寫好英語科技論文的訣竅周耀旗
印地安那大學信息學院
印地安那大學醫(yī)學院計算生物學和生物信息中心
以此文獻給母校中國科技大學五十周年校慶
我的第一篇英語科技論文寫作是把在科大的學士畢業(yè)論文翻譯成英文。當我一九九零年
從紐約州立大學博士畢業(yè)時，發(fā)表了20多篇英語論文。但是，我對怎樣寫高質(zhì)量科技論
文的理解仍舊處于初級階段，僅知道盡量減少語法錯誤。之所以如此，是因為大多數(shù)時
間我都欣然接受我的博士指導老師Dr. George Stell和Dr. Harold Friedman的修改，而
不知道為什么要那樣改，也沒有主動去問。這種情況一直持續(xù)到我去北卡州立大學做博
士后。我的博士后指導老師Dr. Carol Hall建議我到鄰近的
杜克大學去參加一個為期兩天的寫作短訓班。這堂由Gopen教
授主辦的短訓班真使我茅塞頓開。第一次，我知道了讀者在
閱讀中有他們的期望，要想寫好科技論文，最有效方法是要
迎合他們的期望。這堂寫作課幫我成功地完成了我的第一個博?5A3?后基金
申請，有機會進入哈佛大學Dr. Martin Karplus組。在哈佛大學的五年期間，在Karplus
教授的指導下，我認識到一篇好的論文需要從深度廣度進行里里外外自我審查。目前，
我自己當了教授，有了自己的科研組，也常常審稿。我覺得有必要讓我的博士生和博士
后學好寫作。我不認為我自己是寫作專家。我的論文也常常因為這樣或那樣的原因被退
稿。但是我認為和大家共享我對寫作的理解和我寫作的經(jīng)驗教訓，也許大家會少走一些
我走過的彎路。由于多年未用中文寫作，請大家多多指正。來信請寄：
yqzhou@iupui.edu。 歡迎訪問我的網(wǎng)站：
http://sparks.informatics.iupui.edu。 導言
通常來講，研究生和博士后從他的導師那兒得到研究方向。經(jīng)過多次反復試驗，得到一
些好的結(jié)果。接下來他們需要對得到的數(shù)據(jù)進行總結(jié)和分析，寫成論文。一篇精寫的論
文更容易被高檔雜志接受。而寫得不好的論文很可能被退稿。論文的數(shù)量和質(zhì)量是學生
和導師事業(yè)發(fā)展的敲門磚。不成文，便成仁，是學術(shù)生涯的寫照。
很多學生以為當結(jié)果到手的時候研究就結(jié)束了。他們寫的草稿，常常把原始數(shù)據(jù)放在一
起，沒有對方法和數(shù)據(jù)進行詳細分析，沒有對當今論文的評述。事實上，寫作是研究不
可分割的一部分。此刻是弄懂方法的成功與失敗，尋找結(jié)果的解釋及其隱含的意義，以
及與其他相關(guān)研究進行比較的時候。
我們?yōu)槭裁葱枰趯懽魃先绱苏J真努力？原因很簡單。一個研究結(jié)果只有在被別人使用
時才有意義。而想被別人使用，文章必須能引起其他科學家的興趣，而且得保證其他人
能看懂并可以重復和再現(xiàn)你的結(jié)果。只有可以被理解的研究才會被重復，也只有可以被
再現(xiàn)的工作才能導致別人的引用和跟蹤。而你的論文被引用的數(shù)量常常用來衡量研究的
影響力。從某種角度看，寫作就象是把你的工作成果推銷給其他的科學家。
為了更好的推銷，科學論文必須滿足它獨特的顧客：由聰明能干的科學家組成的尖端讀
者。它必須能先說服（通常也是競爭對手的）同行們，因為他們的評審是文章在發(fā)表前
的第一道關(guān)口。同時，它也必須滿足一般讀者的要求。為了達到這個目標，我們首先要
理解他們需要什么？
讀者需要什么
你的文章的潛在讀者可能有剛進入這領(lǐng)域的新手，大學生和研究生，也有專家（潛在審
稿人)，他們對你的領(lǐng)域會有不同程度的了解。因此，寫文章的時候應(yīng)該力求簡單到可以
被新手理解，同時深刻到可以引起專家的興趣。
所有的科學家（不論是學生還是他們的導師)往往都很忙。大量期刊雜志使他們不可能仔
細閱讀每一篇論文。他們通常希望能在最短時間內(nèi)找到文章最重要的信息。典型的情況
是如果文章標題不吸引人，他們或許就會跳過這篇論文，如果文章的摘要沒有包含重要
的新方法或新結(jié)果，他們不會去讀這篇文章。即使已經(jīng)決定要讀的論文，他們也會跳過
很多段落直接去找自己最感興趣的地方。因此，保證文章的結(jié)構(gòu)能使讀者很快找到所需
的信息非常重要。文章的關(guān)鍵在于結(jié)構(gòu)，不在于語法。語法錯誤易改，結(jié)構(gòu)錯誤則往往
讓人無從下手，不知所云。我審過一些國內(nèi)同行的論文，結(jié)構(gòu)問題很常見。
