今天是第687期日報。
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① 菌群研究一度被忽略和擱置，但目前是炙手可熱的研究領(lǐng)域；② 需警惕菌群研究相關(guān)的炒作，尤其是夸大益生菌的作用或是濫用菌群關(guān)聯(lián)性的研究結(jié)果；③ 在健康人群中推廣菌群測序，可為后續(xù)研究、疾病診斷和治療提供重要參考；④ 利用APP有助于完成科研成果與公眾認(rèn)知的對接，但要謹(jǐn)防結(jié)論過簡化導(dǎo)致的科學(xué)性喪失；⑤ 基于人群的菌群研究，需要考慮社會學(xué)影響因素；⑥ 菌群研究目前仍然處于探索階段，基于菌群操縱的治療方法還不明確。
Microbiome Research in a Social World
03-08 DOI: 10.1016/j.cell.2018.02.039
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① 靶向調(diào)控菌群，首先需通過分類群及功能鑒定，了解菌群各組分的結(jié)構(gòu)與功能；② 并利用宏基因組關(guān)聯(lián)性研究鑒定重要的共同變化因素，縱向研究分析菌群的內(nèi)在動態(tài)；③ 最后進(jìn)行擾動實驗，分析菌群互作，以理解菌群的綜合功能；④ 一些重要方法學(xué)進(jìn)展：多組學(xué)分析、菌群定量分析、體外微流控技術(shù)、分類學(xué)寬度及分辨率的擴展；⑤ 分類學(xué)及功能分辨率的提高、人群-隊列-分層隊列-個體、體外-原位-體內(nèi)-自然環(huán)境，多角度共同進(jìn)展促進(jìn)人體腸道菌群研究。
The Human Gut Microbiome: From Association to Modulation
03-08 DOI: 10.1016/j.cell.2018.02.044
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① 人體共生菌群基因的演化和交換在菌株、菌群和生境水平上同時發(fā)生，從而適應(yīng)生物性和非生物性的篩選壓力；② 菌株水平，通過單核苷酸多態(tài)性差異、基因轉(zhuǎn)座和拷貝數(shù)變化，保留有利突變表型，適應(yīng)宿主和篩選壓力；③ 菌群水平，菌株之間通過水平基因轉(zhuǎn)移獲適應(yīng)性；④ 生境水平，人體共生菌群是開放系統(tǒng)，在外源微生物入侵時可從其他生境中獲得新基因；⑤ 從菌株水平研究共生菌在宿主內(nèi)的適應(yīng)性演化，對菌群干涉、個性化疾病治療等具有重要意義。
Multiscale Evolutionary Dynamics of Host-Associated Microbiomes
03-08 DOI: 10.1016/j.cell.2018.02.015
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① 菌群與人一生的健康密切相關(guān)；② 隨著醫(yī)學(xué)進(jìn)步，有些微生物在菌群的代間傳遞中逐漸消失，現(xiàn)代人體菌群多樣性不斷下降；③ 腸道菌群影響早期發(fā)育：調(diào)節(jié)能量獲取與免疫間的平衡，經(jīng)不同途徑作用于多種組織器官；④ 抗生素等藥物、飲食和食品添加劑等可擾動菌群，可能導(dǎo)致嚴(yán)重后果：耐藥菌傳播、代謝/免疫相關(guān)的兒童和成年疾病、削弱對傳染病的抵抗力；⑤ 開發(fā)窄譜抗生素、從傳統(tǒng)社會獲取原始菌群、補充益生元等方法，或能幫助恢復(fù)菌群多樣性。
The Past and Future Biology of the Human Microbiome in an Age of Extinctions
03-08 DOI: 10.1016/j.cell.2018.02.040
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① 繼2006年首款HPV疫苗Gardasil后，2014年美國FDA批準(zhǔn)了Gardasil9，可預(yù)防90%宮頸癌，有望在多國推廣；② HPV疫苗的安全性已被廣泛認(rèn)可；③ 因文化、政策等因素，各地區(qū)HPV疫苗接種情況差異顯著，地球南部發(fā)展水平低的國家接種情況較差，卻是相關(guān)癌癥重災(zāi)區(qū)；④ 提倡青少年接種HPV疫苗，并建議將其納入兒童和學(xué)校免費接種項目；⑤ 各國政府加強健康教育，提供穩(wěn)定的財政和政策支持，加大疫苗安全性和有效性研究，提高全球HPV疫苗接種覆蓋率。
No Vacillation on HPV Vaccination
03-08 DOI: 10.1016/j.cell.2018.02.045
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① 通過增強細(xì)菌呼吸/代謝的手段，將抗生素耐受性致病菌轉(zhuǎn)變?yōu)榭股孛舾袪顟B(tài)，是對抗抗生素耐藥性的一種潛在方法；② 添加葡萄糖及延胡索酸鹽，可促進(jìn)喹諾酮耐受性大腸桿菌的呼吸代謝，使其對喹諾酮類抗生素重新敏感；③ 添加果糖或延胡索酸鹽，可分別增加金黃色葡萄球菌及綠膿桿菌的質(zhì)子動力，從而增加兩種細(xì)菌對氨基糖苷類抗生素的攝??；④ 利用青蒿素抑制DosRST調(diào)節(jié)子誘導(dǎo)下的結(jié)核分枝桿菌的休眠狀態(tài)，可恢復(fù)異煙肼對結(jié)核分枝桿菌的療效。
Targeting Antibiotic Tolerance, Pathogen by Pathogen
03-08 DOI: 10.1016/j.cell.2018.01.037
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① 植物依賴于根系菌群以攝取營養(yǎng)及抵抗壓力；② 在壓力下，植物可通過調(diào)節(jié)根系分泌物直接緩解壓力（例如改善對土壤營養(yǎng)物質(zhì)的利用率）；③ 也可通過分泌刺激性及選擇性代謝產(chǎn)物，調(diào)節(jié)根系菌群，促進(jìn)具有植物所需功能的菌群生長；④ 根系菌群同時受到植物激素（例如水楊酸及茉莉酸）的調(diào)節(jié)；⑤ 根系分泌物與植物激素促進(jìn)的植物益生菌群在幫助植物攝取養(yǎng)分和水，協(xié)助植物抵抗入侵的病原體的同時，可留存于土壤中，成為給下一代植物的“遺產(chǎn)”。
The Soil-Borne Legacy
03-08 DOI: 10.1016/j.cell.2018.02.024
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① 基因組學(xué)、高分辨率顯微技術(shù)、非模型噬菌體等的研究進(jìn)展，拓展了對噬菌體的認(rèn)知；② 宏基因組學(xué)揭示出多種環(huán)境中噬菌體的高豐度和多樣性，噬菌體組在腸道中普遍存在；③ 多種機制決定了噬菌體感染細(xì)菌后的裂解-溶原性，如通過六肽決定因子 arbitrium在噬菌體間“溝通”等，原噬菌體也可作為分子開關(guān)；④ 噬菌體對抗細(xì)菌防御的策略：DGR系統(tǒng)帶來的多樣化噬菌體尾絲尖端，抗CRISPR蛋白；⑤ 有些噬菌體攜帶抗其他噬菌體的CRISPR-Cas系統(tǒng)。
Contemporary Phage Biology: From Classic Models to New Insights
03-08 DOI: 10.1016/j.cell.2017.10.045
感謝本期日報的創(chuàng)作者：小腸君，沈志勛，mildbreeze，this little piggy，花開
