科研| Microbiome：亞馬遜河流微生物組降解雨林有機(jī)質(zhì)的基因組潛力
本文由橙編譯
西班牙海洋科學(xué)研究所ICM-CSIC 的Ramiro Logares等人于2020年10月30日在Microbiome發(fā)表題為《Uncovering the genomic potential of the Amazon River microbiome to degrade rainforest organic matter》的文章，本研究通過30個(gè)取樣點(diǎn)的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)，結(jié)合宏基因組高通量測序技術(shù)對亞馬遜河流域的微生物群落特征及基因多樣性進(jìn)行研究。該項(xiàng)研究工作大大促進(jìn)了目前對于世界上最大的河流微生物組及其與有機(jī)質(zhì)降解相關(guān)的潛在代謝的認(rèn)知。此外，得到的非冗余基因集（AMnrGC）對于河流未來重要資源的研究具有重要的借鑒意義。
摘要：亞馬遜河是世界上最大的河流之一，并從周圍的雨林中接收大量的陸地有機(jī)物（TeOM）。盡管TeOM通常是難降解的物質(zhì)，但只有一小部分到達(dá)海洋，這表明河流微生物組會(huì)導(dǎo)致TeOM大量降解。但目前涉及亞馬遜河中TeOM降解的微生物基因組的研究報(bào)道相對較少。作者通過分析沿河分布的30個(gè)采樣點(diǎn)的106個(gè)宏基因組，對亞馬遜河微生物群落結(jié)構(gòu)的整體分布情況進(jìn)行了研究，并構(gòu)建了亞馬遜河流域微生物非冗余基因目錄（AMnrGC），該目錄包括約370萬個(gè)非冗余基因，且主要與細(xì)菌相關(guān)。作者發(fā)現(xiàn)，與其他相關(guān)的已知環(huán)境（河流和雨林土壤）相比，亞馬遜河微生物群包含大量潛在的新基因，并且編碼參與木質(zhì)素降解途徑的基因與三羧酸鹽轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白和半纖維素降解機(jī)制相關(guān)。作者提出了一個(gè)模型，進(jìn)一步說明了如何通過亞馬遜河水域中的不穩(wěn)定化合物調(diào)節(jié)頑固性TeOM的降解。該研究大大促進(jìn)了目前對于世界上最大的河流微生物組及其與TeOM降解相關(guān)的潛在代謝的理解。此外，產(chǎn)生的基因目錄（AMnrGC）代表了熱帶河流未來研究的重要資源。
關(guān)鍵詞：亞馬遜河、水生細(xì)菌、生物多樣性、宏基因組、纖維素降解、激發(fā)效應(yīng)，基因目錄
原名：Uncovering the genomic potential of the Amazon River microbiome to degrade rainforest organic matter
譯名：亞馬遜河流微生物組降解雨林有機(jī)質(zhì)的基因組潛力
期刊：Microbiome
IF：11.607
發(fā)表時(shí)間：2020.10
通訊作者：Ramiro Logares
通訊作者單位：西班牙海洋科學(xué)研究所ICM-CSIC
DOI號(hào)：10.1186/s40168-020-00930-w
原文鏈接：
https://microbiomejournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40168-020-00930-w
科研| Gut：在一項(xiàng)隨機(jī)對照試驗(yàn)中糞便菌群移植阻止人類新發(fā)1型糖尿病進(jìn)展
本文由mallow編譯
荷蘭阿姆斯特丹大學(xué)Max Nieuwdorp等人于2020年10月26日在Gut發(fā)表題為《Faecal microbiota transplantation halts progression of human new- onset type 1 diabetes in a randomised controlled trial》的文章，本研究這項(xiàng)研究有助于通過糞便菌群移植（FMT）量化人類新發(fā)T1D對腸道菌群驅(qū)動(dòng)作用的程度，為將來的試驗(yàn)提供樣本量并強(qiáng)調(diào)了腸道菌群在T1D受試者β細(xì)胞破壞中起作用。
