而從至元十三年七月開始，元軍對于各地抵抗宋人的鎮(zhèn)壓也一日緊似一日。七月，在李庭芝、姜才率部離開之后，守將朱煥獻(xiàn)揚州城投降，李庭芝、姜才未能擺脫追兵，被困于泰州；大將阿術(shù)攻破泰州，李庭芝、姜才被俘；阿里海牙攻破嚴(yán)關(guān)（今廣西興安西），馬墍兵敗退守靜江（今廣西桂林）；李恒擊敗宋軍吳浚所部于南豐。八月，吳浚再敗于元軍，退往寧都；李庭芝、姜才在揚州不屈遇害。
在這一片戰(zhàn)敗的緊急時刻，作為流亡政府的中樞，不但沒有什么居中調(diào)度挽回頹勢的舉措，反而只想著互相碾軋。見文天祥聚兵成功，擔(dān)心離朝廷所在地太近會導(dǎo)致“干預(yù)朝政”，便下令讓文天祥去交通不便的汀州（今福建長汀）。文天祥顧全大局，于十月率部南下。到汀州后，立即開始救亡活動，派趙時賞率一部軍士去取寧都，派吳俊章取雩都（今江西于都），同時，在江西堅持抗元的劉洙等人聞文天祥開府，紛紛率兵來會，文天祥麾下迅速集結(jié)起數(shù)萬人馬。
十一月，對南宋流亡政府來說，局面更為崩壞。阿里海牙攻破堅守三個月的廣西重鎮(zhèn)靜江，守將馬墍血戰(zhàn)而死，阿里海牙縱兵屠城。不久，邕州（今南寧）守將獻(xiàn)城，但馬墍麾下鈐轄（軍職）婁某率二百五十名兵士死守月城不降，后在騙得元軍送上米、肉，飽餐之后引炮自炸，二百余人全部灰飛煙滅。阿里海牙大怒，又將邕州屠城。此后，廣南西路十五州，皆為元軍攻取。同月，阿剌罕所部攻克處州（今浙江麗水）、溫州，在瑞安大敗宋軍，執(zhí)殺趙與睪與其弟趙與慮等人，兵入建寧府（今福建建甌）。
這樣一來，南宋流亡政府所在地福州已經(jīng)很危險，此時，流亡政府手中還有軍士十七萬，民兵三十萬，可供一戰(zhàn)者有近五十萬之多?？申愐酥?、張世杰卻不敢與元軍作戰(zhàn)，帶著幼帝趙昰登船入海逃走。十一月二十三日，福州為元軍占領(lǐng)。
相對于近五十萬大軍的望風(fēng)而遁，文天祥則是迎難而上。至元十四年（公元1277年）五月，文天祥集結(jié)部伍，自梅州出江西，吉州、贛州堅持抗元的宋軍皆來赴，合軍收復(fù)會昌縣。八月間，文天祥部下趙時賞等人分道攻取吉、贛周圍的城鎮(zhèn)，對贛州形成包圍之勢，衡山、撫州等地殘余宋軍紛紛前來會合。
為了遏制江西宋軍發(fā)展，元廷在江西置行中書省，以塔出為右丞，麥術(shù)丁為左丞，李恒為參知政事，以諸道之兵四出江西。元將李恒自領(lǐng)一軍精騎，出奇不意地向身在興國的文天祥發(fā)起進(jìn)攻。文天祥不曾想李恒進(jìn)軍速度如此之快，猝不及防，軍隊潰散。與此同時，在永豐的鄒沨部宋軍也被元軍殺敗，兩軍匯合一處撤退。
逃至空坑（今江西吉安境內(nèi)）時，文天祥麾下軍士多散，身邊只有杜滸、鄒沨等幾個人相隨。宋將趙時賞為使文天祥等人有時間逃走，冒充文天祥為李恒追兵所抓，并沿途掩護(hù)很多文天祥部曲逃走，后被識破，從容赴死。文天祥逃脫后，輾轉(zhuǎn)至南嶺（今廣東紫金），重新集結(jié)隊伍。
南宋流亡朝廷行至泉州泊岸，駐守當(dāng)?shù)氐陌矒崾蛊褖鄹皝碇]見，并請端宗駐蹕泉州，張世杰沒有答應(yīng)。身邊的人又勸張世杰留下蒲壽庚，這樣可以讓其麾下的數(shù)百艘巨船以及無數(shù)家資作為軍用，可張世杰也沒有聽取。不久，由于宋朝的撤退人員太多，舟船嚴(yán)重不足，張世杰也不知會蒲壽庚，命部下掠取其船只，并沒收船上的金銀財物。不讓皇帝駐蹕，已經(jīng)顯出不信任，現(xiàn)在又無端搶船搶錢，本來就不怎么堅定的蒲壽庚大怒，宣布叛宋降元，在泉州城內(nèi)大殺趙宋在當(dāng)?shù)氐淖谑乙约笆看蠓蚝突窜娛勘?，遇害者達(dá)數(shù)千人。無端引來災(zāi)禍的張世杰連忙下令起錨，全軍逃亡潮州（今廣東潮安）。
在海上四處飄蕩的南宋朝廷屢屢遭到元軍襲擊，一直把持朝政的陳宜中感到宰相癮也該過足了，便以去占城（今越南中部，當(dāng)時為獨立國家）給皇帝打前站為借口，徑自一人到占城，從此再不回來。至元十四年十二月二十二日（1278年1月16日），流亡政府的船隊到達(dá)井澳（今廣東大小橫琴島之間的海灣），忽遇颶風(fēng)，舟船傾覆無數(shù)，連端宗所乘的巨舟也被大浪擊翻，小皇帝幾乎被淹死，驚悸成疾。颶風(fēng)過后，張世杰點算兵數(shù)，竟然死者過半。這么多兵將白白葬身魚腹，卻沒能和元軍正式打上一仗，張世杰想保存實力，老天也不幫他。
至元十五年四月十五日（公元1278年5月8日），一直未能從驚嚇中恢復(fù)過來的宋端宗趙昰病死于石岡州（今廣東吳川西南面一個小島）。“群臣多欲散去”，一直沒有發(fā)揮應(yīng)有作用的陸秀夫終于挺身而出道：“度宗皇帝一子尚在，將置其何地！古人有以一旅以成中興者，今百官有司皆備，士卒數(shù)萬，天若未欲絕宋，此豈不可立國？” 于是，眾人擁立年方八歲的衛(wèi)王趙昺為帝，是為宋末帝，改元祥興。