總之，一篇文章只有在不需太多努力就可以理解的情況下才會被廣泛地引用。文章清晰
的關(guān)鍵就是使讀者能在他們想找的地方找到他們需要的東西。這也就是說，要想讓讀者
不費力理解你的論文，你必須費力去滿足他們的期望.
讀者期望什么
讀者對句子的期望
1. 讀者希望在句子的開始看到熟悉的信息。句子是文章的最小功能單元。最容易理解的
句子是整句都在說讀者知道的東西。但這對科技論文是不可能的，因為只有新的東西才
會被發(fā)表。事實上科技論文通常會包含很多新術(shù)語。所以一個容易理解的句子應(yīng)該從讀
者熟悉的信息（或剛剛提過的）開始而以新信息結(jié)束，并在它們之間平滑地過渡。好文
章的所有句子都應(yīng)該這樣從舊到新地平滑過渡。幫助你寫好一句開頭的金科玉律是問問
你自己：“我以前有沒有提過這個概念？”大多數(shù)文章很難讀是因為很多新概念在沒有被
介紹之前就使用了。例如：
Samples for 2-dimensional projection of kinetic trajectories are shown in
Figure 7. The coil states are loosely gathered while the native states can
form a black cluster with extreme high density in 2-dimensional projection plane.
這里從第一句到第二句信息無法流動。“The coil states”不知道是從何而來的。讀者會
發(fā)現(xiàn)下面改動后的句子更容易明白。
Kinetic trajectories are projected onto xx and yy variables in Figure 7. This
figure shows two populated states. One corresponds to loosely gathered coil
states while the other is the native state with a high density.
在這個新段里，新插入的第二句使每句均能從舊信息出發(fā)到新信息結(jié)束。第一句與第二
句之間以“Figure”相連而第二句與第三句之間以“two states”相連。而新信息“coil
states”則出現(xiàn)在第三句的最后。整段環(huán)環(huán)相連，成為一個整體。再看一個例子：
The accuracy of the model structures is given by TM-score. In case of a
perfect match to experimental structure, TM-score would be.
在第二個句子里，舊信息“TM-score”被埋在中間，被新信息“a perfect match to
experimental structure”打斷了。這里建議修改如下：
The accuracy of the model structures is measured by TM-score, which is equal
to 1 if there is a perfect match to the experimental structure.
科技寫作中的最大問題就是新舊信息順序顛倒。新信息和舊信息對作者來說可能不是很
好區(qū)分，因為他非常熟悉所有的信息。 為了避免這種問題，不管什么時候，每當你開始
寫新句，你應(yīng)該問問自己，這些詞前面有沒有被提到過。一定要把提到過的放前面，沒
提過的放后面。
2.. 讀者想在主語之后立刻看到行為動詞。對一個說明誰在做什么的句子，讀者需要找
到動詞才能理解。如果動詞和主語之間相隔太遠，閱讀就會被尋找動詞打斷。而打斷閱
讀就會使句子難以理解。這里有個例子：
The smallest URFs (URFA6L), a 207-nucleotide (nt) reading frame overlapping
out of phase the NH2-terminal portion of the adenosinetrip hosphatase
(ATPase) subinit 6 gene has been identified as the animal equivalent of the
recently discovered yeast H+-ATPase subunit 8 gene.
