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 R，治世能臣；Cytoscape，亂世奸雄，兩位愛卿可否通力協(xié)作，助我順利畢業(yè)？然也！

最近在Cytoscape的mail-list上一個(gè)很熱門的話題就是如何在R中調(diào)用Cytoscape繪制復(fù)雜的生物網(wǎng)絡(luò)，從而將R強(qiáng)大的統(tǒng)計(jì)功能，尤其是igraph，sna等復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)分析包跟Cytoscape靈活的可視化復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)分析功能及眾多插件結(jié)合在一起。昨天，Cytoscape的核心開發(fā)人員，UCSD的Keiichiro Ono在Cytoscape的wiki上發(fā)了一篇對(duì)此的簡(jiǎn)要教程，Cytoscape And R。

在R中調(diào)用Cytoscape繪圖，基本原理就是利用Cytoscape的RPC插件和Apache的XML RPC庫(kù)在本機(jī)上啟動(dòng)Cytoscape的RPC服務(wù)，然后在R中用經(jīng)過修改的XMLRPC包訪問Cytoscape的RPC服務(wù)，從而實(shí)現(xiàn)R和Cytoscape的交互。

1. 安裝Cytoscape RPC插件。

• 從其官方網(wǎng)頁(yè)上下載最新版的Cytoscape RPC插件，在我碼這篇文章的時(shí)候最新版是0.95。把Jar文件拷到plugin目錄。
• 然后到Apache的web serive開發(fā)項(xiàng)目組網(wǎng)頁(yè)上下載XMLRPC庫(kù)，解壓后把lib目錄下的xmlrpc-common-3.1.3.jar, xmlrpc-server-3.1.3.jar, ws-commons-util-1.0.2.jar三個(gè)文件拷到Cytoscape的plugin目錄。
• Cytoscape這邊準(zhǔn)備完畢。

2. 安裝R的XMLRPC包。

• XMLRPC包依賴于RCurl和XML兩個(gè)包，所以同學(xué)們要先在自己的R里面把這個(gè)兩個(gè)包裝好。
• 然后，到這個(gè)地址下載一個(gè)經(jīng)過修改的XMLRPC包。跟安裝其它軟件包一樣：

sudo R CMD INSTALL XMLRPC_0.2-mod.zip

3. 啟動(dòng)Cytoscape，在plugin菜單下激活RPC插件，默認(rèn)端口是9000

4. 啟動(dòng)R，加載XMLRPC包和測(cè)試用的igraph包：

library(XMLRPC)library(igraph)

接下來，先通過xml.rpc在Cytoscape中新建一個(gè)網(wǎng)絡(luò)，然后用igraph生成一個(gè)網(wǎng)絡(luò)，并將此網(wǎng)絡(luò)傳給Cytoscape：

xml.rpc('http://localhost:9000', 'Cytoscape.createNetwork', 'R-Cytoscape Test')g1 <- barabasi.game(200)edgelist1 <- get.edgelist(g1)edgeIDs <- xml.rpc('http://localhost:9000', 'Cytoscape.createEdgesFromVector', edgelist1[,1], edgelist1[,2])

此時(shí)，切換到Cytoscape，會(huì)看到一個(gè)紅點(diǎn)。那其實(shí)是一個(gè)有兩百個(gè)節(jié)點(diǎn)的網(wǎng)絡(luò)，只是沒有應(yīng)用任何layout而已。隨便選擇一個(gè)layout就能看到這個(gè)網(wǎng)絡(luò)了。

高級(jí)功能我也在研究中，上面這幾個(gè)Cytoscape的插件和R的包都還是bug無數(shù)，大家使用的時(shí)候要隨時(shí)做好自己debug的準(zhǔn)備。

等修煉到一定水平再來更新這篇文章。

07-16-2010 Update:

有人放出了基于上述原理的R package，詳見這里：http://db.systemsbiology.net:8080/cytoscape/gaggle/test/cy2rpc/public/index.html

本文轉(zhuǎn)自：http://gossipcoder.com/?p=176