王朝的重心是十八個(gè)行省，因?yàn)榈靥帍拈L(zhǎng)城沿線到海南的廣袤而低矮平原，相對(duì)于高原邊疆得名“內(nèi)陸”。又因?yàn)榍逋醭绕鹩谌鈻|北的白山黑水，以山海關(guān)為界，將十八個(gè)行省稱為“關(guān)內(nèi)”，而稱東北為“關(guān)外”。清王朝長(zhǎng)期禁止關(guān)內(nèi)百姓向關(guān)外移民。
這十八個(gè)行省分別為：直隸（今河北）、山東、山西、河南、陜西、甘肅、湖南、湖北、安徽、江蘇、浙江、江西、福建（含臺(tái)灣）、廣東（含海南）、廣西、四川、云南、貴州，疆界與現(xiàn)行省份大體相同。其行政體系主要是省、府、縣三級(jí)。
行省以總督或巡撫為最高長(zhǎng)官，其下有布政使、按察使、學(xué)政、將軍、提督。每省共有六或七位省級(jí)長(zhǎng)官。
總督、巡撫開始于明代，單省設(shè)撫，跨省設(shè)督，監(jiān)督地方軍政要?jiǎng)?wù)、欽派處理重大事情。這原本是京官的兼職，是臨時(shí)的差使，并非正式地方官。隨著督撫越派越多，在地方攬權(quán)越來(lái)越深，在明末儼然成了地方實(shí)質(zhì)長(zhǎng)官。
清代默認(rèn)了這一趨勢(shì)，正式設(shè)置直隸、兩江、陜甘、閩浙、湖廣、兩廣、云貴、四川八位總督。直隸總督拱衛(wèi)京畿，位居要害，被視為各督之首。次重要的是兩江總督，管轄江蘇、安徽、江西三省，駐扎江寧（今南京），執(zhí)掌東南膏腴之地。陜甘總督管轄甘肅、陜西，駐扎蘭州；閩浙總督管轄福建、浙江，駐扎福州；湖廣總督管轄湖北、湖南，駐扎武昌；兩廣總督管轄廣東、廣西，駐扎廣州；云貴總督管轄云南、貴州，駐扎昆明。四川總督僅管轄四川一省，駐在成都。
總督又稱制臺(tái)、制軍、制憲、督憲等，由元老重臣擔(dān)任，個(gè)別人以內(nèi)閣大學(xué)士的榮銜兼任總督。慣例，清代總督常兼都察院右都御史和兵部尚書兩個(gè)職位。這樣就賦予了他們監(jiān)察地方、糾劾百官以及指揮地方軍隊(duì)的權(quán)力，品級(jí)也從正二品升為從一品。此外，總督往往還兼有提督軍務(wù)糧餉、督辦河道水利、辦理操江鹽政等差使。這些都是為了工作方便而加的兼差，客觀上極大地?cái)U(kuò)張了總督的實(shí)權(quán)。
總督有直屬部隊(duì)，有數(shù)營(yíng)規(guī)模，兵員從千余人到幾千人不等，稱為“督標(biāo)”，有從副將、參將到把總不等的直屬軍官。
各省還設(shè)有巡撫。雖然八位總督都有所駐省份的巡撫兼職，但除了直隸、四川以外的六位總督并不總是兼任巡撫，所以除了直隸、四川兩省外，其他省通常都有專職的巡撫。
“撫”字透露出巡撫以安撫百姓為主，主管民政。慣例，巡撫兼都察院右副都御史和兵部侍郎兩個(gè)職位，擁有監(jiān)察和軍事權(quán)力，品級(jí)就從從二品升為正二品。中期以后，巡撫常常兼任提督，并加兼理糧餉銜，因此有權(quán)節(jié)制本省漢族軍隊(duì)。巡撫也有直屬軍隊(duì)，兵員從數(shù)百人到三千人不等，名為“撫標(biāo)”，直屬軍官最高為參將。巡撫又稱撫臺(tái)、中丞、撫院、撫軍等。
總督、巡撫在法律互不統(tǒng)屬，都直接向皇帝負(fù)責(zé)，且在職權(quán)上各有側(cè)重。清初設(shè)置總督，傾向于督率軍隊(duì)鎮(zhèn)壓地方，所以總督的職權(quán)偏向軍事。承平日久，軍隊(duì)無(wú)事，總督逐漸侵吞巡撫行政實(shí)權(quán)，甚至有強(qiáng)勢(shì)總督把巡撫、布政使等省級(jí)長(zhǎng)官當(dāng)做屬官下僚來(lái)吆喝驅(qū)使的。這點(diǎn)在同城的督撫中尤其明顯。與所轄總督不在同一省份的巡撫，則權(quán)限較大，比如浙江巡撫就不怎么受閩浙總督的壓制。另外，江蘇巡撫不駐扎省城江寧，而是駐在蘇州，避免了與兩江總督同城進(jìn)而遭致權(quán)限削弱。
除了直屬部隊(duì)的軍官外，總督、巡撫衙門沒(méi)有其他屬官，只有書吏。
清朝總督、巡撫職位最初幾乎由滿族人壟斷，中期后漢族官員崛起，開始成為督撫職位的主流。太平天國(guó)運(yùn)動(dòng)后，督撫職位轉(zhuǎn)而一度為漢族人所壟斷。