摘要：目的：1型糖尿?。═1D）的特征是胰島自身免疫和β細(xì)胞破壞。腸道微生物與免疫的相互作用與T1D的病理生理有關(guān)。使用FMT研究了微生物群介導(dǎo)的對T1D患者疾病進(jìn)展的影響。
設(shè)計(jì)：將近期發(fā)?。?lt;6周）T1D（18-30歲）的患者隨機(jī)分為兩組，在4個(gè)月內(nèi)接受3例自體或異體（健康供體）FMT。主要終點(diǎn)是在12個(gè)月內(nèi)通過混合餐測試評估保留的受激C肽釋放。次要結(jié)果參數(shù)是血糖控制，空腹血漿代謝物，T細(xì)胞自身免疫性，小腸基因表達(dá)譜和腸道菌群組成的變化。
結(jié)果：在12個(gè)月時(shí)，自體FMT組（n=10）與健康供體FMT組（n=10）相比，刺激的C肽水平顯著保留。小腸普氏菌與殘留的β細(xì)胞功能成反比，而血漿代謝物1-花生四烯酸-GPC和1-肉豆蔻?；?2-花生四烯酸-GPC的水平與殘留的β細(xì)胞功能呈線性相關(guān)。最后，十二指腸活檢中的基線CD4 + CXCR3 + T細(xì)胞計(jì)數(shù)，小腸脫硫弧菌水平以及CCL22和CCL5基因表達(dá)預(yù)測FMT后捐獻(xiàn)者的β細(xì)胞功能得以維持，而與供體特征無關(guān)。
結(jié)論：FMT在疾病發(fā)作后的12個(gè)月內(nèi)中止了T1D患者的內(nèi)源性胰島素產(chǎn)生。幾種微生物來源的血漿代謝物和細(xì)菌菌株與保留的殘留β細(xì)胞功能有關(guān)。這項(xiàng)研究提供了腸道微生物在T1D中的作用的新見解。
原名：Faecal microbiota transplantation halts progression of human new- onset type 1 diabetes in a randomised controlled trial
譯名：在一項(xiàng)隨機(jī)對照試驗(yàn)中糞便菌群移植阻止人類新發(fā)1型糖尿病進(jìn)展
期刊：Gut
IF：19.819
發(fā)表時(shí)間：2020.10.26
通訊作者：Max Nieuwdorp
通訊作者單位：阿姆斯特丹大學(xué)醫(yī)學(xué)中心
DOI號(hào)：10.1136/gutjnl-2020-322630
原文鏈接：
https://gut.bmj.com/content/early/2020/10/25/gutjnl-2020-322630
科研 |mSystems：用于開發(fā)提高戰(zhàn)士健康和體能的靶向微生物溶液的仿生腸道模型系統(tǒng)
本文由依然編譯
美國弗吉尼亞州的Sterling Thomas等人于2020年10月27日在mSystems發(fā)表題為《Biomimetic Gut Model Systems for Development of Targeted Microbial Solutions for Enhancing Warfighter Health and Performance》的迷你綜述，文章討論了影響國防部對作戰(zhàn)人員腸道微生物群的一些驅(qū)動(dòng)因素，并描述了目前支持微生物-宿主直接相互作用的體外腸道模型系統(tǒng)。
摘要：作為認(rèn)知人體自身狀況的媒介，腸道微生物群在健康和疾病中都起著至關(guān)重要的作用，盡管我們對腸道微生物在宿主生理中的作用有了很大進(jìn)展，但人類微生物群落動(dòng)力學(xué)的潛在機(jī)制還沒有完全闡明。這一知識(shí)差距是靶向腸道微生物組開發(fā)促進(jìn)機(jī)體健康和性能產(chǎn)品的主要障礙。微生物群與戰(zhàn)士的健康和體能有關(guān)，國防部(DoD)對此很感興趣，其首要研究重點(diǎn)之一是開發(fā)影響腸道微生物群彈性的干預(yù)措施。雖然技術(shù)的進(jìn)步使實(shí)驗(yàn)?zāi)Ｐ拖到y(tǒng)的發(fā)展成為可能，這些系統(tǒng)提升了人類健康和機(jī)械性洞察力的表現(xiàn)，但能否轉(zhuǎn)換成人類成果仍然值得懷疑。這篇綜述討論了影響國防部對作戰(zhàn)人員腸道微生物群的一些驅(qū)動(dòng)因素，并描述了目前支持微生物-宿主直接相互作用的體外腸道模型系統(tǒng)。
