千年古運河畔的揚州大學水利科學與工程學院，淵源于1950年7月建立的我國第一所水利專科學?！春铀麑？茖W校，后曾改名為華東水利?？茖W校和水利部南京水利學校。1958年組建成立了南京水利學院，設置樞紐及水電站建筑和農(nóng)田水利工程等本科專業(yè)。1960年9月遷到揚州，成立江蘇水利學院。江蘇水利學院后分為兩支。一支于1963年5月并入蘇北農(nóng)學院，建立農(nóng)田水利系，設有4年制本科專業(yè)農(nóng)田水利工程、河川樞紐及水電站建筑、機電排灌工程；1979年5月改為江蘇農(nóng)學院機電排灌系，設有農(nóng)田水利和機電排灌兩個本科專業(yè)；1986年9月江蘇農(nóng)學院機電排灌系改名為水利及農(nóng)業(yè)工程系，本科專業(yè)在原來的基礎上又增設了農(nóng)業(yè)機械化專業(yè)；1992年6月變?yōu)閾P州大學農(nóng)學院水利及農(nóng)業(yè)工程系。另一支于1962年9月組建為水利電力部揚州水利學校，1978年4月變?yōu)榻K水利工程?？茖W校。
1997年6月，揚州大學農(nóng)學院水利與農(nóng)業(yè)工程系與揚州大學水利學院合并組建了新的揚州大學水利學院，1998年8月調(diào)整成立揚州大學水利與建筑工程學院，2004年1月調(diào)整成立揚州大學水利科學與工程學院。
