1858年，莫臥兒帝國結束，從此以后，從形式到實質，印度完全成了英國的殖民地。印度人民進行了多種形式的斗爭（如武裝斗爭，和平游行等），反對英國殖民統(tǒng)治。
一開始，印度的穆斯林與占多數的印度教徒聯合起來，共同反對外來侵略和殖民統(tǒng)治。后來，穆斯林越來越感覺到印度教徒，尤其是其中的極端派想要建立一個印度教統(tǒng)治下的國家。這與穆斯林的愿望格格不入。于是，印度的民族解放運動出現了兩支主要力量。
1906年，印度教徒和穆斯林分別于孟買和達卡成立了各自的組織，即印度國民大會黨（簡稱國大黨）和穆斯林聯盟。甘地成為國大黨的著名領袖，在對待英國殖民統(tǒng)治的態(tài)度上，以提倡“不合作，非暴力”而著稱；穆罕默德·阿里·真納（1876～1948年）是穆斯林聯盟最著名的領袖，是一個受過西方教育的世俗民族主義者。
1912年，以真納為首的穆斯林聯盟主流派通過了與國大黨合作的決議，但長期僅滿足于同英國進行“合法”斗爭。1928年，穆斯林聯盟與國大黨在中央立法機構兩院代表權和選舉代表名額分配比例問題上發(fā)生原則分歧，導致合作關系的破裂。從此，穆斯林聯盟一直以爭取實現穆斯林聚居區(qū)的自治和建立一個單獨的穆斯林國家為目標。
其實，在印度，“兩個民族理論”早已產生，只是真納等穆斯林政治領袖對印度教領袖階層抱有幻想，故遲遲沒有付諸實踐。早在1867年貝拿勒斯的印度教領袖們發(fā)起一個以印施語代替穆斯林的主要語言烏爾都語（烏爾都語是突厥語、波斯語、巴沙語和印度其他地區(qū)的普拉克里特語混合而成的一種語言。以阿拉伯字母書寫。烏爾都語與印地語區(qū)別不大，但印度教徒以烏爾都語帶有伊斯蘭教的背景而拒絕使用，并想用印地語取而代之）時，穆斯林的民眾領袖阿赫邁德汗就敏感地意識到，印度教徒與穆斯林之間的矛盾遲早會發(fā)展到“不可收拾的地步”。
1883年，他通過深入研究印度教和伊斯蘭教的特點以及印度教徒和穆斯林的歷史傳統(tǒng)、文化背景，明確提出了印度教徒和穆斯林是“兩個民族”的思想。這一思想，當時不為更多的人（尤其是真納等）所接受。但后來，隨著時間的推移，隨著民族解放運動的深入，“兩個民族理論”為越來越多的人所接受。1930年，穆斯林的詩人兼學者伊克巴爾（1877～1938年）在阿拉哈巴德穆斯林聯盟年會上發(fā)表演說時強調，伊斯蘭教不光是信仰體系和倫理道德準則，而且還是一種以法制為基礎的社會結構。他明確提出了在印度穆斯林聚居區(qū)應建立一個“統(tǒng)一的穆斯林國家”的主張。但伊克巴爾的觀點，沒有立即為穆斯林聯盟所接受，聯盟領導人還下不了決心。1930年和1931年，英國政府為了解決印度教徒和穆斯林之間的分歧和矛盾，于倫敦多次舉行“圓桌會議”，但雙方都不愿讓步和妥協(xié)，印度教徒態(tài)度更堅決。真納等穆斯林聯盟領導人“合”的愿望徹底破滅后，才接受了“分”的觀點。
1940年，真納在英國報刊《時代與浪潮》上發(fā)表專文，系統(tǒng)闡述了“兩個民族理論”。同年3月在拉合拉舉行的穆斯林聯盟年會上，正式通過了關于兩個民族和建立單獨的穆斯林家園——巴基斯坦的決議。這個決議遭到印度教徒的反對。但經過長期的、反復的爭論，討價還價，有關三方——英國政府、印度國大黨和穆斯林聯盟終于就“印巴分治”達成協(xié)議。1947年6月，英國政府公布“蒙巴頓方案”，同意印巴分治，把英屬印度按居民的宗教信仰和信徒的分布劃分為印度和巴基斯坦兩個自治領地。（巴基斯坦原分為東西兩部分：東巴已于1971年宣布成立為孟加拉國。西巴指的就是位于印度西部的今天的巴基斯坦）1947年8月14日，新的穆斯林國家——巴基斯坦正式成立。真納任總督，阿克·阿里汗任總理。新生的巴基斯坦面臨許多挑戰(zhàn)和困難。如東旁遮普和德里屠殺穆斯林移民問題、穆斯林居民占多數的克什米爾的歸屬問題以及百萬難民流人巴基斯坦的問題等。
克什米爾爭端成為一個極其敏感的問題。1947年8月15日獨立法案有關條款規(guī)定，穆斯林人口占多數的邦可以加入鄰近的自治領地。但克什米爾君王不顧穆斯林在該邦占多數這一事實，選擇了印度。印度軍隊源源不斷地開進克什米爾，巴基斯坦不得不派軍隊保衛(wèi)。巴基斯坦和印度后來把這一問題提交聯合國，聯合國任命一個專門委員會，于1949年1月1日安排?；稹?
自那時起，這一爭端在聯合國主持下進行過多次討論，但問題始終懸而未決。1958年之前，巴基斯坦一直實行議會民主制。1958年穆罕默德·阿尤布汗元帥奪取了政權，建立總統(tǒng)制。1969年，穆罕默德·葉海亞汗將軍在國內實行軍法管制，接著自任總統(tǒng)。1970年底進行大選，成立國民議會，制定新憲法。東巴基斯坦的“人民聯盟”取得大多數席位，而受東巴基斯坦人民黨支持的政府卻不接受這次選擇結果，堅持維持東、西巴基斯坦的局面。東巴基斯坦宣布總罷工，并要求東、西巴基斯坦分離。于是政府解散“人民聯盟”，并派軍隊到東巴。 幾起邊界事件發(fā)生后，印度于1971年將軍隊開進東巴，印巴戰(zhàn)爭爆發(fā)。結果巴基斯坦軍隊潰敗，東巴宣布獨立，成立孟加拉國。葉海亞將軍辭職，阿里·布托接任總統(tǒng)。
1973年，頒布新憲法，選舉布托為總理。1974年2月，巴基斯坦承認孟加拉國。1977年3月，齊亞·哈克將軍領導了一次軍事政變，推翻了布托總理，判處他死刑，并于1979年4月執(zhí)行。1984年10月和12月，齊亞·哈克就實施伊斯蘭法進行了公民投票，獲得了97.7％的贊成票。