同樣的句子，將動詞放在主語之后：
The smallest of the URFs is URFA6L, a 207-nucleotide (nt) reading frame
overlapping out of phase the NH2-terminal portion of the
adenosinetriphosphatase (ATPase) subinit 6 Gene; it has been identified as
the animal equivalent of the recently discovered yeast H+-ATPase subunit 8 gene.
這樣新的句子就更加平衡了。盡量避免過長的主語和過短的賓語。這就像頭重腳輕的人
很難站穩(wěn)。短的主語緊跟著動詞加上長的賓語效果會更好。
3. 讀者期望每句只有一個重點，這個重點通常在句尾。比較下面兩個句子，我們可以感
覺到他們著重強調(diào)不同的東西。
URFA6L has been identified as the animal equivalent of the recently
discovered yeast H+-ATPasesubunit 8 gene. Recently discovered yeast H+-ATPase
subunit 8 gene has a corresponding animal equivalent gene URFA6L.
很明顯，前面的句子是關(guān)于一個最近發(fā)現(xiàn)的酵母基因，而第二句則著重強調(diào)了它有一個
和動物一致的基因。另外一個例子：
The enthalpy of hydrogen bond formation between the nucleoside bases
2-deoxyguanosine (dG) and 2-deoxycytidine (dC) has been determined by direct
measurement.
這個句%Eu??看起來好像是?59C?強調(diào)“direct
measurement”。 這不太像是原作者的目的。顛倒一下會使句子更加平衡。
We have directly measured the enthalpy of hydrogen bond formation between the
nucleoside bases 2-deoxyguanosine (dG) and 2-deoxycytidine (dC).
新的句子更簡單而且更短，同時避免了頭重腳輕的癥狀?？傊?，句尾是讀者對該句最后
的印象。把最好的，最重要的，和想要讀者記住的東西放在句尾。
讀者對段落的期望
每一個段落都應(yīng)該只講一個故事。在一段里表述多個觀點會使讀者很難知道該記住什
么、這段想表達什么。一段的第一句要告訴讀者這一段是講什么的。這樣讀者想跳過這
段就可以跳過。一段的最后一句應(yīng)該是這段的結(jié)論或者告訴讀者下一段是什么。段落中
的句子應(yīng)該由始到終通過邏輯關(guān)系連接，實現(xiàn)由舊信息到新信息的流動。比如這一段：
The enthalpy of hydrogen bond formation between the nucleoside bases
2-deoxyguanosine (dG) and 2-deoxycytidine (dC) has been determined by direct
measurement. dG and dC were derivatized at the 5 and 3 hydroxyls with
triisopropylsilyl groups to obtain solubility of the nucleosides in
non-aqueous solvents and to prevent the ribose hydroxyls from forming
hydrogen bonds. From isoperibolic titration measurements, the enthalpy of
dC:dG base pair formation is -6.650.32 kcal/mol.
很難知道作者在這段里想表達什么。從這段的起始和結(jié)束看來，焓(enthalpy)應(yīng)該是他
想表達的重點。下面是重新組合后的段落。
We have directly measured the enthalpy of hydrogen bond formation between the
nucleoside bases 2-deoxyguanosine (dG) and 2-deoxycytidine (dC). dG and dC
were derivatized at the 5 and 3 hydroxyls with triisopropylsilyl groups;
these groups serve both to solubilize the nucleosides in non-aqueous solvents
and to prevent the ribose hydroxyls from forming hydrogen bonds. The enthalpy
of dC:dG base pair formation is -6.650.32 kcal/mol according to isoperibolic
titration measurements,
首句描述了整段的主題。原段里的第一句顛倒是為了1） 使新信息“dG”和“dC” 在句子最
后并強調(diào)他們。 2）更好地跟下面一句銜接。 原段里的第二句被分成兩部分，這樣每一
部分只表達了一個觀點。最后一句時總結(jié)整段。 再看另一個例子：
Large earthquakes along a given fault segment do not occur at random
intervals because it takes time to accumulate the strain energy for the
rupture. The rates at which tectonic plates move and accumulate strain at
their boundaries are approximately uniform. Therefore, in first
approximation, one may expect that large ruptures of the same fault segment
will occur at approximately constant time intervals. If subsequent main
shocks have different amounts of slip across the fault, then the recurrence
time may vary, and the basic idea of periodic main shocks must be modified.
