2021年2月16日,BMJ刊發(fā)了一篇評估基因檢測準(zhǔn)確性的研究報告。在這項(xiàng)研究中,研究者回顧性分析了近5萬患者的基因檢測結(jié)果,評估了SNP檢測(目前最常用的基因檢測方案之一)的敏感度、特異度等指標(biāo)。 研究者分析指出,盡管SNP檢測對常見的突變分型檢測的整體準(zhǔn)確性非常好,但在部分罕見突變的檢測中,SNP檢測的靈敏度僅有第二代測序的34.6%! 這意味著,很可能有近七成的患者,明明存在特定突變,卻因?yàn)闆]能檢測出來,而與原本可以選擇的“特效藥”失之交臂了! 49929份報告分析結(jié)果:突變越罕見,敏感度越差 研究者指出,在絕大多數(shù)常見突變中,SNP檢測的準(zhǔn)確性還是非常理想的:敏感度、特異度、陽性預(yù)測值和陰性預(yù)測值四個指標(biāo)均可以達(dá)到99%以上。但是隨著突變頻率的降低,敏感度和陽性預(yù)測值兩個指標(biāo)迅速下降。 舉例而言,對于BRCA1和BRCA2突變,SNP檢測的敏感度僅有34.6%,陽性預(yù)測值為4.2%。 研究中所對比的四項(xiàng)指標(biāo),是對于一種檢測手段比較全面的四項(xiàng)評價標(biāo)準(zhǔn)。用通俗一些的語言來解釋它們的意義,可以總結(jié)成四句話: 敏感度指在發(fā)生了特定突變的患者當(dāng)中能夠檢測出來的比例,即真陽性÷(真陽性+假陰性); 特異度指在不存在特定突變的患者當(dāng)中能夠排除出來的比例,即真陰性÷(假陽性+真陰性); 陽性預(yù)測值指檢測結(jié)果認(rèn)為存在特定突變的患者當(dāng)中有多少患者是真的存在這一突變的,即真陽性÷(真陽性+假陽性); 陰性預(yù)測值指檢測結(jié)果認(rèn)為不存在特定突變的患者當(dāng)中有多少患者是真的不存在這一突變的,即真陰性÷(真陰性+假陰性)。 這四項(xiàng)指標(biāo)越接近100%,就意味著一種檢測手段越是準(zhǔn)確、越接近金標(biāo)準(zhǔn)。因此,這項(xiàng)大樣本研究的結(jié)果證實(shí),目前臨床上普遍使用的SNP檢測在常見突變型的檢測中表現(xiàn)良好,但是對于一些比較復(fù)雜而罕見的“罕見突變”,就有些捉襟見肘了。 通常來說,罕見突變指檢出率低于5%,但是有靶向治療藥可用或有藥物在進(jìn)行臨床試驗(yàn)的突變。大名鼎鼎的“治愈系神藥”拉羅替尼就是一款罕見突變的靶向治療藥物,用于治療NTRK突變的各類實(shí)體瘤患者,整體緩解率可以高達(dá)78%,緩解持續(xù)時間超過35個月、接近3年! 沒有患者應(yīng)該因?yàn)闄z測手段的局限性,而遺憾地與這樣的好藥“失之交臂”。 靶向藥物的研究在不斷地發(fā)展進(jìn)步,與之相應(yīng)的,靶向治療對于基因檢測的要求也在逐漸提升?,F(xiàn)有的基因檢測方案難以滿足所有患者的治療需求,二代測序技術(shù)(NGS)應(yīng)需而生。 二代測序:僅進(jìn)行單次檢測,獲得更全面更精準(zhǔn)的分析結(jié)果! 二代測序,也就是第二代DNA測序技術(shù),又稱下一代測序技術(shù)。與第一代測序技術(shù)相比,二代測序技術(shù)為癌癥的基因檢測帶來了巨大的變革。 2020年,歐洲醫(yī)學(xué)腫瘤學(xué)會(ESMO)正式發(fā)布了首部轉(zhuǎn)移性癌癥患者的二代測序指南,在多個癌種當(dāng)中強(qiáng)調(diào)了使用二代測序的意義及必要性。 其中,作為重點(diǎn)推薦的、可以用于臨床決策的治療性靶標(biāo),包括非小細(xì)胞肺癌的EGFR、ALK、ROS1,乳腺癌和卵巢癌的BRCA1、BRCA2,乳腺癌的HER2,以及其它實(shí)體腫瘤的PD-1等等臨床非常常用的靶標(biāo)。 分子靶點(diǎn)臨床可行性量表(ESCAT) 我們?yōu)榇蠹铱偨Y(jié)了指南中列舉的八大常見癌癥的各靶點(diǎn)證據(jù)分級,希望能供各位使用參考。關(guān)于二代測序的詳細(xì)信息,可以咨詢?nèi)蚰[瘤醫(yī)生網(wǎng)醫(yī)學(xué)部(400-666-7998)進(jìn)行了解。 晚期非鱗狀非小細(xì)胞肺癌 轉(zhuǎn)移性乳腺癌 結(jié)直腸癌 前列腺癌 轉(zhuǎn)移性胃癌 胰腺導(dǎo)管腺癌 晚期肝細(xì)胞癌 晚期膽管癌 ESMO:轉(zhuǎn)移性癌癥患者二代測序四大建議 在二代測序指南中,ESMO還指出了一些關(guān)鍵性的建議。全球腫瘤醫(yī)生網(wǎng)醫(yī)學(xué)部總結(jié)為以下四點(diǎn): 01 ESMO特別強(qiáng)調(diào)了非小細(xì)胞肺癌、膽管癌、前列腺癌和卵巢癌患者使用腫瘤多基因二代測序的意義; 02 高分化和中分化神經(jīng)內(nèi)分泌腫瘤(NETs)、宮頸癌、唾液腺癌、甲狀腺癌和外陰癌患者檢測腫瘤突變符合(TMB)時,ESMO建議選擇二代測序技術(shù); 03 ESMO強(qiáng)烈建議臨床研究中心在進(jìn)行患者的篩選過程中使用多基因檢測,以增加患者獲得新藥物治療的機(jī)會,并加速臨床研究。在分子靶點(diǎn)臨床可行性量表中列為Ⅱ~Ⅳ級的許多突變,對于乳腺癌、胰腺癌和肝細(xì)胞癌等均具有重要的意義; 04 ESMO特別指出,盡管選擇大型基因組測試很可能只能得到極少數(shù)具有臨床意義的數(shù)據(jù),但這些數(shù)據(jù)很可能是選擇小型小組或標(biāo)準(zhǔn)的監(jiān)測方案無法覆蓋、因此完全無法檢出的?;颊邞?yīng)當(dāng)與醫(yī)生共同決定是否選擇大型基因組測序。 2021“癌”在腳下——抗癌新藥國際腫瘤專家會診(方舟計(jì)劃)活動