式。

    要對(duì)檢索策略進(jìn)行編輯可直接點(diǎn)擊PubMed Query框中的檢索策略，將其增加、刪除或修改后點(diǎn)擊Search鍵。

    除了以上五個(gè)主要功能鍵以外，利用PubMed提供的其他一些功能，如MeSH 等，也可以在很大一部分程度上提高我們的檢索效率。在以后的若干章里，我們將會(huì)以詳盡的筆墨來系統(tǒng)的剖析這些功能用法。

   在我們對(duì)如何運(yùn)用PubMed進(jìn)行較為復(fù)雜的檢索有了初步的了解后，我們來看幾個(gè)應(yīng)用性的實(shí)例。

     例一 現(xiàn)在讓我們來查找一下有關(guān)于"鋅對(duì)于兒童成長(zhǎng)的作用"的文獻(xiàn)。

     步驟一，我們先來對(duì)這一話題進(jìn)行初步的檢索。我們確定了它的關(guān)鍵字應(yīng)為"Zinc Infant Growth"，把它輸入查詢框，按GO鍵進(jìn)行檢索。共有492篇相關(guān)文獻(xiàn)。顯然如果我們對(duì)這些文獻(xiàn)一一打開逐項(xiàng)閱讀，將是一項(xiàng)非常繁復(fù)的工作。這時(shí)我們就需要用高級(jí)檢索的方法來減少工作量。

     步驟二，如果我們所要檢索的文獻(xiàn)要求是反映比較新的動(dòng)態(tài)進(jìn)展，那么我們可以點(diǎn)擊功能鍵Limits按鈕.在其中的Publication Date的輸入框內(nèi)輸入FROM"2000 01 01" TO"2002 01 01".（"Entrez Date"指錄入系統(tǒng)的日期；"Publication Date"指出版日期）

步驟三，如果我們進(jìn)一步要求文章是用英文發(fā)表，且PubMed可以顯示出Abstract的，我們可以依照上面的方法類推，在Languages下拉菜單內(nèi)選擇English,選中"Only items with abstracts"前的方框。然后點(diǎn)擊GO鍵，開始檢索。共有61篇，在當(dāng)前頁內(nèi)顯示出最新的20篇。（fig1）

    其實(shí)，如果我們一開始就很明確所要檢索的Limits限制，以上三步其實(shí)可以合成一步完成。在此僅僅是為了方便說明問題，我們將其分開描述。

     例二 還是查找有關(guān)于"鋅對(duì)于兒童成長(zhǎng)的作用"的文獻(xiàn)。

    如果當(dāng)我們進(jìn)行了很多檢索（包括上述的例一檢索）之后，我們發(fā)現(xiàn)在以前的檢索步驟中還有想要翻看的檢索的歷史，首先我們可以點(diǎn)擊Preview/Index按鈕。這時(shí)屏幕上將會(huì)顯示出我們檢索過的內(nèi)容。(fig2)使用History可以看到最近100次的查詢結(jié)果，而Preview顯示的是歷史記錄中最近的三條記錄。

    其次，輸入我們想要看的以前那次檢索過的檢索字，如"Zinc Infant Growth"，點(diǎn)擊Preview按鍵，屏幕上則會(huì)顯示出以前檢索過"Zinc Infant Growth"的記錄。

    如果我們要進(jìn)一步修改查詢方案，可以在檢索框內(nèi)加入另外的單詞，如"iron"等,點(diǎn)擊Preview。依此方法我們可以繼續(xù)加入另外的詞語，點(diǎn)擊Preview直到你希望得到的內(nèi)容。使用這種功能可以幫助你看到以前的搜索方案與查詢結(jié)果的數(shù)量。

    以上的兩個(gè)簡(jiǎn)單實(shí)例，說明了如何應(yīng)用PubMed所提供的強(qiáng)大功能按鈕來提高我們的檢索效率。其實(shí)在實(shí)際應(yīng)用中還有很多技巧有待于我們?nèi)ヌ剿?，希望筆者的介紹能起到拋磚引玉的作用，幫助你在PubMed的海洋里自在地暢游。

