1.1 Linux系統(tǒng)簡介和目錄理解
1.1.1 為什么要用Linux系統(tǒng)
1.1.2 Linux系統(tǒng)無處不在
1.1.3 免費(fèi)的Linux系統(tǒng)來一套
1.1.4 Linux系統(tǒng)登錄-聯(lián)系遠(yuǎn)方的她
1.1.5 初識Linux系統(tǒng) - 黑夜中的閃爍是你的落腳點(diǎn)
1.1.6 我的電腦在哪？
1.1.7 系統(tǒng)配置怎樣？來看看256M硬盤的服務(wù)器
1.1.8 看下目錄下都有什么
1.1.9 新建一個目錄
1.1.10 訪問文件
1.1.11 查看幫助，獲取可用命令行參數(shù)
1.1.12 小結(jié)
1.1.13 做個小測試1.2 Linux下文件操作
1.2.1 文件按行翻轉(zhuǎn)和按列翻轉(zhuǎn)
1.2.2 新建文件的n種方式
1.2.3 文件拷貝、移動、重命名、軟鏈
1.2.4 Linux下命令的一些突發(fā)事故
1.2.5 了解和操作你的文件
1.2.6 小結(jié)和練習(xí)1.3 Linux終端常用快捷操作
1.4 Linux下的標(biāo)準(zhǔn)輸入、輸出、重定向、管道
1.5 Linux文件內(nèi)容操作
1.5.1 命令組合生成文件
1.5.2 文件排序原來有暗倉1.6 Linux下的查找命令 - 文件哪里跑
1.6.1 命令/可執(zhí)行程序查找 - 定位腳本的位置
1.6.2 locate普通文件快速定位
1.6.3 find讓文件無處可逃 find
按時間查找
限制查找深度
1.6.4 按文件內(nèi)容查找 grep1.7 一句話加速grep近30倍
1.7.1 獲取單基因表達(dá)量
1.7.2 那如果獲取多個基因怎么操作呢？1.8 監(jiān)控程序的運(yùn)行時間和資源占用
2.1 文件屬性和可執(zhí)行屬性
2.1.1 文件屬性
2.1.2 可執(zhí)行屬性2.2 PATH和path，傻傻分不清
2.2.1 小事也不能忽略2.3 軟件安裝的幾種傳統(tǒng)方式
2.3.1 系統(tǒng)包管理器安裝
2.3.2 下載二進(jìn)制文件
2.3.3 源碼編譯安裝
2.3.4 Python包的安裝
2.3.5 Anaconda的兩個福利
2.3.6 R和R包的安裝
2.3.7 Perl包的安裝2.4 Conda安裝配置生物信息軟件
2.4.1 Conda安裝和配置
2.4.2 Conda基本使用
2.4.3 Conda的channel
2.4.4 創(chuàng)建不同的軟件運(yùn)行環(huán)境
2.4.5 移除某個conda環(huán)境
2.4.6 Conda配置R
2.4.7 Conda環(huán)境簡化運(yùn)行
2.4.8 Conda環(huán)境備份
2.4.9 Conda環(huán)境導(dǎo)出和導(dǎo)入
2.4.10 Conda軟件安裝 core dump error/Segment fault/段錯誤 怎么辦
2.4.11 Conda為什么越來越慢？
2.4.12 Conda是如何工作的
2.4.13 Conda哪一步慢？
2.4.14 如何提速Conda
2.4.15 下載提速
2.4.16 使用conda-pack直接從已經(jīng)安裝好的地方拷貝一份 (同一操作系統(tǒng))2.5 Docker安裝
2.5.1 Docker能做什么
2.5.2 Docker的幾個基本概念
2.5.3 安裝和配置
2.5.4 Docker用戶權(quán)限
2.5.5 Docker試用
2.5.6 Docker系統(tǒng)基本操作
2.5.7 使用Dockerfile自動構(gòu)建鏡像
2.5.8 Docker的特征
2.5.9 Docker使用注意2.6 Makefile知識
