1949 年~1957年是在全國范圍內建立為農服務的供銷合作社系統(tǒng)的組織創(chuàng)設階段。
1958 年~1981 年是全面集體化背景下的艱難前行階段。
1982 年~1994 年是回歸合作經濟組織的探索成長階段。
1995 年至今是供銷社公司制企業(yè)與合作制企業(yè)融合共生的全新發(fā)展階段。
追溯時間的原點，供銷社的發(fā)展，確也經歷了多次改革。新中國成立初期，供銷合作社就基本形成了自上而下、覆蓋全國的組織體系和經營服務網絡。在整個計劃經濟時期，供銷合作社是縣以下流通的主渠道，在發(fā)展生產、保障供給方面發(fā)揮了重要作用。
新中國成立初期的發(fā)展
1949 年11月，宣布成立中央合作事業(yè)管理局，主管全國合作事業(yè)。1950 年7 月，召開了中華全國合作社工作者第一屆代表會議，通過了《中華人民共和國合作社法（草案）》《中華全國合作社聯合總社章程（草案）》等重要文件，成立了中華全國合作社聯合總社，統(tǒng)一領導和管理全國的供銷、消費、信用、生產、漁業(yè)和手工業(yè)合作社。
這說明新中國合作事業(yè)的最初布局，是一個大合作、綜合合作的架構。
1951 年5 月，由于供銷合作社兼辦的信用部遇有存少貸多或呆賬，影響到供銷合作社資金周轉和鞏固，提出了單獨組織農村信用合作社，統(tǒng)一由銀行領導。
1954 年，當時的政務院財政經濟委員會根據國營商業(yè)同合作社實行城鄉(xiāng)分工的原則，決定將城市消費合作社劃歸國營商業(yè)領導，手工業(yè)生產合作社成立手工業(yè)合作社聯合社，將中華全國合作社聯合總社更名為中華全國供銷合作社總社。
經過最初幾年的發(fā)展，農村供銷合作社已有社員1.5 億，加入供銷社的農民社員占農戶總數的90% 以上。供銷社在全國得到迅速發(fā)展，形成了一個上下連接、縱橫交錯的全國性流通網絡，成為農村商品流通的主渠道，而且是聯結城鄉(xiāng)、聯系工農、溝通政府與農民的橋梁和紐帶，對當時恢復國民經濟、穩(wěn)定物價、保障供給、促進農業(yè)農村經濟發(fā)展發(fā)揮了重要作用。
這一時期，被認為是供銷合作社發(fā)展的黃金時期。
1955 年2 月，全國供銷合作總社理事會先后通過了省、縣聯社和基層供銷合作社示范章程( 草案)，力圖體現供銷合作社一切生產資料屬于社員集體所有，由社員群眾享用、為社員群眾管理的集體經濟性質。
從大躍進到文革時期：供銷社與國營商業(yè)的二合二分
1956 年由于國有商業(yè)不能進農村，合作社銷售是前者的幾倍，就開始提出合并的問題。1958 年以后，直到1970 年代末期，供銷合作社的發(fā)展經歷了一個曲折的發(fā)展時期，與國營商業(yè)二合二分：即兩次與國營商業(yè)合并，因為中斷城鄉(xiāng)聯系，不利于農村商品流通，損害了農民的利益，又實行兩次分開，恢復供銷合作社體制。
第一次合并（1958 － 1961 年），是在大躍進時期。將全國供銷合作總社同城市服務部合并，改稱第二商業(yè)部，掛第二商業(yè)部和全國供銷合作總社兩個牌子，縣以上供銷合作社相繼與同級國營商業(yè)部門合并，由集體所有制轉化為全民所有制。這次合并，根據1965 年全國供銷合作總社向國務院提供的《關于改革供銷合作社財務管理體制的報告》里面的數字，各級供銷合作社的資金除股金外，全部轉為國家資金，使供銷合作社多年積累的200 多億元的資金全部變成了國家資金。
1962 年5 月中共中央、國務院發(fā)出《關于供銷合作社幾個問題的通知》，決定恢復全國供銷合作總社，從1962 年7 月起同商業(yè)部分開辦公。
商業(yè)部、糧食部、全國供銷合作總社和中央工商行政管理局合署辦公。1975 年，供銷合作社又從國有商業(yè)分離出來，縣以上的組織是全民所有制，基層社為集體所有制。
