BLAST+與BLAST相比，有很多改進和提高，NCBI強烈推薦放棄BLAST，使用BLAST+， 這里說的BLAST和BLAST+，都是本地的。BLAST下載地址：NCBI BLAST+ (ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/) 。
BLAST+的一般用法如下：
格式化數(shù)據(jù)庫
makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -parse_seqids -out dbname
參數(shù)說明:
-in：待格式化的序列文件
-dbtype：數(shù)據(jù)庫類型，prot或nucl
-out：數(shù)據(jù)庫名
蛋白序列比對蛋白數(shù)據(jù)庫（blastp）
blastp -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8
參數(shù)說明:
-query： 輸入文件路徑及文件名
-out：輸出文件路徑及文件名
-db：格式化了的數(shù)據(jù)庫路徑及數(shù)據(jù)庫名
-outfmt：輸出文件格式，總共有12種格式，6是tabular格式對應BLAST的m8格式
-evalue：設置輸出結(jié)果的e-value值
-num_descriptions：tabular格式輸出結(jié)果的條數(shù)
-num_threads：線程數(shù)
核酸序列比對核酸數(shù)據(jù)庫（blastn）以及核酸序列比對蛋白數(shù)據(jù)庫（blastx）
與上面的blastp用法類似：
blastn -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8
blastx -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8
以上的參數(shù)說明只是一些常用的參數(shù)，完整的參數(shù)說明可以用-help查詢。
轉(zhuǎn)載自：有個博客 [ http://www.yelinsky.com/blog/ ]
