文昌魚身長3-5厘米，形態(tài)構造十分古怪，軀體細長而側扁，兩頭尖尖，活像一條小扁擔。全身粉紅色，半透明，可看到一條條平行排列的肌肉縱。
無鱗、無偶鰭、無脊椎骨。“心臟”只是一根能跳動的腹心管，連眼睛、耳朵、鼻子等感覺器官都沒有，消化器官也沒有分化。除了口和咽喉區(qū)分外，就是一根直腸通肛門。[1]
文昌魚前端有眼點，為視覺器，下為前庭及口口叫“口笠”。前庭周圍有40條口須，在咽的兩側有垂直的鰓裂，
文昌魚在它胚胎時鰓裂只有8對，到了成體卻增加到180對了。文昌魚的鰓裂不直接通向體表面開孔，而被皮膚和肌肉包裹著，形成一對特殊的“圍鰓腔”。
文昌魚的后端有尾鰭及肛前鰭，背部有一條背褶(即背鰭)它那些鰭只是一層皮膜物，根本沒有真正的骨質鰭條；腹面還有一對皮褶，
叫做“腹褶”。身體兩側交替長著65個透明的肌節(jié)，這肌節(jié)是V字形。V字的尖端部分朝著前方，這對在水中的向前運動有利。
文昌魚共有12種。分布在地球熱帶、亞熱帶的8～16米的淺水海域中，特別在北緯48°至南緯40°之間的環(huán)形地區(qū)內較多，
中國廈門、青島和煙臺沿海處也很多。其他象地中海、馬來西亞、日本、北美洲海洋邊岸都有出產。
文昌魚生長于潮汐不大、沙灘較大、風平浪靜的內海淺灣。幼魚生活在泥、沙交界的細沙中。
文昌魚經常隨著潮水游到江河匯合的淺海海底，幾乎沒有自衛(wèi)能力，卻有驚人的鉆土本領，一般可生活3－4年。
文昌魚因為無鰭，不能游到遠海去覓食，又光溜溜、半透明的難以自衛(wèi)，只好鉆沙，尋覓沉淀在沙里的食物。就是鉆沙也鉆不深，只在沙的表層。晚上它也會離開沙底，
垂直游到水面，尋找海藻等東西吃。文昌魚沒有胸鰭和腹鰭，只有背鰭、尾鰭和臀鰭。白天它躲在海底泥沙中，露出半個身子，搖搖擺擺，
依靠水流帶來的浮游生物作食餌，晚上出來活動。它垂直游泳，有時會像脫弓的羽箭射到水面上，它會用觸須幫助攝取海水中微小的浮游生物。[1]
文昌魚一年產卵3～4次，產卵時間在6～7月，體外授精，受精卵細胞分裂，很快地成為被有纖毛的幼體，沉人海底，發(fā)生變態(tài)，發(fā)育為成體，
有時，在某些特殊情況，幼體被卷入深海，變?yōu)樯詈５木幼≌?，由于一些至今還不清楚的原因，使幼體一直延續(xù)到三年都在那里。
它身體不斷地增長、很快地成為大型的幼體，甚至在變態(tài)為成體之前，它的生殖腺早巳開始發(fā)育了。它長滿到11個月即開始成熟，
但在外形上雌、雄性并無明顯區(qū)別，只是在生殖腺的顏色不同上略可分辨；精巢呈乳白色，卵巢呈檸檬色。成熟了的精巢中排出精子，
卵巢中排出卵子，它們從圍鰓腔中流出體外，在海水中受精。
由于對棲息地的底質及水質的要求較高，人為破壞所造成的棲息地環(huán)境改變有可能造成文昌魚種群的消失。例如高集海堤的修建就直接導致了
曾經年產60噸文昌魚的劉五店漁場的消失。此外，由于文昌魚具有豐富的營養(yǎng)價值，為東南亞一帶的傳統(tǒng)食物，商業(yè)性的捕撈也加速了文昌魚資源的枯竭。
為了保護這一具有重要科研價值的珍惜物種，廈門設立了文昌魚自然保護區(qū)，并于1992年頒布了《文昌魚自然保護區(qū)管理辦法》。[2] 1996年日照市設立文昌魚種質資源保護區(qū)。[
3]
在生物學意義上，文昌魚并不是魚，而是介于無脊椎動物和脊椎動物之間的動物。是現(xiàn)存最古老的脊索動物。
作為地球上最早的由無脊椎到脊椎的過渡生物脊索動物文昌魚，在大約5億年前就已出現(xiàn)。
科學研究標明，文昌魚演化為各種脊椎動物，其中包括類人猿。因此，文昌魚在物種進化和生物學分類方面都具有世界意義。[4]