關(guān)鍵詞：共培養(yǎng)，腸道微生物，體外，腸道模型系統(tǒng)，戰(zhàn)士，操作準(zhǔn)備，微生物與宿主的相互作用，腸道感染，腹瀉
原名：Biomimetic Gut Model Systems for Development of Targeted Microbial Solutions for Enhancing Warfighter Health and Performance
譯名：用于開發(fā)提高戰(zhàn)士健康和體能的靶向微生物溶液的仿生腸道模型系統(tǒng)
期刊：mSystems
IF：6.633
發(fā)表時(shí)間：2020.10
通訊作者：Sterling Thomas
通訊作者單位：諾布利斯，萊斯頓，美國弗吉尼亞州
DOI號(hào)：10.1128/mSystems.00487-20
原文鏈接：
https://msystems.asm.org/content/5/5/e00487-20
科研 | Frontiers in Microbiology：一項(xiàng)初步研究:非小細(xì)胞肺癌患者對奧西替尼治療后腸道菌群的變化
本文由莫沉編譯。
青島科技大學(xué)Jing Cong等人于2020年10月26日在Frontier in Microbiology發(fā)表了題目為《A pilot study: changes of intestinal microbiota of patients with non-small cell lung cancer in response to osimertinib therapy》的文章，對接受奧西替尼治療的非小細(xì)胞肺癌患者的腸道菌群進(jìn)行16S rRNA測序，分析治療前后患者腸道菌群的變化，本研究為了解非小細(xì)胞肺癌患者在接受奧西替尼治療后腸道微生物的變化提供了依據(jù)。
摘要：奧西替尼在T790M突變的非小細(xì)胞肺癌(non-small cell lung cancer, NSCLC)患者中具有較好的療效和相對較輕的腸道副作用。已有的研究表明，腸道菌群在藥物的療效和毒性中發(fā)揮著重要作用。然而，目前我們尚不清楚在接受奧西替尼(osimertinib)治療后患者腸道微生物的變化。在這項(xiàng)初步研究中，研究者采用縱向抽樣，每隔6周抽樣一次，持續(xù)時(shí)間約為1年，對奧西替尼治療后NSCLC患者糞便樣本進(jìn)行16S rRNA測序，分析患者治療后腸道微生物的變化。結(jié)果表明，不同治療周期的NSCLC患者的腸道微生物，在門、科、屬水平上并無顯著差異(P > 0.05)。同時(shí)，以豐富度、Shannon多樣性和基于Welch’ s檢驗(yàn)的系統(tǒng)發(fā)育多樣性為特征的a多樣性在NSCLC患者對奧西替尼治療的反應(yīng)中也無顯著差異(P > 0.05)。然而，在差異檢驗(yàn)和PCoA分析上具有一定差異。與治療前相比(Clostridium XIVa)，治療后患者的部分腸道微生物 (Sutterella, Peptoniphilus, Anaeroglobus)的豐度發(fā)生了顯著變化。上述結(jié)果表明奧西替尼的治療在一定程度上改變了患者的腸道菌群。綜上所述，本研究為了解非小細(xì)胞肺癌患者在接受奧西替尼治療后腸道微生物的變化提供了依據(jù)。此外，患者腸道菌群未發(fā)生完全改變可能與奧西替尼治療過程中腸道副作用少且治療效果較好有關(guān)。
關(guān)鍵詞：腸道菌群、16S rRNA測序、非小細(xì)胞肺癌、奧西替尼、生態(tài)網(wǎng)絡(luò)分析
原名：A pilot study: changes of intestinal microbiota of patients with non-small cell lung cancer in response to osimertinib therapy
譯名：一項(xiàng)初步研究:非小細(xì)胞肺癌患者對奧西替尼治療后腸道菌群的變化
期刊：Front. Microbiol.