1980 年代的改革嘗試：恢復“三性”、 “五個突破”、“六個發(fā)展”
1982 年，在機構改革中，全國供銷合作總社與商業(yè)部合并，但保留了全國供銷合作總社的牌子，設立了中華全國供銷合作總社理事會，保留了省以下供銷合作社的獨立組織系統(tǒng)。此后，先后進行了恢復“三性”“五突破”“六個發(fā)展”。
恢復“三性”（群眾性、民主性、靈活性）。1982 年，根據中共中央批轉《全國農村工作會議紀要》要求，供銷合作社改革的重點是改變所有制，即由全民所有制改回原來的集體所有制，由“官辦”改“民辦”，把供銷社真正辦成農民的合作經濟組織。
農村供銷合作社是城鄉(xiāng)經濟交流的一條主渠道，同時也是促進農村經濟聯合的紐帶，要恢復加強供銷社組織上的群眾性，管理上的民主性和經營上的靈活性，使之在組織農村經濟生活中發(fā)揮更大的作用。
實行“五個突破”: 勞動制度、農民入股、經營范圍、內部分配、價格管理的突破。1984 年根據田紀云副總理指示，供銷合作社在恢復“三性”的基礎上，深入進行了以“全民”變“集體”，“官辦”改“民辦”為核心的“五個”突破改革，即突破勞動制度，突破農民入股限制，突破原來的經營范圍，突破原來的服務領域，突破商品購銷價格。在財務制度方面由過去統(tǒng)收統(tǒng)支改為獨立核算，自負盈虧，基金調劑，向國家繳納所得稅，不再承擔政策性虧損；在勞動人事制度方面，干部由任命制改為選舉制，職工由統(tǒng)包統(tǒng)配改為勞動合同制；在分配制度方面，貫徹按勞分配原則，建立職工勞動分紅制度；在經營和服務領域方面，打破原來按地域、按商品分工的限制，實行購銷結合，綜合經營；在商品價格方面，完成農副產品收購任務后，全部實行議購議銷，價格隨行就市，由企業(yè)實行自主定價。
實施“六個發(fā)展”，即發(fā)展為商品生產的系列化服務，發(fā)展橫向經濟聯合，發(fā)展農副產品加工業(yè)，發(fā)展多種經營方式，發(fā)展農村商業(yè)網點，發(fā)展教育和科技事業(yè)。
1990 年代， 特別是1995 年全國供銷總社恢復成立后的改革
1993 年11月，中共十四屆三中全會通過了《關于建立社會主義市場經濟體制若干問題的決定》，其中要求“各級供銷社要繼續(xù)深化改革，真正辦成農民的合作經濟組織，積極探索向綜合性服務組織發(fā)展的新路子。逐步放開農產品經營，改變部門分割、產銷脫節(jié)的狀況，發(fā)展各種形式的貿工農一體化經營，把生產、加工、銷售環(huán)節(jié)緊密結合起來”。
1995 年2 月，黨中央、國務院作出了《關于深化供銷合作社改革的決定》（中發(fā)〔1995〕5 號），明確了供銷合作社的性質、宗旨、地位和作用，并決定恢復成立中華全國供銷合作總社，提出了支持供銷合作社改革發(fā)展的若干政策措施。這個決定要求“把供銷合作社真正辦成農民的合作經濟組織”，提出了“必須堅持供銷合作社集體所有制性質”，“必須堅持為農業(yè)、農村、農民提供綜合服務的辦社宗旨”，“必須堅持自愿、互利、民主、平等的合作制原則”。
1999 年，國務院發(fā)出又一個5 號文件《國務院關于解決當前供銷合作社幾個突出問題的通知》）。根據1995 年和1999 年兩個“5 號文件”，全國供銷總社提出并實施了“四項改造”, 即以參與農業(yè)產業(yè)化經營改造基層社，以實行產權多元化改造社有企業(yè)，以實現社企分開、開放辦社改造聯合社，以發(fā)展現代流通方式改造傳統(tǒng)經營網絡。
2009 年11月 ，國務院發(fā)布《關于加快供銷合作社改革發(fā)展的若干意見》。
2014 年4 月，國務院批準4 省開展供銷社綜合改革試點，其中浙江省以“三位一體”合作組織建設為主題。
2015 年4 月，《中共中央國務院關于深化供銷合作社綜合改革的決定》發(fā)布。