何為MeSH？

    MeSH其實(shí)是Medical Subject Headings的縮略詞，即醫(yī)學(xué)主題詞，是用規(guī)范化的醫(yī)學(xué)術(shù)語來描述生物醫(yī)學(xué)概念。NIH的工作人員按MeSH詞表規(guī)定，瀏覽生物醫(yī)學(xué)期刊全文后標(biāo)引出每篇文獻(xiàn)中的MeSH主題詞，其中論述文獻(xiàn)中心的主題詞稱主要主題詞（major topic headings），論述主題某一方面的內(nèi)容的詞稱為副主題詞。

那么為什么要使用醫(yī)學(xué)主題詞呢？

     我們先來看個(gè)比喻，如果有人問你感冒了嗎？你會(huì)不會(huì)回答"沒有啦，我只是有點(diǎn)著涼發(fā)燒而已"呢？當(dāng)然不會(huì)，因?yàn)槟阒栏忻熬褪侵鴽霭l(fā)燒。但一個(gè)檢索系統(tǒng)，如果你不告訴它的話，它就有可能不知道這一點(diǎn)。在期刊中，對(duì)于同一個(gè)概念往往可能有不同的描述形式，如Tumor和Neoplasm都是指腫瘤。當(dāng)一個(gè)查詢者希望查閱腫瘤和diet(飲食)相關(guān)的文獻(xiàn)時(shí)，他可能會(huì)輸入Tumor，也可能輸入Neoplasm作為關(guān)鍵字，但其實(shí)這兩者之間是沒有區(qū)別的。一個(gè)愚蠢的檢索系統(tǒng)可能就認(rèn)識(shí)不到這點(diǎn)，而像PubMed這樣的"智能化"檢索系統(tǒng)就能夠準(zhǔn)確的意識(shí)到這點(diǎn)，從而不會(huì)造成檢索結(jié)果的遺漏。

如何使用

    如果你希望使用醫(yī)學(xué)主題詞進(jìn)行檢索，可以從PubMed首頁上點(diǎn)擊PubMed Services下方的MeSH Browser即可進(jìn)入以下界面。

     舉例說明，如果你想要檢索Neoplasms和bone的相關(guān)文獻(xiàn)，首先在MeSH Browser的檢索框內(nèi)輸入檢索詞Neoplasms，然后點(diǎn)擊Browse按鈕，系統(tǒng)顯示其定義及在樹狀等級(jí)結(jié)構(gòu)中的位置，如下圖。

    如果需要的話，你可以選擇Detailed display,如同所示：

    （1）Add the search to the following subheadings：點(diǎn)擊副主題詞前的方框，表示選中該副主題詞，可連續(xù)選擇多個(gè)詞，它們之間的邏輯關(guān)系為OR。

    （2）Restrict Search to Major Topic headings only：若將檢出結(jié)果限定在主要主題詞（Major Topic Heading）則可提高查準(zhǔn)率。

    （3）Do Not Explode this term：系統(tǒng)要檢索某一主題詞時(shí)，會(huì)自動(dòng)擴(kuò)展檢索（Explode），即將該主題詞的下位詞一并檢出。如果只需檢索單個(gè)主題詞，可點(diǎn)擊此按鈕。

    完成上述選項(xiàng)后，點(diǎn)擊"Add"按鈕，稍后在下一屏Current Query的方框中將顯示所選的主題詞。

    然后，我們?cè)僭贛eSH瀏覽器內(nèi)輸入bone, 按檢索按鈕，系統(tǒng)會(huì)告訴你bone不是一個(gè)主題詞，但它會(huì)自動(dòng)將其轉(zhuǎn)換成主題詞Bone and Bones, 同樣，其下方也會(huì)顯示出其定義及在樹狀等級(jí)結(jié)構(gòu)中的位置。你一樣可以選擇Detailed display以便進(jìn)行更為精細(xì)的選擇，選擇完成后，點(diǎn)擊"Add"按鈕，則進(jìn)入下面的界面。這時(shí)，你只需點(diǎn)擊PubMed Search按鈕即開始檢索，查詢出用這兩個(gè)主題詞為關(guān)鍵字以及所選擇的相應(yīng)邏輯關(guān)系的文獻(xiàn)檢索結(jié)果。

    總而言之，主題詞檢索法雖然稍嫌繁瑣，但其檢索結(jié)果的準(zhǔn)確性高，遺漏率低，是最佳的檢索方法，一旦熟練掌握，將使得我們的檢索工作事半功倍。