該文是對廣西壯族自治區(qū)地方稅務(wù)局《關(guān)于以轉(zhuǎn)讓股權(quán)名義轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)行為征收土地增值稅問題的請示》（桂地稅報(bào)[2000]32號）的回復(fù)，回復(fù)內(nèi)容如下：
鑒于深圳市能源集團(tuán)有限公司和深圳能源投資股份有限公司一次性共同轉(zhuǎn)讓深圳能源（欽州）實(shí)業(yè)有限公司100%的股權(quán)，且這些以股權(quán)形式表現(xiàn)的資產(chǎn)主要是土地使用權(quán)、地上建筑物及附著物，經(jīng)研究，對此應(yīng)按土地增值稅的規(guī)定征稅。
以上文件精神先見于《安徽省地方稅務(wù)局關(guān)于對股權(quán)轉(zhuǎn)讓如何征收土地增值稅問題的批復(fù)》（皖地稅政三字[1996]367號，該文如下：
黃山市地方稅務(wù)局：
你局《關(guān)于省旅游開發(fā)中心轉(zhuǎn)讓部分股權(quán)如何計(jì)征土地增值稅的請示》（黃地稅一字[1996]第136號）悉。經(jīng)研究，并請示國家稅務(wù)總局，現(xiàn)批復(fù)如下：
據(jù)了解，目前股權(quán)轉(zhuǎn)讓（包括房屋產(chǎn)權(quán)和土地使用權(quán)轉(zhuǎn)讓）情況較為復(fù)雜。其中，對投資聯(lián)營一方由于經(jīng)營狀況等原因而中止聯(lián)營關(guān)系，正常撤資的，其股權(quán)轉(zhuǎn)讓行為，暫不征收土地增值稅；對以轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)為盈利目的的股權(quán)轉(zhuǎn)讓，應(yīng)按規(guī)定征收土地增值稅。因此，你局請示中的省旅游開發(fā)中心的股權(quán)轉(zhuǎn)讓，可按上述原則前款進(jìn)行確定。
從之上的兩個文件可以看出，單純的股權(quán)轉(zhuǎn)讓是不征收土地增值稅的，對于特殊的以轉(zhuǎn)讓房地產(chǎn)為盈利目的股權(quán)轉(zhuǎn)讓傾向于征收土地增值稅。持此觀點(diǎn)者認(rèn)為，投資、聯(lián)營者以房地產(chǎn)作價投資、聯(lián)營入股，之后轉(zhuǎn)讓其股權(quán)行為應(yīng)作為土地增值稅征稅對象，可以轉(zhuǎn)讓股權(quán)價格作為土地增值稅計(jì)征依據(jù)，投資、聯(lián)營者屬于土地增值稅的納稅主體，由此得出的結(jié)論為：“對于以房地產(chǎn)進(jìn)行投資、聯(lián)營的，投資、聯(lián)營的一方以土地（房地產(chǎn)）作價入股進(jìn)行投資或作為聯(lián)營條件，將房地產(chǎn)轉(zhuǎn)讓到所投資、聯(lián)營的企業(yè)中，暫免征收土地增值稅。但是，當(dāng)企業(yè)轉(zhuǎn)讓股權(quán)的時候，則需要繳納土地增值稅。”這種結(jié)論筆者認(rèn)為是沒有很好地理解財(cái)稅字[1995]48號 關(guān)于土地增值稅一些具體問題規(guī)定的通知第一條規(guī)定的具體精神。財(cái)稅字[1995]48號第一條規(guī)定：對于以房地產(chǎn)進(jìn)行投資、聯(lián)營的，投資、聯(lián)營的一方以土地（房地產(chǎn)）作價入股進(jìn)行投資或作為聯(lián)營條件，將房地產(chǎn)轉(zhuǎn)讓到所投資、聯(lián)營的企業(yè)中時，暫免征收土地增值稅。對投資、聯(lián)營企業(yè)將上述房地產(chǎn)再轉(zhuǎn)讓的，應(yīng)征收土地增值稅。
如果征收土地增值稅，則首先要確定納稅主體，這里納稅人是投資、聯(lián)營者，還是所投資、聯(lián)營企業(yè)呢？有的認(rèn)為是前者，有的認(rèn)為是后者，從“投資、聯(lián)營企業(yè)將上述房地產(chǎn)再轉(zhuǎn)讓的”的內(nèi)容與權(quán)限上看，對投資、聯(lián)營者來說，其權(quán)利只有轉(zhuǎn)讓所持有的股權(quán)而已，并沒有權(quán)利轉(zhuǎn)讓作價投入的房地產(chǎn)；同時，對所投資、聯(lián)營企業(yè)來說，只有轉(zhuǎn)讓投資、聯(lián)營者投入的房地產(chǎn)的權(quán)利，沒有轉(zhuǎn)讓股權(quán)的權(quán)利。因此，文件規(guī)定的“投資、聯(lián)營企業(yè)將上述房地產(chǎn)再轉(zhuǎn)讓的，應(yīng)征收土地增值稅。”其轉(zhuǎn)讓主體只能是所投資、聯(lián)營企業(yè)，其納稅主體也是所投資、聯(lián)營企業(yè)。
此外，從土地增值稅的征稅對象上看，只有房地產(chǎn)轉(zhuǎn)讓行為才能成為土地增值稅的征稅對象，稅法沒有規(guī)定轉(zhuǎn)讓股權(quán)行為應(yīng)當(dāng)繳納土地增值稅，股權(quán)的轉(zhuǎn)讓行為并不能成為土地增值稅的征稅對象。
由于國稅函[2000]687號發(fā)布時間較早，效力級次偏低，《財(cái)政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于土地增值稅若干問題的通知》（財(cái)稅[2006]21號）文發(fā)布后，不管之前土地增值稅有何具體政策，之后所發(fā)生的以土地（房地產(chǎn)）作價入股進(jìn)行投資或聯(lián)營的，均應(yīng)當(dāng)適用財(cái)稅[2006]21號文的規(guī)定：“對于以土地（房地產(chǎn)）作價入股進(jìn)行投資或聯(lián)營的，凡所投資、聯(lián)營的企業(yè)從事房地產(chǎn)開發(fā)的，或者房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)以其建造的商品房進(jìn)行投資和聯(lián)營的，均不適用《財(cái)政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于土地增值稅一些具體問題規(guī)定的通知》（財(cái)稅[1995]48號）第一條暫免征收土地增值稅的規(guī)定。”
