1、黨委落實主體責(zé)任不足
部分黨委對紀(jì)委紀(jì)律審查工作領(lǐng)導(dǎo)不夠。個別基層黨委，尤其是鄉(xiāng)鎮(zhèn)黨委考慮到上級考核、選票、班子團(tuán)結(jié)和形象等諸多因素，有的壓案不查，有的在紀(jì)律審查過程中替違紀(jì)違法對象說情、開脫，甚至采取施加壓力等手段干擾審查。
2、處置問題線索能力不足
集中表現(xiàn)在問題線索管理和運用能力不足。當(dāng)前，違紀(jì)違法行為越來越隱蔽，加上問題線索主要來自信訪舉報，而信訪舉報匿名、內(nèi)容不詳實、反映問題不及時等因素增加了甄別線索的難度，基層紀(jì)檢監(jiān)察干部業(yè)務(wù)素質(zhì)參差不齊，對問題線索的敏感度不高，在初核時很容易流失線索。
3、紀(jì)律審查手段不足
集中表現(xiàn)在調(diào)查取證手段有限。一些基層紀(jì)檢監(jiān)察機關(guān)尤其是鄉(xiāng)鎮(zhèn)紀(jì)委開展紀(jì)律審查基本依靠“一支筆、一張嘴、一張紙”。常規(guī)調(diào)查手段除調(diào)取銀行賬戶信息、房產(chǎn)信息，查閱有關(guān)文件、資料等書面資料外，其余的戶籍信息、住宿信息、通話記錄等都需公安、檢察機關(guān)的協(xié)助，對線索舉報人、當(dāng)事人缺乏相應(yīng)的約束機制。
4、隊伍配備素質(zhì)不足
一是專業(yè)化、職業(yè)化水平不高。違紀(jì)違法現(xiàn)象往往涉及金融、經(jīng)濟(jì)、工程等多領(lǐng)域，而在基層紀(jì)檢監(jiān)察機關(guān)中，精通法律、財會、審計等相關(guān)人才稀缺，同時也缺乏系統(tǒng)性業(yè)務(wù)培訓(xùn)，紀(jì)律審查經(jīng)驗不足。二是人員配備不足?；鶎蛹o(jì)檢監(jiān)察機關(guān)普遍存在人員配備不足的現(xiàn)象，一個紀(jì)檢監(jiān)察科室大多數(shù)只有兩個人，尤其是鄉(xiāng)鎮(zhèn)紀(jì)委，除紀(jì)委書記外，大多只有一名專職或兼職工作人員。
5、排除干擾能力不足
一些基層紀(jì)檢監(jiān)察干部存在怕得罪人的思想?？h城、鄉(xiāng)鎮(zhèn)大多狹小，基層紀(jì)檢監(jiān)察干部生活圈也相對狹小，常出現(xiàn)與審查對象是老同學(xué)、老同事、老朋友或者是其他利益關(guān)系人的現(xiàn)象，審查過程中也常常會陷入“關(guān)系網(wǎng)”、“利益鏈”、“感情套”，出現(xiàn)拉不下臉、下不了手的現(xiàn)象，而面對少數(shù)領(lǐng)導(dǎo)的干預(yù)，往往先想到自己的后路，不敢過多較勁，怕影響自身發(fā)展。
6、依紀(jì)依法意識不足
集中表現(xiàn)在程序意識、證據(jù)意識、安全意識不強。一是存在重實體輕程序的現(xiàn)象。重視紀(jì)律審查的突破工作，輕視程序的重要性。二是存在重定性輕量紀(jì)的現(xiàn)象。部分人員在執(zhí)行紀(jì)律審查時，只注重收集被調(diào)查人違紀(jì)事實及錯誤性質(zhì)的證據(jù)，而對具有從輕、減輕或從重、加重處分情節(jié)的證據(jù)考慮較少，只是在調(diào)查報告中加入一句“能配合組織調(diào)查”之類的話語。
7、紀(jì)律審查效率效力不足
一是審查數(shù)量不多。鄉(xiāng)鎮(zhèn)紀(jì)委書記的考核評價需要由各村居干部投票，一些鄉(xiāng)鎮(zhèn)紀(jì)檢監(jiān)察干部怕得罪人，紀(jì)律審查工作積極性不高，自辦紀(jì)律審查案件數(shù)量不多。二是審查質(zhì)量不高。鄉(xiāng)鎮(zhèn)紀(jì)委自辦紀(jì)律審查案件存在為完成紀(jì)律審查任務(wù)而進(jìn)行紀(jì)律審查的問題，鄉(xiāng)鎮(zhèn)紀(jì)檢監(jiān)察干部也很難做到專職，業(yè)務(wù)素質(zhì)及紀(jì)律審查能力有待提高。
8、紀(jì)律審查治本功能發(fā)揮不足
一些基層紀(jì)檢監(jiān)察機關(guān)重視問題線索的前期調(diào)查，而忽視紀(jì)律審查的效果和治本作用，查而不研、查而不糾、查而不防，總結(jié)不深入，警示教育效果不明顯，整改措施跟不上，未能充分發(fā)揮震懾腐敗、糾正錯誤的治本功能。
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