Microbiome——[14.65]
① 研究中國不同生態(tài)區(qū)域跳蟲、線蟲、蚯蚓和螨蟲等的微生物組成、多樣性和變化，以及營養(yǎng)水平、采樣地點和土地應用產生的影響；② 發(fā)現(xiàn)無論何種地理環(huán)境，不同土壤動物微生物組各異且區(qū)別于附近土壤成分；③ 線蟲、蟲卵和蚯蚓的微生物組更難通過環(huán)境數(shù)據預測；④ 未知細菌在土壤食物網絡中尤為重要，相較大環(huán)境，土壤動物具有多種獨特、稀有的未知菌屬；⑤ 隨機過程、宿主選擇均影響土壤動物微生物組成，其所有特性都隨著營養(yǎng)水平上升增加。
【主編評語】
研究土壤生物多樣性對生態(tài)系統(tǒng)的功能預測和全球氣候變遷都至關重要。相較土壤研究，我們對土壤動物微生物組的探索卻幾近空白。Microbiome近期發(fā)表了來自中國科學院城市環(huán)境研究所和生態(tài)環(huán)境研究中心朱永官院士及團隊的文章，呈現(xiàn)了來自中國不同生態(tài)系統(tǒng)的六組具有重要功能的土壤動物的微生物組的系統(tǒng)特征。（@好雨）
【原文信息】
Trophic level drives the host microbiome of soil invertebrates at a continental scale
2021-09-20, doi: 10.1186/s40168-021-01144-4
Microbiome——[14.65]
① 類黃酮是重要的植物次生代謝物，大熊貓吃的竹子里富含類黃酮；② 結合代謝組學、宏基因組學方式與體外培養(yǎng)實驗，鑒定出97種竹子類黃酮，大部分是新發(fā)現(xiàn)的；③ 僅小部分膳食類黃酮被吸收入血，而>70%的類黃酮單體被腸道菌群利用和轉化；④ 竹葉比竹筍有更多的類黃酮，這引起了大熊貓膳食類黃酮的季節(jié)性變化，從而塑造了腸道菌群的季節(jié)性波動；⑤ 膳食中類黃酮成分越高，菌群多樣性和毒力越低，而降解木質素的種屬越多。
【主編評語】
蔬菜水果和大豆等植物性食物中都富含膳食類黃酮，大量研究顯示膳食類黃酮對健康有益，然而，人們對類黃酮在身體中的整體代謝，以及類黃酮與腸道菌群之間的相互作用，還所知不多。中科院動物所魏輔文院士團隊近期在Microbiome發(fā)表研究，以大熊貓以及其富含類黃酮的食物——竹子為研究對象，揭示了膳食類黃酮在大熊貓體內的代謝情況，及其與腸道菌群間的相互作用，提示可將類黃酮作為益生元用于動物保護。（@mildbreeze）
【原文信息】
Multi-omics reveals the positive leverage of plant secondary metabolites on the gut microbiota in a non-model mammal
2021-09-22, doi: 10.1186/s40168-021-01142-6
Microbiome——[14.65]
① 通過16S擴增子測序分析6個棲息地的14個目、42個科、79個屬、85個種的227條魚的腸道菌群；② 不同于陸生脊椎動物（以厚壁菌門和擬桿菌門為主），魚類的優(yōu)勢菌是變形菌門和厚壁菌門；③ 聚類分析表明魚的腸道菌群可分為兩類，棲息地（淡水vs海水）對菌群組成和功能的影響強過魚的分類學種類和營養(yǎng)級；④ 淡水魚和海水魚的菌群呈現(xiàn)不同功能；⑤ 魚類的腸道菌群與其他脊椎動物（爬行動物、鳥類和哺乳動物）也顯著不同。
【主編評語】
此前人們對腸道菌群的研究大多是在哺乳動物模型中展開的，對魚類腸道菌群的研究還很不充分。Microbiome近期發(fā)表的一項研究，分析了85種魚的腸道菌群，揭示了魚類腸道菌群的主要特征及其影響因素。（@mildbreeze）
【原文信息】
Host habitat is the major determinant of the gut microbiome of fish
2021-07-31, doi: 10.1186/s40168-021-01113-x
Trends in Microbiology——[17.079]
① 野生鳥類的腸道菌群研究發(fā)表數(shù)量近年快速增長，生態(tài)、進化和環(huán)境因素影響共生菌群的組成、變異和功能；② 腸道菌群可能在維持鳥類生態(tài)、促進宿主生物學作用、分布和多樣性方面發(fā)揮重要作用；③ 菌群的分類學組成在同一種鳥中和不同種鳥之間都是高度可變；④ 宿主的系統(tǒng)發(fā)育對鳥類腸道菌群的影響不大，而適應飛行相關的腸道變化、環(huán)境和宿主飲食對菌群的影響更大；⑤ 鳥類菌群研究有望解決關于宿主-菌群共生的機制和進化問題。
【主編評語】
Trends in Microbiology近期發(fā)表的綜述文章，介紹了鳥類腸道菌群的研究進展和未來的方向，值得專業(yè)人士關注。（@mildbreeze）
【原文信息】
Avian gut microbiomes taking flight
2021-08-12, doi: 10.1016/j.tim.2021.07.003
Microbiome——[14.65]
① 納入39種腸道微生物表型與390個豬的7萬個SNP進行全基因組關聯(lián)研究，推斷出一個基因調控網絡，含3561個基因和738913個邊；② 最突出的5個調控因子是PRDM15、STAT1、ssc-mir-371、SOX9和RUNX2，主要與免疫細胞發(fā)育、信號通路及疫苗反應有關；③ 預測的靶基因中有200個已知與豬、鼠和人的菌群相關的基因，如SLIT3、SLC39A8、NOS1、IL1R2、DAB1、TOX3、SPP1、THSD7B、ELF2、PIANP、A2ML1、IFNAR1；④ 鑒定出與產丁酸菌和豬體重均相關的多個SNP。
