康熙末年和雍正年間，以策妄阿拉布坦父子為首的準噶爾部逐漸強大起來，又和清政府發(fā)生矛盾沖突。策妄阿拉布坦是僧格的長子、噶爾丹之侄。噶爾丹奪取準部統(tǒng)治權后，策妄阿拉布坦因與噶爾丹發(fā)生矛盾，逃離準噶爾，及至噶爾丹進攻喀爾喀發(fā)動叛亂后，才乘勢返回噶爾丹的根據地伊犁，協(xié)助并配合清軍清剿噶爾丹叛軍。噶爾丹死后，策妄初時尚能服從中央的政令，獻出噶爾丹的骨灰以及噶爾丹的女兒鐘齊海。策妄阿拉布坦一面在部內休養(yǎng)生息，加強實力，一面和其西鄰哈薩克的頭克汗發(fā)生多次戰(zhàn)爭，占領了哈薩克部大玉茲的全部地區(qū)和中玉茲的大部分地區(qū)，小玉茲也被迫向西逃避。塔什干、撒馬爾罕等城市均在策妄的控制之下。隨著準噶爾經濟和軍事實力的增長，它對中央政府的態(tài)度也發(fā)生了變化，越來越不愿意接受使令，并要求向東擴大牧場，覬覦從前噶爾丹一度占領的阿爾泰山以東和哈密附近。1714年，準噶爾以兵二千掠哈密，哈密扎薩克達爾漢白克額敏向清廷告急。康熙帝一面派兵赴援，一面遣使準噶爾，要求與策妄會盟，和平解決分配牧場的糾紛。策妄拒絕，且趁西藏內部發(fā)生紛爭的時機，于1716年進兵西藏。清政府為了擊敗策妄的分裂活動，也調遣大軍入藏，至此，清廷與準噶爾部的戰(zhàn)火重新燃起。
西藏地方早在清朝入關之前，即與清朝政府發(fā)生了聯(lián)系?；侍珮O于建號清朝的第四年，即1639年，便致書達賴，宣布清政府崇敬黃教的政策。此時，厄魯特蒙古中的和碩特部首領顧實汗遷往青海，他和西藏的黃教首領達賴五世、班禪四世合作，進兵入藏，擊敗并殺死了統(tǒng)治西藏的藏巴汗，在西藏建立了和碩特蒙古與黃教的聯(lián)合統(tǒng)治。從此，達賴、班禪成為西藏的最高教主，西藏政務由達賴與顧實汗共同委任的“第巴”來掌管，實際權力掌握在和碩特汗王的手中。顧實汗一直和清朝保持著密切的關系。在顧實汗的引薦下，1652年，五世達賴羅桑嘉措至北京朝見順治帝，受到清廷極隆重的接待，清廷冊封達賴為“西天大善自在佛所領天下釋教普通瓦赤喇怛喇達賴喇嘛”，并賜以金冊金印。顧實汗死后，其子達延汗、達賴汗兄弟相繼主持西藏政務。1701年，達賴汗死，其子拉藏汗繼位。和碩特貴族主藏政達60年，不可避免地與西藏當?shù)厣蠈尤宋锇l(fā)生了沖突。這時，達賴喇嘛的勢力也在擴張，1643年，動工擴建布達拉宮，使之成為全藏的宗教圣地，又令其他教派改宗，擴大黃教勢力，增加黃教的寺院和僧眾，并直接和清朝皇帝聯(lián)系。在蒙古汗王缺位的情況下，任命“第巴”，取得行政官員的任免權。1679年，五世達賴的親信桑結嘉措被任命為“第巴”。1682年，達賴五世逝世，桑結嘉措竟匿喪不報，長達15年之久。清政府擊敗噶爾丹以后，才隱約聽到達賴五世已死，遂嚴厲責問第巴桑結嘉措。桑結派代表進京，向康熙帝請罪，康熙帝雖未深責，但甚為不快。
1697年，第巴桑結公布達賴五世之喪，同時宣布自己擇定的倉洋嘉措為轉世靈童，正式坐床，稱達賴六世。這件事激怒了和碩特部的汗王，認為這是第巴桑結扶植傀儡，排擠自己在西藏的勢力，雙方的矛盾日益尖銳。而新立的達賴六世倉洋嘉措，雖才華出眾，卻不是虔敬的佛教徒，而是風流倜儻的詩人。他十分厭倦布達拉宮里清教徒式的禁欲生活，一心追求浪漫的愛情。拉藏汗視之為假達賴，向清廷上報他行為不端。1704年雙方發(fā)生沖突，拉藏汗率兵從其在藏北的駐地進向拉薩，率色拉、哲蚌和甘丹三大寺的代表努力調解，才達成協(xié)議，第巴桑結被迫退位，由他的兒子繼任第巴。但是，和碩特汗王與西藏上層勢力的矛盾并未解決。1705年，戰(zhàn)端又起，藏兵戰(zhàn)敗，第巴桑結被殺?？滴趸实垡虻诎蜕＝Y長期匿喪，又曾和噶爾丹勾結，對他很不滿，所以在斗爭中袒護拉藏汗，封他為“翊教恭順汗”。拉藏汗捕拿達賴六世倉洋嘉措，解送北京。后來，倉洋嘉措在解經青海的途中死去。