在這個例子里，前兩句共同闡明了積累張力的速度（Rate Of Strain Accumulation)。
然而，第一句里的舊信息并沒有放在第二句的開始。讀者讀到第三句的時候通常就不明
白這段到底要講什么了。更清晰的描述應(yīng)該如下：
Large earthquakes along a given fault segment do not occur at random
intervals because it takes time to accumulate the strain energy for the
rupture. The rates of strain accumulation at the boundaries of tectonic
plates are approximately uniform. Therefore, nearly constant time intervals
(at first approximation) would be expected between large ruptures of the same
fault segment. [However?], the recurrence time may vary; the basic idea of
periodic main shocks may need to be modified if subsequent main shocks have
different amounts of slip across the fault.
新段現(xiàn)在著重闡明了地震的發(fā)生頻率。下劃線標明了以前描述過的舊信息。很明顯，新
舊信息的連接是理解這段的關(guān)鍵。從舊信息到新信息的流動是使讀者輕松閱讀的最佳方
式。寫文章的目的不是去測試讀者的閱讀能力，而是考驗作者的表達能力。不能怪人沒
看懂，只能怪自己沒寫清楚。常常聽到這樣的抱怨：那審稿人連這都不懂! 審稿人也可
以說：連這個也寫不清楚。
讀者對表格和圖示的期望
一些沒有耐心的讀者會直接通過圖表來判斷一篇文章是否值得一讀。怎樣能使讀者不需
讀正文就能理解圖表是至關(guān)重要的。
對于表來說，由于我們是從左向右閱讀的，我們熟悉的信息應(yīng)該出現(xiàn)在左邊而新的信息
出現(xiàn)在右邊。例如，下面列出的表1和表2是僅僅調(diào)換了兩列。比較一下那個表格更易理解。
審稿人要什么?
文章在發(fā)表前必須經(jīng)過審稿人的評審。他們一般是相關(guān)領(lǐng)域的專家甚至是你的競爭者。
他們會盡力尋找你文章中的毛病。有時，由于不同的觀點和競爭的需要，審稿人或許會
試圖阻止你的文章發(fā)表。因此，文章必須寫得理由充足。在被別人挑剔之前，自己必須
首先雞蛋里挑骨頭，預先回答審稿人的可能質(zhì)疑。
怎樣滿足審稿人？
1). 只提出“一”個中心命題。論文里的觀點太多，不但不好寫，問題也容易多，讀者也
不易記住你要說什么。
2). 在這個中心命題的基礎(chǔ)上，用一個迷人(但決不能夸張)的標題來吸引審稿人的興
趣。審稿人只審批感興趣的論文。如果你不能引起審稿人的興趣，那最好不要發(fā)表那篇
文章。編輯們有時候會很郁悶，因為找不到有興趣的審稿人。無償審稿也只有科學界才有。
3). 合理解釋每一個參數(shù)，合理說明每一個步驟。審稿人沒時間考慮細節(jié)。程序和參數(shù)
的合理化顯示出你知道你在做什么，而不是湊數(shù)據(jù)。即使你是在湊數(shù)據(jù)，也要把湊數(shù)據(jù)
的過程合理化。
4). 問問你自己是否提供了足夠重復你工作的所有細節(jié)。審稿人(或讀者)越容易再現(xiàn)你
的工作，他就越可能接受你的文章。當然，審稿人并不會真正去重做你的工作，但你必
須通過你的描述使他相信可以重做。
5). 必須有說服力！盡量做徹底而不是半成品的工作！用多方面測試來證明你的中心命
題。要使文章象律師證明無罪官司，預先回答一切可能提出的疑問。
6). 引用所有重要的研究工作，特別是經(jīng)典力作。寫作的時候要再做全面文獻檢索。為
了達到這些目標，寫科學論文的時候必須遵照一定的框架結(jié)構(gòu)。
文章的結(jié)構(gòu)
典型的科學論文包括標題，摘要，引言，方法/實驗步驟，結(jié)果，討論，感謝，和參考文
獻。這樣的結(jié)構(gòu)是用來幫助讀者快速找到他們感興趣的信息。把信息放錯地方會使讀者
糊涂。常犯的錯誤是混淆事實(結(jié)果)和解釋(討論)。討論是對結(jié)果的解釋及說明它的意
義，而不是重復結(jié)果的描述。
一篇論文是從摘要，引言開始，這里建議從方法和結(jié)果部分開始寫，因為你對方法和結(jié)
