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IO原創(chuàng) I 腸道微生物群與免疫治療療效的關(guān)系


 前言



腸道微生物群是一個極其復(fù)雜的群體,因其重要的作用被認(rèn)為是人體器官或人類的“第二基因組”。腸道微生物群不僅與腸道免疫的關(guān)系密切,而且影響了全身免疫系統(tǒng)。近年的研究顯示,腸道微生物群可以影響免疫治療療效。因此,在接受免疫檢查點(diǎn)抑制劑(ICIs)治療前后應(yīng)盡量避免使用抗生素,對部分患者進(jìn)行糞便移植有望提高免疫治療療效,管理腸道微生物群也成為了免疫治療管理的一個重要內(nèi)容。腸道微生物群有望成為一個潛在的預(yù)測免疫治療療效的生物標(biāo)志物。

近年來,免疫治療引領(lǐng)了腫瘤治療的新方向。由于療效確切、副作用低,多個免疫檢查點(diǎn)抑制劑(ICIs)和嵌合抗原受體T細(xì)胞(CAR-T)療法已經(jīng)獲批用于臨床。免疫治療不僅徹底顛覆了腫瘤治療的理念,而且有望在真正意義上根治腫瘤。然而在總體上,腫瘤免疫治療的有效率還比較低。


原因之一,就是目前還沒有找到精確的生物標(biāo)志物,用于篩選出潛在有效的人群和剔除可能無效、甚至?xí)霈F(xiàn)超進(jìn)展的患者。雖然程序性死亡分子配體-1(PD-L1)、腫瘤突變負(fù)荷(TMB)和微衛(wèi)星高度不穩(wěn)定性(MSI-H)已經(jīng)在臨床上用于預(yù)測ICIs治療療效,但是它們都不盡完美。近年來,越來越多的研究聚焦于腸道微生物群,并且初步認(rèn)為它有望成為一個潛在的預(yù)測免疫治療療效的生物標(biāo)志物。


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認(rèn)識腸道微生物群

人體腸道微生物群大約重1000g,約有30個種屬,300~500多種,數(shù)量達(dá)到了1014個,是人體細(xì)胞總數(shù)的10倍。腸道微生物群是一個極其復(fù)雜的群體。人體腸道各部位不同,定殖的細(xì)菌數(shù)量和種類不同。腸道微生物群主要包括細(xì)菌群、真菌群、古細(xì)菌群、病毒群、原蟲等,其中數(shù)量最多的是細(xì)菌群。細(xì)菌群主要由厭氧菌、兼性厭氧菌和需氧菌組成,其中專性厭氧菌占99%以上。

腸道微生物群在每個機(jī)體內(nèi)相對固定,但因?yàn)檫z傳學(xué)背景、飲食、環(huán)境、用藥史、吸煙等原因在個體之間存在一定的異質(zhì)性。  


近十年來,腸道微生物群的重要性逐漸被認(rèn)識到。腸道微生物群現(xiàn)在被認(rèn)為是人體器官,具有其獨(dú)特的功能;使用分子生物學(xué)方法分析發(fā)現(xiàn),各菌群種類之間差異很大而宿主個體表現(xiàn)出相對穩(wěn)定性,故腸道微生物群又被認(rèn)為是人類的“第二基因組”。

綜合目前的研究結(jié)果,腸道微生物群的主要功能包括:維持腸道的正常結(jié)構(gòu)和生理功能;拮抗病原微生物的定殖、感染和刺激;影響機(jī)體的生理功能如新陳代謝、認(rèn)知功能、造血、炎癥和免疫等。這些功能相互關(guān)聯(lián)、互相促進(jìn),從而維持機(jī)體的平衡。 

