（另有一說，李斯一直想將韓非留在秦國，等秦滅韓之后再為秦國所用。但由于韓非之書《韓非子》對于帝王之術、統(tǒng)治之術的分析過于透徹，導致秦王趙政對其才華感到恐懼，加上韓非的三條不利于秦國發(fā)展的建議、姚賈的陷害，使秦王趙政將韓非下獄拷打。李斯實心欲救韓非，曾幫韓非呈韓非絕筆之作《初見秦》于秦王趙政，無奈秦王趙政鐵心欲除韓非。后秦王趙政以韓非書中《八經(jīng)》之三中除“陰奸”之術施于韓非：令李斯去處理韓非一案（結合之前所言即讓李斯殺死韓非），嫁禍于李斯，從而不背罵名。李斯無奈，只得從命而下毒于韓非飲食，使韓非暴斃而亡。）
力駁分封定制頒法
秦統(tǒng)一以后，丞相王綰首先提出全國地方太大，難以管理，要求象周代那樣，封秦始皇諸子為王。秦始皇召開群臣會議討論，群臣都贊同王綰的意見，只有李斯提出不同的意見。他說：周文王、周武王封的子弟很多，后來一個個都疏遠了，互相視為仇敵，經(jīng)常發(fā)生戰(zhàn)爭，周天子也不能禁止?，F(xiàn)在天下一統(tǒng)，應實行郡縣，天下才得以安寧。秦始皇也認為，天下已經(jīng)統(tǒng)一了，再立許多國，不利于統(tǒng)一，安寧也沒有保障，所以支持李斯的意見。于是，他把全國分為三十六郡，郡以下為縣。郡縣制比之分封制是一個進步，有利于國家的統(tǒng)一。
秦始皇三十四年（前213年），群臣聚集在咸陽宮稱頌秦始皇時，博士淳于越很不知趣，向秦始皇說：殷周之所以存在千年，是因為它把天下分封給子弟和功臣?，F(xiàn)在天下如此之大，宗室子弟沒有封地，和百姓一樣，萬一發(fā)生了田常、六卿之變，又有誰來相救呢？凡是不以古為師而天下能長久的，沒有聽說過。淳于越是以儒家的立場來看待秦朝的政治，同秦始皇的思想和行動是格格不入的，使得秦始皇大為不滿，把淳于越交給丞相李斯處理。李斯不贊同淳于越的看法，他向秦始皇闡述了自己的觀點。他認為：由于時代的變化，五帝三代的治國辦法也不同。三代時期的做法，也并不值得效法。那時候諸侯并列，互相爭奪，現(xiàn)在天下統(tǒng)一，情況完全不同，不必效法古代。現(xiàn)在的一些儒生總講古代如何如何好，這是以古非今，攪亂民心。對于造謠惑眾，不利于統(tǒng)一天下的言行必須禁止，否則將會影響政局的穩(wěn)定，有損于皇帝的權威。最后，他又把這一切都歸罪為讀書的緣故，建議秦始皇下令焚書。
按照李斯制定的法令，那是相當殘苛的。凡是秦記以外的史書，不是博士（指掌管古今文史典籍的官）所藏的詩、書、百家語都要燒掉，只準留下醫(yī)藥、卜筮、種樹之書。此后，如果有敢再談論詩書者“棄市”（指在鬧市區(qū)執(zhí)行死刑，并將尸體暴露街頭，稱為棄市）；“以古非今者族，（指一人有罪，父母兄弟妻子皆受刑，稱為族）”；官吏如果知道而不檢舉者，與之同罪；令下后三十日仍不燒者，黥(意為用刀刺刻額頰等處)再潦上墨為“城旦”（一種刑罰，輸邊筑長城四年）。有想學習法令的，要以吏為師。
這次焚書的原因，是由于討論是否分封的問題而引起的，無論是主張分封還是反對分封的大臣，都是為了秦始皇長久統(tǒng)治打算卜他們并無根本利益上的對立。李斯借題發(fā)揮，最后竟造成焚書的結局，也不是沒有緣由的。
秦國自商鞅變法以來，一直是以法家理論作為治國的指導思想。秦始皇統(tǒng)一天下之后，也是以法家治國的。在他當皇帝的九年中，主要精力是用在建立中央專制政權，劃定全國疆域，統(tǒng)一文字度量衡，修筑長城等，對文化思想方面很少注意。淳于越以儒家思想為秦始皇出謀劃策，是不利于秦的中央集權統(tǒng)治的。因此，善于領會秦始皇意圖的李斯，為了打擊儒家勢力，鞏固統(tǒng)一政權，提出了上述焚書的主張，得到了秦始皇的同意和批準。于是，秦始皇下令焚書，先秦許多文獻古籍都被燒掉了，使中國文化遭到了巨大的損失。