果最熟悉，此外只有更好地理解方法和結(jié)果，才能確定中心命題。而標題，引言和討論
的寫作都需要中心命題。我們應(yīng)該從最熟悉的事情開始，就像讀者從他們最熟悉的地方
開始理解一樣。
方法/實驗步驟
如果文章是關(guān)于新的方法，技術(shù)，或算法，要非常詳細地寫它的新穎之處。要用有邏輯
的、合理的方式來描述它。這會幫助讀者抓住新方法的要領(lǐng)。如果這個方法使用參數(shù)，
則要把每一個參數(shù)(或參數(shù)的取值)合理化，或者是以前用過的，或者可以從物理或數(shù)學
推導出來，或者通過了廣泛的測試及優(yōu)化。如果無法保證它的合理性，那就必須描述改
變它會造成的影響(實際的結(jié)果應(yīng)該在結(jié)果部分或討論部分，方法部分僅包含影響的描
述)。如果沒有測試它們的合理性，你應(yīng)該解釋為什么 (做的代價太貴了？太費時間了？
或者需要延期到將來做)。參數(shù)改變造成的影響可以衡量方法是否Robust。 Robust的方
法應(yīng)該是在參數(shù)改變很大的時候，結(jié)果也不會太大變化。
對于新方法的發(fā)展，你同樣需要設(shè)計不同的方法來測試。讓人信服就需要做盡可能多的
測試。你所能找到或設(shè)計的測試越多，你的工作就越會被其他人所接受和使用。
當完成了方法部分以后，問一問自己以下的問題：1)新的術(shù)語是不是都定義了？2)如果
你是第一次讀這部分，你能否得到重復整個工作的所有信息？記住，不要隱藏任何竅門
或使用的捷徑。人們?nèi)绻荒苤貜湍愕慕Y(jié)果的話就不會相信你的論文。永遠不要弄虛作
假！別人不是傻子。一山更比一山高。聰明的大有人在。如果你偽造數(shù)據(jù)，心存僥幸不
會被人發(fā)現(xiàn)。如果真的沒人發(fā)現(xiàn)的話，那就是沒有任何人想重復或使用你的結(jié)果，那只
能說明你的結(jié)果根本不值得發(fā)表，毫無意義。若要人不知，除非己莫為，這是千真萬確
的真理。
結(jié)果部分
當你開始寫結(jié)果部分時，先考慮一下結(jié)果的意義。也就是說，你理解你的結(jié)果嗎？這些
結(jié)果是不是告訴了你更深刻的東西？你能從很多不同角度來理解結(jié)果嗎？你能設(shè)計證明
或者反駁你的一些解釋的新測試嗎？
如果你發(fā)現(xiàn)了新現(xiàn)象，你必須證明你的結(jié)果不是你方法制造出來的(討論部分的一個好內(nèi)
容)。它可以在不同的條件下重復嗎？如果你發(fā)展了一個新方法，你必須證明這個方法的
重要性。它是否改進了現(xiàn)有的方法？你的結(jié)果部分必須用不同的角度或多重測試來支持
新發(fā)現(xiàn)或驗證新方法的重要性。
一旦你對結(jié)果有更好的理解，你需要決定賣點，也就是說這篇文章最有意義的一個觀點
是什么？確定這篇文章的中心命題之后要組織所有的段落來證明、支持它，用數(shù)據(jù)(有必
要的話再加數(shù)據(jù))來證明它。同時也要排除其他可能性。放棄與中心命題無關(guān)的數(shù)據(jù)，即
使這些數(shù)據(jù)是很辛苦得來的。
標題
當你有了中心命題之后，就該決定文章的標題了。標題可以為你的方法，你的結(jié)果或結(jié)
果的隱含意義做廣告。文章的標題一般只有一句。應(yīng)該把最重要，最吸引人的信息放進
標題。比如，標題 “Steric restrictions in protein folding: an alpha-helix
cannot be followed by a contiguous beta-strand” 主要突出了結(jié)果。另一方面，標
題“Interpreting the folding kinetics of helical proteins” 突出了結(jié)果的含義。
用標題 “Native proteins are surface-molten solids: Application of the
Lindemann criterion for the solid versus liquid state” 的話，同時突出了方法和
結(jié)果的含義。注意標題 “Native proteins are surface-molten solids” 是結(jié)果的解
釋，而不是結(jié)果本身。用既廣泛又具體的標題，這樣才能吸引更多的讀者。
引言部分
中心命題和標題都決定了以后，就該寫引言了。第一件該做的事就是圍繞中心命題來收
集所有相關(guān)文獻。搜索并研究所有最近和相關(guān)的文章(通過對中心命題關(guān)鍵字的搜索或用
