1、工資構(gòu)成與來源的不同
公務(wù)員單位和參照的事業(yè)單位是一樣的，事業(yè)單位的工資結(jié)構(gòu)和他們不一樣，一般來說，事業(yè)單位的工資高于公務(wù)員單位和參照的事業(yè)單位。比如，市里中學(xué)老師的工資就比市政府辦的公務(wù)員工資要高，因為事業(yè)單位的補貼較多。（事業(yè)編制人員繳納失業(yè)保險、公務(wù)員編制人員不繳納失業(yè)保險）
事業(yè)單位工資由財政全供或者財政部分供給或者自收自支。公務(wù)員編制就是單位工作的正式人員，其工資由財政全供。
2、事業(yè)編制與公務(wù)員編制的轉(zhuǎn)換關(guān)系
在縣級黨政機關(guān)，一個單位公務(wù)員和事業(yè)單位人員往往不區(qū)分，局機關(guān)里公務(wù)員編制很少，大部分都是下屬事業(yè)編制的人，但是干工作大家都一樣，很多股長都是事業(yè)單位的，而且在干部任用上也不區(qū)分?？h委可以直接將事業(yè)編制的股長提拔為縣局的副局長，自動就轉(zhuǎn)為公務(wù)員編制了。
通常到了市里以上的級別，公務(wù)員和事業(yè)編制就區(qū)分得很明顯，工作人員一般不大范圍的交叉，都是各干各的，尤其是副科以下的人員一般不能交流，但是到了副科就可以相互交流。比如可以從事業(yè)單位里直接提拔人到局機關(guān)當(dāng)副科長或科長，也自動轉(zhuǎn)為公務(wù)員編制了。
3、公務(wù)員招考與事業(yè)單位招考的區(qū)別
所有的公務(wù)員都是通過公務(wù)員考試進入（包括事業(yè)單位中的公務(wù)員），事業(yè)單位招考是不會招考公務(wù)員的，事業(yè)單位招考，主要是針對科、教、文、衛(wèi)、交通等系統(tǒng)，報考時還有一些具體限制。如報考教師的，需要教師資格證等。
公務(wù)員是行政編制人員，事業(yè)編制是行政機關(guān)下屬二級機構(gòu)人員。行政機關(guān)的事業(yè)編制人員一般是從下屬二級機構(gòu)借調(diào)上來的，或在單位競聘上崗、公推公選上來的中層干部。
4、編制的區(qū)別，晉升渠道的差異
國家的行政體制改革很明確，公務(wù)員專門從政，事業(yè)編制人員走職稱路線，承擔(dān)一些輔助性工作。公務(wù)員較容易提拔，而事業(yè)編制人員提拔很受限，晉升通道有限。（所說的事業(yè)單位是特指行政機關(guān)下屬的二級事業(yè)單位，比如各機關(guān)的信息中心、監(jiān)察大隊等，不包括學(xué)校、醫(yī)院、科研院所等事業(yè)單位）
參照公務(wù)員管理就是參照公務(wù)員法進行管理，公務(wù)員法同樣適用，和公務(wù)員有同等的待遇和晉升渠道。這項政策的意圖是為了解決公務(wù)員招錄制度遺留下來的問題。