IF：4.235
通訊作者：Mx. Jing Cong,
通訊作者單位：青島科技大學(xué)
DOI號(hào)：10.3389/fmicb.2020.583525
原文鏈接：
https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2020.583525/abstract
科研| Frontier in Plant Science：連續(xù)種植西洋參土壤微生物群落變化
本文由達(dá)達(dá)兔編譯
西北農(nóng)林大學(xué)植物保護(hù)學(xué)院胡小平等人于2020年10月30日在Frontier in Plant Science發(fā)表題為《Changes of Microbiome in the Soil of American Ginseng Continuous Plantation》的文章，本研究通過對種植西洋參的土壤和未種植西洋參土壤的微生物群落組成進(jìn)行研究，旨在找出西洋參連作障礙問題的原因，為中草藥種植研究提供依據(jù)。
摘要：西洋參是我國重要的中草藥作物。近年來，西洋參的市場需求不斷增加，但是由于連作障礙問題導(dǎo)致西洋參的種植面積不斷減小。本研究在分析土壤微生物群落組成的基礎(chǔ)上來評估土壤微生物群落的變化是否和西洋參的連作有關(guān)。研究表明，種植西洋參的土壤中真菌和細(xì)菌的α多樣性顯著低于未種植的土壤。種植西洋參土壤中，植物根系致病菌鐮刀菌和伊氏菌的相對豐度顯著高于未種植土壤。另外，一些具有生物降解功能的細(xì)菌，如甲基叔丁基醚降解菌，鞘氨單胞菌，貪噬菌, 紅長命菌，在種植西洋參土壤中的豐度低于未種植西洋參土壤。此外，種植西洋參的土壤pH值低于未種植的土壤。因此，真菌根系病原體的積累和土壤pH值的降低可能是西洋參連作問題中的一個(gè)原因。
關(guān)鍵詞：西洋參，微生物多樣性，高通量測序，草本作物，連作障礙
原名：Changes of Microbiome in the Soil of American Ginseng Continuous Plantation
譯名：連續(xù)種植西洋參土壤微生物群落變化
期刊：Frontier in Plant Science
IF：4.402
發(fā)表時(shí)間：2020.10
通訊作者：胡小平
通訊作者單位：西北農(nóng)林大學(xué)植物保護(hù)學(xué)院
DOI號(hào)：10.3389/fpls.2020.572199
原文鏈接：
https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fpls.2020.572199/abstract
科研 |北京大學(xué)：從熱帶到北方森林土壤的微生物殘留模式和影響因素
本文由YQ編譯
北京大學(xué)城市與環(huán)境學(xué)院方精云課題組于2020年10月29日在Soil Biology and Biochemistry發(fā)表題為《Patterns and determinants of soil microbial residues from tropical to boreal forests》的研究論文，本研究探究了中國東部及全球森林的土壤微生物分布格局和影響因素。從熱帶到北方森林，土壤微生物殘留濃度顯著增加，主要受溫度和土壤氮的影響。研究微生物殘留地理格局和影響因素有助于量化非生物和生物因素在控制土壤中微生物殘留中的作用，并有助于在參數(shù)化模擬有機(jī)碳形成過程中的微生物組成。
摘要：全球氣候變化背景下，土壤碳穩(wěn)態(tài)至關(guān)重要。研究表明微生物殘留是影響土壤碳持續(xù)存在的重要因素。而不同環(huán)境下的土壤微生物殘留模式和影響因素仍缺乏研究。本研究結(jié)合中國東部熱帶到北方森林的實(shí)地調(diào)查和全球森林生物群落分析，評估生物和非生物因素如何控制土壤微生物殘留物的地理格局（以氨基糖表示）。研究發(fā)現(xiàn)在中國乃至全球范圍內(nèi)，從熱帶森林到北方森林，土壤微生物殘留濃度顯著升高，主要受溫度和土壤氮的影響。與細(xì)菌相比，真菌更傾向于在高緯度地區(qū)積累。然而，所有森林土壤中，土壤碳氮比與總殘留碳/有機(jī)碳量呈顯著負(fù)相關(guān)，表明熱帶森林微生物殘留碳對有機(jī)碳的貢獻(xiàn)大于北方森林。研究結(jié)果表明從北方森林到熱帶森林，氣候和土壤在微生物介導(dǎo)的土壤碳穩(wěn)態(tài)中發(fā)揮著重要作用。
關(guān)鍵詞：氨基糖、微生物殘留、土壤有機(jī)碳、森林、溫度、土壤氮素
原名：Patterns and determinants of soil microbial residues from tropical to boreal forests
譯名：從熱帶到北方森林土壤的微生物殘留模式和影響因素
期刊：Soil Biology and Biochemistry
IF：5.795
發(fā)表時(shí)間：2020.10
通訊作者：方精云
通訊作者單位：北京大學(xué)城市與環(huán)境學(xué)院
DOI號(hào)：10.1016/j.soilbio.2020.108059
原文鏈接：
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0038071720303552
科研| Soil Biology and Biochemistry：熱帶森林中降雨量的長期增加減少了土壤有機(jī)磷的分解