引用索引)。確認你有所有最新的論文。引用所有重要的文章。如果你不引用別人的文
獻，別人也不會引用你的！如果你想誰引用你的工作，你要先引用他的。你引用的文章
章越多，他們越可能閱讀并引用你的文章。因為人們更加關(guān)注引用他們的論文。仔細讀
你所引用的文章，避免引用錯誤。在引用上，不要偷懶。
引言的第一句最難寫，因為它決定了你整個引言的走向。我的辦法是把第一句和文章的
標題連起來。在第一段以最基本和常見的術(shù)語來定義標題里用的一些術(shù)語。從這個術(shù)
語，引入研究的領(lǐng)域和它的重要性。第二段應(yīng)該對這個研究領(lǐng)域作一個鑒定性的論述。
如果中心命題是關(guān)于解決一個問題的方法。這一段就應(yīng)該指出這個當前研究中現(xiàn)存未解
決的問題。描述解決這個問題的難度或挑戰(zhàn)。第三段引入你提出的辦法和它大致會帶來
什么效果。你可以大略地描述你的結(jié)果和它的含義。這里有個 ??e8B子。
Assessing secondary structure assignments of protein structures by using
pairwise sequence-alignment benchmarks
The secondary structure of a protein refers to the local conformation of its
polypeptide backbone. Knowing secondary structures of proteins is essential
for their structure classification1,2, understanding folding dynamics and
mechanisms3-5, and discovering conserved structural/functional motifs6,7.
Secondary structure informxation is also useful for sequence and multiple
sequence alignment8,9, structure alignment10,11, and sequence to structure
alignment (or threading)12-15. As a result, predicting secondary structures
from protein sequences continues to be an active field of research16-18 fifty
six years after Pauling and Corey19-20 first predicted that the most common
regular patterns of protein backbones are the α-helix and the β-sheet.
Prediction and application of protein secondary structures rely on prior
assignment of the secondary-structure elements from a given protein structure
by human or computational methods.
Many computational methods have been developed to automate the assignment of
secondary structures. Examples are DSSP,STRIDE, DEFINE, P-SEA, KAKSI,P-CURVE,
XTLSSTR, SECSTR, SEGNO, and VoTAP. These methods are based on either the
hydrogen-bond pattern, geometric features, expert knowledge or their
combinations. However, they often disagree on their assignments. For example,
disagreement among DSSP, P-CURVE, and DEFINE can be as large as 25%. More
beta sheet is assigned by XTLSSTR and more pi-helix by SECSTR than by DSSP.
