基本藥物在各級醫(yī)院使用比例是另一個讓人痛苦的“不確定性”。基本藥物制度規(guī)定：“政府舉辦的基層醫(yī)療衛(wèi)生機構(gòu)全部配備和使用基本藥物。”這句話是有歧義的，理解一：只要基層醫(yī)療機構(gòu)將所有基本藥物都采購到醫(yī)院了，醫(yī)生把每種藥都用一遍，就是符合制度的，至于用多少，政策沒有規(guī)定或者有待各省的具體規(guī)定（以下簡稱“理解一”）；理解二：基層醫(yī)療機構(gòu)不僅要將所有基本藥物采購一遍，而且醫(yī)生使用的所有藥物都必須是基本藥物，非基本藥物不可以出現(xiàn)在基層醫(yī)療機構(gòu)（各地增補進入基本藥物目錄的產(chǎn)品，無論數(shù)量多寡，與國家基本藥物目錄地位等同，不能稱之為“非基本藥物”）（以下簡稱“理解二”）。兩種理解所導致的行業(yè)影響在許多方面截然不同。
但是根據(jù)媒體最新報道，衛(wèi)生部關(guān)于醫(yī)療機構(gòu)配備使用基本藥物管理辦法的“征求意見稿”已于9月下旬下發(fā)到各省衛(wèi)生廳。“征求意見稿”初步確定了醫(yī)療機構(gòu)對基本藥物目錄的使用比例：基層醫(yī)療機構(gòu)使用基本藥物目錄之外藥品的銷售額可能不得超過使用藥品總銷售額的30%；對于其他政府舉辦的醫(yī)療機構(gòu)，“征求意見稿”將從“基本藥物品種覆蓋率”及“基本藥物銷售額占比”兩方面予以限制，具體而言，三級甲類醫(yī)院使用的藥品品種應覆蓋基本藥物品種總數(shù)的80%左右，二級醫(yī)院使用的藥品應覆蓋基本藥物品種總數(shù)的90%左右；此外，各省在制定當?shù)氐幕舅幬锬夸洉r，如果有增補非基本藥物的需求，其增補藥品的銷售額可能不得超過總藥品銷售額的30%，具體如何實施還將在進一步征求意見和調(diào)研中明確，有望在省級衛(wèi)生部門率先試點。
由此可見，對于基本藥物將來如何使用，可能是基于“理解一”和“理解二”之間的一種方案，在基層醫(yī)療機構(gòu)，更偏向于“理解二”。