2.6.1 參考3.1 正則表達(dá)式替換文本隨心所欲
3.2 awk-生信分析不可缺少
3.2.1 awk基本參數(shù)解釋
3.2.2 awk基本常見操作
3.2.3 awk糅合操作 - 命令組合體現(xiàn)魅力3.3 SED命令 - 文本替換舍我其誰
3.3.1 sed基本參數(shù)解釋
3.3.2 常見操作3.4 VIM的使用
3.4.1 初識VIM
3.4.2 VIM中使用正則表達(dá)式3.5 有了這些，文件批量重命名還需要求助其它工具嗎？
3.5.1 簡單重命名
rename演示
3.5.2 復(fù)雜重命名
假如已經(jīng)有對應(yīng)關(guān)系
組合文件名，使用mv重命名
使用rename會不會稍微簡單一點(diǎn)？
從原文件名獲取對應(yīng)關(guān)系
基于paste3.6 耗時很長的程序忘加nohup就運(yùn)行了怎么辦？
4.1 Bash特殊字符
4.2 Bash變量
4.3 Bash操作符
4.4 Shell中條件和test命令
4.5 Shell流控制
4.6 Shell函數(shù)
4.7 輸入輸出
4.8 命令行處理 命令行處理命令
4.9 進(jìn)程和作業(yè)控制
4.10 尋找Cas9的同源基因并進(jìn)行進(jìn)化分析
4.11 如何獲取目標(biāo)基因的轉(zhuǎn)錄因子（上）——biomart下載基因和motif位置信息
4.11.1 文件準(zhǔn)備
4.11.2 什么是bed文件？
4.11.3 BioMart數(shù)據(jù)下載4.12 如何獲取目標(biāo)基因的轉(zhuǎn)錄因子（下）——Linux命令獲取目標(biāo)基因TF
4.12.1 基礎(chǔ)回顧
4.12.2 文件格式處理
4.12.3 計算基因的啟動子區(qū)
4.12.4 取兩文件的交集
4.12.5 提取我們關(guān)注的基因
4.12.6 重點(diǎn)總結(jié)4.13 emboss的使用
4.14 使用samtools計算SNP
4.15 Bedtools使用
4.16 SRA toolkit使用
4.17 生信流程開發(fā)
4.18 數(shù)據(jù)同步和備份
4.18.1 原創(chuàng)拷貝scp
4.18.2 鏡像備份和增量同步 rsync
4.18.3 增量備份，記錄各個版本 rdiff-backup5.1 統(tǒng)計GTF文件中染色體數(shù)目？
5.2 統(tǒng)計GTF文件中基因數(shù)目？
5.3 計算GTF中外顯子總長度？
5.4 計算GTF文件中基因所擁有的平均轉(zhuǎn)錄本數(shù)目
5.5 生成一個多行Fasta測試序列供后續(xù)運(yùn)算 (也可使用我們前面提供的腳本生成)
5.6 test.fa中的序列全轉(zhuǎn)成大寫
5.7 計算多行FASTA文件test.fa中每條序列長度
5.8 多行FASTA轉(zhuǎn)單行FASTA序列
5.9 取出單行FASTA文件中序列長度大于40的序列的名字
5.10 分別用awk和grep從test.fa中提取給定ID對應(yīng)的序列
5.11 利用AWK對基因表達(dá)數(shù)據(jù)進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化
5.12 寫出3種寫法，去掉上一題test.expr矩陣中的第一行？
5.13 分別用awk和sed給test.expr矩陣加上標(biāo)題行？
5.14 給定一個BAM文件，怎么計算有多少基因組區(qū)域被測到了？平均測序深度是多少？
5.15 如何使用bedtools的其它工具或其它Linux命令實現(xiàn)bedtools jaccard子功能？
5.16 如何使用命令生成這次課程的目錄
