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無與倫比!從單細胞層面鑒定內(nèi)皮細胞!

免疫浸潤是一整套知識體系,是一種邏輯思維方式,是免疫浸潤分析及相關(guān)研究的基礎(chǔ)。三年前,我們結(jié)合經(jīng)典綜述《新一代癌癥的標志》,并以經(jīng)典教材《癌生物學(xué)》為線索,制作了腫瘤免疫12講系列。在實際分享中,我們經(jīng)歷了幾次小幅度的內(nèi)容調(diào)整,但是大體框架基本是通識 專題的思路。

腫瘤微環(huán)境和腫瘤基質(zhì)是腫瘤細胞周圍中所有非腫瘤成分的同義術(shù)語,包括成纖維細胞、髓源性抑制細胞、巨噬細胞、淋巴細胞、細胞外基質(zhì)以及由內(nèi)皮細胞和周細胞構(gòu)成的交織血管。這些基質(zhì)細胞與腫瘤細胞有著緊密的相互作用。因此,腫瘤微環(huán)境是惡性腫瘤“種子”生存和遠端轉(zhuǎn)移不可或缺的“土壤”。

腫瘤的生長和進展離不開血管。無論發(fā)生腫瘤的器官是什么,腫瘤內(nèi)皮細胞(TEC)都是腫瘤微環(huán)境的關(guān)鍵組成部分,促進腫瘤的進展和轉(zhuǎn)移。由于血管生成是腫瘤的標志之一,抗血管生成治療(AAT)被廣泛用于多種腫瘤。然而,AAT的使用受到療效和耐藥性不足的限制,不同腫瘤和患者的療效和耐藥性不同,這表明TEC表型的瘤間以及瘤內(nèi)變異性。內(nèi)皮細胞是異質(zhì)性的,具有在不同血管和器官中執(zhí)行獨特功能的特殊表型,這可能是AAT的局限性的原因之一。

2023年8月,比利時魯汶VIB-KU癌癥生物學(xué)中心的Peter Carmeliet教授課題組在Nat Rev Cancer期刊發(fā)表題為Understanding tumour endothelial cell heterogeneity and function from single-cell omics的綜述,概述了迄今為止在單細胞水平上研究的所有人類腫瘤類型TEC的異質(zhì)性。作者使用不同人類腫瘤的scRNA-seq數(shù)據(jù),重點概述了單細胞水平上的TEC異質(zhì)性,討論了從單細胞組學(xué)了解TEC異質(zhì)性的限制,新技術(shù)和未來可能的方向,并提出了利用TEC單細胞組學(xué)數(shù)據(jù)進行治療開發(fā)的策略。

肝臟:一項聚焦于人類原發(fā)性肝細胞癌(HCC)中內(nèi)皮細胞與免疫細胞串?dāng)_的scRNA-seq研究確定了11個不同的內(nèi)皮細胞簇。內(nèi)皮細胞沒有固定的遺傳命運,但可以改變其表型以響應(yīng)不同的刺激。不連續(xù)的肝竇內(nèi)皮細胞在纖維化和HCC發(fā)展過程中獲得毛細血管表型。在小鼠HCC模型中觀察到肝竇內(nèi)皮細胞的顯著減少(正常肝臟中為95%,肝腫瘤中為39%)和腫瘤內(nèi)皮細胞的顯著增加,揭示了肝癌發(fā)生過程中腫瘤血管內(nèi)皮細胞的生成。
乳腺:單細胞測序為乳腺癌中TEC的深入研究提供了基礎(chǔ),并發(fā)現(xiàn)與健康乳腺組織相比,腫瘤組織中富含血管生成性內(nèi)皮細胞和活化的毛細血管后微靜脈內(nèi)皮細胞,且血管生成性內(nèi)皮細胞表達VEGFR2和胰島素受體INSR,這兩種受體都是臨床試驗的靶點。
對人類和小鼠肺癌中富集的PECAM1 細胞進行單細胞測序,鑒定出17種已知和16種以前未識別的內(nèi)皮細胞表型。對這些異質(zhì)性的TEC進一步研究,揭示了非小細胞肺癌患者的血管生成特征與生存率之間的相關(guān)性。
腎臟:單細胞測序確定了小鼠腎臟中室間和室內(nèi)腎內(nèi)皮細胞的異質(zhì)性。具體而言,在健康小鼠中鑒定了24種不同的腎內(nèi)皮細胞表型(其中8種是新的),突出了這些細胞在皮質(zhì)、腎小球和髓質(zhì)之間和內(nèi)部的廣泛異質(zhì)性。
來自健康組織的內(nèi)皮細胞在器官和血管之間表現(xiàn)出相當(dāng)大的差異。在人類所腫瘤類型中,TEC都是高度異質(zhì)的。然而,一些TEC共享相同的標記基因,或者似乎在各個器官中具有相似的預(yù)測功能。ACKR1、PLVAP和IGFBP3是三種最常觀察到的TEC標記物,盡管這種顯著觀察結(jié)果的原因尚不清楚。作者推測,促血管生成和慢性炎癥可能與此有關(guān);并且,這三個標記物并不是相互排斥的,標記的TEC可以在功能上重疊。

血管生成性尖端細胞、免疫調(diào)節(jié)性TEC和ECM重塑性TEC是各腫瘤中最常見的功能亞群。這三種功能性TEC亞群與腫瘤特征相一致,可以誘導(dǎo)或接近血管系統(tǒng)、致瘤性炎癥或避免免疫攻擊并激活侵襲和轉(zhuǎn)移,提示不同的TEC之間在促進腫瘤進展方面的協(xié)調(diào)合作。血管生成尖端細胞是不同腫瘤中最常見的表型,并以不同的方式調(diào)節(jié)血管生成;免疫調(diào)節(jié)性TEC可能在控制促腫瘤或抗腫瘤免疫方面具有相關(guān)功能。這些細胞表達低水平的MHC-II,但表達高水平的免疫細胞趨化因子分子。

單細胞多組學(xué)。細胞具有多維信息:基因組(DNA拷貝數(shù))、表觀基因組(染色質(zhì)可及性和DNA甲基化)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)、代謝組學(xué)。多組學(xué)技術(shù)能夠從同一細胞中捕捉多個維度,更好地反映了負責(zé)細胞功能的復(fù)雜相互作用網(wǎng)絡(luò)。然而,如何整合不同類型的單細胞組學(xué)數(shù)據(jù)是該領(lǐng)域的熱門話題。

單細胞測序是解決異質(zhì)性問題的一大利器。幾乎所有類型的腫瘤樣本都已進行scRNA-seq測序。然而,由于腫瘤組織中內(nèi)皮細胞稀缺,且與腫瘤浸潤性免疫細胞相比,非免疫基質(zhì)細胞回收率較低,許多scRNA-seq研究未能充分詳細地表征內(nèi)皮細胞。現(xiàn)有數(shù)據(jù)已表明,腫瘤中的內(nèi)皮細胞是異質(zhì)的,一個或多個TEC簇是從NEC中轉(zhuǎn)錄分離出來的。這些TEC簇表達具有顯著的促腫瘤特性的基因特征,特別是與血管生成、ECM重塑和免疫調(diào)節(jié)有關(guān)。然而,TECs的其他亞簇在不同類型的腫瘤中的特征不太一致,部分原因是注釋不同,因此需要一個完整的TEC圖譜和標準的EC命名法。
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