The discrepancy among different methods is caused by non-ideal configurations
of helices and sheets. As a result, defining the boundaries between helix,
sheet, and coil is problematical and a significant source of discrepancies
between different methods.
Inconsistent assignment of secondary structures by different methods
highlights the need for a criterion or a benchmark of “standard” assignments
that could be used to assess and compare assignment methods. One possibility
is to use the secondary structures assigned by the authors who solved the
protein structures. STRIDE, in fact, has been optimized to achieve the
highest agreement with the authors’ annotations. However, it is not clear
what is the criterion used for manual or automatic assignment of secondary
structures by different authors. Another possibility is to treat the
consensus prediction by several methods as the gold standard. However, there
is no obvious reason why each method should weight equally in assigning
secondary structures and which method should be used in consensus. Other used
criteria include helix-capping propensity, the deviation from ideal helical
and sheet configurations, and structural accuracy produced by
sequence-to-structure alignment guided by secondary structure assignment.
In this paper, we propose to use sequence-alignment benchmarks for assessing
secondary structure assignments. These benchmarks are produced by
3D-structure alignment of structurally homologous proteins. Instead of
assessing the accuracy of secondary-structure assignment directly, which is
not yet feasible, we compare the two assignments of secondary structures in
structurally aligned positions. We assume that the best method should assign
the same secondary-structure element to the highest fraction of structurally
aligned positions. Certainly, structurally aligned positions do not always
have the same secondary structures. Moreover, different structure-alignment
methods do not always produce the same result. Nevertheless, this criterion
provides a mean to locate a secondary-structure assignment method that is
most consistent with tertiary structure alignment. We suggest that this
approach provides an objective execuation of secondary structure assignment
methods.
在這個例子里，標題推薦了一個評估指派蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)的方法。第一段以二級結(jié)構(gòu)的
定義開始（與標題相連)。整段描述了二級結(jié)構(gòu)的重要性。最后一句過渡到指派二級結(jié)構(gòu)
的計算方法（下一段的主題)。注意“計算方法”放在句子的最后是為了強調(diào)而且和第二段
的開始連接在起來。第二段則聚焦在計算方法中存在的問題。舊信息“計算方法”逐漸的
變到了“他們的不一致”。第三段的第一句把主題從“不一致”（舊信息）轉(zhuǎn)變成了“評估的
辦法”（新信息)。然后，介紹了這個領(lǐng)域已有的工作。第四段引入新方法并討論了新方
法的優(yōu)點。第五段（這里沒有給出）將會簡要地討論結(jié)果。每一個引言應(yīng)該包括研究領(lǐng)
域的介紹和意義，做這工作的具體原因，結(jié)果和隱含的意義。一般而言，讀者讀完引
言，對論文的來龍去脈就應(yīng)該清清楚楚了。
討論部分
現(xiàn)在到了你寫論文的最后一部分。很多人認為討論部分最難寫。他們常常不知道該寫什
么。學生常常不能把結(jié)果從他們的解釋，含意和結(jié)論中分離出來。此外，他們不善于思
考可能存在的其他解釋。好的討論通常以得到的結(jié)果和解釋的評論開始。其它可用于討
論的內(nèi)容有：參數(shù)改變對結(jié)果的影響，與其他研究相比還有待解決的問題，將來或正在
進行的工作（防止別人從事你顯而易見的，立刻就能實現(xiàn)的后續(xù)工作)。這里有一段文章
中的討論部分。
One question about the complex homopolymer phase diagram presented here is
whether it is caused by the discontinuous feature of the square-well
potential. We cannot give a direct answer because the DMD simulation is
required to obtain well-converged results for the thermodynamics. However,
the critical phenomena predicted for a fluid composed of particles
interacting with a square-well potential are as realistic as those predicted
for a fluid composed of particles interacting with a LJ potential. Also an
analogous complex phase diagram is found in simulations of LJ clusters. The
present results for square-well homopolymers may well be found in more
realistic homopolymer models and even in real polymers.