具體辦理一省政務(wù)的是承政布政使司和提刑按察使司。長(zhǎng)官分別是布政使和按察使。前者負(fù)責(zé)民政、財(cái)務(wù)和人事，后者負(fù)責(zé)司法和監(jiān)察。
布政使又稱藩臺(tái)、方伯，保留了宋代安撫使、轉(zhuǎn)運(yùn)使等的遺跡，名稱始于明代，是名義上的一省最高地方官。在清朝，布政使位居督撫之下、按察使之上。除了江蘇省有江寧、蘇州兩位布政使、分駐兩地外，其他省份都只有一位布政使，駐扎省城。
布政使例由按察使升任，自身的上升空間為他省巡撫和中央的太常寺卿、光祿寺卿、太仆寺卿。
布政使司內(nèi)設(shè)有經(jīng)歷司，負(fù)責(zé)文書檔案，屬官有經(jīng)歷、都事；照磨所，負(fù)責(zé)行政審查，屬官有照磨；理問(wèn)所，負(fù)責(zé)堪核刑名，屬官有理問(wèn)。此外還有庫(kù)大使或倉(cāng)大使，負(fù)責(zé)布政使司官庫(kù)（藩庫(kù)）的收支出納。
按察使又稱臬臺(tái)、廉訪，也有宋代提刑官的遺跡，名稱也始于明代。按察使的司法權(quán)限其實(shí)很有限，重大案件要和布政使商議，由督撫定奪。監(jiān)察權(quán)更是被督撫侵奪殆盡。按察使例由鹽運(yùn)使、道臺(tái)升任，自身的上升空間為布政使和中央的大理寺少卿、通政副使。按察使司內(nèi)設(shè)有經(jīng)歷司，屬官有經(jīng)歷、知事；照磨所，屬官有照磨。職掌都與布政使司相同。另有司獄司，屬官有司獄，負(fù)責(zé)監(jiān)獄事務(wù)。
話說(shuō)巡撫的權(quán)力雖然受到總督的侵吞，可布政使、按察使的權(quán)限被巡撫侵奪得更加厲害。巡撫輕易就能插手布政使、按察使的政務(wù)。布政使手中的人事權(quán)（提名本省官職），分量不輕，在實(shí)踐中卻操于巡撫之手。本應(yīng)與巡撫各司其責(zé)的布政使（二人都是從二品），退化成了巡撫的副手甚至助理。
布政使和按察使各有輔佐官員：參政、參議；副使、僉事，分派監(jiān)督一個(gè)或者多個(gè)州府的政務(wù)。布政使派遣的稱分守道，按察使派遣的稱分巡道。分守道側(cè)重錢糧事務(wù)，分巡道側(cè)重刑名司法，二者往往兼兵備道之名，有權(quán)指揮轄區(qū)駐軍。在實(shí)踐中，分守道與分巡道職權(quán)并無(wú)細(xì)分、交叉融合，都負(fù)責(zé)全面政務(wù)，從派遣官員逐漸化為地方實(shí)職，俗稱道員、道臺(tái)。因?yàn)橛斜O(jiān)察府縣之權(quán)，各道又得名“監(jiān)司”，或雅稱“觀察”。
道臺(tái)的出現(xiàn)，使得地方政區(qū)多了“道”的一級(jí)，成了四級(jí)。地方文書申報(bào)程序是縣申府、府申道、道申兩司、兩司申督撫。各省常有三四位地方道臺(tái)，此外還有負(fù)責(zé)特定事務(wù)的道員，比如海關(guān)道、漕糧道、鹽法道、河道等。除了有些道設(shè)置了庫(kù)大使或倉(cāng)大使外，道臺(tái)衙門沒(méi)有屬官，只有書吏。
道臺(tái)例由給事中、御史轉(zhuǎn)任或由知府升任，自身的上升空間為按察使和鴻臚寺卿、太常寺少卿、光祿寺少卿、太仆寺少卿、通政使司參議。
省級(jí)長(zhǎng)官中最超脫的是學(xué)政，全稱是“提督學(xué)政”，是朝廷分派京官掌管各省科舉、學(xué)校，督查教職的官員。學(xué)政的品級(jí)根據(jù)京中原官而定，從二品到六七品皆有。一般由翰林院或進(jìn)士出身的京官擔(dān)任，編撰、編修出任學(xué)政的為數(shù)最多。學(xué)政算是不折不扣的在地方辦差的京官，職權(quán)單一，責(zé)任較輕，所以在同僚中能夠?yàn)⒚摮弧５亲鳛槭〖?jí)官員，涉及全省重大事宜，學(xué)政有權(quán)參加會(huì)商。督撫藩臬也要征詢學(xué)政的意見(jiàn)。
另一位超脫的高官是將軍。將軍是八旗駐軍最高長(zhǎng)官，職權(quán)單一，也算是派駐地方的中央將軍，旗籍仍在中央。將軍、學(xué)政雖然在省級(jí)“班子”里面，但遇到欽差大臣來(lái)查辦地方問(wèn)題，為了避嫌，欽差不會(huì)與督撫藩臬聯(lián)系，卻可以與將軍、學(xué)政寒暄交往——因?yàn)閷W(xué)政和將軍理論上還是京官。
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