本文由小白同學(xué)編譯
摘要：在熱帶森林生態(tài)系統(tǒng)中，降雨量的增加可能會(huì)影響土壤磷元素的循環(huán)，但控制土壤有機(jī)磷轉(zhuǎn)化的生物和非生物因素尚不清楚。本研究通過7年長期田間試驗(yàn)，考察了增加降雨量（+25%）對熱帶森林土壤中磷元素動(dòng)態(tài)變化的影響。由于土壤有機(jī)質(zhì)和有機(jī)鐵/鋁氧化物有效性有所提高，降雨量的增加提高了森林土壤對磷的最大吸附能力。土壤有機(jī)質(zhì)、金屬(Mn、Mg、Ca) 和磷形成了穩(wěn)定的三元復(fù)合物，增加了土壤對有機(jī)磷的表面吸附作用。此外，由于慢生根瘤菌等微生物豐度有所減少，土壤中堿性磷酸酶活性也有所降低。研究發(fā)現(xiàn)，熱帶森林雨季降雨的增多抑制了磷酸酶活性，不利于土壤有機(jī)磷分解，而強(qiáng)化了土壤對磷的吸附能力。綜上所述，長期降雨量增加可以提高土壤中有機(jī)磷的吸附和積累，降低其生物有效性，從而抑制了熱帶森林中植物對磷元素的吸收。
關(guān)鍵詞：氣候變化、土壤有機(jī)磷、線蟲群落、熱帶森林、磷吸收能力
原名：Long-term increase in rainfall decreases soil organic phosphorus decomposition in tropical forests
譯名：熱帶森林中降雨量的長期增加減少了土壤有機(jī)磷的分解
期刊：Soil Biology and Biochemistry
IF：5.759
發(fā)表時(shí)間：2020.10.26
通訊作者：彭長連
通訊作者單位：華南師范大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院
DOI號(hào)：10.1016/j.soilbio.2020.108056
原文鏈接：
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0038071720303527
科研| Applied and Environmental Microbiology：人類微生物群在法醫(yī)學(xué)中的影響：系統(tǒng)綜述
本文由依然編譯
西班牙穆爾西亞大學(xué)醫(yī)學(xué)院Isabel Legaz等人于2020年10月28日在Applied and Environmental Microbiology發(fā)表題為《The impact of the human microbiome in forensic sciences: A systematic review》的綜述文章，本綜述闡述了人體微生物群研究在法醫(yī)學(xué)中的應(yīng)用，并確定目前研究的主線，以及它對法醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的可能貢獻(xiàn)。這些研究表明，微生物組分析在法醫(yī)學(xué)的不同領(lǐng)域有著廣闊的前景，開辟了一個(gè)重要的新研究領(lǐng)域。
摘要：許多研究將微生物群落的差異與人類健康和疾病聯(lián)系起來，然而，對微生物死后發(fā)生的變化或微生物組分析在法醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的應(yīng)用知之甚少。本綜述闡述了人體微生物群研究在法醫(yī)學(xué)中的應(yīng)用，并確定目前研究的主線，以及它對法醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的可能貢獻(xiàn)。遵循PRISMA指南，對與法醫(yī)學(xué)相關(guān)的人類微生物群進(jìn)行了系統(tǒng)的審查。這項(xiàng)研究揭示了研究微生物群在身體分解過程中的作用，包括確認(rèn)溺水或猝死造成的死亡，定位死亡的地理位置，建立人體微生物群與個(gè)人物品、性接觸和個(gè)人身份識(shí)別之間的聯(lián)系。放線菌科、類桿菌科、產(chǎn)堿菌科和芽孢桿菌在確定死亡時(shí)間上起著重要作用。氣單胞菌可以用來確定死因，棒狀桿菌或幽門螺桿菌可以用來確定個(gè)人身份或地理位置。這些研究表明，微生物組分析在法醫(yī)學(xué)的不同領(lǐng)域有著廣闊的前景，開辟了一個(gè)重要的新研究領(lǐng)域。
關(guān)鍵詞：法醫(yī)學(xué)，溺水，人類識(shí)別，微生物組，死后間隔，性接觸，猝死
原名：The impact of the human microbiome in forensic sciences: A systematic review
譯名：人類微生物群在法醫(yī)學(xué)中的影響：系統(tǒng)綜述
期刊：Applied and Environmental Microbiology
IF：4.016
發(fā)表時(shí)間：2020.10
通訊作者：Isabel Legaz
通訊作者單位：西班牙穆爾西亞大學(xué)醫(yī)學(xué)院
DOI號(hào)：10.1128/AEM.01451-20
原文鏈接：
https://aem.asm.org/content/86/22/e01451-20
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