據(jù)此政策為便于讀者理解以土地（房地產(chǎn)）作價入股進(jìn)行投資或聯(lián)營的土地增值稅政策，我們以案例進(jìn)行分析。
[案例分析]A公司和B公司分別出資1000萬元設(shè)立C公司，C公司注冊資本2000萬元，C公司以此2000萬元購買土地使用權(quán)并自建建筑物及附著物。隨后，A公司和B公司分別將所擁有的C公司50%的股份各作價1500萬元轉(zhuǎn)讓給D公司，應(yīng)當(dāng)如何繳納土地增值稅。
結(jié)論一：A公司和B公司不是以土地（房地產(chǎn)）作價入股C公司，不屬于土地增值稅的征稅范圍。
結(jié)論二：假如A、B公司以土地（房地產(chǎn)）作價入股C公司，A、B公司為房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)，作價入股的房地產(chǎn)屬于自行建造的商品房，應(yīng)當(dāng)屬于土地增值稅的征稅范圍。
結(jié)論三：假如A、B公司以土地（房地產(chǎn)）作價入股C公司，A、B公司為非房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)，但C公司為房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)，應(yīng)當(dāng)屬于土地增值稅的征稅范圍。
結(jié)論四：假如A、B公司以土地（房地產(chǎn)）作價入股C公司，A、B公司為非房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)，C公司也為非房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)，不屬于土地增值稅的征稅范圍。
第二，要區(qū)分被投資聯(lián)營企業(yè)是否屬于從事房地產(chǎn)開發(fā)的行業(yè)。這里不再區(qū)分投資主體的行業(yè)性質(zhì)，而以被投資、聯(lián)營的企業(yè)所從事的行業(yè)是否屬于房地產(chǎn)行業(yè)進(jìn)行界定，對于以土地（房地產(chǎn)）作價入股進(jìn)行投資或聯(lián)營的，凡所投資、聯(lián)營的企業(yè)從事房地產(chǎn)開發(fā)的，根據(jù)財(cái)稅[2006]21號的規(guī)定，屬于土地增值稅的征稅范圍；凡所投資、聯(lián)營的企業(yè)從事非房地產(chǎn)開發(fā)的，則適用財(cái)稅[1995]48號的規(guī)定，暫免征收土地增值稅。但對房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)以其建造的商品房進(jìn)行投資和聯(lián)營的，不論被投資企業(yè)是否從事房地產(chǎn)開發(fā)均不適用財(cái)稅[1995]48號第一條暫免征收土地增值稅的規(guī)定。
結(jié)論五：假如C公司為非房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)，A、B公司為非房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)，則不屬于土地增值稅的征稅范圍，同結(jié)論四。
結(jié)論六：假如C公司為非房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)，A、B公司為房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)，則屬于土地增值稅的征稅范圍，同結(jié)論二。
結(jié)論七：假如C公司為房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)，則不論A、B公司是否為房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)，都屬于土地增值稅的征稅范圍。
第三，股權(quán)轉(zhuǎn)讓不繳土地增值稅。
無論房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)還是非房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)將所投資形成的投權(quán)進(jìn)行處置轉(zhuǎn)讓時，由于股權(quán)已不對應(yīng)其初始投資所形成的房地屋產(chǎn)權(quán)或土地使用權(quán)，所以不應(yīng)當(dāng)征收土地增值稅。但是對被投資、聯(lián)營企業(yè)將上述房地產(chǎn)再轉(zhuǎn)讓的，根據(jù)財(cái)稅[1995]48號第一條的規(guī)定，應(yīng)征收土地增值稅。
結(jié)論八：A、B公司轉(zhuǎn)讓C公司股權(quán)不征收土地增值稅。
結(jié)論九：C公司轉(zhuǎn)讓C公司土地使用權(quán)、建筑物應(yīng)征收土地增值稅。
另外，股權(quán)轉(zhuǎn)讓以及被投資、聯(lián)營企業(yè)將房地產(chǎn)再轉(zhuǎn)讓應(yīng)當(dāng)參照《關(guān)于企業(yè)重組業(yè)務(wù)企業(yè)所得稅處理若干問題的通知》（財(cái)稅[2009]59號）規(guī)定并合理確定相應(yīng)的計(jì)稅基礎(chǔ)。
