雜交育種是根據育種目標，將兩個或兩個以上遺傳性有差異的品種或材料進行人工去雄，使用溫湯去雄或是剪穎去雄法。然后進行人工雜交，在雜種后代中，一代一代地進行選擇培育，以育成新品種。用系統(tǒng)選育和雜交育種選育成的新品種，都是常規(guī)稻。
水稻的三系育種必須是求稻雄性不育系、水稻雄性保持系和水稻雄性恢復系三系的必備適育新品種方法。常規(guī)育種和三系育種是相輔相承的育種方法。選育保持系和恢復系，也要應用系統(tǒng)選育和雜交育種法。如果選育出來的保持系和恢復系在當地表現穩(wěn)產高產，它就可以成為一個品種在生產上推廣使用。例如曾獲得全國獎項的滇隴201和滇屯502、滇瑞408等。它們既是常規(guī)品種，可以自繁自種，同時也是三系育種中的保持系和恢復系。
所以，水稻常規(guī)育種和三系育種是一致的，是在利用作物不育性方面，使常規(guī)育種方法進一步發(fā)展和延伸。隨著三系育種的深入，在獲得優(yōu)良雜交組合的同時，隨著保持系和恢復系的創(chuàng)造和提高，也將獲得更多的優(yōu)良常規(guī)品種。
在三系選育品種的科研進程中，出現了兩系選育法，也就是不同保持系，只用不育系和恢復系。兩系法提出的基礎是發(fā)現了光敏不育系和濕敏不育系，有人預言兩系法將取代三系法育種。由于當前人們還不能控制水稻生長的自然條件，在同一制種地，濕度和光照在每年的同一時間都有一定幅度的變化，用受濕度和光照影響的核不育材料制種，一旦濕度和光照發(fā)生變化，制出的種子純度會大受影響，因而也就會影響雜交稻的產量。適于兩系制種的地點條件要求很嚴，遠不如三系法廣泛。所以使用兩系法制種在云南僅限于水富縣。