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腸道微生物群與腸道免疫的關(guān)系

腸道有自己獨(dú)立的免疫系統(tǒng),主要由上皮及固有層內(nèi)的免疫細(xì)胞和免疫分子、腸集合淋巴結(jié)(派伊氏結(jié))和腸系膜相關(guān)淋巴結(jié)等組成。腸道微生物群與宿主互利共生的直接后果是,腸道微生物群可以確定宿主腸道的免疫系統(tǒng)狀態(tài),促進(jìn)和調(diào)節(jié)天然和適應(yīng)性免疫。

一方面,腸道共生菌能調(diào)節(jié)影響腸道黏膜免疫的形成與成熟,防止外源病原體的入侵。另一方面,病原體一旦入侵,腸道便立即啟動天然免疫和適應(yīng)性免疫機(jī)制予以對抗。 


所謂天然免疫,是機(jī)體對多種抗原物質(zhì)的生理性排斥反應(yīng)。天然免疫的一個典型特征即通過模式識別受體(PRRs)來識別潛在的病原菌和無害抗原。Toll樣受體(TLRs)屬于PRRs系統(tǒng),能識別病原微生物上高度保守的結(jié)構(gòu)基序(MAMP)。

腸道正常細(xì)菌與病原菌一樣都表達(dá)MAMP,但基于免疫耐受的機(jī)制,不會像病原菌那樣激活免疫系統(tǒng)。而適應(yīng)性免疫是指出生后通過與抗原物質(zhì)接觸所產(chǎn)生的一系列防御功能。腸道微生物群失調(diào)誘導(dǎo)的適應(yīng)性免疫主要發(fā)生在腸道相關(guān)淋巴組織(如派伊氏結(jié)、腸系膜淋巴結(jié))等部位。腸道固有層的巨噬細(xì)胞、樹突狀細(xì)胞(DC)、T細(xì)胞和B細(xì)胞也在適應(yīng)性免疫中發(fā)揮了重要作用。

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腸道微生物群對宿主免疫系統(tǒng)的調(diào)節(jié)

腸道微生物群對機(jī)體免疫的影響超出了腸道本身而影響了全身免疫系統(tǒng)。主要表現(xiàn)在兩個方面:(1)促進(jìn)宿主免疫系統(tǒng)的發(fā)育。包括刺激杯狀細(xì)胞分泌黏蛋白保障黏膜層完整,以及通過DC識別細(xì)菌及其代謝產(chǎn)物誘導(dǎo)腸道粘膜相關(guān)淋巴組織發(fā)育。(2)調(diào)節(jié)機(jī)體免疫系統(tǒng)。DC通過TLR識別腸道細(xì)菌,激活信號通路,產(chǎn)生不同的細(xì)胞因子,進(jìn)而調(diào)節(jié)T細(xì)胞向不同亞群分化,實(shí)現(xiàn)細(xì)菌耐受與免疫的平衡。


除了細(xì)菌的直接調(diào)節(jié)作用外,細(xì)菌的代謝產(chǎn)物也可以從腸腔轉(zhuǎn)位到腸黏膜固有層中,影響宿主免疫相關(guān)基因的表達(dá)。這些產(chǎn)物包括短鏈脂肪酸、膽汁酸、維生素、多胺、脂質(zhì)、組胺等。他們涉及到的腸道細(xì)菌各不相同,所產(chǎn)生的免疫調(diào)節(jié)作用也各不相同。

腸道微生物群一旦出現(xiàn)失調(diào),可能導(dǎo)致多種疾病的發(fā)生。目前已經(jīng)發(fā)現(xiàn),高血壓、糖尿病、便秘、腹瀉、結(jié)腸炎、過敏性疾病、風(fēng)濕性疾病、尿路感染、皮膚老化、痤瘡、骨質(zhì)疏松、慢性胃炎、肝硬化以及惡性腫瘤均與腸道微生物群失調(diào)有關(guān)。


腸道微生物群失調(diào)不僅參與了消化道腫瘤(如胃癌、結(jié)直腸癌、膽囊癌等)的發(fā)生,也影響胃腸外癌癥(如淋巴瘤、肝細(xì)胞癌、乳腺癌、胰腺癌、前列腺癌、肉瘤、卵巢癌等)的發(fā)生和生長。