一段探究了可供選擇的解釋。
摘要部分
整篇文章寫完了。你需要寫文章的摘要了。典型的摘要包括課題領(lǐng)域的重要性（回到標
題)，要研究的問題，你方法的獨特性，結(jié)果的意義和影響。這里有個例子。
How to make an objective assignment of secondary structures based on a
protein structure is an unsolved problem. Defining the boundaries between
helix, sheet, and coil structures is arbitrary, and commonly accepted
standard assignments do not exist. Here, we propose a criterion that assesses
secondary-structure assignment based on the similarity of the secondary
structures assigned t structurally aligned residues in sequence-alignment
benchmarks. This criterion is used to rank six secondary-structure assignment
methods: STRIDE, DSSP, SECSTR, KAKSI, P-SEA, and SEGNO with three established
sequence-alignment benchmarks (PREFAB, SABmark and SALIGN). STRIDE and KAKSI
achieve comparable success rates in assigning the same secondary structure
elements to structurally aligned residues in the three benchmarks. Their
success rates are between 1-4% higher than those of the other four methods.
The consensus of STRIDE, KAKSI, SECSTR, and P-SEA, called SKSP, improves
assignments over the best single method in each benchmark by an additional
1%. These results support the usefulness of the sequence alignment benchmarks
as the benchmarks for secondary structure assignment.
前兩句陳述了問題。第三句提出了解決辦法。這些句子后面跟著結(jié)果。整個摘要以總結(jié)
收尾。
總結(jié)
1. 認真對待寫作。盡你最大努力花時間寫作。它是科學研究的重要一環(huán)。文章沒寫好，
沒人看，沒人用，等于沒發(fā)表。
2. 除非這個研究是全面徹底的，而且你試了所有可以支持你結(jié)論的方法，否則不要去發(fā)表。
3. 重新思考，并合理解釋為什么做這項工作，做了什么，什么是最重要的發(fā)現(xiàn)？為什么
用這個方法？為什么用這些參數(shù)？什么是以前做過的（更新文獻搜索)？不同在什么地方？
4. 要從批判的角度來看你的工作。只有這樣，才能找到弱點，進一步發(fā)展。我的許多論
文是在反復討論中大幅度修改，許多計算經(jīng)常要重做。只有理順和理解結(jié)果，文章才會
更有意義。
5. 要能回答所有合理的質(zhì)疑。如果你自己有疑問，一定要搞清楚，否則別人又怎會相信。
6. 不要隱藏任何事實，不做假，不要低估其他科學家的智慧。讓你的研究可重復。把所
有的材料和數(shù)據(jù)上網(wǎng)。
7. 從頭（標題）到尾（結(jié)論或討論）要從舊信息過渡到新信息。永遠不要在句子的開頭
引入新信息。切忌在術(shù)語被定義之前使用它們。
8. ?%Ax段首要有闡明整段主題的句子，在段尾要有連到下段的過渡句。從標題到
結(jié)論都要連貫。句句相扣，段段相連，讓一篇論文是一個整體而不是雜亂無章地把句子
堆積在一起。這樣才能使讀者享受閱讀你的文章。
9. 寫，重寫，再重寫。沒有人能第一次就寫好。不花時間，不下功夫，寫不好。我的文
章一般要修改十次以上。
感謝
此文中的一些例子出自 “The Science of Scientific Writing” by G. D. Gopen and
J. A. Swan, Scientific American, 78, 550-558, 1990. 我在杜克大學Gopen教授1995
年年度短訓班受益非淺。我要特別感謝我的導師Martin Karplus(哈佛大學)，George
Stell (紐約州州立大學－石溪校區(qū)), Harold L. Friedman (紐約州州立大學－石溪校
區(qū))和 Carol Hall (北卡羅來納州立大學)的鼓勵和指導。沒有他們，我不會有那么多機
會練習英文寫作。最后，我要感謝我的學生和博士后。他們對科學的貢獻使我可以繼續(xù)
寫論文，基金申請，或評論。此文中的一部分例子來自與他們合作的文章。此文初稿是
用英文寫的。由于我的中文打字速度太慢，特別感謝徐貝思幫我翻譯成中文初稿。如果
有不妥的地方是我的問題，請多指教。
二零零七年六月一日于印地安那