在焚書的第二年，即秦始皇三十五年（公元前212年），兩個術士暗地里誹謗秦始皇，并亡命而去。秦始皇得知此事，大怒，派御史調(diào)查，審理下來，有四百六十余人因此被坑殺。這就是歷史上的“坑儒”事件。雖然后世稱此事為“坑儒”，但其實被坑殺的是術士，與儒生無關。司馬遷在《史記·儒林列傳》中已有明言：“及至秦之季世，焚詩書，坑術士?！笨梢?，根本就沒儒生什么事。但自東晉年間，梅頤獻《古文尚書》，附有孔安國所作的《尚書序》，其中有云：“及秦始皇滅先代典籍，焚書坑儒，天下學士，逃難解散。我先人用藏其家書于屋壁。”這時，坑術士第一次被變性為坑儒。后來，隨著《古文尚書》被定為官書，坑儒的說法于是沿襲下來，遂成定論。對于梅頤所獻的《古文尚書》及孔安國所作《尚書序》，前人多有辨疑，到了清代，其偽書的身份已成蓋棺定論。偽造者將坑術士改為坑儒，其實也只是為了引出下句“我先人用藏其家書于屋壁”，從而表示《古文尚書》其來有自?？计渥畛跤靡猓蟾乓仓皇怯燮鋫?，并無心向趙政潑臟水。后世卻據(jù)此將坑儒判為鐵案，想必是大大出乎其意料之外的了。
?。ㄎ墨I古籍在秦朝廷中都有存本，至于被燒毀，那應該感謝項羽的那把火，而不要一味的怪李斯。）
二世幫兇 腰斬滅族
由于秦始皇的賞識，李斯不僅官運亨通，他的子女也都跟著沾光。李斯的長子李由做三川郡守，掌握了一定的軍政大權，其他子女也都與帝室結了婚姻關系。有一次，李由回到咸陽，李斯擺設家宴，百官都來赴宴祝酒。在這種熱烈的酒席上，李斯想起了他的老師荀卿告誡他的“物忌太盛”這句話，感慨地說：“我是個平民百姓，今天卻做了丞相，可以說是富貴到了極點。但是，物盛則衰，我還不知道將來會有什么樣的結局呢，由此可見，李斯并沒有完全陶醉于高官厚祿之中，他對現(xiàn)實的認識還是比較清醒的。
秦朝建立以后，由于秦始皇對廣大人民實行殘暴的統(tǒng)治，各地人民群眾的反抗從來沒有停止過。除了武裝斗爭形式外，廣大人民還以歌謠的形式咒罵秦始皇，如說：“阿房阿房，亡始皇”等。人民群眾的不滿和反抗，使地主階級也很擔心。因此，秦始皇在統(tǒng)一后的十余年間，先后進行了五次遠途巡行。其目的就是到各地耀武揚威，加強對全國的控制。
盡管秦始皇到各處巡行，殘酷鎮(zhèn)壓人民群眾，然而反抗還是不斷發(fā)生，如有人攔截皇家使者，有人公開咒罵秦始皇：“今年祖龍(秦始皇)死?！彼?，在秦始皇三十七年(前210年)，秦始皇決定第五次巡行。
這一次巡行，丞相李斯和秦始皇寵愛的小兒子胡亥等一同前往。巡行的路線是：從咸陽出發(fā)，出武關，沿丹水、漢水流域到云夢，再沿長江東下直至會稽(今浙江紹興市南)。登會稽山，祭大禹，并刻石留念。在北歸之時，秦始皇得了重病，不久死在沙丘(今河北鉅鹿縣東南)。
秦始皇死后，李斯怕引起天下大亂，每日照常令人送水送飯，不讓外人知道死訊，按照慣例，應由秦始皇長子扶蘇繼位。扶蘇思想傾向于儒家，不同意秦始皇的焚書坑儒，當面提過意見，惹得秦始皇生氣，把他派到西北大將蒙恬那里。這時，宦官趙高也正在進行陰謀活動，他曾是胡亥的老師，極力想讓胡亥稱帝，他就可以大權在握了。唯一需要注意拉攏的是李斯，所以他就想方設法爭取李斯也同意胡亥上臺。趙高口才極好，善于雄辯，與李斯有這樣的一段對話。
趙高說：“皇帝臨死前，曾召扶蘇參加葬禮的這封信，沒等送出去，皇帝就死了，這封信沒有人知道，現(xiàn)在胡亥手里。決定由誰來繼位；全由胡亥和我來決定丁，你認為如何？”這是探聽的口氣。
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