第三個(gè)時(shí)期是南京和揚(yáng)州時(shí)期（康熙17年以后），石濤于康熙19年庚申（1680年）移居南京，這時(shí)石濤的繪畫藝術(shù)漸臻成熟，生活、思想也開(kāi)始發(fā)生變化。這時(shí)期，石濤在文人薈萃的南京地區(qū)如魚得水，與當(dāng)?shù)卦S多詩(shī)人畫士結(jié)識(shí)，其中著名的有屈大均， 孔尚任 、龔賢、 戴本孝 、 查士標(biāo) 、程邃、黃云等，還認(rèn)識(shí)了卓子任、鄭瑚山、博問(wèn)亭等官吏名流，他們對(duì)石濤藝術(shù)境界的升華大有作用。特別是當(dāng)時(shí)活動(dòng)在金陵地區(qū)的石溪、龔賢、戴本孝、程邃等都是聲名卓著的畫家，對(duì)來(lái)自宣城的石濤很有刺激作用。更為重要的是，在這批社會(huì)名流里有不少是收藏古畫的鑒賞家，他們保存有前代不少名人的墨寶，使石濤有機(jī)會(huì)觀摩前人的作品，進(jìn)一步了解董源、倪瓚 、沈周以及董其昌等人的作品，從中吸收豐富的繪畫技藝，而他所處鐘陵、太湖的自然景色，也促使他體會(huì)到這些名家的筆墨成就。 在這一時(shí)期里，他的山水畫有所變化，原來(lái)接近于梅清、戴本孝、程邃、蕭云從等這些新安派的畫風(fēng)逐漸由濃而淡，屬于他自己個(gè)性的面目變得更為清晰，隨之而現(xiàn)的筆墨更為得心應(yīng)手，在經(jīng)過(guò)臨摹學(xué)習(xí)，融會(huì)創(chuàng)新的階段，以他嫻熟的筆墨技巧，運(yùn)用變幻莫測(cè)的創(chuàng)作手法，從而形成了恣肆灑脫的藝術(shù)風(fēng)格 。上海博物館所藏《石濤書畫卷》、《秋聲賦圖卷》、《荒城懷古圖軸》、《山水清音圖軸》等作品，都是這時(shí)期內(nèi)不同風(fēng)格的最具代表性作品。作于康熙20年辛酉年（1681）的《秋聲賦圖卷》，保留著梅清的靈秀，墨韻潤(rùn)澤，筆觸勁煉，全圖除近景樹(shù)石稍有線條筆跡外，整個(gè)畫面幾乎由墨與色渲染而成；絢麗多彩的樹(shù)葉，晨霧迷離中若隱若現(xiàn)的村落，左上方大面積留白，猶如晨曦迷霧，朦朦朧朧，正是「虛實(shí)相生，無(wú)畫處皆成妙境」，彷佛讓人置身于幽美靜謐的秋色佳景之中；右首配以婀娜多姿的非行非隸書體，使畫面顯得更瀟灑而秀麗?！痘某菓压艌D軸》則大有董源、巨然筆意，渾樸深厚，蒼蒼莽莽?！渡剿逡魣D軸》是他40歲前典型風(fēng)格的變奏，是一幅最能代表石濤筆墨清腴，風(fēng)格恣肆灑脫的山水作品，畫中景物層迭、樹(shù)木茂密，作者巧妙地運(yùn)用虛實(shí)、黑白的均衡布局，通過(guò)水的空靈和云霧的蒸騰，避免了過(guò)分的迫塞。在筆墨技法上，山石用披麻皴，橫直交錯(cuò)，秀靈而堅(jiān)實(shí)，密集的破筆苔點(diǎn)，使山勢(shì)更顯蒼莽，篁葉取法倪瓚，只是變蕭疏為茂密，墨色干濕濃淡恰到好處。這時(shí)是石濤在繪畫筆墨上得心應(yīng)手，在理論上能自成體系，從而形成了恣肆灑脫藝術(shù)風(fēng)格的時(shí)期。屬于他有個(gè)性的面目變得更為清晰起來(lái)，上海博物館所藏石濤畫作中即不乏這時(shí)期佳作，如在南京所作《蕉菊竹石圖軸》，作于康熙25年（1686年），當(dāng)時(shí)石濤45歲，此圖畫面濃墨淡墨交替應(yīng)用，對(duì)比度較強(qiáng)，墨的變化和線條的運(yùn)用也十分熟練，從畫風(fēng)看，具有徐青藤、陳白陽(yáng)的韻味。另一幅《細(xì)雨虬松圖軸》，作于康熙26年（1687年），石濤是年46歲，是一幅不可多得的細(xì)筆山水佳作，畫筆方圓結(jié)合，高處峻嶺以方筆折角為外形，近處坡石以圓筆為使轉(zhuǎn)，行筆舒緩而自然，既保留安徽畫派的氣息，又融會(huì)了倪云林的骨格，有一種清麗幽雅、清謐淡遠(yuǎn)的韻味。

        康熙29年（1690年），49歲的石濤在燕京，此時(shí)是他精力最充沛，心情亦舒暢的時(shí)期，因而創(chuàng)作了不少巨幛大幅作品，上海博物館所藏《醉吟圖軸》，為北上時(shí)所作作品，用筆嚴(yán)謹(jǐn)，畫風(fēng)細(xì)膩， 描繪了美麗的江南山居佳境。