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腸道微生物群影響免疫治療療效

越來越多的研究表明,腸道微生物群參與了化療、放療和免疫治療等抗癌的過程。嗜酸乳桿菌(Lactobacillus acidophilus)等腸道共生菌在順鉑和奧鉑發(fā)揮抗癌作用的過程中起到了重要作用,而環(huán)磷酰胺的抗癌效果也依賴于腸道細(xì)菌【主要為屎腸球菌(Enterococcus hirae)和Barnesiella intestinihominis】。 


全身照射能清除體內(nèi)抑制性淋巴細(xì)胞,激活先天性免疫系統(tǒng),增加穩(wěn)態(tài)細(xì)胞因子水平,促進(jìn)腸道菌群(主要為革蘭氏陰性菌)移位,升高血漿脂多糖水平,從而有效地提高抗腫瘤CD8 T細(xì)胞過繼性輸入的成功率;抑制性淋巴細(xì)胞清除強(qiáng)度愈大,CD8 T細(xì)胞產(chǎn)生的抗腫瘤效果也愈好。這種治療在50%~70%的黑色素瘤患者中能產(chǎn)生客觀的抗腫瘤效果。

除了過繼性T細(xì)胞治療外,腸道微生物群在CpG脫氧寡核糖核苷酸(CpG-ODN)聯(lián)合IL 10R抗體治療、ICIs(主要是CTLA-4抗體和PD-1/PD-L1抗體)治療等過程中亦發(fā)揮了重要的作用。 


CTLA-4抗體治療誘導(dǎo)的免疫活化依靠腸道黏膜損傷、菌群失調(diào)及特定的伯克氏菌目和擬桿菌目【多形擬桿菌(Bacteroides thetaiotaomicron)、脆弱擬桿菌(Bacteroides fragilis)】移位,后者能誘導(dǎo) IL-12激活、DC增殖,激活糞桿菌特異性Th1細(xì)胞,共同營造一個有利于CTLA-4抗體刺激保護(hù)性抗腫瘤免疫應(yīng)答的理想免疫微環(huán)境。

雖然PD-L1抗體的抗腫瘤效應(yīng)并非嚴(yán)格依賴于腸道菌群,但是小鼠腸道菌群中的雙歧桿菌屬(Bibacterium spp.)【如短雙歧桿菌(Bifidobacterium breve)、長雙歧桿菌(Bifidobacterium longum)和青春雙歧桿菌(Bifidobacterium adolescentis)】可以激活CD11c DC,進(jìn)而提高抗腫瘤效果、抑制腫瘤生長,使PD-L1抗體治療發(fā)揮更好的腫瘤控制效果。


自2011年起,陸續(xù)有文章報道腸道微生物群具有免疫調(diào)節(jié)作用。2015年,Science在同一期雜志上發(fā)表了兩篇使用ICIs治療黑色素瘤的文章。分別來自法國和美國的兩個團(tuán)隊(duì)并無交集,但卻得出了類似的研究結(jié)論:抗生素可破壞免疫單抗的抗腫瘤效應(yīng),給無菌或經(jīng)過抗生素治療的小鼠補(bǔ)充缺失的微生物可恢復(fù)藥物的抗癌效應(yīng);含有特定微生物群【如擬桿菌(Bacteroides)、雙歧桿菌(Bifidobacterium)等】的患者接受免疫治療療效較好。這是首次將腸道微生物群與ICIs療效聯(lián)系起來的兩項(xiàng)研究。

雖然這兩篇文章當(dāng)時引起了大家的廣泛關(guān)注,但也有很多人表示這畢竟是動物實(shí)驗(yàn),不足以說明腸道微生物群與免疫治療之間的關(guān)系。


