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錦衣衛(wèi)的首領稱為指揮使（或指揮同知、指揮僉事），一般由皇帝的親信武將擔任，很少由太監(jiān)擔任。其職能是：“掌直駕侍衛(wèi)、巡查緝捕”，一個頓號，基本上把錦衣衛(wèi)分成兩個截然不同的部門。負責執(zhí)掌侍衛(wèi)、展列儀仗和隨同皇帝出巡的錦衣衛(wèi)，基本上與傳統(tǒng)的禁衛(wèi)軍沒什么兩樣，其中比較著名的為“大漢將軍”。這些人雖名位“將軍”，其實只負責在殿中侍立，傳遞皇帝的命令，兼做保衛(wèi)工作，說白了，就是是在皇宮大殿上的樁子。當然，這些“樁子”也非等閑之輩，一般都是牛高馬大，虎背熊腰，而且中氣十足，聲音宏亮，從外表上看頗有威嚴，對不了解明廷底細的人有一定震懾作用。大漢將軍在錦衣衛(wèi)中自成一營，初期約有1500人，到明末，由于官僚機構(gòu)的膨脹，大漢將軍也一度增加到5000余人。至于“巡查緝捕”，則是錦衣衛(wèi)區(qū)別于其他各朝禁衛(wèi)軍的特殊之處，也是它為什么能為人們牢牢記住的原因。其實朱元璋建立錦衣衛(wèi)的初衷也只是用來鹵簿儀仗，但后來由于他大肆屠戮功臣，感覺傳統(tǒng)的司法機構(gòu)刑部、大理寺、都察院使用起來不太順手。于是將錦衣衛(wèi)的保衛(wèi)功能提升起來，使其成為皇帝的私人警察。負責偵緝刑事的錦衣衛(wèi)機構(gòu)是南北鎮(zhèn)撫司，其中北鎮(zhèn)撫司傳理皇帝欽定的案件，擁有自己的監(jiān)獄（詔獄），可以自行逮捕、刑訊、處決，不必經(jīng)過一般司法機構(gòu)。
南北鎮(zhèn)撫司下設五個衛(wèi)所，其統(tǒng)領官稱為千戶、百戶、總旗、小旗，普通軍士稱為校尉、力士。校尉和力士在執(zhí)行緝盜拿奸任務時，被稱為“緹騎”（大家對這個名詞一定很熟悉）。緹騎的數(shù)量，最少時為1000，最多時多達60000之眾。錦衣衛(wèi)官校一般從民間選拔孔武有力,無不良記錄的良民入充，之后憑能力和資歷逐級升遷。同時，錦衣衛(wèi)的官職也允許世襲。
明朝前兩代皇帝朱元璋、朱棣，由于其出身的特殊性，對皇權的維護有其他朝代所沒有的強烈欲望。這就使得錦衣衛(wèi)“巡查緝捕”的職能無限度的擴大了。一般來講，錦衣衛(wèi)的工作只限于偵察各種情報、處理皇帝交付的案件，但一旦適逢一個野心大、心腸狠的指揮使掌權，就會利用職務之便不遺余力地制造事端，既可以打擊異己，也可以作為自己升遷的資本。如成祖時的紀綱、英宗時的逯杲、武宗時的錢寧等，在他們掌權時，緹騎四出，上至宰相藩王，下至平民百姓，都處于他們的監(jiān)視之下，對他們的命令只要稍有拂逆，就會家破人亡，全國上下籠罩在一片恐怖氣氛中。臭名昭著的北鎮(zhèn)撫司大牢中更是關滿了各種各樣無辜的人們，死于錦衣衛(wèi)酷刑之下的正直人士更是不計其數(shù)。更為可怕的是，這種恐怖的氛圍，與唐武則天時期的短期出現(xiàn)不同，終明一朝幾乎是綿綿不絕，這種無節(jié)制的濫捕極大地影響了皇帝與官僚機構(gòu)之間的關系，使百官、民眾、軍隊與皇帝離心離德，難怪有人說明朝不是亡于流寇，而是亡于廠衛(wèi)。
錦衣衛(wèi)另一項著名的職能就是“執(zhí)掌廷杖”。廷杖制度始自明朝，是皇帝用來教訓不聽話的士大夫的一項酷刑。一旦哪位倒霉官員觸怒了皇帝，被宣布加以廷杖，他就立刻被扒去官服，反綁雙手，押至行刑地點午門。在那里，司禮監(jiān)掌印太監(jiān)和錦衣衛(wèi)指揮使一左一右早已嚴陣以待。受刑者裹在一個大布里，隨著一聲“打”字，棍棒就如雨點般落在他的大腿和屁股上。行刑者為錦衣衛(wèi)校尉，他們都受過嚴格訓練，技藝純熟，能夠準確根據(jù)司禮太監(jiān)和錦衣衛(wèi)指揮使的暗示地掌握受刑人的生死。如果這兩人兩腳象八字形張開，表示可留杖下人一條活命；反之，如果腳尖向內(nèi)靠攏，則杖下人就只有死路一條了。杖完之后，還要提起裹著受刑人布的四角，抬起后再重重摔下，此時布中人就算不死，也去了半條命。廷杖之刑對士大夫的肉體和心靈都是極大的損害，但明朝的皇帝卻樂此不疲，錦衣衛(wèi)將校對它也是情有獨鐘。
廠與衛(wèi)的職權基本無差別。但由于錦衣衛(wèi)屬于外官，奏事需用奏疏，還有勛戚及其子弟參加，不如東廠太監(jiān)親近，故廠的勢力總要大于衛(wèi)。這樣，錦衣衛(wèi)偵伺一切官民，廠則偵察官民和錦衣衛(wèi)；西廠有時還監(jiān)視東廠，內(nèi)廠則監(jiān)視官民和廠衛(wèi)，而皇帝直接領導與監(jiān)督所有偵察機關，構(gòu)成一套偵察特務體系。廠衛(wèi)都可以不通過司法機構(gòu)，直接奉詔行事，受理詞狀，任意逮捕吏民。東廠“督主”太監(jiān)有爪牙十五六萬人，布滿全國，多以“輕黠巧者”充之。其役長稱“檔頭”，下邊辦事的人稱“番子”。得到密告，先由番子密白于檔頭，后由檔頭率番子捉人，受害人如能及時賄賂，事情還有轉(zhuǎn)機；若稍不如意，即直接行刑，痛楚十倍于官刑。這時受害人若再不能滿足他們的勒索，就送鎮(zhèn)撫司獄，立即打死。東廠始于明成祖，一開始就是從收買建文帝身邊的宦官、刺探消息起家的機構(gòu)，其特務性質(zhì)更為明顯，所以正式建立后即專以宦官負責，“緝訪謀逆妖言大奸惡等”，其后明憲宗又增設西廠，東西廠下面則用了一批干事，“京師亡命，誆財（敲竹杠）挾仇（報私仇），視（東廠所屬）干事者為窟穴”，這也就是說，東廠干事成為流氓頭子，“自京師至天下，旁午偵事，雖王府不免”，“冤死者相屬”。