拉藏汗清除桑結嘉措后，于藏中立伊喜嘉措為六世達賴，但喪失了青海諸蒙古的信任，諸部另立裹塘噶桑嘉措為真達賴。清政府為了緩和青、藏雙方的爭執(zhí)，命噶桑嘉措暫住西寧塔爾寺主持教務，并于1709年派侍郎赫壽去西藏，協(xié)同拉藏汗辦理事務。盡管如此，西藏仍存在著一股反對拉藏汗的強大潛流，局勢并未穩(wěn)定下來。策妄阿拉布坦一直窺測著西藏事態(tài)的演變。他表面上通過與拉藏汗聯(lián)姻，先娶拉藏汗姐姐為妻，而后又招拉藏汗長子丹衷為婿，借以麻痹拉藏汗。另一方面卻暗地同三大寺的喇嘛取得聯(lián)系，并用說服和收買的手段使喇嘛倒向他們一邊，這導致了拉藏汗的一些大臣和侍從的連鎖反應。經過一系列準備之后，策妄阿拉布坦遂于1716年冬，派其弟大策凌敦多布領精兵六千，徒步繞戈壁，逾和闐南部之大雪山；涉險冒瘴，晝伏夜行，于次年七月，乘拉藏汗不備，由藏北騰格里海直入西藏，擊敗藏兵，進據拉薩，圍攻布達拉宮，殺死拉藏汗，擄其妻子，搜各廟重器送伊犁。
清政府得知后，立即命西安將軍額倫特及侍衛(wèi)色棱率兵赴援，但清軍倉猝進軍，準備不足，兵力薄弱，于喀喇烏蘇作戰(zhàn)失利，額倫特戰(zhàn)死?？滴鯖Q計厚集兵力，進藏平叛。1718年，命皇十四子胤禎為撫遠大將軍，指揮進藏平叛的各路清軍；以年羹堯為四川總督，協(xié)助辦理軍務，又命傅爾丹及富寧安分兵出巴里坤及阿爾泰等地，以牽制準噶爾的援藏兵力。1720年，將軍延信及噶爾弼分領滿漢及蒙古官兵，自青海和四川兩路進軍西藏。清軍以岳鐘琪為先鋒，自里塘、巴塘進兵察木多，輕裝急進，直抵拉薩，大敗準噶爾軍，大策凌敦多布率殘軍逃回伊犁。與清軍勝利進藏同時，清政府將住于西寧塔爾寺的噶桑嘉措正式冊封為“宏法覺眾第六世達賴喇嘛”，命滿漢官兵及青海之兵送往西藏。1720年九月十五日，在將軍延信主持下，舉行達賴喇嘛坐床大典，確立了六世達賴喇嘛的正式職位，恢復了西藏的社會秩序。
1723年，清帝康熙逝世的翌年——雍正元年，青海和碩特蒙古貴族、顧實汗之孫羅卜藏丹津乘撫遠大將軍胤禎回京奔喪之機，公開發(fā)動武裝叛亂。1697年，羅卜藏丹津的父親達什巴圖爾曾偕青海諸臺吉入覲，康熙賜以御用冠服朝珠，翌年被清政府封為和碩親王。羅卜藏丹津于1714年承襲其父的親王爵位，并于1720年，作為青海和碩特代表，率兵參加了護送達賴喇嘛入藏的行動。羅卜藏丹津之所以發(fā)動反清叛亂，是有其深遠歷史原因的。顧實汗自從控制青藏地區(qū)后，在青海分其部眾為左右兩翼，由其諸子率領。顧實汗在世期間，一直與清政府保持朝貢關系。但自從顧實汗于1656年死后，青海和碩特失去了統(tǒng)一各部的能力，其留在青海的諸子，相互紛爭，并不斷率眾掠內陸，抗官兵，成為清政府西北地區(qū)的邊患。清政府直至康熙三十六年平定噶爾丹叛亂后，才致力于青海地區(qū)的招撫工作。同年，康熙命額駙阿喇布坦以及西寧喇嘛商南多爾濟等于察罕托羅海會盟，招撫青海和碩特諸臺吉，接著，又把顧實汗諸子中僅存的幼子達什巴圖爾，如前所述招至北京，封為親王。這樣，青海和碩特蒙古又與清朝政府恢復了朝貢關系。然而清政府并沒有在青海設置行政機構，清朝中央對青海和碩特部的管轄關系很松散，地方割據勢力十分強大。羅卜藏丹津的叛亂正是青海地方割據勢力在特定的歷史條件下引發(fā)的。
羅卜藏丹津叛亂與清軍進藏后加強對青藏地區(qū)的管轄有著直接的關系。清軍進藏后，為了安定西藏地方的社會秩序，組織了西藏地方政府。將藏官中歸附清廷最早的第巴康濟鼐、阿爾布巴封為貝子，隆布奈封為輔國公，共同管理前藏事務。頗羅鼐授札薩克一等臺吉，理后藏事務，各授噶卜倫，從此，結束了和碩特蒙古對西藏的統(tǒng)治。同時，清政府對青海也采取了相應措施，以青海諸臺吉入藏効力有功為名，給羅卜藏丹津加俸銀二百兩、緞五匹的微薄賞賜，卻晉封原為郡王的察罕丹津為親王，封原為貝勒的額爾德尼額爾克托克托鼐為郡王，其余諸臺吉也都被封為貝勒、公等不同爵位，以分化地方勢力，防其尾大不掉。