2018年,Science在新年第一期雜志上同時發(fā)表了三篇使用ICIs(主要是PD-1/PD-L1抗體)治療人類惡性腫瘤的文章。


在這三篇文章中,有兩篇仍然是前述兩個研究團(tuán)隊(duì)的工作,另一篇文章來自美國的另一個團(tuán)隊(duì)。三篇文章雖然涉及的人種、瘤種和ICIs各有不同,但研究方法和研究結(jié)論確有類似之處。 首先,抗生素會對免疫治療療效產(chǎn)生影響。Routy等對接受過PD-1/PD-L1抑制劑二線或以上治療的249例患者(包括NSCLC、腎細(xì)胞癌、尿路上皮癌等)等進(jìn)行分析,發(fā)現(xiàn)因各種原因在近期服用過抗生素的69例患者在接受ICIs治療之后,PFS和OS明顯縮短;在總體人群中,未接受和接受抗生素治療的患者mOS分別為20.6個月和11.5個月(P<0.001);在NSCLC中,兩類患者mOS分別為15.3個月和8.3個月(P=0.001)。 


第二,含有特定腸道微生物群的患者接受免疫治療療效好。Routy等對PD-1/PD-L1抑制劑治療反應(yīng)良好或沒有反應(yīng)的患者的腸道菌群進(jìn)行分析,發(fā)現(xiàn)AKK菌(Akkermansia muciniphila)普遍存在于那些接受過ICIs治療之后達(dá)到緩解療效的患者體內(nèi)。Gopalakrishnan等以112例接受過抗PD-1免疫療法的晚期黑色素瘤患者為研究對象,分析了患者糞便中微生物的多樣性,發(fā)現(xiàn)腸道菌群與PD-1抗體的療效有關(guān);對PD-1抗體治療有反應(yīng)的30名患者與沒有反應(yīng)的13名患者的腸道菌群明顯不同,PFS獲益者體內(nèi)普遍存在Faecalibacterium和Clostridiales兩種細(xì)菌。


Matson等發(fā)現(xiàn),相比于26名對免疫治療沒有反應(yīng)的黑色素瘤患者,包括長雙歧桿菌(Bifidobacterium longum)、產(chǎn)氣柯林斯菌(Collinsella aerofaciens)和屎腸球菌(Enterococcus faecium)在內(nèi)的幾種特定細(xì)菌在16名對ICIs作出反應(yīng)的患者中更加豐富;定量患者體內(nèi)“好”菌群和“壞”菌群的比例顯示,“好”菌群/“壞”菌群>1.5與更好的免疫治療療效相關(guān)。 

第三,檢測患者糞便標(biāo)本有望預(yù)測ICIs治療療效??赡芤?yàn)椴煌貐^(qū)的微生物群體因地理和飲食而異,上述三篇文章發(fā)現(xiàn)的菌群種類不盡相同,但是這3個研究小組所確定的細(xì)菌之間存在一定的重疊。 


此外,上述3個團(tuán)隊(duì)對腸道微生物群改善免疫治療療效的機(jī)制進(jìn)行了簡單的探討,包括:益生菌能增加腫瘤組織中IL-12依賴的CCR9 CXCR3 CD4 T細(xì)胞向瘤床的募集;增強(qiáng)DC功能和Th1反應(yīng),進(jìn)而引起腫瘤組織及腸道CD8 T細(xì)胞增殖和活化;下調(diào)CD4 Treg細(xì)胞的數(shù)量等。 

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利用腸道微生物群提高免疫治療效果

單變量和多變量COX回歸分析顯示,抗生素治療是NSCLC、腎細(xì)胞癌、尿路上皮癌患者接受免疫治療原發(fā)耐藥的獨(dú)立預(yù)后因素[15]。避免使用抗生素,患者對PD-1抑制劑的應(yīng)答率可從25%提高到40%。因此,在使用免疫治療前后,應(yīng)盡量避免使用抗生素。