【主編評語】
Microbiome上發(fā)表的這項研究，建立了一個由3561個與豬腸道菌群表型（包括細菌和原生生物）相關的基因調控網絡，對該網絡的分析確定了與宿主對腸道菌群調控有關的關鍵調控因子、靶基因和機制，鑒定出的遺傳標志物和候選基因或可用于改善宿主性能和微生物特征。（@mildbreeze）
【原文信息】
A gene co-association network regulating gut microbial communities in a Duroc pig population
2021-02-21, doi: 10.1186/s40168-020-00994-8
ISME Journal——[10.302]
① 牛腸道菌群在整個生命過程中都受到遺傳（品種組成）的顯著影響；② 在斷奶前、斷奶后和育肥期，分別有52.2%、40.0%和37.3%的犢牛核心菌屬的相對豐度可由宿主遺傳解釋；③ 薩特氏菌屬、顫螺菌屬和羅斯氏菌屬在各生長階段始終與品種組成相關；④ 產丁酸菌的羅斯氏菌屬和顫螺菌屬與9個SNP相關，這些SNP位于調節(jié)宿主免疫和后腸代謝的基因里；⑤ 短鏈脂肪酸受體（GPR109A和GPR43）基因中具有與品種相關的SNP，可促進抗炎和增強腸上皮屏障功能。
【主編評語】
ISME Journal發(fā)表的一項研究，對兩百多頭牛的三個生命階段的后腸菌群進行分析，表明宿主遺傳對腸道菌群有重要調控作用。（@mildbreeze）
【原文信息】
Host genetics exerts lifelong effects upon hindgut microbiota and its association with bovine growth and immunity
2021-03-01, doi: 10.1038/s41396-021-00925-x
Cell Reports——[9.423]
① 利用上轉換微凝膠轉換近紅外光NIR-可視藍光+重組光響應菌（Lresb），構建光遺傳系統(tǒng)；② 構建Lresb大腸桿菌EcN分泌黏附素抗原AG43并耐酸、堿和膽鹽，可黏附于黏膜實現(xiàn)在體精準時空定植；③ NIR+分泌TGF-β1的Lresb（pDGAT）可減輕結腸炎模型中小鼠炎癥和相關精神疲勞，提高存活率；④ pDGAT改變腸炎小鼠腸道微生物組（如產乳酸菌和大腸桿菌豐度）、代謝組及炎癥通路基因表達；⑤ pDGAT提高益生菌的口服利用度和有效性。
【主編評語】
天津大學王漢杰團隊近期在Cell report上發(fā)表文章，開發(fā)、構建了光遺傳系統(tǒng)和工程菌設計平臺，用于實現(xiàn)益生菌在腸道的精準時空定植。并通過IBD動物模型證實該方法的有效性和可靠性。（@好雨）
【原文信息】
NIR light-responsive bacteria with live bio-glue coatings for precise colonization in the gut
2021-09-14, doi: 10.1016/j.celrep.2021.109690
Frontiers in Cardiovascular Medicine——[6.05]
① 納入10項隨機對照試驗（共342名受試者，168名為干預組，174名為對照組）進行薈萃分析，總結菌群調節(jié)療法（益生菌、益生元、合生制劑）對氧化三甲胺及其代謝產物的影響；② 入組受試者包括健康人、超重/肥胖患者、慢性腎病患者、心?；颊叩?；③ 與對照組相比，菌群調節(jié)療法并未能顯著降低循環(huán)中的氧化三甲胺水平，對氧化三甲胺的各種代謝產物（膽堿、甜菜醛及L-肉毒堿）的水平也無顯著降低作用。
【主編評語】
中國中醫(yī)科學院西苑醫(yī)院的曲華團隊及史大卓團隊在Frontiers in Cardiovascular Medicine上發(fā)表的一項薈萃分析結果，總結了10項隨機對照試驗的數(shù)據后發(fā)現(xiàn)，益生菌、益生元及合生制劑等菌群調節(jié)療法無法顯著降低循環(huán)中的氧化三甲胺及其代謝產物的水平。（@szx）
【原文信息】
Effects of Microbiota-Driven Therapy on Circulating Trimethylamine-N-Oxide Metabolism: A Systematic Review and Meta-Analysis
2021-09-06, doi: 10.3389/fcvm.2021.710567
mSystems——[6.496]
① 利用體外發(fā)酵系統(tǒng)檢測不同濃度一氧化氮（NO）脈沖對腸道菌群和微環(huán)境的影響；② NO脈沖會增加氧化還原電位及硝酸鹽產生，改變氣體環(huán)境、揮發(fā)性脂肪酸，破壞厭氧發(fā)酵；③ NO以劑量和脈沖依賴性方式改變腸道菌群結構，降低有益菌（柔嫩梭菌和普氏棲糞桿菌）豐度；④ 同時促進潛在致病菌（小桿菌屬如大腸桿菌、糞腸球菌等）生長，并導致其NO刺激過后產生抗性；⑤ NO影響菌群代謝譜，主要影響參與系統(tǒng)內氮循環(huán)的氨基酸代謝途徑。
【主編評語】
mSystem近期發(fā)表的文章，利用體外培養(yǎng)系統(tǒng)發(fā)酵人類糞菌，加以一氧化氮（NO）脈沖處理。嘗試模擬并闡述炎癥情況下NO生產過剩對腸道菌群和整個微環(huán)境的影響。（@好雨）
【原文信息】
Nitric Oxide Impacts Human Gut Microbiota Diversity and Functionalities
2021-09-14, doi: 10.1128/mSystems.00558-21