與移植了對PD-1/PD-L1抑制劑治療沒有反應(yīng)的患者糞便的小鼠比較,將對免疫治療有反應(yīng)的患者的糞便(含有AKK菌)移植到?jīng)]有消化道細(xì)菌的無菌小鼠體內(nèi),可以提高荷瘤小鼠對ICIs的反應(yīng)情況;對ICIs治療反應(yīng)不佳的小鼠可以通過喂養(yǎng)AKK菌轉(zhuǎn)化為應(yīng)答者。此外,富含長雙歧桿菌(Bifidobacterium longum)、Bifidobacterium longum、Collinsella aerofaciens和Enterococcus faecium的糞便也可用于糞便移植。

既往的免疫治療管理比較關(guān)注治療療效和毒副反應(yīng)。隨著對腸道微生物群的認(rèn)識逐漸加深,它也將被納入免疫治療的全程管理中去。

第一,期望能發(fā)現(xiàn)一種細(xì)菌或者一個微生物組合,既能降低免疫治療毒性,也能促進(jìn)抗癌治療療效。具體策略包括:首先確定對免疫治療的有利微生物菌群,其次確定腸道微生物彈性、穩(wěn)定性以及它對生理、病理以及環(huán)境變化的響應(yīng)性,最后修改患者的微生物群。


第二,利用益生菌的代謝產(chǎn)物將“冷腫瘤”變“熱腫瘤”。即通過使用益生菌分泌的代謝物刺激白介素等炎癥因子釋放,激活T細(xì)胞,使一部分對免疫治療不敏感的腫瘤轉(zhuǎn)化成敏感腫瘤。  腸道微生物群在免疫治療中的作用正在逐步被大家所認(rèn)識。


但是,目前我們對它的了解不過冰山一角而已。至少有以下問題需要我們?nèi)ヌ接懀海?)腸道微生物群預(yù)測免疫治療療效與癌種、人種、藥物有關(guān)嗎?因?yàn)閮H有的數(shù)篇報道針對的癌種、人種、免疫治療藥物各不相同,發(fā)現(xiàn)的菌群也不完全一樣。(2)目前針對人類惡性腫瘤免疫治療得出的結(jié)論都來自回顧性研究,因此必須通過嚴(yán)格的臨床試驗(yàn)才能確認(rèn)其可信度并最終指導(dǎo)臨床實(shí)踐。(3)科學(xué)家們并沒有找到對癌癥患者的有益和潛在有害的腸道微生物群清單,并因此設(shè)計(jì)出相應(yīng)的藥物。(4)微生物群影響免疫系統(tǒng)對癌癥治療作出反應(yīng)的機(jī)制尚有待進(jìn)一步闡明。(5)免疫治療過程中抗生素的使用時機(jī)、劑量、療程尚不得而知。 

對腸道微生物群的研究無疑已經(jīng)給預(yù)測免疫治療療效又打開了一扇窗。不過,企圖只靠一個生物標(biāo)志物來預(yù)測ICIs療效是不現(xiàn)實(shí)的。如果將腸道微生物群組成與腫瘤基因組學(xué)、生殖細(xì)胞遺傳學(xué)整合到一個多參數(shù)模型中,有望實(shí)現(xiàn)對ICIs治療治療的精準(zhǔn)預(yù)測。


作者簡介:章必成

武漢大學(xué)人民醫(yī)院東院腫瘤科副教授,副主任醫(yī)師,醫(yī)學(xué)博士,碩士生導(dǎo)師。首批武漢市中青年醫(yī)學(xué)骨干人才。兩次享受軍隊(duì)優(yōu)秀專業(yè)技術(shù)人才崗位津貼?,F(xiàn)任CSCO免疫治療專家委員會委員,南方腫瘤臨床研究協(xié)會青年委員會委員,湖北省臨床腫瘤學(xué)會免疫治療專家委員會主任委員,湖北省抗癌協(xié)會青年委員會副主任委員、淋巴瘤專業(yè)委員會副主任委員,《醫(yī)藥導(dǎo)報》常務(wù)編委等學(xué)術(shù)職務(wù)。


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